1789年4月，莫扎特欣然接受一位贵族学生的邀请，陪伴他前往普鲁士首都柏林一行。旅行对于处在忧虑和痛苦中的莫扎特来说，自然是一件缓解心情的好事。旅途中，他曾在莱比锡等城市举行了音乐会，吸引了当地很多热情的观众。

他在莱比锡曾拜访圣托马斯教堂和约翰·塞巴斯蒂安·巴赫的故居，并在那里逗留了很长时间。莫扎特弹奏了巴赫曾弹奏二十五年之久的一架风琴。巴赫以前的学生也是巴赫的继任者约翰·多尔斯认为他已故的老师所受的重视可以在莫扎特的身上看到。令多尔斯感到意外的是，如此一位现代的作曲家竟然会对巴赫弃之不顾的作品感兴趣。他为了对莫扎特表示尊敬，曾领导合唱队用八部二重合唱唱了一首巴赫的教会赞美歌。一位旁观者写道：“莫扎特在聆听的时候，灵魂似乎在耳朵里。”

攻占巴士底狱（油画）

一位伟大的作曲家在听另一位名家的音乐时的表情，是非常动人的。

会拉大提琴也爱好音乐的普鲁士国王欢迎莫扎特的到来，并委托他作几首弦乐四重奏和几首奏鸣曲。

在回程途中，莫扎特再次来到莱比锡，他在这里举行了一场音乐会，音乐会中管弦乐的音量大到惊人，几乎令人忍不住担心那座旧建筑物会不会被震塌。当时的情况虽然热烈，但是金钱的收入仍旧很少。他写信给太太说：“你应该会对我能够再度回家，比我带回来多少金钱更感到高兴才对。”

6月，他回到维也纳。

康丝坦兹又怀孕了，而且还在生病。她在维也纳郊外的一处矿泉进行一连串的治疗。莫扎特又向普契博格求救：“上帝！我的境遇很惨，即使是我的头号敌人，我也不希望他遭遇如此的境况。上帝！我无法表达我的谢意，我又得向你提出新的恳求。”

在莫扎特写完这封信的几天后，一群愤怒的巴黎人攻进封建主义压迫象征的巴士底监狱，并释放了一群政治犯，法国大革命的武装阶段已经开始了。

起初，维也纳的生活还很正常，没有受到法国大革命的影响。到了8月，《费加罗的婚礼》重新上演，尽管有些情节与法国革命有关，但剧中生动的各种角色，优美而多变的音乐使得人们对这部歌剧还是很喜爱的。统治阶级也没有因为其中的一点激进元素而禁止它的公演。

皇帝这时委托莫扎特和庞提再合作写一部歌剧。庞提决定不再写前人写过的东西，而是自己创作一个新的故事。他想以皇帝告诉他的一件逸事作为剧本的基础。这部歌剧也是与爱、伪装、理想和人性有关。

莫扎特的第五个孩子是个女孩，这一年11月间出生，一小时后就夭折了。

这时候，莫扎特写了一首竖笛与弦乐五重奏（K.581），这是一首充满爱的音乐，竖笛的使用极富技巧性，以至多年以后常常被其他的作曲家所模仿。