然而，敌人不会因为你有为拯救苍生而舍弃身家性命、不惧非议的宏愿而自动自发为你让开一条路。清丈田亩所受到的阻力是巨大的，为实现宏愿，张居正所使用的办法既简单又有效，那就是严厉惩罚。

山西代王宗室用暴力手段阻挠清丈，张居正反应相当凌厉，立即要朱翊钧下诏废代王为庶人，同时给各处督抚、巡按下旨道：“清丈田亩时，只要有执违阻挠，无论他是皇族还是官宦，无论是军官还是百姓，都要从重处罚，绝不许留任何情面！”

不但对阻挠清丈的人严刑峻法，就是那些清丈不力的官员，张居正也是雷霆手段。河南获嘉知县张一心在别人清丈田亩时吃喝玩乐，当上级要他拿出清丈田亩数据时，他把旧的数据拱手呈上。他把张居正当成了瞎子，张居正就让他为自己的自作聪明付出代价：连降两级。

松江知府阎邦宁是知识性官僚，对经济问题从不感冒。别人在清丈田亩时，他却吟诗作赋。递送报告时，他拿出几首诗，讥讽清丈田亩给百姓带来的不安宁，张居正冷笑着将他撤职查办。

池州知府郭四维有一颗菩萨心肠，在清丈田亩过程中，一见有人跪下流泪，他就伤心欲绝，所以他积极不作为，张居正将其撤职。

最搞笑的是安庆知府叶梦熊。叶梦熊在安庆清丈田亩，富绅们和他喝酒，哭诉生活的艰辛。叶梦熊出身豪门世家，理解他们的苦衷，所以清丈田亩时极为马虎。抚台孙光佑见叶梦熊态度不积极，严厉命令他认真清丈。叶梦熊伸着懒腰，拿普通百姓说事：“安庆大多是低湿地带，冬旱夏涝，如果我遵从抚台大人的意旨去办，岂不是去为祸百姓吗？”

孙光佑把文档狠狠摔到桌上：“看看你清丈的狗屎，明明是农田，你非说成是不能耕种的山坡湖**！”

叶梦熊针锋相对：“这明明就是不能耕种的山坡湖**，你怎么就能说成是农田？”

孙光佑懒得和他理论，上报张居正。

张居正下令：叶梦熊眼神不济，罚薪三个月。

随着清丈的逐步稳定，斐然成绩水落石出。清丈后的地方，田亩的数字和所有权都有了主人，税粮负担不均的状况得到改善。张居正和张学颜又商议出把田亩分为三等的计划，上等为有水源的肥沃土地，中等为瘠田薄田，下等为无水源的高旱土地。收税时，也按照等级的不同而收取相应高低不等的钱。

在严厉惩罚为清丈田亩保驾护航下，张居正的计划得以完成。张学颜总结说，由于大多数官吏能够奉公守法，严格执行有关清丈的规定，清丈基本上达到了“民不加赋”而增加财政收入的目的。