内官韩本用等人拿住莽汉之后，将他绑到东华门，由指挥朱雄收监。过了一晚，皇太子将事情上报，朝廷命巡城御史刘廷元秉公审讯。刘廷元提出当场审问罪犯。那罪犯自称是蓟州人，姓张名差。除了这两句之外，说话颠三倒四，无从查究。刘廷元看他疯疯癫癫，就再三诱供。他却总是信口乱说，什么吃斋，什么讨封，以至于问了好几个时辰，都没得到什么有用的线索，惹得刘廷元厌烦起来，当即退了堂，奏请派人另审。
朝廷又派刑部郎中胡士相、岳骏声等人复审，张差似乎清醒了一点，供称：“李自强、李万仓等人烧了我的柴草，我气愤难忍，就想到官府告状。四月份我来到京城，从东门走进来，找不到路，就改往西走，遇见两个男子，他们给了我一根枣木棍，说拿着这个可以申冤。我一时疯迷，闯入宫中，打伤守门卫兵，走到前殿的时候就被抓住了。”这话说得模模糊糊，胡士相等人不得要领，难下断词，仍只好照着刘廷元之前的奏折复旨。
当时叶向高因病告退，改用方从哲、吴道南为内阁大臣。二人资历尚浅，威望不高，不敢多说什么，就和刑部商议，准备依照宫里以前的例子，将他斩首。这奏折还没递上去，提牢主事王之寀却有新的线索上报。原来王之寀到狱中发放饭菜的时候，私下里问张差到慈庆官闹事的缘由。张差起初不肯承认，后来又说不敢说。王之寀让左右退下，然后细细盘问。张差这才说：“我的小名叫张五儿。父亲名叫张义，已经病故。最近马三舅、李外父叫我按照一个不知姓名的老公公的吩咐行事，并约好事成之后给我田地。我就跟着他们来到北京，走到一座大宅子。然后一个老公公来了，他请我吃饭，还嘱咐我说，你先冲进去，撞着一个杀一个，杀人也不碍事，我们定会救你。吃完饭后，他就带着我从厚载门进到慈庆宫。守卫阻拦，被我击伤。后来因为老公公太多，我就被抓住了。”王之寀知道“老公公”三个字是太监的通称，要查也无从查起，于是问起马三舅、李外父的名字以及大宅的住处。张差却又开始答非所问、装疯卖傻。王之寀将狱录词写出交给主审官，侍郎张达得知后就说：“张差既没有疯也不是狂，他有谋略有胆识。因为担心受到刑罚而不肯招，欲言又止。请皇上亲自审讯，或者派三司会审，一切自然水落石出。”户部郎中陆大受以及御史过庭训接连上疏请求速断，神宗都没有回应。
过庭训就给蓟州发去檄文，让当地官员搜集证据。后来，知州戚延龄上报：“郑贵妃派太监到蓟州建造佛寺，太监烧制陶瓷需要柴薪。当地人于是都想去卖柴薪赚点小钱。张差把自己的地卖了，换成柴薪，想从中牟利。不料被当地人嫉妒，一把火把他的柴全都烧掉了。张差到太监那里诉冤，反而被太监指责。想到自己破产，竟然开始发疯，就想上京来告御状，这便是张差到京城的缘由。”大臣们看了这信，都说张差确实是疯子，可以结案了。只有员外郎陆梦龙认为这件事关系重大，不应该模糊结案，于是又让十三司会审，然而张差的供词还是没有变。陆梦龙于是亲自去劝诱，给了张差纸笔，让他画出入宫的路径，以及遇到的人的姓名。还说可以替他脱罪，偿还烧毁了的柴薪。张差信以为真，喜出望外，马上写道：“马三舅名叫马三道，李外父名叫李守才，都住在蓟州井儿峪。前面说的不知道姓名的老公公，其实是修筑铁瓦殿的庞保，不知道街道的宅子，其实是朝外刘成的大宅。三舅、外父常常到庞保那里送灰，庞保、刘成两个人在玉皇殿前面商量，让三舅、外父逼迫我打到宫里。如果能打到小爷，吃也有了，穿也有了。姐夫孔道也这么说。”说完之后，拿笔画出路径，然后呈上。陆梦龙看完之后，高兴极了，安慰张差几句，就给蓟州发去檄文，押解马三道等人上路，接着还请法司提庞保、刘成对质。庞保、刘成都是郑贵妃的内侍，这次由张差供出，就算郑贵妃巧舌如簧，也洗不清这层连带关系。给事中何士晋递上奏折，直攻郑国泰，并涉及郑贵妃。
神宗看到奏折后，不禁为难起来，马上来到郑贵妃宫中。郑贵妃迎驾的时候，见皇帝怒容满面，心里忐忑不安。神宗从袖子里取出一封信，扔给贵妃叫她看。郑贵妃不看也就罢了，看了几行就急得花容失色，泪珠扑簌簌地往下流，然后在驾前跪下，边哭边说。神宗感叹道：“大臣的意思，朕也不便替你解免，你自己去求太子好了。”说完，径直离开。郑贵妃连忙到慈庆宫去见太子，向他哭诉，然后表明心迹，甚至屈膝拜倒。太子慌忙答礼，答应为她调解。郑贵妃这才起身还宫。太子奏请神宗不要株连。于是神宗亲自带着太子、皇孙等人来到慈宁宫，召阁臣方从哲、吴道南及文武大臣入内，大臣们黑压压地跪了一地。神宗说：“朕自从母后逝世以来，悲痛无比。今年春天以后，腿和膝盖都没什么力气。每逢初一、十五，必定会亲自到慈宁宫，到圣母的座前参拜，不敢有丝毫懈怠。最近忽然有个叫张差的疯子，闯入东宫伤人，外面于是有了很多流言。你们谁没有父子，如此这般是想离间朕和皇子吗？”说到这里，又拉着太子的手说，“太子非常孝顺，朕也非常爱惜他。”太子说：“张差疯疯癫癫的，将他正法就可以了，何必要株连其他人呢？大臣本都怀疑我们父子，你们可以无君，但本宫不能无父。况且我们父子之间相亲相爱，你们是什么居心，一定要让我成为不孝子吗？”神宗等太子说完，又对群臣说道：“太子的话，你们听到了吗？”群臣齐声领命，接着叩谢而出。隔了几天，罪案已经定下来，张差处死，马三道等人流放，李自强、李万仓不过打了几棍了事。后来又将庞保、刘成杖死在后宫。王之寀被徐绍吉等人参劾，削职为民。神宗久居深宫已经二十五年，这次总算是朝见了一次百官。
过了一年，即万历四十四年，清太祖努尔哈赤在满洲崛起，建元天命。后来大明国的国土被努尔哈赤的子孙唾手夺去，这也是明朝史上的关键一笔。相传努尔哈赤的远祖是金国的后人。金国被蒙古灭亡后，遗族逃到东北，在长白山下住了下来。清朝的史官为了颂扬圣明，说爱新觉罗氏的祖先是仙女吃了鲜果之后诞生的，后来他用柳条编成一个筏，乘筏渡河，来到一个村子。村子里的人看见他漂到此处，非常惊异，就将他奉为主子。恰巧村子里有一个老人喜欢他俊伟的模样，就以爱女相配，此后他便安心居在那里。村民们连接成一个堡寨，称为鄂多哩城。从此子孙代代相传，一直传到孟特穆才移住到了赫图阿喇。孟特穆的第四代孙子，名叫福满。福满有六个儿子，第四个儿子觉昌安生了好几个儿子，其中第四个儿子塔克世是努尔哈赤的父亲。努尔哈赤仪表非凡，勇略盖世。那时，明总兵李成梁镇守辽东，与图伦城的尼堪外兰合兵攻打古埒城。古埒城的主子阿太章京的妻室是努尔哈赤的堂姐。觉昌安担心孙女的安危，就带着塔克世率兵支援，结果死于乱军之中。
努尔哈赤那时二十五岁，听说祖父被害，大哭一场，发誓要报这血海深仇，于是拣了别人遗弃的十五副铠甲，去攻打尼堪外兰。尼堪外兰屡战屡败，一直逃到明朝边境。努尔哈赤写信给明朝的官员，请求归还祖父的棺椁，并将尼堪外兰拿问。那时候，神宗刚刚继承大统，不想动兵，就归还了他祖父的棺椁，并封努尔哈赤为建州卫都督，加龙虎将军的职衔。努尔哈赤北面受封之后，因为尼堪外兰还没有交到，仍然派人前去索要。边境的官吏索性拿住尼堪外兰交给他。他斩杀了仇人，才与明朝通好，每年供上些物品，然后招兵买马，拓展版图。
那时，辽东海滨共分为四个部分。一个叫做满洲部，努尔哈赤就是在这里兴起；一个叫做长白山部；一个叫做东海部；一个叫做扈伦部。扈伦部又分为四个部落：第一个是叶赫，接着是哈达，然后是辉发，最后是乌拉。其中以叶赫最为强盛，明朝随时牵制着叶赫，倚靠它作为屏蔽，称为海西卫。叶赫主听说努尔哈赤在满洲崛起，料定他有大志，就想早点斩草除根。于是纠集哈达、辉发、乌拉三部，以及长白山下的珠舍哩、讷殷二部，还联络了蒙古的科尔沁、锡伯、卦勒察三部，一共三万多人，去攻打满洲。哪知努尔哈赤厉害得很，一场战争下来，叶赫反倒被他杀得七零八落，大败而归。辽东海滨各部落陆续降顺了努尔哈赤，只有叶赫因为有大明朝廷撑腰，始终不肯顺服。明朝屡次发兵帮助叶赫，还派人去责备努尔哈赤。努尔哈赤心里非常不平，就背叛明朝，自己做起了满洲皇帝，筑殿立庙，创设八旗制度，并且不再使用万历的年号，独称天命元年。过了两年，努尔哈赤竟然决定攻打明朝，他写了七大恨事祭祀天地，然后集合两万兵马，直攻抚顺。降将李永芳把前来支援抚顺的将领张承荫、颇廷相、蒲世芳等人打败，辽东大震。
这时候大学士方从哲保荐了一个人才，说此人熟悉边情，可以担当保卫辽东的大任。他就是之前征讨过朝鲜，瞒败为胜的杨镐。神宗起用杨镐为兵部尚书，赐了他上方宝剑，命他担任辽东经略。杨镐到达辽东之后，满洲兵已经攻克清河堡，守将邹储贤、张旆战死，副将陈大道、高铉逃回。杨镐请出上方宝剑，将两名逃将斩首示众，接着传檄四处，号令远近将士赶紧支援辽东，自己却按兵不动。
第二年开春的时候，蚩尤旗出现在天空，光芒闪闪。朝中的人料到会有兵祸。偏偏大学士方从哲与兵部尚书黄嘉言等人，屡次催促杨镐进兵。杨镐不得已，只好统兵出塞，幸好召集到许多兵马，叶赫、朝鲜也各派来两万人。当下分兵四路，分头前进。
中路分为左右两翼：左翼兵由山海关总兵杜松统领，从浑河前往抚顺关；右翼兵由辽东总兵李如柏统领，从清河前往雅鹘关。开原总兵马林与叶赫兵会师，从开原前往三岔口，称为左翼北路军；辽阳总兵刘綎与朝鲜兵会师，从辽阳前往宽甸口，称为右翼南路军。四路兵总共有二十多万，杨镐却虚张声势，号称有四十七万。四路兵相约进攻赫图阿拉城。努尔哈赤倾国而来，凑足十万雄师，准备抵挡明军。杨镐徐徐东进，每天都要派出四名探子，探听各路消息。忽然有人来报，说杜总兵在吉林崖下，中了满洲兵的埋伏，中箭身亡，全军覆没了。杨镐大惊失色地说：“有这种事情？”没过多久，又有消息传来，说马总兵到三岔口的时候，被满洲兵攻打，大败而归，佥事潘宗颜阵亡。杨镐更加惶惧，坐立不安，暗想两路败亡，其他两路也靠不住，不如退兵。于是发去檄文阻止刘、李两军。哪知李如柏最没用，刚到虎拦关，听到山上有吹角声，以为是满洲兵杀来，还没接到檄文，就先逃了回来。只有刘大刀刘綎，深入三百里，连破三寨，直逼栋鄂。谁知满洲人代善改穿汉装，混到杜松的军队里，捣乱刘綎的大军。刘綎不知道杜军已经全军覆没，中了代善的诡计，一时措手不及，竟然死在敌人手中。叶赫兵伤亡一大半，朝鲜兵大多投降满洲。马林逃回开原，满洲兵杀到，马林出城战死。杨镐走投无路，只好没命似的跑回山海关。