张居正手握大权之后，百官全都奉公守法，政体为之一清。两宫太后同心同德，凡遇张居正进谏，必定称呼他为先生，并说皇上如果有所违逆怠慢，可以到后宫陈明，立即替他指斥等等。于是张居正任劳任怨讲解经筵，即便是每个字的发音也要一一纠正。一天，神宗读《论语·乡党篇》，读到“色勃如也”这一句的时候，把“勃”字误读成“背”字。张居正就在一旁厉声喝道：“应该读成‘勃’字！”神宗吓了一跳，顿时面色如土。其他大臣也相顾失色，张居正却依然面带怒容。后来神宗见了张居正，非常敬畏。张居正除了讲解经书之外，还呈入几幅屏风。屏风上面画的是天下各省、州、县的疆域，所有官员的姓名都用标签贴在上面，供皇帝御览。一天，讲经完毕后，神宗问张居正：“建文帝逃出去之后，做了和尚，这事情是真的吗？”张居正说：“臣看国史里面没有记载这件事情，只听之前的老臣说，他身穿袈裟，云游四方，还在田州的寺壁上题诗，其中有‘流落江湖四十秋’七个字。或者真有此事，也未必可知。”神宗叹息了几声，又命张居正把那首诗呈上来。张居正说：“这是一首亡国遗诗，何足让皇上过目？皇上想看的话，应该看皇陵石碑，以及高皇帝御制的文集，想想祖宗创业的艰难。”神宗点头。第二天，张居正就将皇陵的碑文呈给皇上御览。神宗看完，就和张居正说：“朕把碑文读了好几遍，都感动得掉眼泪了。”张居正说：“祖宗当年艰难创业，才有了今天的江山。皇上只有效法祖宗，才能长保大业啊。”接着，又讲起太祖窘迫时的情况，以及即位以后勤俭节约的事情。神宗感慨道：“朕一定谨守祖宗大业，但也要先生辅导！”此后常常给张居正赏赐。其中最有名的是一枚银章，上面有“帝赉忠良”四个字。还有御书的匾额两方，一方是“永保天命”，一方是“弼予一人”。
张居正在内阁办事，此外只有吕调阳一人，难免会手忙脚乱，就引荐了礼部尚书张四维。张四维格外恭谨，对着张居正，都不敢自称同僚，平时也毫无建树。张四维入阁之后，礼部尚书的遗缺就给了万士和。万士和一开始做官的时候，就因触怒严嵩被贬官，这次入任尚书之后，张居正又忌恨他多嘴，干脆命给事中朱南雍参劾万士和，万士和因此辞官还乡。
万历五年，张居正的父亲逝世，讣告传到京师。神宗亲自写信劝慰，并格外厚赐。当时李幼孜已升任户部侍郎，想向张居正献媚，就唆使朝臣，留住张居正。张居正当时也担心退职以后，会被人陷害，只是面子上说不过去，只好上疏请求奔丧。一班趋炎附势的官员陆续上疏，请旨留住首辅，大意无非是说把对父亲的孝，移作对国家的忠等等。张居正于是仍然亲自裁决政务，跟没事人一样。
谁知这时候，天上发生日食。编修吴中行、检讨赵用贤、刑部员外郎艾穆等人联名上疏，说张居正贪恋权位，蒙蔽圣听，因此遭来天变。张居正得知后，气愤得不得了，马上通知冯保，让他去和神宗说，将上疏的大臣一概加以廷杖。隔了几天，朝旨果然下来将吴中行、赵用贤、艾穆、沈思孝四人一齐杖责。侍讲于慎行、田一儁等人上疏营救，奏折都被冯保搁置起来。进士邹元标也被杖责并革职戍边。
第二年，神宗大婚，本来准备让张居正充当纳采问名副使。给事中李涑奏称，张居正正在服丧期间，不应该参与大婚的事情，请求另选大臣。神宗不肯答应，传皇太后谕旨，令张居正改换吉服，张居正奉旨照办。等册封皇后的礼仪结束后，才请求回乡安葬父亲。临行前，神宗对他说：“朕不能离开先生，但想到先生孝顺，不得已才答应先生的请求。只是国事慎重，朕无所依靠，不免担忧。”张居正叩头道：“臣为父亲办葬礼，不能不去。只希望皇上大婚以后，修身养性，留心国家大事。”说完，伏在地上痛哭。神宗也不禁流下眼泪说：“先生虽然远行，但国事还要留心。此后如果有什么事，不妨密封上奏。”张居正叩谢而起，辞别两宫太后，离开京城。
张居正还乡之后，神宗又起用大学士吕调阳等人。可遇到大事，仍然不敢专断，必须派人到江陵报告，听取张居正的意见。入夏之后，皇上就征他还朝。张居正以母亲年迈为由，请求等秋凉之后上路。神宗又派指挥翟汝敬前去催促，并特意命人护送张居正的母亲从水路起程。张居正这才遵旨登程。
那时，神宗已经册立王氏为皇后，二人伉俪情深。李太后认为皇帝已经大婚，于是返回慈宁宫居住，随即召张居正入内，和他说：“我不能常常看着皇帝。先生是国家首辅，受先帝嘱托，还望你能早晚督促皇上，不要辜负先帝！”从此，张居正格外勤勉，所有的军国要政，无不悉心筹划。内荐礼部尚书马自强、吏部侍郎申时行参与阁务；外任尚书方逢时、总督宣大、总兵李成梁镇抚辽东。李成梁骁勇善战，屡次战败塞外的巨寇，被封为宁远伯。于是内外承平，十年无事。
张居正劝神宗量入为出，撤掉内外冗员，严厉审核各省的财税。神宗年龄渐长，开始有了六宫，便让司礼监冯保挑选三千五百名太监入宫。其中有孙海、客用二人，狡猾成性，得到皇上宠幸后，就带着神宗夜游别宫。皇上穿着窄袖小衣，骑马持刀，跟镖客一个打扮。后来又出西城游玩，免不了饮酒陶情，逢场作戏。这些事情被冯保得知，就去禀报了李太后。李太后大怒，换上青色布袍，摘下簪子、耳环，令人宣神宗入宫，接着传话给张居正，让他上疏劝阻。神宗得到消息，不免惊慌失措，可惜母命难违，只好硬着头皮慢慢挨到慈宁宫。一进宫门，就听到太后大声催促。神宗远远看见母后的神态、服饰，与平常大不相同，不觉心惊胆战，连忙跪下磕头。太后瞪着眼睛说：“你倒好！你倒好！先皇把大业交给你，是叫你这么游**的吗？”神宗连抖带颤说：“儿……儿知罪了，望母后宽恕！”太后哼了一声说：“你也知道有罪吗？”说完，冯保已经奉上张居正的奏折，太后大略看了一遍，就扔给神宗说：“你自己看！”神宗取过奏折，刚刚看完，又听见太后说：“先帝弥留之际，内嘱你的两位母亲教育，外嘱张先生等人辅导，真是煞费苦心。不料你这不肖子，胆大妄为。如果不肯改过自新，恐怕将来会玷辱祖先，我顾着社稷要紧，管不得什么私恩，难道必须要你做皇帝吗？”又对冯保说：“你到内阁，去取《霍光传》来！”冯保答应着出去。不到一会儿，仍然返回宫内，叩头说道：“张相国命奴才代奏，他说皇上英明，只要改过自新，将来必能成就大事。霍光的典故，臣不敢奉上！不如草诏罪己好了。”太后说：“张先生既然这么说，那就这么办吧。”冯保又起身出去。没过多久，返呈草诏，太后令神宗起来，亲笔抄写，颁示朝堂。可怜神宗的双膝已经跪得疼痛异常，草诏里又有很多检讨的话，不禁懊恼得很。偏偏太后催促着写，一点也不肯放松，也只好照本抄录，呈给太后。太后看过，交给冯保颁发去了。太后办完这一切，禁不住泪流满面。神宗跪在那里忏悔，过了很久才奉命退出。
李太后训责过神宗后，又将孙海、客用逐出宫外，并令冯保严厉审核内侍。神宗虽然很不高兴，可也无可奈何，只好得过且过，再作计较。张居正又请儒臣编撰了历朝以来的《宝训》、《实录》，分成四十章，依次呈上，作为经筵的讲义。
神宗此时年少气盛，正是喜欢听人奉承的时候，张居正的各种请求，实在是与神宗的本意不相符，不过形式上总要敷衍过去。神宗于是优诏褒奖，准许施行。各官侍讲的时候，神宗也只好洗耳恭听。一旦讲解完毕，就游散在各宫之间，乐得图些畅快，活络一下筋骨。一天，闲步踱入慈宁宫，正好李太后去慈庆宫闲谈，不在宫中，神宗正想退出宫门，忽然看见一个少女袅袅婷婷地走了过来……