万燝被杖责之后，当场昏厥。苏醒过来后，又经一帮走狗任意踢踏，哪里还能保得住性命？阉党将他拖出，由家人带回寓所，没过几天便去世了。魏忠贤再次假传圣旨，命太监捉拿御史林汝翥，按照万燝的例子惩治。这林御史是叶向高的外甥，曾经在巡视都城的时候，看见两个太监抢夺百姓财物，互相斗殴，当即斥责他们闹事，并鞭笞一番结案。这两个太监回去之后告诉了魏忠贤，魏忠贤正想示威，索性将林汝翥一并捉拿。林汝翥得知消息后，担心会重蹈万燝的覆辙，就逃到了城外。太监们无处拘拿，还以为他逃到了叶向高的府里，竟然一哄而入，谩骂索要。叶向高气愤至极，立即上疏说：“国家两百年来，从来没有太监嚣张到如此地步，竟敢围攻内阁大臣的府第。臣遭此凌辱，再不辞官，还有何面目见士大夫？”熹宗总算是好言挽留，并撤回了太监。林汝翥赶到遵化军门，表示宁愿到大殿受杖，也不愿意受阉党的私刑，得到准许后，林汝翥来到宫门，被杖责百下，不过吃了几天的痛楚，还不至于损伤性命。叶向高目睹时弊，心灰意冷，呈上二十多封奏折，全部都是告老还乡的，熹宗就命人将他送回去。叶向高两次担任宰相，秉性忠厚，颇好扶植善类，被清流正士所倚赖。只是袒护门生王化贞以至于贻误边疆一事，是他平生最大的缺憾。三年后，叶向高病死在家中，崇祯初年才追封他为太师，赐谥号文忠。
叶向高离开后，韩爌升为首辅，屡次与魏广微等人发生口角。韩爌于是上疏辞官，圣旨反而责备他专横，将他罢官。韩爌与叶向高向来被东林党人所推崇，二人相继离开后，只有吏部尚书赵南星算是领袖。魏忠贤向来仰慕赵南星的大名，曾经派外甥傅应星前去拜访，遭到拒绝。内阁大臣魏广微本来是赵南星的故友，二人一直有往来。魏广微谄附魏忠贤之后，赵南星就和他断绝了联系。此后，魏广微曾三次拜访赵南星，都被拒之门外。魏广微于是怀恨在心，就和魏忠贤一起设法排挤赵南星。赵南星在朝中的时候，将高攀龙、杨涟、左光斗、魏大中等人引为知己，希望能与他们共同辅佐朝政。可惜魏忠贤在内，魏广微在外，都想着霍乱朝纲，倾绝正士，渐渐地君子道消，小人道长。况且明朝气数将尽，出了一个昏庸绝顶的熹宗，只喜欢小人，不喜欢君子。任凭你如何正直，统统没用，只能遭来小人侧目，贻祸自身。
明朝故例，巡按御史回朝的时候，必须经过都御史考核，称职之后才能复任。御史崔呈秀贪赃枉法，回朝复命。凑巧高攀龙是左都御史，他秉公暗查，得知他贪污受贿的事情，马上检举揭发。赵南星又递上奏折说应该让崔呈秀戍边，朝廷将他革职。崔呈秀非常害怕，急忙带着金银财宝夜访魏忠贤，叩过头，献上宝贝之后，便要认魏忠贤做干爹。魏忠贤自然欢喜，居然高堂上座，受了他的三叩九拜。崔呈秀趁此机会，一再说赵南星、高攀龙等人故意找碴儿，这类人不除掉的话，自己定会死无葬身之地。魏忠贤听一句，点一下头，说道：“老子还在，不怕他不落到我的手里，你不要担心了！”崔呈秀拜谢而去。
正巧山西巡抚有个空缺，赵南星举荐大常寺卿谢应祥前去。偏偏御史陈九畴上疏说：“谢应祥曾经担任嘉善知县，与魏大中有师生之谊，魏大中托人为他找到这个空缺，徇私枉法，应当斥责。”魏忠贤看到奏折后，就假传圣旨降魏大中的官职，并将陈九畴一并论罪，去官三级，还责怪赵南星等人朋党谋私。赵南星马上辞官，圣旨批准，立即将他免官。推选吏部尚书的时候，侍郎于廷推荐乔允升、冯应吾、汪应蛟等人，杨涟没有干预。魏忠贤假传圣旨责怪杨涟大不敬，并说乔允升是赵南星的私党，左光斗与杨涟朋比为奸，都应该削官，另升徐兆魁为吏部侍郎，乔应甲为副都御史，王绍徽为佥都御史。徐兆魁等三人都曾经被赵南星摒弃，于是转而依附魏忠贤。朝廷大权，尽归魏阉掌握了。
魏忠贤和崔呈秀相见恨晚，将他倚为心腹，整天与他谋划。内阁大臣顾秉谦、魏广微等人，编造了一本《缙绅便览》，将叶向高、韩爌、赵南星、高攀龙、杨涟、左光斗等人统统称为邪党，并称赞黄克缵、王永光、徐大化、贾继春、霍维华等是正人君子，私下呈给魏忠贤，让他作为升降百官的蓝本。崔呈秀又呈上了《同志录》、《天鉴录》两本书，《同志录》写的都是东林党，《天鉴录》都不是东林党。最可笑的是佥都御史王绍徽，他编了一部《点将录》，无论是东林党还是非东林党，只要与他不和的人，统统将其列入东林党中。《点将录》中共提到一百零八人，每个人的名下，都加上了梁山泊群盗的绰号：比如将叶向高比作宋公明，就叫他“及时雨”。此外称缪昌期为“智多星”，文震孟为“圣手书生”，杨涟为“大刀”，惠世扬为“霹雳火”，郑鄤为“白面郎君”，顾大章为“神机军师”。也按着天罡地煞分类编列。天罡星部三十六，地煞星部七十二，用洛阳佳纸，蝇头小楷，写得明明白白。魏忠贤识字不多，正苦于记不住东林党人的姓名，这梁山好汉的名字他可是从小就知道，现在有了《点将录》，正好两两相对，容易记住。于是异常欢喜，将它视作圣书。还让心腹各抄一本，带在袖子里。每次读大臣章奏的时候，先看一次《点将录》，和录中名字相符的，就贴上纸条送到魏忠贤那里。魏忠贤撕掉纸条，奏请皇上惩处。
《天鉴录》里面都是魏忠贤的门下，崔呈秀、田吉、吴淳夫、李夔龙、倪文焕主要负责谋划，被当时的人称为“五虎”。田尔耕、许显纯、孙云鹤、杨寰、崔应元主要负责杀戮，被当时的人称为“五彪”。还有尚书周应秋、大仆寺少卿曹钦程等人都投入阉门之下，被人称为“十狗”。此外还有“十孩儿”、“四十孙”的名号，其中最有势力的要算崔呈秀。崔呈秀自从复官之后，不到两年时间，就升为兵部尚书，兼左都御史，势倾朝野。因此，之前的客、魏并称，变成了崔、魏并称。
神宗末年，朝局水火不容，党派纷争不断。其中有宣昆党、齐党、楚党、浙党等名目。四党联成一气，视东林党为仇敌。叶向高、赵南星、高攀龙等人入掌朝纲后，四党的气焰才渐渐衰落下来。歙县人汪文言计破他党，叶向高见他与自己志同道合，就将他引为内阁中书。韩爌、赵南星、左光斗、魏大中等人也都和他往来甚密。桐城人阮大铖与左光斗是同乡，左光斗准备将他举荐为吏科给事中。赵南星、高攀龙等人认为阮大铖轻狂，不足以胜任，于是另用魏大中为吏科给事。阮大铖从此与左光斗、魏大中有了过节，暗中托人参劾汪文言，说他与左光斗、魏大中朋比为奸。朝廷将汪文言下狱。幸好镇抚司刘侨只将汪文言廷杖除名，而没有牵扯左光斗、魏大中。魏忠贤痛恨东林党人，正想找个借口惩治他们，偏偏刘侨看不出来。魏忠贤因此将他削籍除名，改用许显纯继任。汪文言再次下狱，由许显纯审讯。许显纯是魏忠贤门下有名的走狗，得了这个差使，自然极力承办，尽情渲染，随即牵连到赵南星、杨涟、左光斗等二十多个人，之前的巡抚凤阳都御史李三才也被包含在内。李三才倒也能见机行事，屡次请求辞官。十五次递上奏折，皇上不许，他竟然挂冠而去。王绍徽的《点将录》中，也将他列入，绰号“托塔天王”，没有排到梁山好汉里面。熹宗闲暇的时候，看魏忠贤呈上来的《点将录》，看到“托塔天王”四个字时，懵然不解。魏忠贤解释说：“古时候有托塔李天王，能随心所欲地移塔，李三才善于蛊惑人心，能使人人归附，道理和移塔差不多。”熹宗微笑着没有说话。这次李三才被牵扯到案子里，魏忠贤就诬陷他招权纳贿，目无法纪。可这贿赂从何处得来呢？想了又想，就把移宫案加在这几个人身上。大理寺丞徐大化到魏忠贤那里献策：“李选侍移宫，皇上也是赞成的，哪有什么赃物？不如说他收受杨镐、熊廷弼等人的贿赂。而且封疆的事关系重大，就是把他们都杀了，后人也不能质疑。”魏忠贤大喜，马上吩咐徐大化照计上奏，然后命许显纯照奏审问。许显纯动用酷刑，汪文言始终不肯承认，到最后实在受不了，才看着许显纯说：“我嘴里说的总是和你心里想的不一样，你想怎么样，我依你就是了。”许显纯这才下令停刑，汪文言忍痛从地上站起来，扑到桌案前厉声说：“冤枉啊！杨、左等人坦白无私，怎么可能贪赃受贿？我宁肯死也不能诬陷好人。”说完，扑倒在地。许显纯料定他不肯招供，就自己拿起纸笔，捏造汪文言的供状。汪文言又睁开眼睛道：“你不要乱写！他日我要与你对质的。”许显纯被他这么一说，倒也不好下笔了，只好命令狱卒将他拖回去。
当晚，汪文言就被打死，伪造的供词呈了进去。杨涟、左光斗二人各栽赃两万，魏大中栽赃三千，御史袁化中栽赃六千，太仆少卿周朝瑞栽赃一万，陕西副使顾大章栽赃四万。魏忠贤得到伪证之后，马上派人逮捕六人下狱，全部任由许显纯肆意拷打。六人血肉模糊，却没有一个人肯承认。左光斗在狱中私下对他们说：“他想杀我们，不外乎两种办法：我们不肯诬供，一直把我们打死；或者半夜让狱卒将我们偷偷害死，然后以病死相报。照我想来，同是一死，不如暂且诬供，等移交法司定罪的时候，再将事情说出来，或许可以重见天日。”其他人也都点头，等到再次审讯时，便一同承认了。哪知魏忠贤阴险得很，并不把案子移交法司，只是命许显纯追赃。左光斗几个人后悔自己失算，已经来不及了。
过了几天，杨涟、左光斗、魏大中都被狱卒害死。左光斗、魏大中死后均体无完肤，杨涟死得最惨，耳朵里被穿了无数铁钉。狱率只用血衣裹着他们扔到棺材里。一个月后，袁化中、周朝瑞也被害死，只有顾大章还没有死。魏忠贤认为所有的人都已经死了，就将顾大章移交给镇抚司定罪。顾大章料定自己不能再生，就将弟弟顾大韶召到狱中，和他诀别。顾大韶哭着出去之后，顾大章悬梁自尽。当时的人称杨涟、左光斗等人为“六君子”。
六人死后，魏忠贤仍催促抚按追赃。左光斗的兄长左光霁自尽身亡，左光斗的母亲在痛哭中逝世。魏大中的长子魏学洢得知父亲在狱中毙命的消息，悲痛欲绝，强打精神将棺材拉到故乡埋葬，日夜痛哭，滴水不进，最终命丧黄泉。赵南星、李三才一同坐罪削官，并被追赃。没过多久，赵南星被远戍，后来病死在戍所。吏部尚书崔景荣于心不忍，六君子尚在的时候，曾请魏广微上谏阻拦。魏广微也算天良未泯，竟然听了崔景荣的话，上了一道解救的奏章。魏忠贤得知后大怒，将他召入府中，当面呵斥。魏广微汗流浃背，连忙拿出崔景荣的书信，表明心迹，魏忠贤仍然谩骂不止。魏广微离开后，递上辞官的奏折，不久便与崔景荣一起被罢免。阁臣中如朱国桢、朱延禧等人，虽然没有反对魏忠贤，但也不肯极力趋奉，于是被相继罢免。魏忠贤又引用周如磐、丁绍轼、黄立极为礼部尚书，冯铨为礼部侍郎，入阁办事。丁绍轼和冯铨都与熊廷弼有过节，就以杨、左等人贪赃坐罪，不杀熊廷弼不足以服众为名，将熊廷弼斩首弃市，并将首级传示边境。可怜一员朝廷良将，竟然因为触怒了太监，死得不明不白。