卢苏、王受是岑猛的余党，他们攻陷田州后，又侵犯思恩。右江一带，人心惶惶，有人说岑猛根本没死，也有人说岑猛的党羽勾结安南，已经攻陷思恩州。一时间风声鹤唳，草木皆兵。姚镆控制不了局势，只好向各处调兵，周围的藩镇长官都与姚镆关系不好，不但不肯调兵给他，反而说他的坏话。御史石金听说后，就参劾姚镆剿匪无功，欺君罔上。这下子惹怒了世宗，立即革去姚镆的职务，任王守仁为兵部尚书，总督两广军务，前去讨伐田州。另外派御史石金为巡按，同赴广西。王守仁到任之后，听说卢苏、王受的势力越来越盛，就与石金商议改剿为抚。于是派人到田州招降，让他们前来谢罪。卢苏、王受既怀疑又害怕，不敢前去。王守仁又派人前去，发誓永不相负。卢苏、王受这才带着很多兵马，到辕门赴约。王守仁一再坦诚告诫，二人终于自缚待罪。王守仁历数了他们的罪状，下令分别杖责数十下，然后到二人营中，安抚叛党，田州从此安定下来。
王守仁从田州返回的时候，父老百姓拦道阻拦，说是断藤峡里的瑶人又开始猖獗，盘踞三百多里，成为百姓的祸害。王守仁于是留在南宁，暗中派卢苏、王受去攻打断藤峡，立功赎罪。二人奉命即出，连连攻破断藤峡各寨，诛杀贼匪的头目，遣散帮凶，断藤峡又恢复了平静。王守仁上疏称卢苏、王受有功，朝廷对二人赏赐有加。尚书桂萼让王守仁乘机攻打交趾，王守仁不肯答应。桂萼就参劾王守仁在征抚的时候，不把握机会，失去交趾，于是世宗没有给王守仁封赏。没过多久，王守仁病重，上疏请求辞官，并推荐郧阳巡抚林富代替自己。朝廷的旨意还没下达，王守仁就因病情恶化，来不及待命，离任回乡，走到南安的时候闭目长逝。桂萼又说他擅离职守，请世宗不要赐予恩典，并停止世袭。江西的士兵和百姓向来尊敬王守仁的德行，灵车所到之处，都穿着素服前来哭灵。一直到穆宗隆庆初年，才追封谥号为文成。王守仁是浙江余姚人氏，曾经在阳明洞中读书，当时的人称他为“阳明先生”。生平的学问涉及道教、佛教，但都以儒教为归宿。他曾说，知是行的前提，行是知的实践；知是行的开始，行是知的终结，人必须知行合一，这才是真正的道学。这几句话是阳明先生的学说，门徒大多遵守。日本人也是靠着阳明先生的遗志，实力奉行，才有今天。
世宗即位初年，曾逮兵部尚书王琼下狱，并谪戍榆林，起用彭泽为兵部尚书，陈九畴为佥都御史，巡抚甘肃。这次变动，是因为王琼陷害彭泽、陈九畴，给事中张九叙又参劾王琼的罪状才有的。陈九畴到了甘州，正碰上吐鲁番酋长率领部下入侵，陈九畴带领士兵奋力抵抗，战败满速儿，一直追到肃州，又与肃州的总兵官姜奭夹击一阵，杀死敌将火者他只丁，其他士兵皆仓皇逃走。边境百姓传言满速儿已死，陈九畴就依据谣传，上疏报捷。谁知满速儿安然无恙，西逃之后，休养了两三年，又派部将牙木兰占领了哈密，并侵犯沙州、肃州。世宗听到警报，起用前都御史杨一清总制三边，并将他比做郭子仪。吐鲁番听到杨一清的威名也非常害怕，收敛了很多。杨一清建议朝廷暂且招抚，先让满速儿缴还哈密城的大印。后来杨一清奉召入阁，尚书王宪接替他的职务。王宪仍然采用杨一清的计策，派使臣诏谕吐鲁番，让他们悔过伏罪，归还哈密。满速儿置之不理。
后来，世宗听信张璁、桂萼的话，再次召王琼为兵部尚书，接替王宪总制三边。王琼上任后，马上奏称满速儿没有战死，陈九畴与金献民欺君罔上，应该一律问罪。百户侯王邦奇也上疏弹劾陈九畴、金献民以及杨廷和、彭泽等人，说得异常激愤，再加上张璁、桂萼二人火上浇油，世宗自然大怒，马上降下手诏，派人将陈九畴、金献民逮捕下狱。张璁、桂萼准备将陈九畴斩首，金献民削官为民，杨廷和、彭泽一律加罪。偏偏刑部尚书胡世宁不肯答应，并说：“陈九畴误信谣传，妄报贼死，罪责固然难免，但他也曾奋力破贼，保全了甘州、肃州，功足以抵罪，应该从轻发落。”世宗这才令陈九畴免死，发配边境，并削去金献民、彭泽的官职，只有杨廷和没有提及，总算是包容过去。
世宗重任张璁、桂萼之后，原有的内阁大臣先后罢官。御史吉棠请世宗召回三边总制杨一清，以消除朋党。世宗便召杨一清入阁，杨一清在内阁时间一长，与张璁、桂萼有了过节。王准、陆粲参劾张璁、桂萼任用私党，公报私仇，恐怕将来要成为社稷之患，贻误不浅。世宗随后免去了张璁、桂萼的官。可没过多久，世宗又念起张璁之前的功劳，竟然将他召回，贬王准为典史，陆粲为驿丞。随后，詹事霍韬再次参劾杨一清，世宗下令法司集齐朝廷大臣，商议杨一清的功罪。杨一清一气之下上疏辞官，世宗准许他罢官，杨一清当日出都。正巧那时候太监张永病死，张永的弟弟张容请杨一清为他写墓志铭。杨一清与张永是旧交，盛情难却，等到撰成之后，免不得接受些馈礼。这件事被张璁得知后，竟暗中嘱咐言官诬陷杨一清收受贿赂。杨一清回家之后，得知这一消息，不禁愤恨地说：“我已经这么老了，还被这两个小人诬陷，真是气死人了！”几个月之后，杨一清背上生出一只毒疮，流血而亡。又过了几年，才被追封谥号文襄。
桂萼再次入阁后，在位的几年里，没什么建树，后来告老还乡，没过多久便病死了。只有张璁备受恩宠。张璁因为犯了皇帝的名讳，便上疏请改，世宗写了“孚敬”两个字，作为张璁的名字。其实世宗名叫厚熜，与张璁的璁偏旁不同。朝中大臣见他得宠，就相继附和，不敢有什么异议。只有夏言与他分张一帜，世宗也很相信夏言，张孚敬反而占了下风，因此屡屡陷害夏言。谁知世宗反而袒护夏言，训斥张孚敬，张孚敬没有办法，辞官离开。世宗命侍郎翟銮、尚书李时先后入阁，升任夏言为礼部尚书。翟銮、李时两人任何事情都要与夏言商议。夏言虽然没有干预内阁事务，权力却在内阁大臣之上。
世宗在位十年，一直没有皇子，便准备再次在宫中设立祭台，让夏言任祭坛监礼使，侍郎湛若水、顾鼎臣做导引官，文武大臣依次进香。世宗也亲临坛前，虔诚行礼。主坛的大法师名叫邵元节。邵元节是贵溪人氏，据说小时候得到仙人真传，能呼风唤雨，驱鬼通仙。世宗听说他的大名后，将他召入京城。问起仙术，邵元节只说了一个“静”字，静字之外，便是“无为”两个字。世宗一再赞赏，封他为真人。没过多久命他祈祷下雪，果然彤云密布，瑞雪纷飞。世宗佩服得五体投地，立即加号为致一真人，赐给玉金银象印各一枚，并命人在都城建造真人府。耗资数万，两年才造成。世宗又赠田三十顷，供真人府日常饮食，并派去四十名杂役供真人使唤，真的是礼敬有加，尊宠备至。邵真人登坛主持坛事，早上诵经，晚上持咒，差不多有一两年。偏偏后宫几十名妃子，无一生男。编修杨名参劾邵元节，遭来世宗怒斥，被下狱戍边。邵元节也以祈祷无效，请求回山，并说只要皇上心诚，不出两年，一定会有儿子。世宗大喜，就派人到贵溪山中，建造仙源宫，让他休养。宫殿造好之后，邵元节入朝辞行，世宗摆下酒宴作别，并问：“真人此去，何时能再次相见？”邵元节掐指一算，欣然说：“陛下多福多寿，而且命中多男，臣来觐见皇上，应当不止一两次。”世宗说：“朕已经三十岁了，还是没有子嗣，如果神仙保佑有一两个儿子，就已经知足了，哪里敢多求呢？”邵元节安慰道：“陛下请放心，到时候就知道我所言不假了。”说完，拂袖离开，飘然而去。
说也奇怪，邵元节出京几十天之后，后宫的阎贵妃居然有了身孕。几个月后，世宗因贵妃生产，还需要祈祷，就派锦衣千户侯孙经去召邵元节。世宗在便殿召见，对邵元节慰劳有加，还赐彩蟒衣一件，以及教辅国王大印一枚。第二天再设祭坛，世宗格外虔诚，沐浴斋戒，然后到坛前祈祷，一时间香烟凝结，雾霭氤氲。大家都说庆云环绕，是祥瑞之兆，世宗也深信不疑。过了三天，阎妃分娩，果然是个麟儿。群臣依次入贺，世宗说：“这都是致一真人的大功。”于是加封邵元节为礼部尚书，赐给一品俸禄，赏白金、文绮、宝冠，并给邵元节的徒弟邵启为升了官。