袁崇焕被捕入狱，正中满洲太宗的反间计。袁崇焕巡抚辽东时，曾经与满洲互相通过使节，有意议和。后来因为双方没有协调好，和议也就没有谈成。朝中的一帮大臣，全然不知边境的情况，都说议和是奇耻大辱，只能战不能和。此次满洲兵来到京城，放出谣言，说是袁崇焕召他们进京，胁迫明朝廷议和。怀宗有所耳闻，心中不能不疑。满洲太宗足智多谋，得知明朝廷的消息后，就写好两封密信，一封投到德胜门外，另一封投到永定门外。正巧被太监拾到，呈给怀宗。怀宗展开信一看，无非是满洲太宗和袁崇焕的议和信，偏偏又写得模模糊糊，隐隐约约。怀宗越看越怀疑，想立即把袁崇焕召来，详细询问一番。可京都还在危急关头，得靠他保护，只好暂时容忍下来。后来被敌人擒去的杨太监私下逃了回来，对怀宗说：“督师袁崇焕已经与满洲主子偷偷订好和约，就要达成城下之盟了。”怀宗沉着脸问：“这可是真的？”杨太监道：“敌将高鸿中等人在密谈，被奴才偷听到，所以趁夜潜逃，特地回来奏报。”怀宗愤愤地说：“怪不得他按兵不动，停战了好几天。他已经擅自杀死毛文龙，难道还要擅自议和吗？”杨太监又添油加醋地说了几句坏话，怀宗忍无可忍，立即召入袁崇焕，把他关入大牢。成基命慌忙叩请怀宗慎重，怀宗生气地说：“‘慎重’两个字，就是因循守旧的别名，只有坏处没有好处！”成基命叩头道：“兵临城下，这可不是平常时候，望陛下三思而后行啊！”怀宗不等他说完，竟然拂袖而起，转身入内。成基命撞了一鼻子灰，只好退出。总兵祖大寿、何可纲听说袁崇焕被关押，都担心会坐罪，于是带着兵马，径直向山海关外逃去了。

满洲太宗计中有计，他并没有乘势攻打京城，而是分兵攻打固安、良乡一带，掳掠些金银财宝、良家妇女，然后又回到卢沟桥。明朝廷这时候却任用了一个叫申甫的游方僧，他能制造战车，庶吉士金声举荐时，说他擅长兵事。怀宗特意升他为副总兵，让他招募新军。这申甫平日并没有带兵打仗，无非靠着一些小聪明，造了几辆战车，哪里能抵挡大敌？要他仓促间招兵，更是难上加难的事情。招募来的都是些市井无赖，或者熟识的僧侣，一群乌合之众，差不多有四五千人。随后，申甫竟然在卢沟桥列着车营，阻截满洲兵。满洲将士呐喊一声，冲杀过来，申甫连忙麾兵抵抗。谁知招募来的新兵全然不懂如何打仗，听到号令，早已吓得肝胆俱裂，就是推车的人也好像是手脚染了病，不能动弹。那满洲兵如狼似虎，大刀阔斧地杀入车营，见车就劈，见人就杀。不一会儿工夫，就把申甫手下的新兵扫除干净，连申甫也不知下落。

满洲兵乘胜攻打永定门，怀宗惶急得很，特设两名文、武经略。文经略一职，由尚书梁廷栋担任；武经略一职，由总兵满桂充当。他们分别驻扎在西直门、安定门。满桂主张坚守，偏偏几个太监拼命怂恿怀宗，催促两经略出师。梁廷栋是个文官，冲锋杀敌的事情当然交给了满桂。满桂不便抗命，只得带领总兵孙祖寿等人出城三里，与敌兵交锋。从午时杀到酉时，胜负未决。满洲太宗偷偷让部下换上明军的装束，趁着天昏地暗的时候，闯入明军队里，乱杀一场。满桂措手不及，与孙祖寿等人仓促战死。

京城危急异常，满洲太宗却不急于攻打，而是带着兵马向通州而去。原来满洲太宗见京城急攻难下，心想就算夺下了，也不能长守。一旦援军四集，反而进退两难，不如四处骚扰，害得他民穷财尽，以后好大举入京。怀宗本来已经传出密旨，准备避敌迁都，后来听说满洲兵退到通州，这才作罢。

转眼间已经是崇祯三年，满洲兵由通州东渡，攻克香河，攻陷永平。副使郑国昌、知府张凤奇等人一概殉死社稷。兵部侍郎刘之纶约总兵马世龙、吴自勉等人，赶赴永平牵制满洲兵，自己随即带着部下径直来到遵化，驻扎在娘娘庙山。谁料马世龙等人违约，满洲兵像潮水般涌来。刘之纶的军队中配有手制木炮，刚刚发射的时候，还击伤了几十名满洲兵，再发出去，那弹子不向前冲，反而向后击来，自己打倒了自己。士兵顿时乱了起来。满洲兵乘机进攻，刘之纶拼死再战，足足斗了一天，力竭声嘶。刘之纶知道打不赢，就大声喊道：“死，死！负天子恩！”接着解下佩印交给家人，让他报告朝廷。家人才逃出几步，刘之纶已经身中两箭，倒在血泊中。剩下的残兵，被满洲兵一扫而空。

满洲太宗接着进军迁安、滦州，一直攻打到昌黎。昌黎守令左应选誓死守城，满洲兵屡攻不下。这时候，孙承宗早已奉旨调守山海关，继袁崇焕的后任。满洲太宗久仰孙承宗的大名，担心他截断后路，便匆匆收兵，回国去了。孙承宗诏谕祖大寿、何可纲，让他们领兵待命。祖大寿上疏自请处罚，表示愿意立功赎罪，朝廷传旨宣慰。后来听说满洲兵退回，孙承宗就派兵西出，收复了滦州、迁安、永平、遵化四城。

周延儒入阁之后，开始替温体仁说话。大学士李标见周、温毗连，不愿与他们为伍，索性找了个机会辞官。成基命也辞官回乡，温体仁于是奉旨入阁，居然做了大学士。他上任之后，立即上疏：“钱龙锡主使袁崇焕卖国欺君，罪比秦桧。听说他罢职出都后，想将袁崇焕给他的贿赂转寄到亲戚家，为下一步作打算。”怀宗看到奏折当然动怒，立即命刑部定罪，限期五日。刑部替钱龙锡辩解，将案件呈上说：“毛文龙由袁崇焕一人杀死，钱龙锡并不主张议和，这次和袁崇焕一并坐罪，实在是冤枉。”怀宗不信，下令将袁崇焕处以极刑，并逮捕钱龙锡下狱，命群臣议罪。可怜这位功多罪少的袁督师，竟然在闹市被凌迟处死；清白无辜的钱龙锡入狱待罪，没过多久，被贬戍定海卫。

明朝的赋税倾向于古制，不算苛刻，自从神宗设立矿税以来，太监们四处索要，任意提价，人们的生活渐渐变得困苦起来。辽东战事之后，每年的边饷都是从百姓那搜刮来的，百姓们穷困潦倒。后来明朝廷又裁减了内地士兵的几十万粮饷，减去各处驿站几十万的开销。士兵填不饱肚子，驿站又没有余粮，于是纷纷逃跑，亡命山谷，聚集起来做了盗匪，并趁机胁迫良民下水。百姓们没有粮食填肚子，哪还活得下去？投奔绿林，以劫掠为生，至少能填饱肚子。天意也怪，居然连连发生灾荒，生怕百姓们不肯作乱似的。今年水涝，明年旱灾，地里寸草不生，官兵还来索要税银，百姓苦不堪言，只好一个个当了盗贼。

起先是云南、贵州等地的蛮人作乱，首领奢崇明与安邦彦沆瀣一气，负隅顽抗。总督闵梦得敷衍了两三年没有什么效果。怀宗即位后，奢、安逆贼越发嚣张，奢崇明自号为“大梁王”，安邦彦自称“四裔大长老”，扰乱四方，到处掳掠。怀宗起用朱燮元为总督，调集云南、四川、贵州三路大兵直捣贼巢，杀奢崇明，斩安邦彦，接着分设土司，开垦荒田，筑堡置戍，设立驿站通道。西南一带，这才相安无事。

西南平定后，西北再起波澜。陕西巡抚乔应甲、延绥巡抚朱童蒙都是魏忠贤的余党，只知道虐待百姓。连年的饥荒过后，出了一班流寇，他们为害四方，把大明一座完好江山，弄得东残西缺。第一个作乱的盗匪头子，是府谷百姓王嘉胤。王嘉胤部下有两个大贼，一个是李自成，一个是张献忠。张献忠是延安人，足智多谋，曾经与王嘉胤互通往来。王嘉胤打劫富家的粮食，被当地悬赏缉捕，索性揭竿为盗，张献忠率领众人投奔了他，贼众称他为“八大王”。李自成是米脂人，诡计多端，擅长骑射，因家里穷做了驿卒。驿站裁减之后，李自成没了饭碗，也去奔投王嘉胤。王嘉胤带着五六千名手下，聚居在延庆府中的黄龙山，后来又有白水贼目王二、宜川贼目王左挂、安塞马贼目高迎祥、饥民王大梁、逃兵周大旺等人率领众人响应。这时陕西巡抚已经改任刘廷宴。刘廷宴昏庸无能，各个州县相继告警，他却斥退报信的人说：“这些不过是地方上的饥民，能有什么大志？缓两天自然就解散了。”于是匪寇越聚越多，刘廷宴无可奈何，只好据实奏报。怀宗命左副都御史杨鹤为兵部尚书，出去监督三边军务，剿捕匪寇。杨鹤上任后，商洛道刘应遇已经杀死王二，斩获王大梁；督粮道洪承畴也击破王左挂，捕斩周大旺。杨鹤不乘胜追剿却主张招抚，下令各军不得妄杀。于是匪寇们死灰复燃，转衰为盛。正巧这个时候，满洲军入犯京城，各省派兵前去支援京城。陕甘兵奉调东下却在中途逃散，山西兵在良乡大溃。一帮窜逃的溃兵不知道该向东，还是该向西，结果铤而走险，一起做了匪类。

明朝廷又起用前总兵杜文焕前去讨伐贼寇。杜文焕给王嘉胤、王左挂二人发去檄文，令他们投诚。王左挂那时正巧走投无路，就与党羽王子顺、苗美等人投降。唯独王嘉胤不肯受抚，竟然攻陷府谷，占城抗命。总督杨鹤并不上报，只派官兵四处招降。贼寇王虎、小红狼、一丈青、掠地虎、混江龙等人都假装投降，杨鹤一律授给免死牌，将他们安插在延绥、河曲间。其实他们通通盗性未改，**掠如故，不过表面上不放火不杀人，自称安分守己。百姓们忍气吞声，无从控诉，孤男弱女束手待毙。有刁蛮狡猾的，跟着盗贼一起走了。朝旨升洪承畴为延绥巡抚，与副总兵曹文诏共同剿贼。曹文诏忠勇过人，仗着一杆蛇矛，东西驰击，贼党就像羊入虎口，多半被刺杀。王嘉胤不自量力，竟然率众与曹文诏对垒。二人一场恶战，杀得王嘉胤大败而逃。曹文诏追到阳城，再次与王嘉胤接仗，王嘉胤招架不住，被曹文诏刺死。张献忠率领两千部下投降。李自成逃到高迎祥那里。高迎祥是李自成的舅舅，当然将李自成收留。王嘉胤的余党另推李自用为头目，绰号“紫金梁”，仍然出没于西陲。