陈炯明见战事接连失败，十分懊丧，只得退守博罗等处，同时向吴佩孚求救。吴佩孚虽然拥兵甚众，无奈鞭长莫及，不能立刻派兵援助，只得电令沈鸿英、方本仁、陆荣廷火速入粤。沈鸿英此时已有归附孙中山、回桂攻陆的意思，不愿接受吴佩孚的命令。方本仁的目光全在江西督军一席上，早就想取蔡成勋而代之。蔡成勋像防贼一般防着方本仁。方本仁当然不愿意离开江西，失去乘势而起的机会。蔡成勋更不愿接济子弹饷械，为虎添翼。有了这两种原因，方本仁自然不愿听从吴佩孚的命令入粤。陆荣廷在广西不过占得一部分地方，实力有限，也无暇远征。三路援军，没有一路成为陈炯明实际上的援助。另外，湖南的唐生智也曾接到吴佩孚的命令，助攻广东。但唐生智是新派人物，本来就反对北军，只因时局紧急，自己实力还未充实，所以不曾有露骨的表示，现在叫他进攻广东，自然办不到。陈炯明见盼不到救军，只得用离间引诱的办法，动员杨希闵、刘震寰所部的滇、桂军停止进攻，或者干脆背叛孙中山。这一招还颇有效力，由于孙中山此时正全力改组中国国民党，所以不是十分注意东江战事的进行。因此，战事日趋沉寂。

民国十二年秋，高一涵在《努力周报》上发表了一篇文章，批评国民党的成员太复杂，组织不适当，主张加以改组。孙中山先生见这个提议十分合理，便派汪精卫等人着手改组国民党。在未改组之前，孙中山先在广州召开了一次座谈会，请党员发表意见，并定于民国十三年一月二十日，召集第一次全国代表大会。大会代表由各省党员选出三人，由总理指派三人，其余如党纲、党章以及改组手续等一切都由大局决定。

开会的那一天，各省代表纷纷出席，议决修改党章并制定了党纲。这次改组最大的变化，就是容纳共产党和共产主义青年团加入国民党。此举却遭到了老党员如冯自由、谢英伯、刘成勋等人的极力反对，以致引起外面“国民党赤化”和“国民党新旧派冲突”的谣言。孙中山因他们违背大会的决定，便是不守党纪，特向中央执行委员会提出控告。冯自由等人不敢再坚持，只得向中央执行委员会解释自己不曾违反党纪，事情便就此解决了。

国民党改组的问题一经解决，孙中山便全力应付东、西、北三江战事。但是财政为难，而且还有一个海关关税余款问题需尽快解决。因为这问题，北京外交团虽曾派舰示威，武力胁迫，但孙中山先生坚持到底，并没有被各种压力吓退。外交团没有办法，只好派美使出来调停，希望和平解决。但东路方面的军事，因滇军王秉钧受了陈炯明的怂恿，叛孙降陈，多少受到了影响。西路方面，陈天太部也被粤籍各军缴械。北路方面，高凤桂旅被诱北归，而赵成梁部滇军则被北军诱去两团。从这几点看来，孙中山所率军队的内部团结力非常差，但是孙中山平生经历过的忧患不知有多少，怎么会因此灰心呢？好在此时陈炯明内部也非常不稳，洪兆麟、林虎均有离陈独立的消息。另外，桂派旧人沈鸿英困顿于广东北边，不能前进，后退无路，饷械又接济不上，想来想去，他决定归降孙中山，带兵回广西，推翻陆荣廷而代之，因而屡次派代表和孙中山先生接洽投诚。孙中山因他反复已不是一次，不敢再轻易相信他。蒋介石奉孙中山的命令，依照全国代表大会的决议案，在黄埔创办军官学校。孙中山去黄埔和蒋介石商量沈鸿英的事，蒋介石道：“沈鸿英反复成性，他说的话全不可信。但眼下他四面受敌，大有困兽走险之势，我们拒绝得太厉害，则更不合适，不如答应他投诚，令他依照投诚的条件，即日西征陆荣廷。如此一来，我们便可抽调西征的军队去讨伐东江，等东江的战事一定，沈鸿英就是再叛变，也不足忧了。”孙中山笑道：“我的意思也是这样，你我意见既然相同，便就这样决定了。”于是，孙中山答应沈鸿英的代表，准他投诚，但必须即日西征，不得在境逗留。沈鸿英都一一遵从，事情定妥后，便拔队向梧州进发，声讨陆荣廷去了。

孙中山见西路战事已没有什么忧虑的，便专心对付东江，兵分三路出动。中路杨希闵的滇军进攻博罗，刘震寰的桂军向广九铁路进逼，谭延闿的湘军进攻龙门。陈炯明因洪兆麟部在闽南与臧致平、杨化昭作战，自己这边兵力单薄，所以不敢恋战，稍微抵抗退走，杨希闵乘势占领博罗；刘震寰军连克樟木头、淡水、飞鹅岭各要隘；谭延闿的湘军深入河源，把整个惠州城围了起来。孙中山见战事顺手，想一举破敌，便令杨希闵向惠州进攻。不料杨、刘占领各地已觉得心满意足，都屯兵观望，不肯前进，只有湘军孤军深入，向梅县方面进逼。陈炯明料定杨、刘不肯再前进，便把中左路的得力军队抽调到北路来攻打湘军。林虎随即用诱敌之计，把湘军围困起来。湘军冲出重围时，已经被敌军缴去一千多支枪械。陈军乘势前进，经湘军奋勇反攻，勉强突围。这样一来，孙中山的大包围计划受了影响，无法继续进行。幸好陈军力量薄弱，虽获得胜利，仍然不能反攻，因此双方相持不下。到了九月，东南战事爆发，卢永祥派代表到广东请孙中山北伐，孙中山说：“曹锟毁法贿选，我早就想出师北伐了。”卢永祥的代表欣然而去。原来此时的北方，曹锟已逐去黎元洪，用重金贿赂国会，做了总统，卢永祥因反对贿选，通电讨伐曹锟。孙中山的目的虽比卢氏更大，但如果北伐不成功，便不能贯彻救国救民的主张，所以也非讨曹不可。于是，一接到东南战事的消息，孙中山便亲自到韶关指挥北伐大军。