成化二十一年元旦，宪宗受百官朝贺后退朝，午膳刚刚结束。忽然听到天空中一声巨响，自东向西，仿佛霹雳一般。宪宗以为是震雷，就走出宫门抬头望去，只见天空中一道白气曲折升腾，接着又有碗大的一颗赤星，从东向西划下，轰然作响。宪宗不禁毛骨悚然，当晚心神不安。第二天一早临朝，吏部给事中李俊递上一封奏折，针砭时弊，言辞恳切。宪宗夸奖了他，竟然降了李孜省、邓常恩等的职，还把国师继晓革职为民。给事中卢瑀、御史汪莹、主事张吉以及南京员外郎彭纲等人见李俊的奏折有效，纷纷上奏。今天你一本，明天我一本，惹得宪宗厌烦起来，索性不再阅览。私下里却让吏部尚书尹旻将奏牍上所署的名字记录下来，等到有什么机会，就一律按名字远调。李俊、卢瑀等人相继被调离。李孜省、邓常恩等人却官复原职，比以前更加得宠。
一天，宪宗视察国库，见历朝积攒的金银，有七窖已经用得空空如也。随即便召来太监梁芳、韦兴等人责问：“铺张浪费了这么多金银，罪过都该归在你们头上！”韦兴不敢说话。梁芳却答：“建寺筑庙也是为万岁祈福，所以在这上面的花销不算浪费。”宪宗冷笑：“就算朕饶得了你，恐怕后人不会这么宽大，到时候要找你们算账呢。”这几句话说得梁芳浑身冰冷，谢罪而出，急忙跑去报告万贵妃。万贵妃这时已经移居安喜宫，吃穿住行都非常奢侈，与中宫一样。梁芳一进来，就不停地叩头，并喊着：“娘娘……”贵妃问起原因，梁芳就将宪宗的话转述了一遍，又说：“万岁爷所说的后人，明明就是指东宫，倘若东宫得志，不但老奴等人性命难保，恐怕连娘娘也脱不了干系！”贵妃说：“这东宫原本就不是好人。他小的时候，我劝他吃饭，他竟然冲着我说，饭里面有没有放毒。你想他那个时候就开始刁钻，如今都快二十岁了，怕是以我们为鱼肉了吧！但一时间也没有办法，你说怎么办？”梁芳道：“何不劝皇上易储，改立兴王？”贵妃问：“就是邵妃的儿子祐杭？”梁芳答：“祐杭虽被封为兴王，倘若得到娘娘的保举，成为储君，他必定感激万分，难道还不能共保富贵？”贵妃点头。等到宪宗进宫，就使出她那蛊媚的手段，诬称太子如何暴戾，如何乖张，不如改立兴王，以安定社稷等。宪宗起初不肯答应，可哪禁得住贵妃的一番柔语娇啼，也不好不依。第二天，宪宗与太监怀恩谈到这件事情，怀恩一再说不能易储。宪宗非常生气，正准备下诏易储，忽然接到禀报，说泰山连震，御史奏称应该暗示东宫。宪宗一边看奏折，一边说：“这是天意，不敢有违。”于是就把易储的事情搁置起来。万贵妃屡次催促，宪宗都不理不睬。贵妃挟恨在胸，竟然酿成了肝病。成化二十三年春，宪宗在郊外祭天，遇到弥天大雾。第二天就要回宫的时候，安喜宫的太监忽然来报：“万娘娘中痰猝死了！”宪宗惊诧地问：“怎么这么快？”太监低头不语。宪宗急忙赶到安喜宫，只见龙榻之上，一朵红颜已经枯萎，不禁涕泪交加。再去责问宫里的太监，才知道贵妃一连几天都闷闷不乐，正巧有宫女触怒她，她就用拂尘连连打了那宫女几十下，宫女不过觉得痛，她竟然一口痰堵在胸中猝死了。宪宗难过地说：“贵妃离开，我也就活不长了。”接着按照皇后的礼仪办了丧事，并辍朝七天，赐万氏谥号为恭肃端慎荣靖皇贵妃。
丧葬完毕之后，宪宗常常郁郁寡欢，只有李孜省还稍稍能为他分担些忧愁，就将他升为礼部侍郎。春风桃李，秋雨梧桐，都能让宪宗回忆起往事，触景伤情。这年八月，宪宗一病不起，命皇太子祐樘在文华殿管理朝政，过几天他就驾崩了，享年四十一岁。太子即位，历史上称为孝宗皇帝，追加父皇谥号为宪宗皇帝，尊皇太后周氏为太皇太后，皇后王氏为皇太后，以下一年为弘治元年。大赦的诏书还没有下达，就先降旨贬斥了几个宠臣。侍郎李孜省、太监梁芳、外戚万喜以及私党邓常恩、赵玉芝等人全部被贬戍，并罢免了传奉官两千多人，夺去僧道封号的有一千多人。宫廷一清，这才大赦天下，接着立妃子张氏为皇后。鱼台丞徐顼上疏请孝宗尊上母妃的谥号，并追究死因。幸好孝宗天性仁厚，担心有损先帝的遗意，所以一概置之不问。万安等人这才平安无事。
过了几天，太监怀恩来到内阁，手里拿着一个小木匣，交给万安，然后对他说：“皇上有旨，这岂是大臣所为？”万安莫名其妙，打开匣子看见里面有一本小书，末尾署着“臣安进”三个字，是从前亲笔所写，这才回忆起之前的隐情，不禁汗流浃背，伏在地上。庶吉士邹智，御史姜洪、文贵等人当时也在内阁，凑过去一看，只见那小书上列的都是些**，于是哄堂大笑。过了两天，万安入朝，怀恩朗诵参劾奏章，开头的署名就是庶吉士邹智等人，后面都列着万安的罪状。万安一再磕头哀求，毫无辞官的意思。怀恩读完，走到万安前面，摘去他的牙牌，大声说：“快走吧！免得加罪于你！”万安这才诚惶诚恐地离开，辞官而去。
孝宗常常悲痛地怀念起自己的生母，曾经派人到贺县寻找外家，却始终没有消息。只好在桂林立下祠堂，春秋祭祀，并追谥生母纪氏为孝穆太后。大学士尹直奉旨修撰册文，其中有“睹汉家尧母之称，增宋室仁宗之恸。”这么一句，孝宗牢记在心，每当有闲暇的时候，就回味这两句话，往往潸然泪下。又因为宪宗的废后吴氏对他有养育之恩，所以一切衣食住行都照太后的礼节。
宪宗末年，用人不当。当时就有“纸糊三阁老，泥塑六尚书”的谣传。三阁老指万安、刘翊、刘吉；六尚书指尹旻、殷谦、周洪谟、张鹏、张蓥、刘昭。这九个人时进时退，毫无建树，所以才说他们是纸糊泥捏的。孝宗即位之后，励精图治，黜佞任贤。起用前南京兵部尚书王恕为吏部尚书；升礼部侍郎徐溥为礼部尚书，兼文渊阁大学士；升编修刘健为礼部侍郎，兼翰林学士，入阁办事；召南京刑部尚书何乔新为刑部尚书。逮捕梁芳、李孜省下狱，流放邓常恩、赵玉芝等人，诛杀妖僧继晓，所有纸糊泥捏的阁老、尚书全部清理出了朝廷。
孝宗的皇后张氏，是都督同知张峦的女儿，册封为皇妃之后，与孝宗相亲相爱。后来张氏被册封为皇后，父亲张峦被封为寿宁伯，死后还被追封为昌国公。那时海内一统，平安无事，贵州的苗族稍稍作乱，也被巡抚邓廷赞讨平。北方的小王子以及脱罗干的儿子火筛虽然时不时侵犯边境，经过甘肃总兵官刘宁的一番战守，也偃旗息鼓了。孝宗政体清闲，自然逐渐松懈下来。内监李广、杨鹏等人趁机邀宠，带着皇帝游山玩水。后来经太子以及侍讲大臣的劝阻，孝宗也稍有悔悟。可惜外臣的规劝终究不如近侍的谄媚，并且东厂还没有改革，仍然由内侍做主，难免徇私舞弊。
凑巧这时发生了一件讼案。先前千户吴能有个女儿名叫满仓儿，生得妖艳绝伦。因为这满仓儿性情****，屡教不改，吴能就将她卖给了乐坊的张氏。张妇又将她转卖给乐工袁璘做妻子。吴能的妻子聂氏本来就不想卖女儿，吴能死后，聂氏就查访女儿的下落，前去认领。哪知满仓儿不但不认母亲，反而白眼相待。聂氏非常生气，就与儿子一起将满仓儿引诱到家里，藏在密室之中。袁璘前去赎要，却没有结果，于是告到了刑部。丁哲、王爵得知案情后，训斥了袁璘几句。袁璘竟然信口谩骂，以至于惹恼了二人。丁、王二人让衙役重打袁璘，袁璘归家之后，因为身上有伤，胸中的愤怒又不能发泄，没过几天就病死了。御史陈玉等人检查袁璘的尸体，发现确实是病死，就填写了尸表备案，然后将他埋葬。谁知杨鹏的侄子与满仓儿有染，满仓儿于是从密室逃出，前来哭诉冤情。杨鹏的侄子带她觐见叔父，只说是刑部枉断，以至于袁璘屈死。杨鹏不明白事情真相，只是觉得满仓儿楚楚可怜，就参劾丁哲、王爵无故杀人，应该抵罪。后来经法司细细盘诘，案情才水落石出，无奈碍于东厂的面子，只能委曲求全，将满仓儿一顿毒打，并判了丁哲等人杖人至死的罪状，准备流放。刑部吏徐珪打抱不平，上疏替丁哲等人辩解。谁知朝廷非但不准奏，反而将他革职为民。丁哲、王爵也被一同流放。