孙中山先生离开广州前往上海后，陈炯明于八月十五日回到广州，在白云山总指挥处开了一个军事会议。为了筹饷，陈炯明请来接近银行界的陈席儒担任广东省省长。到了第二个月，陈炯明恢复了军总司令的名称，又令叶举兼任参谋长。此时护法军的李烈钧已放下军事，绕道长沙，赴上海养病，陈嘉祐部在湖南被宋鹤庚部改编，许崇智、黄大伟、李福林等部在福建联络王永泉、徐树铮、臧致平等人准备攻打李厚基，李明扬、朱培德、赖世璜等部经湖南退入广西，梁鸿楷部向陈炯明投降。

广西的情形同样复杂：刘镇寰通电就任广西各军总司令，而广西自治军韩彩凤占据柳州，梁华堂占据桂林，陆福祥占据桂边，这三人都和刘镇寰不和。这时西南的情形，真是乱得一团糟。

滇军朱培德、赣军李明扬、赖世璜，自江西退到湖南后，湖南边防十分吃紧。湖南督军赵恒惕派人敦劝，朱培德等人知道久留湖南并非长久之计，便于九月中旬退入广西，向桂林行进。在桂林的梁华堂得了这个消息，一面布置防线；一面联络柳州韩彩凤，协力抵抗。韩彩凤自从驱逐卢焘，占领柳州后，势力大张，接到梁华堂的电文，更觉气势倍增，认为朱培德和赖世璜两支败军不堪一击，因而不怎么上心。梁华堂等不到韩彩凤的救兵，只得独力抵御。只打了一仗，梁军便大败而归，把桂林城轻易送给了朱、赖。

恰好这时沈鸿英班师回桂，借道湖南边境，到了桂林附近。沈鸿英军原和北军合作，抵抗北伐军，这时因岑春煊蛰伏沪滨，便和孙中山先生联络，变冤家为亲家，彼此合作起来。碰巧加入了一个张开儒，于是，孙中山等人决定先由沈鸿英向西南柳州进军，扫除韩彩凤。韩彩凤见滇、赣军占领了桂林，又来了一个沈鸿英，不免有些恐惧，不等兵临城下，先在雒容布防严守。沈鸿英的前队到了雒容，当即和敌方拼杀起来，不多时，便因后队尚未赶到，有些抵抗不住，只得后退。韩彩凤看沈军如此不经战，便乘势轻进。不料沈鸿英大队到来，奋勇反攻。韩彩凤军不过是些乌合民军，根本无法抵御，当即大败而逃，退回柳州。沈鸿英派师长何才杰追击，又夺回了柳州。

韩彩凤失去了根据地，无路可逃，只得以唇亡齿寒之说，向陆福祥告急。陆福祥知道韩彩凤失败后，自己也不能幸免，还不如先发制人。因而他立刻派兵和韩彩凤合军，攻夺柳州。沈鸿英急忙带队赶去救援，但为时已晚，只得退守雒容。韩彩凤乘胜进攻雒容，何才杰直面激战，而沈鸿英悄悄带了一团人，绕到韩彩凤阵后，两面夹攻韩军，韩军大败而退，沈鸿英乘势进占柳州。韩彩凤退到凤凰岭，依险而守，一面向割据南宁的陆云高求救。陆云高见梁华堂、韩彩凤屡战屡败，担心自己也不能幸免，急忙派队驰救，而后倚仗人多，重新占领柳州。不料沈鸿英的退却是一种战略，出城时城里早已埋伏了许多便衣士兵，韩彩凤黑夜进城，根本就无从知道。天蒙蒙亮时，沈鸿英反攻回来。韩彩凤正准备出城抵御，忽然好几处地方起火，沈鸿英的便衣军倾巢而出，和韩彩凤的自治军巷战起来。韩彩凤听说沈鸿英的军队已经入城，吓得魂飞魄散，不管三七二十一，就往城外逃。不料刚到南门，便被沈军的便衣队捉住。韩军无主，不战自败，纷纷缴械投降。沈鸿英入城，部下将韩彩凤押了上来，沈鸿英笑道：“他已全军覆灭，不过一个常人而已，何必杀他？”当下传令释放。韩彩凤感谢而去。沈鸿英一面布告安民；一面电请陆荣廷撤惩陆福祥和林廷俊，限他们十日内退出南宁。陆荣廷没有答复。

当时，朱培德正在动员驻扎梧州的粤军刘震寰，怂恿他对广州宣告独立，讨伐陈炯明，并宣言拥护孙中山先生。梧州军中有一部分不愿讨陈的队伍连夜逃出梧州，退守封川口，想伺机反攻。陈炯明得了这个消息，急忙委派参谋长叶举为总指挥，带领亲信军队三十营，由肇庆向梧州进攻。滇、桂、粤联军竭力抵抗，还是支持不住。朱培德料到不可力敌，当下变更战略，以攻为守，一面请沈鸿英带领所部取道怀广，去攻陈军的侧面，一面设法动员陈部在后方的军队和海军一起倒戈。叶举正向梧州发起猛攻，忽然接到军报说沈鸿英部攻击四会，刚刚分兵去救，忽然又接到军报说梁鸿楷部已归附联军，不觉大惊道：“梁鸿楷断我们的后路，若不赶紧退走，恐怕到时想退都来不及了。”当下通知前军停止前进，退到三水防守。前军接到撤退的命令，正想退回，后路却被沈鸿英、梁鸿楷截断，当下散的散，缴械的缴械，只剩少数部队退往罗定等处。叶举退到三水以后，急忙调集北江援军折入河口，防阻滇、桂联军东下。无奈叶军斗志全无，屡战屡败。当下省城震动，人心惶惶，各团体纷纷派代表谒见陈炯明，请他下野。到了十二年一月十五日，形势更加危急，陈炯明部下都主张退保东江，陈炯明仍犹豫不决。忽然接到军报，海军总司令温树德已和滇、桂军保持一致。而此时魏邦平态度不明，陈炯明知道事情已经无法挽回，长叹一声道：“大势至此，只好退保东江了，一切事情由你们斟酌去做，我就应了人民之请吧！”当日通电下野，领兵退出广州，守惠州根据地去了。同时，另派一部分军队退往北方韶关一带，以便和吴佩孚派往援闽、赣的孙传芳部队联络。总计从六月十五通电请孙中山下野，到十二年一月十五陈炯明自己通电下野，整整不过七个月的时间。陈部洪兆麟的军队原属湘军，并非陈氏嫡系，这时见陈氏失败，便在汕头宣告独立，欢迎孙中山、许崇智回粤。

孙中山此时仍在上海，许崇智则在福州。原来，许崇智于韶关战败后，和黄大伟、李福林退入福建。因福建督军李厚基祸国害民，三人致电声讨。恰好这时徐树铮到闽，暗地怂恿李厚基部中的旅长王永泉和许崇智联络，反对李厚基，并通告设立建国军制置府，限李厚基在二十四小时内退出福州。李厚基见了电报勃然大怒，立即率领亲信部队，到水口和王永泉决战。双方相持了几天，未分胜负。许崇智探得福州空虚，当即派黄大伟和李福林连夜前往袭取，福州毫无守备，自然难以抵御，因此黄、李两人不费吹灰之力便得了福州。李厚基听说福州失守，无心作战，王永泉乘势进攻，李军抵挡不住，立刻溃散。李厚基急忙逃入日本籍的台湾银行，第二天又逃入中国军舰。海军中人对李厚基原无好感，当下把他监视起来。而李厚基留下的亲信军队史廷飏部还想夺回福州，却也不敌黄、李部队，只一仗便大败而退，随后被海军陆战队截留遣散。

许崇智与徐树铮、王永泉进入福州，商量建设计划。徐树铮毫不客气，决定依照自己所著的《建国真诠》设官分职，以制置府的名义，任命王永泉为福建总抚，统辖军民两政。这些消息传入陈炯明和北京政府当局的耳朵里，大家都很担心。此时，陈炯明虎踞广州，正是全盛时代，立刻委派洪兆麟为援闽总司令，尹骥为总指挥，率部讨伐许崇智。洪兆麟虽接到命令，但到了汕头却不肯前进，所以洪军和许崇智并未接火。北京政府所担心的，不在许而在徐，因而委派江西的常德盛师为援闽总司令，入闽讨伐徐树铮。常德盛进军后，又委派李厚基为福建讨逆总司令，萨镇冰为副司令，高全忠为闽军总指挥。萨镇冰原属海军中的人物，得了北京政府的好处，便竭力为李厚基想办法，因而李厚基得以脱离海军监视，赴南京求援。

许崇智等人在福州得到消息，忙开会讨论。李福林道：“孙总统昨天通电任命我们为东路讨贼军一、二、三路司令，并说前福建第二师长臧致平已经回到厦门，一定有所活动，南路可以无忧。常德盛未必肯死战，我们只需要派军队堵截，不必十分担忧。至于高全忠，并没什么实力，也不足虑。我们现在要留意的只有海军一方面。”许崇智等都点头称是，当下决定防守西北路，又向海军疏通，叫他们不要帮助北京政府，至少要严守中立。

许崇智的部下许济奉命在杉关防守，常德盛的军队到了杉关，许济不战而退。常军占住杉关，又向光泽进通。许济稍微抵抗了一下，便退守邵武。常德盛觉得非常奇怪，于是不敢轻易前进，改攻势为守势。许济得到这个消息，立刻通电报告许崇智。许崇智大笑，和黄大伟又商量了一条密计。两天后，黄大伟带领部下往西北路去了。

一天，徐树铮去拜访许崇智。二人谈了一会儿军情，忽然说起制置府的事情。许崇智道：“制置府的存废，现在并无问题，只是总抚一职，闽人非常反对，还是设法更改的好。”徐树铮沉默了一会儿才说道：“我改任王永泉为总司令，林森为省长，军民分治如何？”许崇智道：“这也是应急的办法，不如就这样吧。”第二天，徐树铮下令裁撤总抚，改任王永泉为福建总司令，林森为省长。王永泉开始还不知道是怎样一回事，后来听说是许崇智的意思，便对许非常不满，对徐的态度也大不如前。徐树铮见自己的目的已经达到，便于十一月二日离开了福州。而许崇智和王永泉却仍像往日一般共事。

李厚基在南京得到齐燮元的帮助，带着巨款到厦门与高全忠商量，想要反攻福州。不料，高全忠被臧致平的旧部围攻，高全忠大败，和李厚基一起逃到了鼓浪屿。常德盛部此时已占领邵武，得知高全忠大败，黄大伟已领兵到泰宁，并将绕攻常军后路，便不战自退，连杉关也完全放弃了。许济追攻前进，收复了杉关。吴佩孚听说援闽各军屡战屡败，非常震怒，当即委派长江上游总司令孙传芳为援闽总司令，移兵入闽，随即任命驻扎江西的周荫人为总指挥。周荫人一接到命令，便带领一混成旅攻入邵武。孙传芳则运兵由武穴入江西，后转入福建，准备战斗。不料孙传芳军队到福建时，许崇智已被孙中山任命为广东总司令，拔队回广州了。王永泉本来就与许崇智不和，当下联络萨镇冰、刘冠雄声明拥护中央。孙传芳得到消息，立即电呈中央，并向曹、吴请示。吴佩孚知道他的意思，于是电请中央下令，“孙传芳的所有讨逆军总、副司令立即撤销，援闽军队即刻停止进行”。与此同时，中央还下令，李厚基来京，另候任用，裁撤李厚基福建督军一职，撤销对王永泉的通缉。福建的事情，总算告一段落。

许崇智部没有回到广东之前，广州各军共同设立了一个海陆军警联合维持治安办事处，推举魏邦平为主任。不料在海珠会议上，朱培德因魏邦平之前附和过陈炯明，而与魏发生言语冲突。滇、桂军也怕魏重新反叛，索性将他扣留，然后将他的陆军第三师一并缴械遣散。沈鸿英把自己的部队开到广州城外，通电欢迎孙中山先生回粤，主持善后，同时发电报催促许崇智尽快回粤。许崇智率队到了大埔，不知为什么竟和洪兆麟的军队发生冲突。洪兆麟不愿和许氏发生战祸，危及自己的地位，于是传令部下退让。许崇智顺利到达潮州。这时，尹骥的部队驻扎汕头，正想派兵堵截，忽然又听说商会接到许崇智的电报，勒令供饷二十万，不觉大怒，立刻派兵向许崇智进攻。因此，许崇智军不能直接回到广州。