天启六年三月，辽阳人武长春来到京师，寄住在一名妓女家中。因为他喜欢说大话，被东厂的探子误以为是满洲的探子，立即把他拘押。许显纯上奏表功：“皇上威灵，东厂大臣智勇，才抓获敌人的探子，立下奇功。”熹宗当即褒奖，封魏忠贤的侄子魏良卿为肃宁伯，准许世袭，赐给七百顷田地。
那时蓟、辽督师孙承宗听说了魏忠贤陷害忠良的事情，准备入朝面奏。阉党早已经得到口风，立即去报告魏忠贤。魏忠贤于是在熹宗面前哭诉，熹宗立即传旨，命兵部飞骑阻止孙承宗前来。孙承宗那时候已经到了通州，接到圣旨后，只好退回。阉党接着诬陷孙承宗，说他是晋王敦、唐李怀光式的人物。孙承宗无可奈何，只好上疏辞官。朝廷令兵部尚书高第继任。高第怯弱无能，一到关外，就将孙承宗苦心建造的堡垒全部撤去。唯独宁远前参师袁崇焕誓死不从。满洲兵前来攻打宁远，声势嚣张，高第拥兵自固，多亏袁崇焕预备了西洋大炮，才将满洲士兵击退。朝廷得知消息后，将高第削职，另任王之臣为经略，命袁崇焕巡抚辽东，驻扎在宁远。熹宗正在为辽东的事情忧心忡忡，听说魏忠贤抓获了探子，差不多和除灭满洲是同样大的功劳，因此格外厚赏。其实辽阳男子武长春并非满洲派来的探子，只因为他多嘴多舌，平白无故地被处死，连骨肉尸骸都无从还乡，反而成全了一个魏忠贤。
这一年，满洲太祖努尔哈赤病逝，传位给八子皇太极，以下一年为天聪元年，也就是《清史》上所称的清太宗。满洲太宗一边与袁崇焕议和，一边发兵攻打朝鲜，以报旧仇。朝鲜派人向明廷告急。明廷责备袁崇焕，要他发兵支援。袁崇焕正准备派人东上，偏偏东江总兵毛文龙也报称满兵入境，请求调兵增守。那时足智多谋的袁崇焕，明知道满洲太宗用了缓兵、疑兵各计前来尝试，怎奈缓兵计便是和议，不能答应，疑兵计恐怕又要成真，不能不防。只好派水师支援毛文龙，另外派总兵赵率教等人出兵三岔河，不过是为了牵制满人，使他有后顾之忧。无奈朝鲜的兵马实在没用，满洲兵一经杀入，便势如破竹。朝鲜国王李倧放弃王城，逃到江华岛，眼看着粮尽援绝，只好派使臣向满洲求和，表示愿意朝贡。满洲太宗与朝鲜订了盟约，调兵回国。
后来因袁崇焕与王之臣意见不合，明廷召回了王之臣，令袁崇焕统辖关内关外各路大军。袁崇焕命赵率教驻守锦州，自己防守宁远。后来忽然听说满洲太宗亲率大军，来攻打锦州。他知道赵率教可以支撑，一时不至于失守，就派总兵祖大寿带领四千精兵，绕到满洲兵后面，去截断他们的后路。自己则督促将士修缮城墙，疏通壕沟，固垒置炮，专门防止满兵偷袭。满洲兵攻不下锦州，转攻宁远，被袁崇焕一鼓击退。满洲太宗还想再去攻打锦州，听说有明军拦截他的后路，不得已，只好整队回去。祖大寿见满兵回国，纪律森严，也就知难而退，没有追剿。袁崇焕上疏奏捷，满以为会论功行赏，哪知朝旨下来，反而斥责他不救锦州，有罪无功。袁崇焕气得目瞪口呆，情愿辞官回乡。朝廷马上准许他辞官，仍然命王之臣继任。这样的事不必细想也知道，必是那个贪婪狡猾、嫉贤妒能的魏忠贤弄出来的把戏。原来各处的镇帅都安插了一个阉党监军，阉党只知道贪慕金钱，所得的贿赂一半中饱私囊，一半献给魏忠贤。之前熊廷弼获罪，孙承宗遭忌，无非是因为不肯奉送这项厚礼。此次袁崇焕在关外督兵，也有太监纪用监军，袁崇焕只知道防敌，怎么能想到将饷银分给阉人？纪用无从得手，魏忠贤也没法分肥，这才判了他一个不救锦州的罪状。
魏忠贤安坐在京师，整日与客氏调情作乐，从来没想过筹备边务，商议军情。朝廷却说他安攘有功，下旨封赏。王恭厂着火之后，魏忠贤又多了一大功劳。王恭厂就是火药局，夏天遇到电闪雷鸣，火药自燃，顿时烟尘蔽空，大地震颤，声音震耳欲聋。周围的百姓被炸死无数。魏忠贤足不出户，阉党薛贞却说他扑灭雷火，德可格天，又获得熹宗的褒奖。不久，皇极殿筑成，熹宗登殿受贺。这殿是由魏忠贤、崔呈秀二人督办，熹宗破格加恩，特封魏忠贤为上公。魏忠贤的侄子魏良卿之前已经晋封侯爵，现在又升为宁国公，加赐铁券。侄孙魏鹏翼只有两岁，被封为安平伯；侄子魏良栋只有三岁，被封为东安侯；崔呈秀被封为少傅。工部侍郎徐大化、孙杰升任尚书，傅应星加封太子太傅，魏士望等十四人均升为都督佥事，各赐金银珠宝不等。
魏忠贤铲除东林党之后，仍然有一件憾事未了，那便是正位中宫的张皇后。张皇后屡次在熹宗面前规劝他远离魏忠贤，以至于遭来皇上的厌烦，从此不愿踏进皇后寝宫。张皇后却没有什么怨言，仍以文史自娱。熹宗生平并不好色，对待后妃，都不过是淡淡之交。即便与皇后不和，无非也是嫌她絮叨，并没有什么特别的过节。所以客氏和魏忠贤虽然常常造谣生事，熹宗始终没有理睬。正巧这时，厚载门外有匿名揭帖，列着魏忠贤的逆状，并涉及七十多个阉党，魏忠贤就想以此诬陷皇后的父亲，于是召来私党邵辅忠、孙杰商议。二人听了他的话，不禁一愣，面面相觑。魏忠贤狞笑着说：“这有什么难的？只要你们二人合奏一本，就说皇后的父亲张国纪私自张贴匿名帖，并与中宫勾结，谋害厂臣。我想上头看完奏折，一定会追究。皇后如果因此被废，我的侄子魏良卿生有一女，刚好成年，可以立为皇后。”二人唯唯而退，奏折写好后，心中总是担心，不敢呈上。猛然间想到顺天府丞刘志选年老势利，可以让他出头。当下就一起前去拜见，说明来意，并给他看那奏稿。刘志选暗想：“我年纪已经老了，他日魏忠贤失势的时候，我都不知道死在哪里了。现在就趁他专权，帮一个忙，还会有重赏。我先享几年的荣华富贵再作计议。”于是欣然领命，将奏折抄下来之后呈上。谁知奏折递上去之后，皇上并没有批答。
魏忠贤见此计不成，又想出一计。暗中派了几名卫士，怀里藏着利刃，埋伏在宫殿里。自己去报告熹宗，熹宗命锦衣卫搜查，果然抓住了带着兵刃的卫士。皇上当下将人交给东厂，令魏忠贤发落。魏忠贤本来想让卫士们诬供皇后的父亲，说他意图不轨，谋立藩王。正巧王体乾前来，魏忠贤就和他商议这件事情，王体干说：“皇上什么事情都糊涂，唯独对兄弟夫妇不薄。倘若此事节外生枝，我们可就死无葬身之地了。”魏忠贤沉思了半天才说：“你说得也对。但捉住的人如何处置？”王体干说：“速速杀了，免得他们多嘴。”魏忠贤再次点头，依计而行。然而魏忠贤并没有死心，暗想既然张皇后如此难除，不如做一番惊天动地的事，索性连这糊涂的皇帝一并算计。想到熹宗有三个叔父住在京师，魏忠贤先拿他们开刀。于是瑞王被分到汉中，惠王被分到荆州，桂王被分到衡州。
一次，熹宗到方泽祭祀，乘机游览西苑。与客氏、魏忠贤驾着大船，泛到湖中。熹宗生性好动，酒过三巡，竟然想改乘小舟，自己去泛舟。于是就带着两个小太监换了船，船前船后各坐一名太监，划桨而去。熹宗坐在船里，也拿着一支桨，顺流摇**。不料一阵大风刮过来，竟把小舟吹翻，熹宗堕入波心，灌了一肚子冷水。多亏湖中另有船只，船上的侍从七手八脚将熹宗救起。两个小太监落水多时，竟然被水溺死。客氏和魏忠贤所乘的大舟虽然相距不过一里，他们却只顾对饮，仿佛什么事情都没发生。
熹宗遭此一吓，病了好几天。幸好张皇后得知，宣召几名太医为皇帝医治。后来，熹宗总算痊愈，但病根却从此种下，常有头晕、腹泻等毛病。熹宗喜好玩乐，虽然已经年过二十，还是童心未泯。有时候斗鸡，有时候弄猫，有时候骑马，有时候捕鸟，有时打秋千、踢蹴鞠。此外他还有两大嗜好：一是喜欢木工、雕琢。熹宗雕琢玉石的手艺非常高，曾经赐过客氏和魏忠贤金印，各重三百两。魏忠贤的印中，刻有“钦赐顾命元臣”几个字。客氏的印中，刻有“钦赐奉圣夫人”几个字，都是熹宗亲手所刻。此外刻制的玉石，随手赐给太监的，数不胜数，甚至随手抛弃，视作废物。二是喜好看戏、演戏。熹宗曾经在懋勤殿中，设了一条隧道，召入梨园弟子在这里演戏，闲暇时常常与客氏、魏忠贤二人以看戏为乐。一天晚上，上演《金牌记》，演到《疯僧骂秦桧》的时候，魏忠贤藏到屏风后面不敢出来。熹宗故意宣召，幸亏客氏婉转措辞，才替他求免。还曾经创演《水傀儡戏》，有《东方朔偷桃》以及《三保太监下西洋》等剧，装束新奇，扮演巧妙。熹宗每次召张皇后一起观看，张皇后都推辞不去，有时勉强同行。熹宗手舞足蹈与张皇后笑谈，张皇后只是微笑却不说话。看戏看得尽兴的时候，熹宗竟然带着内侍高永寿、刘思源等人，亲自登台，扮演宋太祖夜访赵普的故事。熹宗自己扮演太祖，仿照雪夜戎装的景象。当时正是酷暑，虽然汗如雨下，熹宗却身穿裘皮大衣谈笑自若。就为了这些玩乐的东西，熹宗生出许多病症，二十多岁的人面无血色。
尚书霍维华制造了一种灵露饮，说是特别的仙方，久服可以长生。什么叫做灵露饮呢？相传是用粳糯米淘尽，和上水放入甑①中，用桑柴火蒸透。甑的底部放置一只长颈空口的大银瓶，等到糯米溶成液，出了清汁，就会流到银瓶里。取出来之后温服，味道就像是酥酪上凝聚的油，因此得一美名，叫做灵露饮。熹宗喝了一点儿之后，觉得清甜可口，就让霍维华随时呈上。哪知喝了几个月，竟然得了一种肿胀病，起初是胸闷，后来竟然浑身肿胀，以至于奄奄一息，不能动弹。御医诊治无效，熹宗眼看着离死不远了。熹宗没有子孙，只有皇弟朱由检曾被封为信王，此时还住在京师，便将他召入宫中，继承大统。信王一再推辞，熹宗再三叮嘱，劝他不必谦让，并勉励他成为尧舜之君，信王这才含泪受命。熹宗又说：“皇后贤淑，你身为皇叔，即位之后，要多加保全。魏忠贤、王体乾等人都格外忠诚，可以担当大任。”两天之后，熹宗驾崩，共计在位七年，只活到二十三岁。
朱由检是光宗的第五个儿子，刘贤妃所生，刘妃死后，由李选侍抚育成人。这里的李选侍便是东李，本来位居西李之上，得宠却不及西李。天启初年曾被册封为庄妃，庄妃向来忌恨魏忠贤，甚至喊他“女鬼”。魏忠贤得知后，就与客氏在皇帝面前说她的坏话，并将庄妃宫中应给的衣物、食品一概削减。庄妃于是郁郁成疾，渐渐患上痨病。五皇子每天早上起来之后，都会觐见庄妃。一次，庄妃带病和他游玩，来到东宫后面，见有两口井。五皇子就从井里往外提水，提出一条金鱼，再次提水，仍然有金鱼出现。庄妃于是笑逐颜开地说：“这是日后的吉兆。”说完，又哭道：“可惜我看不到了。”熹宗归天的时候，庄妃早已去世了。
熹宗驾崩后，魏忠贤夜召信王入宫。信王知道魏忠贤是奸邪之辈，没办法只好同他入宫。第二天一早，诸位大臣都入宫哭灵。魏忠贤也抚着棺材大哭，两只眼睛肿得通红，后来又召崔呈秀密谈了很久，没人知道内容。有人说魏忠贤准备谋逆，崔呈秀认为时机未到，于是罢议。有人说张皇后暗中保护信王，使得魏忠贤无从下手，这些都无从考证。
信王朱由检择日即位，以下一年为崇祯元年，历史上称为崇祯皇帝，后来称为怀宗，也称毅宗。即位这一天，天空中传来很大的响声，惹得大臣惊疑起来。朝贺礼结束之后，响声戛然而止。司天监说天鼓忽鸣，是兵戈之兆。但因新主登基，就没有上报。魏忠贤上疏辞官，有诏不许，只是命奉圣夫人客氏出宫居住。客氏来到熹宗的棺椁前，拿出一个小盒子。盒子用黄色的绸缎包裹，里面藏着熹宗的胎发、痘痂、小时候换下来的牙齿，还有累年的剃发等等。客氏将它们一一焚化，然后痛哭着离开了。