李烈钧、许崇智、梁鸿楷、黄大伟、朱培德各部军队，在江西的战事节节胜利，已经占领赣南各地。北军蔡成勋虽代陈光远节制江西军队，却也无法抵挡护法军。孙中山发信催促回军平乱的那天，李烈钧正在猛攻吉安，和沈鸿英的部队激战，后来蔡成勋、周荫人等部队前来支援，北军陡然增加了许多生力军，气势大振，因此北伐军不能**。好在湖南陆军第六混成旅旅长陈嘉祐带领所部，帮着李军攻打，还能维持个势均力敌。想不到广州政局变动消息传来，北伐军顿时生了内顾之忧，只得撤退。周荫人部乘势追击，陈嘉祐部大败，只得退入广东，助北伐军讨伐陈炯明。朱培德、李烈钧、许崇智等人退到边境，大家商议：我军一齐撤退，北军乘势进逼，则腹背受敌，必难取胜。何况我们饷械的接济已经断绝，肯定无法支撑很久，不如留一部分军队坚守赣南，分一部分军力去讨伐陈逆，这样才有效用。于是，大家决定先由朱培德、许崇智、黄大伟率部南下，其余暂留赣南，防止北军追击。许崇智的部队担任中路，进攻仁化；黄大伟担任东路，进攻始兴；朱培德担任西路，进攻乐昌。三路军队同时进击，与陈炯明军激战多日，互有胜负。李烈钧这时正在防守赣州，和蔡成勋、周荫人等部激战。李烈钧虽是智勇双全的军事家，无奈敌众我寡，敌盛我疲，饷械又无处筹划，因此抵抗了半个多月便支撑不住了，被北军夺去赣州。
就在李烈钧失守赣州的这一天，许崇智等人的军队也吃了败仗。南雄、始兴等处都被陈炯明占领，许崇智等残部陆续由闽边退去，知道已不能退回韶关一带，便分向湖南、广东交界的地方退却。韶关那面，许崇智、黄大伟两部军队战败退往闽边。朱培德、陈嘉祐等部还在仁化、乐昌一带激战，无奈子弹缺乏，也只好同时退却。至此，所有北伐部队完全失败。
消息传到广州，孙中山不肯相信。程潜、居正等人都请孙中山离粤，孙中山不从，道：“这种战报都出自敌方，岂可全信？万一前方并未失败，而我先离广州，又将如何面对敌前将士？”直到八月九日，各处败报才被证实，孙中山当即召集各舰舰长，开军事会议，决定大计。各舰长齐声道：“赣南既已失陷，南雄又将不保，前方腹背受敌，战事决难顺利。总统株守省河，有损无益，不如暂时到上海去，慢慢地再图讨伐叛逆之计，较为妥当。”孙中山也深知在此无益，便决定离粤赴沪，一面通告各国领事，声明总统即日离粤，一面叫人向商轮公司预定舱位。幕僚一齐谏阻道：“总统一身关系民国存亡，怎么能做这冒险之事呢？万一叛军有什么阴谋，总统岂不危险？”孙中山侃然道：“我本中华民国总统，一切应当光明正大，怎能鬼鬼祟祟，学末路政客、失败军阀的样子，秘密动身呢？”幕僚再三婉谏，孙中山仍固执己见。
大家正为难时，恰好英领事托人回复说：“孙总统如果决意离粤，我可派炮舰摩汉号护送总统前往香港，不必另搭商轮。而且明天还有俄国皇后号邮船由香港前往上海，如孙总统前往上海，请于下午三点钟趁摩汉炮舰到香港，我可以电告香港，预备舱位。”众幕僚听了都高兴地说道：“难得英领事盛意，总统不可辜负了他。”孙中山沉吟未答。那回复的人道：“英领事此举非常诚意，总统无论从邦交上着想，还是从友谊上着想，都不可辜负他。”孙中山这才同意。到了下午三点，孙中山带了幕僚登摩汉舰离开广州。走前，孙中山将舰队的善后事宜委托秘书林直勉和参军李章达二人代为办理，并发一个月的军饷，以奖励官长、士兵忠勇奋战。
下午四点，摩汉号出发，七点出虎门要塞，孙中山在船上向大家说道：“想不到我们今日竟能脱险，一息尚存，此志不懈，民国的责任仍在我们身上，万万不可轻弃，负了初心。”参军林树巍道：“总统忠心为国，对于世界政治情形观察得尤其透彻，不知道中国究竟要怎样，才能富强，脱离殖民地的地位？”孙中山向来是沉默严肃的，这一天却和往日不同，谈论风生，很有悲歌慷慨的样子，当时便回答道：“中国要求自由平等，脱离列强的压迫，除了革命之外，自然没有第二条路可走。就拿联省自治来说，不过是一种变相的军阀割据，万万不可实行，而且是决不能实行！”张侠夫道：“美利坚、德意志不都是联邦制吗？为什么他们实行就可以富强，在中国却不能实行呢？”孙中山道：“你们可谓知其一不知其二。美、德各国本来没有军阀割据的事情，而且他们的领土较小，不能单独存在，所以可行。至于中国，不但土地比世界各国要大，而且人民也比各国要多得多，假如准许各省自治，则各省无论在财力、兵力上以及其他，都可以脱离中央而独立。军阀借自治之名，行割据之实，所以不如分县自治，较为妥当。因为县的范围有限，一乡一县的事情，人民容易见到，该兴该革的地方也容易实行，可以不至于如省自治制那样难管理。”张侠夫道：“总统伟论，我们都明白了。但这是内政问题，若就外交而论，又该联络哪一国呢？”孙中山道：“这也不可执一而论，须看他们的情形。”大家齐声道：“总统不妨把各国的情形讲给我们听听，看中国该学哪一国，该联络哪一国？”孙中山道：“美国人向来重感情，主持人道；法国尊重主权，又崇尚道义；英国外交，则专重利害，不过他的主张，中正不偏，又能识别是非，主持公理，所以对外态度，总不失其大国之风。现在，我国的外交，该学英国公正的态度，美国远大的规权，法国爱国的精神，即尊重主权，尊重本国的主权，以立我民国千百年永久之大计。从国际地位上来说，和我们中国利害相同，又毫无侵略顾忌，而且又能提携互助、策进两国利益的却只有德国。可惜我国人不明白德国的真相，因为大战失败，便以为不足齿列。殊不知德国的人才有学问，可以资助我国发展实业，建设国家。所以此后我国的外交，对于海军国，固然应当注重，不过对于欧、亚大陆的俄、德两国，更不能不特别留意。不可盲从他国，反被别人利用啊！”众人听了，都欣然表示同意。一直讨论到凌晨两点钟，才各自就寝。
早晨六点，摩汉舰到了香港。中午十二点，俄国皇后号邮船起航。第二天，接到广州英领事的无线电，报告白鹅潭海军和保护人员离粤赴港的情形。孙中山复电感谢。一行人在邮船上住了五天，无非讨论些国家、世界的事情，也谈论广州事变。到了八月十四上午，邮船开到上海，孙中山在吴淞口登陆。当时，上海各团体代表在岸上欢迎的足有好几千人，孙中山听说他们在风雨中已等候了好几天，极为感动。确定寓所后，当天下午孙中山便召集中华革命党的同志，讨论国会和时局问题，于第二天发表了《护法宣言》。
宣言发表以后，南北人民才知道广东兵变的内幕，极为痛恨陈炯明，将他斥为国家之贼，社会之蠹；而对于孙中山先生的信仰之心，却愈发深切坚固，认定孙先生为现代唯一救世主。