吴贻芳一上任，就赶上学院注册这个难题，前校长德本康夫人顾而不问，离开金女大回美国休假去了。

原因很明显，一边是国民政府“大学院”(即教育部)的有关规定；另一边是学校董事会“美国”托事部，也就是学院经费的出资方。

吴贻芳此刻犯了难。面前卧只“拦路虎”，迈不过去，金女大注不了册，就得不到国民政府开列的优待条件：办学招生、学生留学、毕业就职等问题。此时的吴贻芳仿佛置身于一口热锅上，火，在下面不急不慢地燃着，让她十分难受。

这是一个悖论的游戏规则。吴贻芳觉得，做学问、搞科研难，做校长、办事情同样很难。

好友徐亦蓁当董事长也不轻松，她也生活在矛盾堆里，学校从上到下，从大到小，事无具细都得过问，她的压力也不小。虽然她给吴贻芳鼎力相助，但有些事她也帮不上忙。她的丈夫在上海开过骨科医院，对于注册的概念和办理还懂得一些，但金女大的注册全然不同，一时她也没有好的办法。

徐亦蓁也是不久前回金女大任董事长的，就当时情形，有被德本康夫人利用的成分，让她挡一挡国民政府“收回教育权”之急。一九二二年她在北京女高师与吴贻芳分手后也去了美国，在哥伦比亚大学师范学院主修教育行政，副修心理学。第二年获得硕士学位后回到上海。一九二四年，同哈佛大学医学博士牛惠生结婚，并在上海开了一家骨科医院，协助丈夫管理医院事务。如今这对同窗好友回到母校服务，又成了命运共同体。

她们多次交流，商量应对之策，企图找到方案的突破口，完成金女大的注册。然而，双方那些硬性指标很难突破，更谈不上一蹴而就。

大学院一方认为：

教会是保守的，无论什么样尊重科学，一到《圣经》的成语，便绝对不许批评……教会是有差别的，基督教与回教不同，回教又与佛教不同。不但这样，基督教里面，天主教与耶稣教又不但这样，耶稣教里面，又有长老会、浸礼会、美以美会等派别的不同。彼此谁真谁伪，永远没有定论……教育事业不可不超然于多派教会以外。

金女大董事会一方则认为：教会学校尤其是教会大学一定保留宣教目的，保留宗教课程，并要求政府能网开一面。

这样，政府的注册要求和教会学校注册的期待便很难统一，双方意见形成对峙。按学校董事会的意见，注册申请当然不会被政府批准。

这期间，吴贻芳意识到必须做好学院与政府两个方面的工作，找到一个契合点，才能达到注册目的。于是她走访了金陵大学和东吴大学，向他们介绍了自己的注册情况。从交流中得知，向政府申请注册不能载有“基督教”字眼，不然注册就不会被批准。吴贻芳又拜访了教育行政当局，同时把交谈和了解到的情况转述给校董事会，以求问题得到解决。

然而，金女大董事会不仅不接纳教育行政当局意见，仍坚持“发展基督化人格”等字眼。纽约委员会方面更是不顾国民政府教育当局的意见，还提出“不注册”的问题，企图绕开中国政府。

为此吴贻芳再次跑到教育当局商议，回答是：

要求学校注册的目的，是删除那些只有大学名义而实质未达到水准的学校。如果金女大不向政府注册，金女大就得不到一些利益，不能享受某些权力，如进口仪器和设备关税的减免，学生出国留学的政府申请奖学金的资格，毕业生在政府注册的学校找不到教席就业等。

吴贻芳听后，这样做事情将更加麻烦。于是她于一九二九年五月再次给金女大委员会写信，将教育当局上述意见作了转述，并说服校委会修改“办学目标”中的“在基督徒的赞助下”和“发展基督化人格”等字眼，这是国民政府的底线。她鼓励校委会不应放弃最后一里路，曙光就在前头，她愿意再去与政府部门协商。

在这同时，因注册问题严重影响了学校招生，引起学生不满，一些学生质问：“为什么金女大注不了册，时间拖这么久？”这些压力也成为促使校委员做出让步的动能。

吴贻芳经过与教育部官员反复磋商，将金女大办学目标表述为：

指导委员会的目的是要在南京指导一所私立女子高等学校的发展。这所学校将根据作为其创始人的五个基督教差会部设定的最初目的，依照最高的教育效率的标准，提高公民的社会福利，使公民树立起崇高的理想，发展自身的特征，使之成为同类学校的最高典范。

吴贻芳认为，办学宗旨的这种表述仍然不符合教育部有关精神，需要把“五个基督教差会”字眼去掉。最终教育部批准注册中有关办学宗旨部分原文是：

校董事会在南京设立这所女子高等学院，旨在按最高的教育效率来促进社会福利及公民的崇高思想，培养高尚人格，以期符合创办人的宗旨。

经过两年的折腾，金女大于一九三○年十二月，经教育部核准立案，终于完成了注册。然而，学校名称又发生了问题。

根据国民政府颁布的《大学组织法》，其中“大学分文、理、法、教育、农、工、商、医务学院。凡具备三学院以上者，始得立为大学。不具备三学院以上条件者，为独立学院。”

按此规定，金陵女子大学只有文理两个学院，因此不符合“大学”规定精神，故注册名称便改为金陵女子文理学院，校旗、校刊名称也相应作了修改，但人们在习惯上仍称金女大。

吴贻芳在《金女大四十年》一文中说：

金女大在创办初期规定学生必须选修一门宗教课，每天上午必须参加早祷，时间约二十分钟。一九二八年我继任校长后，由于受教会学校教育的影响，想不到改革，只是执行旧的传统，一切宗教性质的活动照常进行。在准备立案的过程中，宗教课才改为选修，每日早祷改为自由参加。不过仍保留一些宗教课程，放在哲学系里。事实上主修宗教专业的人数极少，据注册处记录，主修宗教教育的毕业生只有一人。信教的教师在非教徒的学生中进行传教活动，对不信教的学生，教师从不施加压力，主要是潜移默化。

星期日的宗教仪式是在金陵大学做礼拜，由金陵大学聘请的牧师主持。两校师生自由参加。

注册后的金女大，有教职员工有四十七人，其中中国国籍三十人，美国籍十四人，英国籍，法国籍和德国籍各一人。

为符合教育部要求，金女大结合妇女特点，专业设置作出如下调整：增设中国语文专业、家政专业、社会工作专业、体育专修科、托儿工作专业。经济学、政治学、哲学、数学、物理学、宗教专业，视情况作了合并或逐步消减。

对于这种调整和变化，金女大前任校长德本康夫人等一些人是不满意的，甚至感到非常难过。一九三○年十二月她写道：

立案后学校的行政出现极大变动。学校放弃了学生必须出席早祷会及以宗教为必修课的要求，在每日早祷中，只有百分之三十的出席率。学期初平均有百分之五十学生出席。一年级学生出席人数少于百分之二十。当她每次见到礼堂空置的座位时候感到悲痛欲绝，学校的士气大降。其实每日的灵修除有宗教值价外，也可唤起全体员生团队的精神。

吴贻芳感受到了德本康夫人等人的不满，但她对一些外籍教师试图以宗教影响学生的活动从未限制。并且，吴贻芳在坚持立案要求的同时，讲话中适度强调基督精神、基督人格锻炼的内容，逐渐消解她们的不满，抚平她们的情绪，从而取得她们对办好教育的支持。

德本康夫人回美休假的时间为三年，回来后带回十万美金的捐款。她在学院除担任教授和顾问外，吴贻芳又安排她担任校舍建筑的监督人。

在吴贻芳最初接任校长的几年里，立案注册着实花费了许多的精力和时间。注册完成后，经过一段时间的努力，终于理顺了关系，金女大较好地完成了转型。

然而，就在她刚刚松口气时，又一桩不幸落到她的头上，家中唯一的亲人——妹妹吴贻荃突然失踪了。

就在吴贻芳回国到金女大担任校长不久，妹妹吴贻荃和表妹陈慧也从密歇根大学完成学业回国。她不愿在母校和姐姐手下担任教职，去了菲律宾一个华侨学校教书，后来又回到上海在一户人家做家庭教师。吴贻芳在南京以校为家，很少回上海与妹妹见面，书信往来也由表妹陈慧收转，因为吴贻荃觉得做家庭教师有些伤自尊，不愿把地址告诉姐姐。

吴贻芳也只是借放假机会到上海探望一下二姨父一家，并和妹妹见见面。二姨夫陈叔通有时也和她们谈话，他发现吴贻荃思想新潮，有不少独特见解。他曾对吴贻芳说：“你妹妹政治上比你懂得多啊。”

一九三三年暑期前的一天，吴贻荃突然来到金女大，妹妹来校看她，自然十分高兴。吴贻芳发现妹妹有话要说，不巧的是，当晚校董会执行委员会为筹款的事要开会(那一年学校出现赤字一千七百多元)，她又是会议的主持者，当然不能缺席。深夜开完会回来，妹妹已经睡下。第二天清晨，妹妹又赶火车回上海，这匆匆一见，竟成了姐妹二人的诀别。

七月十六日，吴贻芳又去出席在美国芝加哥召开的为期一周的国际妇女会议。她给妹妹写信，好久不见回信，她感到有些奇怪，于是便给二姨父写信，陈叔通回信只告之贻荃大概很忙，近来也不常回家。

一九三四年初，吴贻芳返回国内，才知道妹妹失踪了。原来吴贻芳去美国不久，吴贻荃便回到姨父母家里，取走了夏衣和蚊帐等物，说要与主人一家去宁波普陀山度夏，不久便失去了消息。

表妹陈慧到处打听，也未听到贻荃的下落。贻荃存在银行的钱也取走了，她读过的书和她的照片全部带走了。妹妹的失踪，又揭开了吴贻芳心灵的伤疤，她心急如焚，后悔不已。

为了寻找贻荃，她亲自奔赴菲律宾的雅卡塔，找到贻荃一个要好的朋友。那个朋友告诉她，贻荃从菲回国后，曾给她来过几封信，其中有两封信提到看了苏联的电影，她感到很有意义，让她有机会也看一看，但是从去年下半年就不见她的书信了。

另一个消息更让吴贻芳震惊。

在贻荃告诉表妹陈慧到普陀山度夏后，曾有人在上海租界见过她。吴贻芳立刻在脑海里出现这样一个想法：她会不会去苏联呢？因为那时有许多进步青年去了苏联。

她曾托苏联大使馆帮助寻找，但仍杳无音信，吴贻芳的心碎了。贻荃失踪的事，最终成了一个谜。

吴贻芳承受着命运给她带来的痛苦和不幸，她再一次艰难前行，独自迎接人生路上种种风雨的挑战。