魏忠贤除掉杨涟、左光斗等人后，又准备力翻三案，重修《光宗实录》。御史杨维垣以及给事中霍维华阿谀献媚，痛斥刘一燝、韩爌、孙慎行、张问达、周嘉谟、王之寀，以及杨涟、左光斗等人，请旨将《光宗实录》改修。给事中杨所修请将三案的奏章汇集起来，仿照《明伦大典》编辑成书，颁示天下。于是，朝廷命人重修《光宗实录》，并作《三朝要典》，即神宗、光宗、熹宗三朝。命顾秉谦、黄立极、冯铨为总负责人，施凤来、杨景辰、孟绍虞、曾楚卿为副手。这些人极力贬斥东林党，并篡改历史。将梃击一案，归罪于王之寀，说他离间骨肉亲情，既诬陷皇祖，又辜负先帝，虽然粉身碎骨，也不足以赎罪；将红丸一案归罪于孙慎行，说他欺君罔上，先帝不能正终，皇上不能正始，都由他一人酿成；将移宫一案归罪于杨涟，说他内结王安，外结刘一燝、韩爌诬蔑李选侍。众奸臣咬文嚼字，胡编乱造，瞎闹了好几个月，才完成这部书。魏忠贤命顾秉谦拟好序文，载入卷首，然后颁布天下。
御史卢承钦上疏说：“东林党人除了顾宪成、李三才、赵南星之外，高攀龙、王图等人是党羽中的副帅；曹于汴、杨兆京、史记事、魏大中、袁化中等人是党羽中的先锋；丁元荐、沈正宗、李朴、贺烺等人是党羽中的死士；孙丕扬、邹元标等人是党羽中的土木魔神，应该全部榜示天下，引以为戒。”魏忠贤大喜，悉数撰写东林党人的姓名，到处张贴。东林党中的人有一大半已经获罪，只有高攀龙、缪昌期几个人削职在家，没有被捕。崔呈秀想杀死这几个人，以泄私愤，就去对魏忠贤说，让他假传圣旨逮捕高攀龙。高攀龙听说官兵将至，就焚香沐浴，写下遗书装在信封里，然后交给他的儿子高世儒，并嘱咐他说：“紧急时刻再打开来看。”高世儒不知情，只好遵命收藏。高攀龙又让家人各自回去休息，不必惊慌。家人还以为他有什么妙计，都放心安睡去了。到了半夜，高攀龙四顾无人，竟悄悄起来穿好朝服，戴上朝冠，望北叩头，然后纵身跳入湖中。第二天一早，高世儒起来，来到父亲寝室，发现没有了父亲的踪影，慌忙四处寻找。只见桌案上留有一首诗，隐含投湖自尽的意思，便派人到湖中打捞，果然找到了父亲的尸体。正巧这时官兵到来，一行人见了尸骸也无话可说。高世儒哭着打开遗书，只见遗书中说：“臣虽然被削职，但也曾经做过大臣。大臣不可侮辱，侮辱大臣与侮辱国家有什么分别？谨向北叩头，以了结此生。君恩未报，期盼来生，望钦差以此复命！”高世儒看完之后，便将这信交给官兵，官兵于是离开。
高攀龙是无锡人，品行笃实，不愧为正人君子。只是崔呈秀仍不肯罢休，又命人将高世儒逮捕，罗织罪名。后来又逮捕了缪昌期。缪昌期曾在湖广的典试中，策语引用赵高、仇士良的典故，暗中讽刺魏忠贤。有人说杨涟参劾魏忠贤的二十四条罪状，缪昌期也参与编稿。高攀龙、赵南星回乡的时候，缪昌期又将他们送出郊外，置酒饯行，握着手叹息了很久。缪昌期被抓来之后，慷慨对质，不屈不挠。许显纯诬陷他坐赃三千，严刑拷问，十个指头全被打断。缪昌期最后惨死在狱中。
许显纯第三次下手，便是逮捕御史李应升、周宗建、黄尊素、前苏松巡抚周起元以及吏部员外郎周顺昌。下手原因如下：李应升曾经参劾魏忠贤；周宗建曾说魏忠贤目不识丁；有人说黄尊素想效仿杨一清诛杀刘瑾的先例，联络苏杭织造李寔，授予他密计，让他杀死魏忠贤；周起元则是因为名列《点将录》，且与高攀龙等是莫逆之交，而他们的介绍人，便是吏部员外郎周顺昌。
周顺昌这时已经辞官，住在吴县老家。为什么要平白无故地把他牵扯进来呢？原来魏大中被逮捕的时候，路过吴县，周顺昌曾将他留住三天，临别时哭泣了很久，并表示愿意将女儿嫁给魏大中的孙子。东厂的人屡次催促起程，周顺昌就瞪着眼睛说：“你们没长耳朵吗？难道没听说过这世上还有好男儿周顺昌吗？别人害怕魏贼，无非是怕死，我周顺昌什么都不怕，你们去告诉那阉贼吧！”东厂的人回到京城后，就把这件事情一五一十地报告给魏忠贤，魏忠贤非常恼怒，便将他也牵连进去。当时魏忠贤的权力堪比皇帝，其实不过是借着圣旨办事。当即便有东厂的人赶往吴县，逮捕周顺昌。吴县的百姓向来感激周顺昌的恩德，这次都替他打抱不平。苏抚毛一鹭将周顺昌召到署衙，宣读圣旨。周顺昌跪听完毕，外面忽然拥入五六百名学生，统统跪在地上求毛一鹭，恳求他上疏解救。毛一鹭汗流满面，支支吾吾。东厂的人等得不耐烦，手持锁链，大声呵斥道：“东厂逮人，哪个敢来插嘴？”话音未落，外面又拥进来无数百姓，每个人手里都点着一炷香，准备为周顺昌求情。听到东厂的大话，有五个人就上前问道：“圣旨出自皇上，东厂敢出圣旨吗？”东厂的人厉声说：“东厂不出圣旨，哪里出圣旨？”五个人听了这话，齐声说道：“我们还以为是天子的命令，所以才带着大家一起来为周吏部请命，不料竟然是东厂魏太监的意思。”说完，百姓都**起来：“魏太监是朝廷逆贼，这谁不知道？你们替他拿人，真是狐假虎威，打！打！打！”几个“打”字说出去，纷纷将香火扔掉，一拥而上，殴打太监。当场打死一名东厂的人，其他的人全都受伤逃走了。毛一鹭急忙躲到茅厕里，大家找了一阵没有找到他，这才各自散去。
周顺昌和亲朋好友诀别后，自己赶赴都城，受诏入狱。周宗建、李应升、黄尊素三个人都已经被捕，彼此见了面，只能各自叹息。第二天由许显纯审讯，无非是笞杖交加，锁枷迭用。周顺昌大骂魏忠贤，被许显纯打落门牙。他就将血喷到许显纯的脸上，厉声痛骂，没有一句是求饶的。许显纯当晚密嘱狱卒，结束了周顺昌的性命。尸体三天之后被抬出，皮肉全部腐烂，仅存须发。周宗建也备受折磨，躺在地上不能出声。许显纯还五天一逼，让他交出赃物，并痛骂他说：“看你还敢骂魏公公目不识丁吗？”后来许显纯用沙袋压在周宗建的身上，将他害死。黄尊素知道狱卒要害自己，就咬破手指，用血在墙上写下遗诗，对隔壁的李应升说：“我先去了！”说完，叩头谢过君父，撞墙而死。第二天，李应升也被害死了。周起元住在海澄，离京城较远，等他被逮捕过来，周顺昌等人均已遇害。许显纯横加拷打，逼迫他交出十万赃款。周起元两袖清风，哪能弄来这笔巨款？只好以命相抵，没过几天就被折磨而死。
此外屈死的人还有很多，其中吴县五人墓中的五个人，虽然是市井百姓，却也流芳百世。这五人便是当初阻止东厂逮人的五个百姓，他们分别叫做颜佩韦、杨念如、周文元、马杰、沈扬。
原来，东厂的人被赶走之后，毛一鹭立即上疏通知，魏忠贤也心惊胆战，连忙命毛一鹭缉查首犯。毛一鹭是魏忠贤的义子，好不容易谋到巡抚一职，却又没什么才能，干不了什么大事。幸好知府寇慎以及吴县县令陈文瑞爱民有道，毛一鹭便让府县了办此案。寇、陈二人让百姓揭发检举，却没一人肯来。那五个人挺身自首，供认不讳，寇慎不得不将他们捉拿，禀报毛一鹭。毛一鹭又报告给魏忠贤，魏忠贤下令就地正法。于是五人被绑到闹市，由知府寇慎监刑。号炮一声，马上就要砍头的时候，五个人回过头来看着寇慎说：“您是好官，应该知道我们只是打抱不平，并不是犯上作乱啊！”说完，挺颈就刃。寇慎也不忍心，但箭在弦上，不得不发，只得让百姓好好替他们收尸，含着泪回到署衙复命。东厂的人经过这次之后，再也不敢擅自到京城外面了，魏忠贤也怕人心动**，所以稍稍收敛了点。
各地寡廉鲜耻的狗官们，纷纷给魏忠贤建起了生祠。正好中旨命令毁去天下的书院，这些人就在书院的旧址上，改筑魏公祠。不到一年的时间，魏忠贤的生祠几乎遍布天下。不仅如此，各个生祠之间还争奇斗巧。所供奉的肖像，大多用沉香雕成，五官四肢就像活人一样；甚至肚子里的肺腑都用金玉珠宝添成；髻上还留着一个小洞，可以随时插上四季的香花。
听说有一个生祠中的雕像，头做得有点大，戴不上帽子。工匠一时心急，就把头削得小了点。一个太监竟抱着那头大哭起来，并严责工匠，罚他长跪三天三夜，才算了事。每间生祠落成，地方官员无不上疏奏报，并赞称魏公公尧天舜德，至圣至神。督饷尚书黄运泰迎魏忠贤雕像的时候，甚至五拜五叩首，称他为九千岁。只有蓟州道胡士容不愿筑祠，魏忠贤得知后，矫旨将他查办。遵化道耿如杞入祠不拜，也被逮捕，经许显纯严刑拷打，九死一生。