这员大将乃是岛帅黄龙。孔有德命毛承禄、李应元等人上前迎敌，自己则与耿仲明向东逃去，投降了满洲。毛承禄等人战不过黄龙，李应元当即战死，毛承禄被黄龙生擒，押解到京师后，以大逆不道罪，在闹市凌迟处死。登州、莱城一带总算平定了。

辽东那边，自从孙承宗督师关上以来，接连收复了滦州、迁安、永平、遵化四城，又整缮了关外的旧堡垒，军威大振。偏偏这时候，来了个巡抚邱禾嘉，与孙承宗常常发生矛盾。孙承宗准备先修筑大凌城，邱禾嘉却要同时修筑右屯城，二人因分工问题起了争议。最后两城都还没有完工的时候，满洲兵就已经攻到城下。邱禾嘉率总兵吴襄、宋伟支援大凌城，连战连败，逃回锦州。大凌城的守将是祖大寿和何可纲，二人坚守了两三个月，粮尽援绝。满洲兵将招降书射到城里，祖大寿想投降，何可纲不肯答应。祖大寿竟起了异心，把何可纲杀死，然后开城投降。满洲太宗随即班师回国。邱禾嘉立即被罢免，孙承宗遭到朝中大臣的议论，只好辞官还乡。

孔有德、耿仲明投降满洲之后，立即怂恿满洲太宗袭取旅顺。他的本意无非是忌恨岛帅黄龙，想借着满洲的兵力，前去报仇。满洲太宗乐得答应，先出兵鸭绿江，作为疑兵，然后令孔有德、耿仲明带着满洲兵偷袭旅顺。黄龙果然中计，把大部分的水兵都派去鸭绿江阻截，岛中仅存一千多人。满洲兵赶到时，黄龙仓皇抵御，终究是寡不敌众。岛上的军械储备向来单薄，孤守几天后就支撑不住了。黄龙自刎而死，部将李惟鸾、项祚临、樊化龙等人全部战死，满洲兵稳稳当当地占据了旅顺。旅顺岛之外，还有一个广鹿岛，副将尚可喜守在那里。尚可喜也是毛文龙的旧部，接到孔有德的招降信之后，也率部下投降了满洲。满洲太宗留下尚可喜守着两个岛，令孔有德、耿仲明率兵返回。二人因为建议有功，孔有德被封为满洲都元帅，耿仲明被封为满洲总兵，后来尚可喜也被封为满洲总兵。

洪承畴调督三边，延绥巡抚的空缺给了陈奇瑜。陈奇瑜分别派出各位将领，斩杀贼目金翅鹏、一条龙等人，进攻到延水关。延水关前有大山，下有黄河，地势非常险要。贼首钻天哨、开山斧等人占据关口，负隅顽抗，屡次打败官军。陈奇瑜假装派兵攻打别的地方，自己带着精骑火速赶路，趁夜钻入山寨。钻天哨、开山斧二人正拥着妇女酣睡，猛然间听到寨外杀声震天，揭开帐子一瞧，只见红光冲天，火星迸射，急得呼叫都来不及，赤条条地跃出床外，忙乱中找了一把短刀，出来迎敌。那时，官兵已如潮水一般涌入，二贼赤身**，哪禁得住刀砍枪刺，不到一会儿工夫，全部被杀。他们的部下走投无路，不是被火烧死，就是被官兵杀死。延水关被攻下之后，贼党一座城冒冒失失地赶来，带着一千多名悍匪，居然想抢回延水关。陈奇瑜麾军出击，不到一两个时辰，就把贼徒一网打尽，一座城也跑到鬼门关去了。延水关平定后，陈奇瑜威名大震。

这个时候，闯王高迎祥等人窜到了湖广一带，在襄阳、郧阳等地大肆劫掠。老回回、过天星等人从郧阳进入四川，攻陷夔州。明朝廷升陈奇瑜为兵部侍郎，总督河南、山西、陕西、四川、湖广五省的军务。陈奇瑜赶到均州，分别邀陕西巡抚练国事、河南巡抚元默、湖广巡抚唐晖及郧阳巡抚卢象昇四面夹击。经过大小几十场战役，擒住贼目十几人，斩敌一万多。贼众四处乱窜，有的逃到河南，有的逃到浙江、四川，有的逃往商雒。张献忠向商雒逃去，高迎祥、李自成等人逃到汉中的车厢峡。车厢峡在万山的中间，只有进去的路，没有出来的路。里面山岭相连，绵延数十里不断，闯王、闯将误入此处，身陷绝境。贼众向来不会贮藏粮饷，那些四处劫掠、随手夺来的东西早已吃光了。这时候窜到山里，满山都是荆棘，问谁抢粮食吃？老天又连降**雨，淋漓了三四十天，弓箭都被泡烂，马也没有吃的。闯王、闯将力竭计穷，想原路退回，可那峡口之外统统都是官兵，枪戟林立，炮石累累，插翅也难飞出去。高迎祥惶急万状，准备束手待毙。幸亏李自成听从顾君恩的计策，搜罗了一些金银财宝，去贿赂陈奇瑜的左右，让他们转达投降的意思。陈奇瑜见贼党被困，渐渐骄傲起来，便让他们出来投降。李自成竟然自绑双手，大胆出来，在陈奇瑜马前叩头谢恩，乞求免死。陈奇瑜趾高气扬，检阅了一下贼众，一共三万六千多人，将他们全部遣回原籍。每一百名贼兵，只用一名安抚官押送，并下令所过州县要提供粮饷。高迎祥、李自成等人叩谢而去。贼众离开大军差不多有几十里的时候，李自成突然奋起，刺杀了安抚官，其他人也一同下手，把所有的安抚官全部杀死。然后沿途劫掠，向西直奔秦中。

给事中顾国宝、御史傅永淳轮流参劾陈奇瑜收受贿赂，放走贼兵。朝廷下旨逮问，让陈奇瑜戍守边关去了，另派洪承畴代任。洪承畴不过是个寻常的将才，既要总督三边，又要管辖五省，再怎么尽力，也顾不来。而且山西、陕西、河南一带不是水涝，便是旱灾，遍地饿殍。虽然怀宗下诏开仓放粮，可区区几个府衙的粮食，根本救不活几百万的饥民。还有些黑心的太监，将钱粮一半儿赈灾，一半儿中饱私囊。于是成千成万的饥民投奔了流寇。闯王、闯将回到陕西的时候，部众已经多达二十几万，又开始肆意**巩昌、平凉、临洮、凤翔等府。洪承畴约山西、河南、四川、湖广的各路兵马分道进入陕西。高迎祥、李自成东走河南。副将左良玉扼守新安、渑池，不敢出兵，任贼兵逃出。灵宝、汜水、荥阳等地又开始聚集贼兵。洪承畴准备亲出潼关，督兵讨贼。贼党得到消息后，就齐集荥阳，商议如何对付官兵，总共来了十三家七十二营。

这十三家七十二营的贼目议论纷纷，商量了很久还是没有决定。李自成悍然说道：“匹夫还想着奋进，况且我们有二十万士兵，岂有半途而废的道理？官兵虽多，未必个个中用。如今之计，我们应该分管各地，与官兵一决雌雄。胜负得失，都听天由命，有什么好顾虑的呢！”大家见他意气风发，不禁摩拳擦掌地说：“闯将的话很有道理，我们就这么办吧。”于是议定革里眼、左金王抵挡川、湖的兵马；横天王、混十万抵挡陕西的兵马；过天星守在河上，抵挡河南兵马；高迎祥、李自成与张献忠攻打东方；老回回、九条龙往来于这几人之间，互相援应。因为担心陕西的官兵多，便让射塌天、改世王帮助横天王、混十万二人。约定攻破城池之后，财宝和女人均分。众贼目答应下来，各自行动去了。

高迎祥、李自成、张献忠三人率兵向东，攻陷霍州、颍州，径直来到凤阳。凤阳留守朱国相带领指挥袁瑞征、吕承荫等人，领兵三千，拼死抵抗，最终因寡不敌众，为贼兵所败。朱国相自刎身亡，其他将士全部战死。贼众焚烧皇陵，杀死守陵太监六十多人，将知府颜容暄关押起来。高迎祥、李自成、张献忠三人高坐堂上，击鼓奏乐，把颜容暄活活杖死。还杀了推官万文英等几十人，毁掉房屋两万两千六百余间。张献忠在皇陵捉到一个善于鼓吹的小太监，李自成向他索要，张献忠不给。李自成十分恼怒，竟然带着高迎祥赶赴归德。张献忠随即攻陷庐江、巢县、无为、潜山，太湖、宿松等城，大肆抢劫了几个月。怀宗无计可施，只好派侍郎朱大典总督漕运，巡抚凤阳。

张献忠听说朱大典要来，有些惧怕他的威名。再加上江北县城里的百姓都结成山寨，山寨里有火药、弓箭，贼兵与之抗衡时，也有很多伤亡。张献忠随即西出麻城，从汉口回到陕西。高迎祥、李自成等人因为归德一带官兵四集，也窜入了陕西境内。副将艾万年、柳国镇等先后阵亡。总兵曹文诏自从调到大同后，一直奉命剿贼，此次听到陕西的贼警，急忙赶到信阳觐见洪承畴。洪承畴慢悠悠地说：“不是将军不能消灭这些贼兵，只是我的兵马已经分派下去，无法策应。将军如果一定要去，我就从泾阳赶到淳化，给你做后应。”曹文诏没有办法，只好率领三千人从宁州进发，赶到真宁县的湫头镇。见前面贼旗招展，蜂拥而来，当即布阵迎敌。侄子曹变蛟带着前锋，跃马出阵，横扫贼兵，斩敌五百多名，一直追了贼兵三十多里。曹文诏率领步兵继续跟进。那时天色已晚，贼兵忽然从四面八方围来，一时间，箭如雨下。曹文诏左突右闪，用矛刺杀一百多名贼兵。贼兵一开始还不知道有曹文诏，后来有叛兵大声喊道：“这是曹总兵，怪不得如此神勇！”贼目听到“曹总兵”三个字，岂肯轻易放过？立即指挥贼众，越围越急。曹文诏还在挺矛乱刺，哪知矛头竟然折断，身上又中了数箭，忍痛不住，竟然拔出佩刀，自刎而死。游击、平安以下共死了二十多人，只有曹变蛟逃脱。贼兵乘胜而前，到处纵火，西安城里火光冲天。等洪承畴到达泾阳时，曹文诏已经战死好几天了。怀宗听说曹文诏阵亡，痛心疾首，钦赐祭葬，世袭指挥佥事。命卢象昇为兵部侍郎，总管江北、河南、山东、湖广、四川军务，与洪承畴分头讨贼。洪承畴管理西北，卢象昇管理东南，双方各有专责，军务稍稍有些起色。

洪承畴攻打高迎详、李自成，转战渭南、临潼之间。李自成大败之后，向东逃去；高迎祥也是屡战屡败，与李自成分道东行，从河南赶到江北，攻陷含山、和州后，进犯滁州。卢象昇召集各路将领，奔走于各地之间杀死贼兵无数。高迎祥、李自成渡河西走，再次进入陕西，这时已经是崇祯九年了。

这一年，满洲太宗平定察哈尔部，收复了内蒙古境内。在此期间，缴获元朝遗留下来的传国御玺，于是满洲太宗自称为帝，改国号大清，改天聪十年为崇德元年。察哈尔部的酋长林丹汗向西逃去，清太宗担心他死灰复燃，便派兵追赶，一直追到归化城，都不见下落。士兵们捉不住林丹汗，就顺路攻打明朝边境，骚扰宣州、应州、大同等地，抢来牲畜七万六千头，唱着凯歌离开了。没过多久，清太宗又派将领攻入喜峰口，从小路赶到昌平，巡关御史王肇坤战死。清兵连连攻下很多州县。顺义知县上官荩、宝坻知县赵国鼎、定兴教谕熊嘉志以及在籍的太常少卿鹿善继、安肃知县郑延任，全部殉死社稷。

警报传到了明朝廷，给事中王家彦参劾兵部尚书张凤翼不事先做好准备，有负职守。张凤翼就自请督兵，怀宗命他与中官罗维宁、宣大总兵梁廷栋互相照应，防御敌军。这张凤翼毫无能耐，只因被人参劾，没有办法才请命出师，以堵住众人的嘴。离开都城以后，张凤翼逗留不前，作壁上观。那时京城一带再次告警，怀宗下诏各镇兵马火速入京勤王。各镇兵马或退缩不前，或被流贼牵制，无暇支援。唐王聿键是太祖的第二十三个儿子朱柽的第七世孙，袭封南阳，只有他一人仗义勤王。走到裕州的时候，朝旨忽然颁下，反说他擅离封土，居心叵测，勒令退还。聿键丈二和尚摸不着头脑，只好遵旨南归。后来朝廷加罪，竟然把他废为庶人，幽锢在凤阳。卢象昇鞠躬报主，听说各镇兵马都袖手旁观，仍激励兵马前来支援。还有一位出类拔萃的女丈夫，也不惜从千里之外星夜奔波，入京保卫怀宗。那便是之前帮助剿灭蛮夷，连破贼寨的秦良玉。原来秦良玉自从永宁、水西依次**平以后，论功嘉赏，授予三品朝服。秦良玉就脱下发钗、耳环，除去环佩，改换男装，峨冠博带，做了一个美貌男子。并且挑选了三五百名健壮的妇女，让她们换上男人的衣服作为亲兵。贼兵窜入蜀道，进陷夔州的时候，她立即出兵把守，阻止贼兵西进。这次听说勤王诏颁下，秦良玉马上召集各部士兵，以忠义相勉励，火速赶来增援。入都之后，清兵已经抢足了东西，退了下去，京师解严。怀宗听说她赶了过来，觉得诧异，立即传旨召见。秦良玉穿着朝服朝冠，登阶叩头，三呼万岁。怀宗温言慰勉，她不慌不忙，从容奏对。不但怀宗非常高兴，就连朝中的一班大臣也都肃然起敬。怀宗当即晋封秦良玉为一品夫人，还亲自写了诗篇赐给她，作为特别的宠赐。秦良玉受赐之后，仍然带兵返回蜀地去了。