1896年，即光绪二十二年，洋务派要员盛宣怀在上海创办了南洋公学，即交通大学的前身，与北洋大学堂同为中国近代历史上中国人自己最早创办的大学。

南洋公学创始时隶属于招商局和电报局，设立了师范院、外院、中院和上院四院，盛宣怀任督办。由于上海南洋公学当时教学所用全麻省理工学院的原版教材，时称“东方MIT”(MIT是麻省理工学院的英文缩写)。

1901年9月间，李叔同以总成绩第12名的成绩考上了南洋公学院新设的特科班。特科班第一次招收的20余人，皆为同辈人中英挺之选。除叔同之外，如黄炎培、邵力子、谢无量、洪樵袜、王莪孙、胡仁源、殷祖伊、项骧、贝寿同等人，日后皆成为各界卓有成就的杰出人物。

南洋公学特班的开设，是“为应经济特科之选，以储国家栋梁之材”“但望学成之后，能如曾、李二星”。因此要求进入特班学习者，“尤宜讲求中西贯通希合公理之学，不可偏蹈新奇乖僻混入异端之学”。

特科班从古文功底深厚的年轻学子中择优招生，拟经预读之后拔优保送经济特科，目的就是能够适应形势需要，为清朝政府选拔培养像曾国藩、李鸿章那样通晓实务的经世之才，是南洋公学开办以来的“高级班”。

出任特班中文总教习的即是“学界泰斗”、“人世楷模”的蔡元培先生。

1901年，蔡元培出任特班中文总教习后，便将一种自由开放的教学方式带到了南洋公学。特科班除英语、算学及体育这三门公共课之处，不设固定的课程。主课由学生从预先开列的三十多门课程里根据喜好和特长自主选择一至三门，专业选定之后再由教习开具书目。学习以自修为主，教习的讲解引导只起辅助作用，学生每天须写一篇读书札记，交由教习评阅，是重在培养学生独立学习能力的教学方式。课余之暇，蔡元培还时常以座谈的形式轮流召集二三学生或议时事，或论学术，年轻学子们由此得以定期亲聆大学者的教诲，收益良多。授课之时，蔡元培经常品评时事，培养学生对国家的责任感，还注意向学生们介绍西方世界的文化，启蒙民权、女权之类新思想，以开阔其胸怀视野。

在精英荟萃的同学当中，李叔同以出色的艺术才能引众人注目。进入南洋公学之后，因为读书的关系，他从义兄许幻园的城南草堂搬出，在公学里独居一室。黄炎培在《我也来谈谈李叔同先生》一文中说：

南洋公学特班宿舍有一人一室的，有二人一室的。他独居一室，四壁都是书画，同学乐意和他亲近。特班同学很多不能说普通话，大家喜爱叔同，因他生长北国，成立小组请他教普通话，我是其中之一人。他的风度一贯很温和，很静穆。

有鉴于日本对西方文化的成功传介与消化，日文典籍为国人了解西方学术提供了一条捷径，因此，蔡元培除要求学生们学好英语之外，又在特科班教读日本文法，鼓励学生翻译日文典籍，并暗中宣扬民权思想。

李叔同早年在天津时已与国际红十字成员上岗岩太有过交往，后又经赵元礼引见，与千叶治和大桥富藏等著名日本书法家交好。那时的李叔同虽不精通日文，但对于日文之学多少还是有过接触。1903年发行的《法学门径书》《国际私法》，就是李叔同在南洋公学读书时期所翻译的。