陈炯明的部队自从退出广州后，除了谢文炳一师在北江外，其余人马都在惠州。一直以来，北方的反直派都极其希望孙中山和陈炯明能和平解决战事，合力反抗直系。因此，吴光新等人纷纷在广州、惠州两地活动，劝孙中山、陈炯明言归于好，共同北伐。谁知陈氏乘孙军不备，袭取博罗，进窥石龙，甚至动员海军反对孙中山。海军总司令温树德之前曾附和过陈炯明，现在虽然听命于孙中山，但心中极为不安，一经陈炯明怂恿，他便同意反孙，来个里应外合。孙中山得知后，极为震怒，立刻下令免去温树德海军总司令职务，命各炮台加紧戒备，并改换各舰长，由大元帅直接指挥。因此，陈炯明的逆谋失败了。
孙中山把广州的事情布置妥当后，立即命各军向惠州进攻。而许崇智在潮州、汕头一带被林虎打败，退至揭阳，此时并不在围攻惠州的各军之列。驻守惠州的杨坤如虽然屡次战败，却不肯放弃，一味死守，因此孙军一直未能攻下。孙中山见状，与众将商议道：“李烈钧收编的两旅现在又被林虎收编，敌军的力量更加强大，好在厦门臧致平已联络许崇智总司令的留闽余部和闽南自治军，准备攻下潮州、汕头，现在已攻克饶平、黄冈，如能攻克潮、汕，消灭林虎、洪兆麟等人的势力，然后以其全力来攻打惠州后方，则惠州腹背受敌，我军必然胜利。所以我们此时还是以攻为守，静等攻克潮、汕之后，再猛攻也不迟。”计划虽然这么定了，但滇军内部各派却因竞争总司令一职，竟有私下沟通北方的情形，嫌疑最重的是师长杨如轩、杨池生两人。杨希闵不等他们谋逆，便下令驱逐。杨如轩、杨池生立不住脚，便带领残部前往江西去了。
孙中山下令废除滇军总司令一职，将所有滇军改编为四军，分别任命杨希闵、范石生、蒋光亮、朱培德四人为一、二、三、四军长，这件事才算解决。只静候臧致平和许崇智攻克潮、汕，以便夹攻惠州。不料林虎、洪兆麟向饶平反攻，臧军被击退。林虎占了饶平，又向平和进攻。臧致平一面派兵坚守平和、诏安、云霄一带，一面要兼顾北边王永泉部的南下，一面还要防备海军杜锡珪、杨树庄等的袭击。由于被四面夹攻，分身无术，臧致平连失平和、云霄、诏安，漳州也有些吃紧。臧致平正想派兵堵截，忽然听说海军陆战队已在金门登陆，舰队已入嵩屿，厦门吃紧，不觉大惊道：“厦门是我的根据地，如果被海军占领，那么此后饷械都无所出。我军虽不致被攻击，却也不能在福建立足了，我一定要前去保卫，宁失十个漳州，也不能失一个厦门！”当下带领漳州的军队来救厦门，并派代表假意与海军议和。
厦门保卫战虽侥幸胜利，但漳州只留下刘长胜一师，兵力十分单薄。林虎乘虚进攻，刘长胜听说林虎勇悍善战，心中怯惧，没等交锋就先逃走了。刘长胜一逃，部下无主将指挥，不战而溃。林虎得了漳州，随即进逼厦门。恰好王永泉军从同安来攻，因此厦门数面受敌，形势非常危急。臧致平连接警报，闷闷不乐地回到公馆。臧夫人见丈夫这般忧愤，知道一定是前方失利的缘故，就不停地安慰丈夫，并提议放弃厦门，前往上海。臧致平愤愤地道：“孙中山先生如此看重我，把厦门一方的责任全交与我，若我带着家小躲到上海去，怎么对得起他？不但将来见不得人，而且连死在前敌的将士也对不住啊！至于你们，并没有什么责任，我还是先送你们到租界去居住吧。”臧夫人再三相劝，臧致平仍然坚持。第二天，臧致平将家小送到租界去。随后召集各团体的代表开会，各团体不敢不来。到齐以后，臧致平便向众人宣言道：“现在，王永泉、林虎夹攻厦门，我军虽没有失去战斗力，但也不能在三五天内击退敌人。敌人若能被我军击退，不但是厦门一地之幸，也是国家之福。万一不能打退，我唯有城亡与亡，城存与存，决不轻言放弃。至于地方上治安，我定会竭力维持，如有不守本分，骚扰商民的兵士，一经查出，立即枪毙，以肃军纪。但军饷一事，却不能不拜托地方上帮忙筹集。”各团体代表面面相觑，不敢回答，唯唯而退。
林虎和王永泉攻打厦门已很久，因臧致平一味死守，无法攻下，两人只得电请海军助战。马江方面的海军带着大批舰队和陆战队来攻厦门，先占领金门作为根据地，然后向厦门进逼。
陈炯明听说惠州杨坤如被围困，便亲自从香港赶来指挥，和孙中山所率部众激战多次，屡次战败。而吴佩孚派来救援的北军却在南雄被滇军赵成梁扼住。此时，孙中山先生已将许崇智等部队调到石龙，步步进逼惠州。陈炯明心中十分忧急，一天数电令攻打厦门的军队回来救援。林虎、洪兆麟见东江如此紧急，不敢逗留，只得放弃厦门，回救惠州，因而厦门的形势稍微缓和了一些。
孙中山先生听说林虎、洪兆麟回救惠州，参加东江战事，便把西北江的军队全部调到东江，并率领古应芬、赵宝贤等亲赴前线指挥，设大本营于石龙，以大南洋轮船为座驾。大南洋轮船本是内河小轮，十分狭窄，孙中山的办公室只有几尺见方，阳历八月的天气正是闷热异常，十分难熬，孙中山先生却披图握管，决策定计，昼夜不息，一点儿都不在意。孙中山到了石龙以后，许崇智从博罗前线赶来晋见，孙中山先询问了战情，然后说道：“你回去指挥部队进攻，明天我亲自前去察看。”许崇智劝道：“大元帅进止，关系重大，怎么能冒险轻进呢？依崇智愚见，大元帅还是在石龙驻跸为是。”孙中山笑而不答。许崇智因前方紧急，告辞而去。
第二天早晨，孙中山令轮船向博罗航行，快到博罗时，许崇智得消息，忙带着滇军师长杨廷培来迎接。孙中山见了许崇智便问起敌军情形，许崇智道：“刚才接到警报，说逆军分三路来袭，李易标带领一千多人已到汤村，离博罗只有二十里，陈修爵部也将赶到，双方开火在即，想不到大元帅竟冒险到这里来了。”孙中山奖慰了一番，又授了一些应战机宜，二人才相互辞去。
这晚，孙中山办公到十一点钟才就寝，古应芬见孙中山休息了，便悄悄退到自己卧室里休息。正睡得朦朦胧胧的时候，忽然觉得有人在旁边喊他，古应芬急忙睁开眼睛一看，原来是许崇智和团长邓演达，赶紧坐了起来，问有什么要紧事。许崇智向四面瞧了瞧，又走近一步，握着他的手，悄悄说道：“大元帅已经就寝，我也不惊动他了。现在有一件要紧事要和你说，因为李易标的军队已过汤村，我决定带着各部军队全力去攻击，天一亮，河沿两岸便有炮火，你务必恳请大元帅离开这里。”古应芬点头道：“好，我知道了。还有别的事没有？”许崇智道：“还有一句话，大元帅整天劳苦，这才刚睡下，不必去惊动他，让他多休息一会儿，养一养神，四点钟左右开船也不迟。其余也没别的事了，你再休息会儿吧！”说完就走了。古应芬怕睡着了误了时间，便一直坐着。等到三点钟，古应芬悄悄地走到大元帅寝室门口，只见里面灯火通明，知道孙中山已在那里办公，便进去行了一个礼。孙中山问有什么事，古应芬道：“十二点钟的时候，许总司令曾来过一次，因大元帅刚就寝，所以不敢惊动。临去的时候对应芬说：‘天明就要开火，河岸两旁不安全，务必请大元帅离开此地’。”孙中山点头道：“我也并非故意喜欢冒险，忘了重大的责任，只因我本人不到前方，总觉心里不大安稳。既然他这样说，你就传我的命令，把船开下去吧！”古应芬遵令办理。
大南洋轮船顺水而行，十一点钟到达石龙。就在此时，连接两个报告：一是博罗，因兵力单薄，已退守飞鹅岭，请拨调救兵；一是增城报告，林虎带领大队来攻，请求派兵救应。孙中山一面电令张民达旅猛攻平山，分担博罗的敌军；一面用飞机传令广州滇军，去救增城。第二天，又接到许崇智的急电，说是飞鹅岭失守，请立即派队救援。孙中山见了电报，急忙拨了一架飞机飞往博罗城上巡视。古应芬道：“大元帅为什么不发一个电报，却让飞机巡视呢？”孙中山道：“博罗急切等待支援，即使发电去，也未必能使守城将士相信救兵马上能到。如果见飞机飞到，他们必然会以为是救兵特地去侦察形势的，才会安心死守。”孙中山接着道：“粮弹一项极为重要，必须派差遣军舰冒险送去才行。这件事你去办吧，我再写一封亲笔信，叫舰长顺便带给许崇智总司令，也可让他安心应敌。”古应芬遵令而去。与此同时，孙中山又命广州滇军第三军军长蒋光亮火速发兵。
孙中山正在焦急时，忽然有人进来说，博罗许崇智总司令行营参谋陈翰誉自小路到石龙请见，报告军情。孙中山急忙传见，询问详细情况。陈翰誉道：“博罗东、西、北三门都已被逆军包围，只有南岸还没有敌兵，可以和惠州飞鹅岭刘震寰总司令行营通点消息。城里弹尽粮绝，情形比昨天更危险，如再无救应，恐怕博罗守不住了。”孙中山听了沉思不语，半天才对古应芬说道：“你亲自到广州去一趟，催促各部队伍火速出动，蒋光亮一定要有饷才出发，可先调福军和吴铁城的部队即刻去救援，除拨出铁城一团去救增城以外，其余都可去救博罗，万万不可再误。”
第二天早晨，古应芬从广州回到石龙复命，说道：“昨天四点钟到省城，在一家洋行的楼上见到蒋军长，他一见我就说：‘博罗的危急我已完全知道，即使大元帅没有命令，我的军队也应赶去救应，所以我已决定今天晚上出发，只是不知道有没有火车。’我听了这话，立刻到大沙头车站去查问，知道各军的专车都已预备妥当，便忙派人去通知他。福军和吴铁城部也都答应立刻出发。”正说着，忽然接到消息说，福军前部奉令开到，吴铁城部已开抵增城，并另外派了几十名骑兵来供侦察之用。这时，传报军长李福林、朱培德和财政次长郑洪年来见。孙中山大喜，即刻传见。见面后，孙中山问郑洪年筹办军饷的情况，郑洪年道：“各种财政权都被各军霸占，财政部已毫无收入，借债很难，费用又无从减省，近来前方军事紧急，军饷要得更频繁，财政部虽东借西挪却也无法应付。昨天，邓泽如送来一万元，因听说行营所带的钱已经用完，我正想提解，谁知又被蒋光亮军长支走了。”孙中山听了，回头向古应芬道：“他又得了一万元军饷，总该出动了吧！”然而等到天黑，还不见蒋光亮一兵一卒到来。
孙中山命大南洋轮船开赴苏村，谁知这天夜里风大雨急，到了铁冈便不能前进了。吴铁城部的马队和福军也被风雨所阻，只得停止休息。第二天才到达目的地。而蒋光亮部却只到了四百多人，蒋光亮本人自然没去。幸亏博罗城外水深数尺，陈炯明军不能逼近攻击，只能在北门外高地上用大炮远远地射击，所以没什么大损害。第三天，滇军第三军的大队全部开到，蒋光亮仍旧没有来。孙中山只得先传召蒋光亮的参谋禄国藩来商议军事，禄国藩行过礼后，孙中山便催他进军。禄国藩道：“行军以粮饷为重，现在没有粮饷，叫我们怎么前进？”孙中山道：“你的话确实有道理，但也需分个缓急，若在前线不怎么吃紧的时候，要求发清全饷也还有道理，但现在博罗十分危急，倘若固执要饷，岂不误了兵机？博罗一失，必然牵动全局战事，那时广州未必保得住，哪儿还能索饷？恐怕连现在这样的支领也领不到了。”禄国藩笑道：“如果这样长久下去，还不如现在散了。我们有了子弹就是粮，难道还愁拿不到饷？”孙中山道：“我现在要你前去援救，你肯去吗？我是大元帅，你敢违抗我的命令？你如果肯去，我可给你指挥之权。解了博罗之围，再额外给你重赏，你去不去？”禄国藩笑道：“正经的饷银都拿不到，还希望什么赏银？即使打了胜仗，也不是一场空？我不去，我只要饷。”孙中山怒道：“军法具在，怎敢无礼？我今天不要你去，叫你的军长去，看你如何再违抗？”禄国藩道：“让我去，要饷；不让我去，也要饷。我又没说不肯去，只要把饷发齐，我自然开拔，要饷是不犯军法的。”
不等孙中山训斥，站在一旁的一位英雄早已被激怒，看到禄国藩桀骜不驯的样子，忍不住走上前去，向禄国藩一指，怒道：“禄同志！请问你是不是大元帅部下的一员军官？是不是任中华民国的公职？是不是吃全国国民的公禄？”禄国藩吃了一惊，问道：“你贵姓？”古应芬在旁介绍道：“这是参谋赵宝贤同志。”禄国藩当即道：“赵同志为何说这话？这样浅近的问题，我还不知道吗？”赵宝贤道：“你既然知道就好说了，请禄同志想一想，国家为什么要用我们这帮军人？人民为什么要把辛苦挣来的钱供给我们？大元帅令我们去作战，是替什么人做事？要知道大元帅并不是自己喜欢多事，甘冒危险，无非为着受了国民的托付，不得不戮力讨贼，为国除害，才不负众望。我们所以相从至此，也无非为了大义。既然彼此的行动全为大义，就不能单在利益方面讲了。有饷，我们固然作战；没有饷，我们也要作战。我们是为大义而听大元帅的指挥，并不是因私利而受孙中山先生的命令。我们是为大义而战，并不是为饷而战。假如仅仅是为饷而战，我们将自己处于何等地位？国家要我们这些军人又有何用？人民何必拿出这些钱来供养我们？禄同志是深明大义的人，所以甘从大元帅，不畏困难和艰险，不愿附和陈氏，做北方军阀的走狗。现在却单只替士兵在饷粮上面着想，忘了前线吃紧和自己的天职，岂不可惜？”