李选侍因为之前的计策没有成功，非常气愤，定要霸占乾清宫，与皇长子住在一起。朝中大臣都说不妥，御史左光斗更是愤然上疏。这奏折递上去之后，李选侍气得柳眉倒竖，花容失色，她马上和李进忠商量，想借着商议事情的名义，邀皇长子来乾清宫。李进忠奉命前往，刚出宫门，就与杨涟碰上。杨涟问李选侍什么时候移宫，李进忠摇着手说：“李娘娘正在发怒，让我邀请殿下前来商议，还想严厉查办左御史。”杨涟故作惊奇地说：“错了！错了！幸好遇到我。皇长子今非昔比，李娘娘如果真能移宫，他日自会有封号。你想皇长子的年龄也不小了，岂能没有一点想法？你去转告李娘娘，凡事应该三思而后行，免得到时候后悔。”李进忠默默退下。
登基的日期越来越近，还是没有李选侍移宫的消息，一直到登基的前一天，李选侍还是安居如故。杨涟忍耐不住，只好一边挺身上疏，一边催促方从哲，让他速请李选侍移宫。方从哲徐徐说道：“稍微缓几天也没什么关系。”杨涟急忙说：“天子不应该再返回东宫，李选侍今天不移，以后就没有移居的日子了，这种事情怎么能缓？”刘一燝、韩爌当时也在一旁，二人对方从哲说：“明天就是登基的日子，选侍理应移宫，我们不如一起去请旨吧。”方从哲不得已，只好跟着百官来到慈庆宫门。当时就有内侍出来传旨，方从哲问明原因后说：“难道不念先帝的旧宠了吗？”杨涟跟在后面，听到他的话急忙上前厉声说：“国家大事怎么敢徇私？你们要是再敢来多嘴，看看怎么处置！”杨涟本来就声如洪钟，再加上焦躁已久，更是激动，声音响彻宫中。皇长子让太监传旨，说已经请李选侍移宫了，各位大臣少安毋躁。大臣们听了这话，于是站在那里等着。一会儿看见司礼监王安匆匆跑了出来，对大臣说：“选侍娘娘已经移居到仁寿殿了，改天再迁徙到哕鸾宫。现奉殿下特旨，收押李进忠、田诏、刘朝等人，他们私盗宝藏，特此究办。”刘一燝等人面露喜色，先后退下。
过了一天，皇长子由校继承皇帝位，历史上称为熹宗。熹宗大赦天下，当下决定改元天启。只是神宗在七月驾崩，光宗在九月十五驾崩，光宗在九月的时候曾下旨将下一年改为泰昌元年，现在又要改元，难免混乱。于是有人建议削去泰昌不要记载；有人建议去掉万历四十八年，以本年为泰昌元年；还有人建议以下一年为泰昌元年，再下一年为天启元年，大家争议不决。最后御史左光斗建议将本年八月以前称为万历，八月以后称为泰昌，下一年称为天启，如此最为合情合理。大家也都拍手赞成，熹宗随即听从。朝贺礼之后，一直没什么变故，过了几天，御史贾继春忽然给内阁大臣递上奏折。奏折中建议内阁大臣应该念及先皇旧宠，对李选侍加以优待。
方从哲等人接到这种奏折，又觉得左右为难。左光斗知道这件事情后，就去见内阁大臣，说道：“这有什么难的？皇上还是住到乾清宫，李选侍也自当移宫。只是移宫以后，不要再生枝节了。现在李进忠、田诏等人既然已经犯法，就应该惩治他们，此外一概从宽，也算是仁孝两全了。”方从哲等人模棱两可，左光斗就将自己的意见写到奏折中。哪知圣旨下来，竟然痛斥李选侍的罪状，其中有：“朕年幼时，李选侍欺凌朕的母亲，致使她去世，使朕抱憾终身。父皇病重时，李选侍又威胁朕，传封她为皇后……”
方从哲等人读完圣旨，惊愕了半天。这才由方从哲主张，封还原旨，并且上疏说，陛下应该奉养先帝遗爱等等。熹宗不听，竟然将原旨颁告天下。后来熹宗下旨将神宗皇帝、皇后葬于定陵，追谥郭氏为孝元皇后，尊生母王氏为孝和皇太后。后来又将光宗皇帝、皇后葬于庆陵，忙得团团转。这时候，李选侍已经移居到哕鸾宫，不料宫内失火。幸亏里面有宫侍，外面有卫兵，这才从火光熊熊中救出选侍母女。这火是夜里着的，仓促得很，其他的东西来不及抢救，全部被烧成灰烬。太监们担心会被赶出去，于是谣言四起，有的说李选侍母女俩都已经被烧死；有的说没有着火以前，李选侍就悬梁自尽了，她的女儿也已经投井。熹宗有所耳闻，急忙颁下圣旨，大意说：“李选侍和皇妹均安然无恙。”贾继春给内阁写信，其中竟有“皇八妹入井谁怜，未亡人雉经莫诉”等话。给事中周朝瑞说贾继春造谣生事，贾继春不肯相让，双方打起笔墨官司来。杨涟担心这样下去，会动摇朝政，就将移宫案的始末洋洋洒洒写了下来。熹宗看过之后，下旨褒奖，又特意诏谕群臣，仍然陈述李选侍的恶行，接着又将贾继春放归田里，永不录用。移宫案才算了结。
李可灼呈入红丸一案，在光宗初崩时，方从哲曾赏给李可灼五十两白银。大臣们都有疑惑，说李可灼误诊没有受到惩罚也就算了，为什么还要给赏。于是御史王安舜首先上疏争论。奏折中只说李可灼误诊，即便提到推荐他的人，也没有指名道姓。方从哲就判削去李可灼一年的俸禄。熹宗即位后，御史郑宗周参劾崔文升的罪状，方从哲拟旨命司礼监查处。于是御史冯三元、焦源溥、郭如楚，给事中魏应嘉，太常卿曹珖等人轮流参劾崔文升、李可灼的罪状，并说：“方从哲徇私枉法，国法何在？”给事中惠世扬竟然列出方从哲的十大罪状，其中有三条是杀头大罪。方从哲到了此时，还有什么脸面在朝廷执政？当即上疏请辞，直到第六次递上去，熹宗才任他为中极殿大学士，赏了银币、蟒衣，允许他辞官。方从哲辞官之后，崔、李二人始终没有获罪。没过多久，礼部尚书孙慎行追劾李可灼进献红丸的事情，并说方从哲是弑逆大罪。
这奏折递上去之后，朝旨令大臣们前来商议。大臣到了一百一十多人，大多数认为原奏说得对，都想加罪给方从哲。只有刑部尚书黄克缵，御史王志道、徐景濂，给事中汪庆等人维护方从哲，方从哲也上疏辩驳。熹宗命内阁大臣再次商议。大学士韩爌、吏部尚书张问达、户部尚书汪应蛟等人详细写了红丸案的始末。大意说：“李可灼自己申请进药，由先帝召问，命他速速进上，非但方从哲不能制止，就是臣等也无法制止。方从哲坐罪，臣等也应该连坐。只是方从哲一开始赏赐李可灼，后来又罚了他的俸禄，论罪太轻，实在是无以安慰先帝。应该将方从哲削官。至于李可灼的罪还不至于杀头，崔文升先进大黄凉药，罪情比李可灼要重，应该加以重罚，以泄公愤！”熹宗就命李可灼戍边，崔文升流放南京，没有加罪方从哲。孙慎行见公论难伸，只好辞官回乡。