在如此忧虑、抑郁的情况下，莫扎特却完成了一件杰出的作品，他从6月到8月一直不停地工作，这是他一生中的最后三首交响曲，第三十九号（K.543）、第四十号（K.550）和被叫做《丘比特交响曲》的第四十一号（K.551）。

这三首交响曲在莫扎特生前并没有公开发布。因为它们不是他为了某一音乐会或某一顾客而写，而是似乎有三首交响曲在他的脑海中，必须把它们写出来，不管他能否听到它们被演奏。只要一写出来，他就能听到它们，就像失聪的贝多芬能够“听见”他的第九交响曲一样。

这几首曲子并没有留下草稿，显然是在莫扎特的想象中发展完成的，包括在《丘比特交响曲》结尾处的大型五部嬉游曲，每一首都不同，各有特殊之处。第三十九号交响曲有成熟而丰富的声音，并且以在一个乐句中途突然停下来的短而急促的圆号声作为结尾。

第四十号和《丘比特交响曲》又是莫扎特所特有的那种成对的作品，前者低调、苦闷而悲哀，后者显得得意扬扬而骄傲。

这些都只是粗浅的描述，因为这三首音乐全都是极富表现性而且多层次的。在莫扎特去世后不久，他的最后三首交响曲就成了经常被演奏的作品。

尽管有更大和更壮丽的交响曲，但是却没有比它们更好的。不管莫扎特相信宿命论的程度有多深，他仍然能在音乐中表现出他对生命的肯定。

莫扎特将他的下一首作品献给了普契博格，其实我们私下揣测，普契博格也许更愿意把借出去的钱收回来。

这是一首弦乐三重奏余兴曲（K.563），将轻快而受欢迎的小夜曲形式、嬉游曲以及写作三重奏弦乐曲的其他正式基本原理综合在一起。由于这是莫扎特艺术中的主要形式的完美综合，因此有人认为它是莫扎特作品中的精华。

年底，莫扎特的朋友斯维登付钱给莫扎特，要他把亨德尔的一些圣乐重新改写，以适合当时的潮流，例如作一些和音上的改变，或者改进一些方面，使之更加流畅而简化，也可以作一些管弦乐上的调整。莫扎特尝试了这种改造，这使得20世纪50年代以前，亨德尔的音乐都是按照莫扎特改造的样子在演奏。直到那之后，他的主要作品才多多少少地按照他所写的那样演奏。

1789年，法国大革命如火如荼，它改变了欧洲和全世界的格局。这时的莫扎特除了效力于宫廷的舞会外，极少作曲。他对于自己那份微薄薪水的意见是：“对我所做的事来说，已经太多；但对我所能做的事来说，却又太少了。”

他的痛苦和忧郁日益加重。他可能患有肾脏病，这使得他的肉体和精神逐渐衰弱。

坐立不安、心烦意乱的莫扎特不断地弹钢琴，康丝坦兹和小卡尔则在一旁唱歌。莫扎特不像他的父亲利奥波德那样为儿子计划一切，他只是偶尔给儿子一点音乐教育。

朋友们对莫扎特倒很体贴，常在报纸和音乐杂志上剪下一些消息寄给他。在他的歌剧中，《依多曼尼奥》没有再上演过；《土耳其皇宫的绑架》则在全欧洲演出，评论褒贬不一，最常见的批评是说，那些“古怪的和声”对剧院不适合。

关于在意大利和德国都上演的《费加罗的婚礼》，则被一些评论家称为“可笑的作品”，已经“比它应有的期限活得更久”。他的音乐被认为太夸张、过分热情、过于复杂，不是“古典的”，而是“现代的”、带有挑战性的。

一位评论家抱怨说：“他使得听众们没有时间呼吸，在刚刚领会了一个美丽的旋律后，另外一个马上就接踵而来。”我们姑且认为这是一句赞扬的评论吧。

一位记者对莫扎特的“装载过重的管弦乐”表示惋惜。

莫扎特逝世不久后，他这一类型的作品反被用来作为古典简单的典型，来攻击他的继任者——贝多芬和舒伯特的“浪漫派”音乐。