神宗踱入慈宁宫，巧遇一个宫娥。那宫娥上前请安，神宗叫她起来，她徐徐起身，侍立在一旁。神宗见她面容姣好，举止从容，不禁怜爱起来。随即返回到慈宁宫里坐下，那宫娥也缓缓跟在后面。神宗问她太后去了哪里，接着又问起她的姓氏，宫娥回答说姓王。神宗仔细端详了半天，见她应对大方，丰神绰约，更觉得雅致宜人。沉思了半天，对她说道：“你去取点水来，朕要洗手！”王宫人将水呈进神宗，神宗见她双手纤柔，肤质洁白，越生爱慕之情，正想把她拉过来，猛然想起有贴身太监在一边，便让他回避出去。王宫人见太监回避，料到皇帝有别的意思，但也不便抽身，只好服侍他洗手，并呈上手巾。神宗拭干了手，就对王氏笑着说：“你为朕递上手巾，朕也不会辜负你。”王宫人听了这话，不由得红云上脸。神宗见了，禁不住心猿意马，竟然学起楚襄王，将她按倒在**，做了一回高唐好梦。王宫人半推半就，等到云散雨收，已经是珠胎暗结。
幸好这期间李太后一直没有回宫。神宗担心李太后怪罪，匆匆整理好衣襟，就抽身离开了。第二天，神宗命随从太监赐给王宫人一副首饰，并嘱咐内侍谨守秘密，谁知那文房太监已经将临幸王宫人的事情记录下来。此后，神宗自觉心虚，没有再去临幸。虽然早晚请安，免不得出入慈宁宫，遇到王宫人，也不敢正眼相看。王宫人怨恨皇帝薄情，但也只能藏在心中。转眼几个月过去了，王宫人腰围渐渐宽大，茶饭不思。李太后看了，觉得事情蹊跷，但一时也不便明说，只好暗中察探神宗的去向。
这时候的六宫中有个郑妃，生得闭月羞花。神宗很是宠爱，册封她为贵妃，平时常在她的宫中留宿。非但妃嫔中没人能比过她，就是正宫王皇后也不能和她相比。李太后调查了好多天，不见有什么可疑的情迹。王宫人的肚子却一天比一天大，步履维艰，很明显是身怀六甲，便将她召来密问。王宫人伏在地上呜咽起来，说起被临幸的事情。好在李太后严待皇帝，厚待宫人，非但没有责怪王氏，还让她好生调养。而后又命文房太监呈上皇帝起居的簿录，果然上面清清楚楚地记载着临幸的日期，和王宫人说的丝毫无误。李太后立即命宫人摆酒设宴，邀请陈太后入座，并召来神宗侍宴。席间谈到王皇后没有儿子，陈太后不免叹息。李太后说道：“皇儿也太不长进了，我宫内的王氏被召幸，现在已经有孕在身了。”神宗听了这话，面红耳赤，嘴里却还要抵赖，说没有这种事情。李太后说：“何必隐瞒呢！”接着把起居簿录递给神宗，并说，“你看明白点儿。”神宗这时候，无话可说，只好离座谢罪。李太后道：“你既然召幸了她，就应该向我说明白，我也不会为难你。如今，我已经查得明明白白，你却还要抵赖，真是不孝，下次不要再这样了！”神宗连连点头，陈太后也从旁劝解。李太后又说：“我与仁圣太后都已经老了，彼此都想有个孙子。如今王氏有了身孕，如果能生一个男孩的话，也是宗室社稷的幸事。古人云：‘母以子贵’，有什么贵贱可分呢？”陈太后非常赞成。宴饮完毕，陈太后回到慈庆宫，神宗也谢宴出来，立即册封王宫人为恭妃。接着，王宫人拜谢两宫太后，移居到其他宫里。后来恭妃怀孕满期，临盆分娩，果然生下一个麟儿，就是皇长子常洛。常洛后来继位为光宗皇帝。过了三天，神宗临朝受贺，大赦天下，并加上两宫太后的徽号。陈太后加了“康静”两字，李太后加了“明肃”两字。
皇长子降生的时候，大学士张居正忽然患病，卧床数月，还是没有痊愈。百官都替他祈祷。神宗命张四维等人掌管内阁中的事务，但遇着大事，仍然要到张居正的家里请示。张居正一开始还能带病办公，后来病势越来越重，渐渐不能支撑，以至于桌案上的奏折堆得很高。张居正一病就是半年，累得骨瘦如柴，奄奄一息。自知死期将至，就举荐之前的礼部尚书潘晟，以及吏部侍郎余有丁接替自己。神宗立刻准许，命潘晟兼武英殿大学士，余有丁兼文渊阁大学士。圣旨刚刚下达五天，言官就开始轮流参劾潘晟，神宗不得已只好将他罢官。没过多久，张居正病逝。神宗辍朝凭吊，派司礼太监护着张居正的棺椁，回乡殓葬。对张居正的家人赏赐丰厚。两宫太后都加赐金银，追谥号文忠。
铜山西崩，洛钟东应。张居正一死，宫内的冯保变得势单力孤，加上太后归政已久，也不愿问起朝政。宫里的太监蠢蠢欲动，想把冯保扳下台去。于是总找机会在神宗面前说冯保的坏话。神宗本来就对冯保很不满意，一经挑拨，马上猜疑起来。御史江东之又率先参劾冯保和锦衣同知徐爵狼狈为奸。神宗便将徐爵下狱，定了死罪。言官李植看出皇上的意思，就列出冯保的十二大罪状，统统是神宗平时敢怒不敢言的事情。此时，乾纲独断，没人省制。于是神宗就贬冯保为南京奉御，不准他逗留片刻，并令锦衣卫查抄家产，得来数万巨资。随后，江东之又参劾吏部尚书梁梦龙、工部尚书曾省吾、吏部侍郎王篆均为冯保的私党，应当斥退。于是几个人同时被免官。此外还牵扯了很多其他官员。
只有刑部尚书严清与冯保毫无往来，因此得到神宗的器重，将他调任为吏部尚书，接替了梁梦龙的遗缺。严清量能授职，把从前的弊端尽行革除。可惜天不假年，在任仅仅半年，就得病还乡，没过多久便病逝了。蓟镇总兵戚继光从前由张居正委任，每件事情都要和张居正商榷，这次也被调到广东。戚继光不免怏怏不乐，上任一年后，就告病回乡，三年后病逝。戚继光与兵部尚书谭纶、都督府佥事俞大猷都是当时的名将。谭纶死于万历五年，俞大猷死于万历八年，一个谥号襄敏，一个谥号武襄。戚继光在万历十一年回乡，万历十四年病逝，万历末年追加谥号武毅。戚继光著有《练兵实纪》、《纪效新书》两本书，所谈论的兵法，至今仍然脍炙人口，被兵家奉为秘传。
冯保得罪以后，新提拔起来的大臣又开始攻击张居正。神宗索性夺去他的太师官衔，并将谥号一并夺去。大学士张四维见众官对张居正积怨已深，就准备改弦易辙，以收服人心，因此上疏神宗请他召回吴中行、赵用贤、艾穆等人。神宗立即采纳，朝政为之一变。后来，张四维逝世，朝旨追封太师，赐谥号文毅。申时行晋升为首辅后，又引荐礼部尚书许国兼任东阁大学士。许国和申时行是好友，二人同心办事。可惜言路一开，台官竞相上言，彼此针锋相对。于是阁臣一帜，台官一帜，为了张居正的案子闹得不可开交。
这时潞王翊镠婚期将至，需要珠宝备办彩礼，可皇宫中却提供不出。太后召神宗前来，问他：“皇宫里难道连这些珠宝都凑办不齐吗？”神宗说：“近几年来，朝中大臣鲜廉寡耻，都把外地的贡品私自献给冯、张两家，所以天府的珠宝寥寥无几。”太后说：“冯保家已经查抄，想必可以入库了。”神宗说：“冯保阴险狡猾，早就将珍宝偷运到别处去了。名义上是查抄，其实所得有限。”太后感慨道：“冯保是个太监，可张居正身居首辅，居然也包藏祸心，真是人心难料！”神宗知道太后回心转意，马上命司礼监张诚等人南下荆州，去查抄张居正的家。张诚先给江陵守令写信，命他速速查封，不要让张家人逃匿。守令得信后，立即召集全班人马，围住张氏的府第。自己亲自到府上，把他全家人口悉数查清，之后，统统赶入一个房间，让衙役在室外守着。可怜张家的妇女竟然全部绝食，活活饿死了十几个人。张诚到达之后，更加凶横，翻箱倒柜也没找出什么巨宝，就是金银财宝也只有很少的一点。张诚愤怒地说：“十年的宰相就攒下这么点银子？一定是藏在别的地方了！”于是召来张居正的长子礼部主事张敬修，逼他献出。张敬修说只有这么多。张诚不信，竟然命人将张敬修的衣冠脱去，严刑拷打，并将张氏的亲族一一传讯。张敬修熬不住痛，寻了短见。亲戚朋友没有办法，只好各自倾尽家产，凑出一万两黄金，十万两白银交了上去，张诚这才罢手。大学士申时行得知情况后，与六卿大臣联名上疏，奏请从宽发落。刑部尚书潘季驯又奏称张居正的母亲年过八旬，朝不保夕，请皇上推恩，留下他母亲的性命。神宗这才特许留下空宅一所，田地十顷，赡养张居正的母亲；接着又削去张居正的官阶，夺回玺书诏命，将他的子孙一律贬斥。张居易曾做过都指挥，张嗣修曾任编修，现在全部革职远戍。一座巍巍然的师相门第，顿时烟消云散。