三边总督杨鹤一心想着招抚，于是下令王左挂等盗匪头子免死。王左挂再次叛变后，才被诛杀。杨鹤又招降神一元的弟弟神一魁。神一元攻陷保安之后，被副总兵张应昌击败，伤重而亡。神一魁继承了兄长的位置，带领贼众继续作乱。后来被总兵贺虎臣、杜文焕围困，弃城南逃，转攻庆阳、合水。杨鹤派人前去招降，神一魁果然前来，伏地谢罪。其他的贼目如金翅鹏、过天星、独头虎、上天龙等人也先后前来降顺。杨鹤命人在城楼上虚设了御座，众贼在城下跪拜，齐呼万岁。杨鹤当下传令，某人解散，某人归伍，某人归农，众贼表面上答应着，心中却藐视杨鹤。又见他军容不整，只仗着一个虚名皇帝，作威作福，都觉得杨鹤没有什么可怕的。众人起身离开后，还去做那盗贼的营生。神一魁在城里只住了几天，因为杨鹤诱杀了他的同党刘金，随即背叛而去。御史谢三宾及巡按御史吴甡，轮流参劾杨鹤纵盗殃民。明朝廷将杨鹤拿问，坐罪戍边，特意调延绥巡抚洪承畴总督三边。洪承畴刚刚收降了张献忠，将他编为部下。张献忠佯装恭谨，洪承畴还以为他是真心诚意地投降。这时高迎祥、李自成等人，聚集了一万多名山西的散兵，推举高迎祥为闯王，李自成为闯将，转攻山西、河南。并派人联络张献忠，张献忠一接到消息，立即背叛了洪承畴，与高迎祥联合起来，横行山西。此后秦贼为一路，晋贼为一路，做出的事情惨不忍睹。

总督洪承畴与总兵曹文诏商议一番之后，决定先剿除秦贼，再剿除晋贼。曹文诏转战东西，连败绥德、宜君、清涧、米脂等地的贼兵，斩杀了点灯子、扫地王，又从鄜州的小路绕到庆阳，与甘肃总兵杨嘉谟、副将王性善会师，袭击红军友、李都司、杜三、杨老柴等人。贼兵三战三败，杜三、杨老柴束手就擒，红军友、李都司逃脱，曹文诏与杨嘉谟从后面追上，用反间计让贼党杀死了红军友，随后乘势打败贼兵。游击曹变蛟是曹文诏的侄子，他鼓足勇气，率先登山，后面的兵马随即跟上，把贼兵斩杀殆尽。李都司逃脱后，纠集可天飞、独行狼等人围攻合水。曹文诏连夜赶去支援，快到城下的时候，有一千多名老弱散兵前来迎战，不到几个回合，纷纷退走。曹文诏麾兵直追，一直追到南原。忽然听到呼哨四起，贼兵遍野而来，将曹文诏四面围住。城上的守兵互相传告：“曹将军身陷埋伏了，怎么办？怎么办？”话音未落，只见曹文诏挺着长矛，左驰右突，匹马盘旋，敌兵纷纷败下阵来。守兵暗暗喝彩，也振作精神，鼓噪杀出。贼兵被杀得尸横遍野，血流成河。李都司等人边战边退，到了铜川桥才抱头窜去。第二天黎明，曹文诏与宁夏总兵贺虎臣、固原总兵杨骐会师，前去追击贼兵。来到甘泉县的虎兕凹时，贼兵正在做饭。看到官军前来，一个个吓得魂飞魄散，急忙丢盔弃甲，逃命去了。

总督洪承畴这时候也带着精兵整队前来。一路上转战平凉，途中杀死可天飞、郝临庵、独行狼等人。当时神一魁占据宁塞后被同党黄友才杀死，黄友才又被副总兵张应昌杀死。关中的巨寇多半被杀，巡抚范复粹上疏报捷，将曹文诏报为头功。巡按御史等人也褒奖曹文诏。只有洪承畴的奏折，对曹文诏一字未提。后来，范复粹再次上疏申请，被兵部按压下来。于是曹文诏不但没能叙功，反而被派去剿灭晋贼。

闯王高迎祥以及李自成、张献忠等人分头出兵，连连攻陷大宁、隰州、泽州、寿阳等州县。宣大总督张宗衡到平阳堵截，巡抚许鼎臣到汾州堵截，参将李卑、贺人龙、艾万年等人也率关中兵前来支援官军。这时候，许鼎臣却和张宗衡产生了矛盾，弄得三位将领无所适从，只好坐看贼兵肆意横行。老回回、过天星、混世王等人趁机窜入，大肆劫掠。多亏曹文诏东渡而来，越过霍州，抵达汾洲，与贼众拼杀，这才扼制住贼人的势头。

贼众逃到盂县，又被曹文诏击败。转而逃到寿阳，正好和许鼎臣的部下张宰迎头撞着。张宰本来是许鼎臣的谋士，随从只有一两千人。他不过是在途中巡逻放哨，并没有堵截贼兵的意思。贼兵反而被他吓得四处乱窜。混世王纵马奔逃，被一员大将一矛刺来，由胸穿背，立刻坠马而死。来将不是别人，正是总兵曹文诏。曹文诏刺死混世王之后，奋力疾追，把寿阳、泽州的贼兵全部赶走。紫金梁、老回回、过天星等贼见了曹文诏的大旗，立即飞逃而去。连高迎祥等人也站不住脚，一股脑儿跑到河北去了。有几股贼兵从摩天岭西下，直达武安。副将左良玉率领河南兵前去拦截，中了贼兵的埋伏，六七千名士兵全部战死。左良玉败退，匪寇的气焰再次高涨，河北怀庆、彰德、卫辉三府所属的州县被抢掠一空。

潞王常淓是穆宗的孙子，父亲名叫翊镠。他听说流寇逼近，立即上疏告急。怀宗命总兵倪宠、王朴率领京营兵六千人前去支援，并命太监杨进朝、卢九德做监军。然后催促曹文诏移兵会剿。曹文诏奉命之后，从山西赶赴河北。到怀庆的时候，贼首滚地龙正在**掳掠，猛然间听说曹文诏到来，来不及逃走，只好硬着头皮上前抵敌。怎奈曹军凭着一股锐气砍杀过来，滚地龙抵挡不住，好好的一颗头颅就被砍去了。剩下的贼党四散而逃。曹文诏追到济源，老回回望尘远逃。曹文诏与李卑、艾万年、汤九州、邓圯以及左良玉等将，接连攻破高迎祥、李自成、张献忠、罗汝才等贼，正准备圈地围剿，杀他个片甲不留。哪知巡按御史刘令誉嫉贤妒能，竟然参劾曹文诏恃胜而骄，朝旨立即将曹文诏调回大同。

高迎祥听说曹文诏被调走，心宽了一大半。但前有河南兵，后有京营兵，进退两难，便想出一条假降的计策。他把沿途所夺的金银财宝，全部贿赂了各处带兵的官员，假装乞降。各将不敢做主，只有太监杨进朝拿人钱财，替人消灾，代他入奏朝廷，并让各位将领停战。当时正值严冬，天寒地冻，高迎祥等人从毛家寨渡河而去，河南兵无一出来阻拦。等到渑池、伊阳、卢氏三县相继传来警报，巡抚元默才派兵围剿。贼兵竟然窜入卢氏山中，从小路进入内乡，大肆掠夺南阳、汝宁，接着窜到湖广去了。

西寇紧急的时候，登州游击孔有德、耿仲明等人也开始聚众作乱。孔有德与耿仲明都是毛文龙的义子，毛文龙被杀后，他们曾经给满洲送款，逗留在东江一带，被明朝廷封为游击。孔、耿二人的同党李九成也做了副将。正巧满洲兵侵略辽东，围攻大凌城，孙元化派孔有德前去支援官军。孔有德假装出师，来到吴桥正碰上雨雪交加的天气，士兵们没有东西可吃，顿时喧哗起来。李九成与儿子李应元引诱众人作乱，要劫持孔有德。孔有德本来就图谋不轨，自然顺水推舟，拱手听命。随后带领叛兵掉转矛头攻陷陵县、临邑、商河、新城、青城等地。山东巡抚余大成派兵抵御，大败而归，正要亲自出师，登、莱巡抚孙元化忽然造访。二人商议了很久，孙元化还是主张招抚，余大成正好不用奔波，自然也就答应下来。

孙元化回到署衙之后，给所属的郡县发去檄文，让他们不必袭击，另外派人诏谕孔有德。孔有德假装答应来使，然后与李九成直达登州。总兵张可大正好在城外驻兵，认为孔有德狡诈，应该防备，不等孙元化下令，竟然去袭击孔有德。孔有德倒也吓了一跳，两下交锋，眼看着孔有德的军马要败下阵去，偏偏孙元化派人下令停战。张可大军心一乱，反被孔有德杀了大半。张可大气愤地回到城中，孔有德还留在城外，见天色已晚，就下令休息。晚餐结束后，孔有德忽然看见城里火光四起，料定有内应，急忙率兵攻城。正巧东门大开，在门口迎接的，正是同党耿仲明。孔有德大喜，进城之后，急忙奔向署衙。那时候孙元化正想自尽，孔有德当即上前阻止，并说：“蒙大帅的恩德，绝不加害！”孙元化默不作声。其他官员都被捉住，只有总兵张可大将小妾陈氏杀死后，悬梁殉节了。

孔有德等人攻破黄县、平度，又将莱城四面围住。徐从治屡屡出兵，斩获了不少贼兵，孔有德等人却始终不肯退去。相持几个月之后，忽然听说明朝廷派侍郎孙宇烈总督山东，统兵两万五千名，浩浩****而来。徐从治、谢琏等人还以为大军前来支援莱城，莱城可以即日解围。哪知这孙宇烈在中途一味逗留，只想派人招抚。孔有德等人用议抚的条款将他敷衍，并放回孙元化以及所拘押的官吏，假意归附。暗地里却运来西洋大炮，猛轰莱城。徐从治刚刚登城督守，不料炮弹无情，正好击中要害，立时毙命。莱城勉强支撑了一个多月，孙宇烈始终不来，城中已经难以支撑。孔有德听到消息后，假装派人去约定投降日期，还让文武官员出城抚慰。谢琏料知他耍诈，留下总兵杨御蕃守城，自己和知府朱万年出城招降。孔有德等人见了谢琏，下马跪拜，装出一副叩头的样子。谢琏和朱万年刚刚下马安慰，就被孔有德的手下挟持而去。杨御蕃见二人中计，连忙紧闭城门，登城守御。果然叛军猛力攻城，城上箭石交加，才算将敌人击退。随后叛军绑着朱万年来到城下，胁迫他劝官兵投降。朱万年厉声说道：“我死了！你们还要坚守啊！”杨御蕃俯视着朱万年，不禁涕泪交加。朱万年又说：“我误中贼人的奸计，死不瞑目。杨总兵！你快发大炮，轰死几个叛贼，也好替我报仇。”说到“仇”字，脑袋已经被砍下。杨御蕃气愤难忍，立即下令士兵开炮，“扑通，扑通”放了几声，轰死很多叛军，孔有德这才收兵退下。谢琏绝食自尽。怀宗听到警耗之后，异常痛愤，立即逮孙宇烈下狱，杀死了孙元化，命参政朱大典为佥都御史，巡抚山东。又命中官高起潜监护着军饷，兼程而进。

朱大典命副将靳国臣、参将祖宽为前锋，直达沙河，孔有德督军迎战。祖宽跃马奔出，挺枪死斗，勇不可当。靳国臣又驱兵大进，以一当十，以十当百，任孔有德如何骁勇，也被杀得大败而逃。祖宽等人追到城下，孔有德料定支撑不住，趁着夜深人静的时候，向东逃去。莱城被围困了七个多月，到这里才算解围，百姓齐声欢呼。

第二天，总兵金国奇等人又收复了黄县，斩敌一万三千，活擒八百。将领牟文绶提兵支援平度，斩杀贼首陈有时。孔有德等人窜到登州。朱大典集中各路兵马，来到登州城下，亲自督攻。登州城三面环山，一面距海，北有水城，与大城相接。水城上有门，可以通往大海。因为这条通道，登州城才屡攻不下。后来围困过久，李九成出城迎战，中箭身亡。祖宽等人乘胜驱杀，攻破了水门外面的护墙。孔有德连忙收拾好金银财宝，携妻带子到海上逃命去了。耿仲明、毛承禄等人也相继逃走，登州随即被攻下。孔有德等人逃到旅顺，岛中忽然驶出几十艘战舰。最前面的一艘上站着一员铁甲银盔的大将，高声喝道：“叛贼休走！”