魏邦平走后，海军中有传言说，海圻、海琛、肇和三大舰将私离黄埔，任由鱼珠、牛山各炮台炮击其余各舰。一时间，人人惶恐，孙中山却仍泰然处之，非常镇定，因此传言渐渐平息。过了几天，钟惶可再次代陈炯明到永丰舰向孙中山求和。孙中山笑道：“陈炯明对我毫无诚意，求和的话岂能深信？况且他的部队本是我的部队，此次举动实是反叛行为，所以他只能向我悔过自首，决不能说求和。”钟惶可还想再说，忽然魏邦平派人来见孙中山。来人道：“魏司令愿担任调停之责，拟定了三个条件，请总统批示。第一条是逆军退出省城，第二条是恢复政府，第三条是请北伐军停止南下。”孙中山斟酌了一会儿，方才答应。钟惶可见孙中山已经答应，便和魏邦平派来的代表一齐告退。
二人走后，忽然有军旅长李云复派代表姜定邦来见。孙中山回顾众人道：“你们猜李云复派代表到这里来干什么？”秘书张侠夫道：“大概是求和。”孙中山点头道：“所见与我略同，就派你代表我见他吧！你跟我多年，说话必定体会我的意思，也不用我嘱咐了。”张侠夫随即出去招待姜定邦，问其来意。姜定邦道：“此次事件实是出于误会，陈炯明总司令事前毫不知情，近来知道了这件事，十分愧恨，情愿来向总统请罪，务必请张秘书转达总统海涵。李旅长愿以身家性命担保，陈炯明以后断无叛逆行为，也请转达总统。”张侠夫道：“李旅长如果能附义讨贼，总统必嘉奖优容，毫无芥蒂，断无见罪之意。但陈炯明是此次事变的祸首，也是民国的罪魁，他如果能赦免，那么反复无常的叛徒，谁都想效尤，还有什么典律法纪可言？”姜定邦再三请张侠夫向总统进言劝解，张侠夫道：“转达是一定的。至于求和，答应不答应，总统自有权衡，兄弟也不敢擅自做主。”姜定邦笑道：“只要张同志肯向总统进言，兄弟就感激不尽了。”
张侠夫回来报答孙中山，孙中山道：“陈炯明请罪，根本毫无诚意，却偏有许多人替他说话，这其中难免别有狡计，我们还是赶紧催促前敌各将士回粤平乱，切不可中了他的缓兵之计。”一旁的林直勉当下插言道：“根据目前状况，回师计划实在非常急迫。听说温树德司令因受败类何某挟制，态度非常暧昧，海圻、海琛、肇和三大舰也受了叛军贿赂，不日就要离开黄埔。如果这三舰走了，那么其余各舰直对鱼珠，都在炮台的监视之下，一旦对方炮台发炮射击，各舰没有掩护，必然不能抗衡。那时前进被炮台所阻；要绕离黄埔，则海心冈的水势又浅，各舰肯定无法通过。各舰即使不为炮火所毁，也必被他们封锁，不能活动，总统须预先布置才好。”孙中山微笑道：“我们既已抱为国牺牲的决心，死生必须置之度外，方寸既决，叛军还有什么办法？种种谣言，何必去信呢？在此危疑关头，我们只有明断果决，才能支撑危局。”
到了晚上，三大舰突然熄灯，人心倍加惶惑。而孙中山起居如常，如屹立的泰山不可摇动，全军将士很是叹服，心思也略为安定了。到了第二天，陈炯明的部将洪兆麟派陈家鼎拿着亲笔信来见孙中山。信中的意思大概说：“本人打算与陈炯明同来谢罪，请总统回省组织政府，而后再任陈炯明为总司令。”孙中山当即写了一封回信给洪兆麟，信中所写，无非责以大义，却一句也没提及陈炯明。这天，魏邦平来见，孙中山问他逆军为什么还不退出广州。魏邦平顿了顿，才说道：“此事还没有接洽妥当，最好请总统发表一个和六月六日相似的宣言，责备陈军各将领不该轻举妄动。如此一来，陈军必然根据这个宣言，拥护总统，再组政府。”原来，孙中山先生曾于六月六日在广州宣言，要求两件事情：一件是惩办民国六年乱法的罪魁，一件是实行兵工制。孙中山觉得有些离奇，便道：“你的话真令我不懂，陈军甘心叛逆，何必去责备他。如果他们确有悔过的诚意，我自当另给他们一条自新之路。可先叫他们把广州附近的军队退出百里之外，以免殃及百姓，把广州完全交与政府，然后再谈别的。”魏邦平默然，过了好久，才说道：“现今事情危迫，总统为何不略微迁就一些，给陈军一个拥护总统的机会呢？这也未必不是民国之福啊！”孙中山正色道：“如果不能先令逆军退出广州，那么我宁甘玉碎，不愿瓦全。我是国会选举出来的总统，决不能做叛军拥护的总统。请魏同志努力训练士兵，看我讨平叛逆。”魏邦平道：“总统如此固执，肯定会后悔的。”孙中山断然道：“古时帝王殉社稷，总统是应死民国，有什么可后悔的？”魏邦平默然而去。
第二天，秘书林直勉听说这些话，不禁叹息道：“时局如此危迫，竭诚拥护总统的，能有几人？魏司令不足责怪。只是不知北伐军队到底什么时候才能南返？”正在感叹，忽然有人闯了进来，林直勉吃了一惊，定睛一看，原来是参军林树巍。林树巍见了林直勉道：“林秘书可知祸在旦夕吗？”林直勉惊讶道：“为什么说这话？”林树巍道：“刚得到可靠消息，三大舰决定于今日驶离黄埔，留下的尽是些小舰队。我们前无掩护，后无退路，岂不是危机四伏吗？”林直勉道：“消息确实可靠吗？”林树巍正色道：“这事非同儿戏，哪里有不确实的道理？”林直勉笑道：“此事我早已料到，不过在今日实现，未免太早了。”说完，便和林树巍一同去见孙中山。孙中山拿出一封信和一个手令给二林看，原来那封信是许崇智从南雄发来的，说北伐军已经开拔回省。两人读完后，眉头稍展，说道：“北伐军回省，叛军应该不日可以讨平了。”孙中山道：“最后的胜利，必在革命军队，叛逆的必败。你们再看我的手令。”林直勉拿起手令一看，原来是命各舰由黄埔上游，经海心冈，驶往新造村附近，掩护长洲要塞。林直勉不禁大吃一惊道：“总统为何下此命令？”孙中山道：“此令还待斟酌，并非即刻就要发布，你们不必向他人提及。”林树巍道：“命令没有发布，我们怎么敢泄露。但总统还不知道三大舰已变节附逆，要离开黄埔了。”孙中山泰然道：“我刚才也接到这个报告，所以有驶往新造村的决心。”林直勉道：“海心冈水位那么浅，舰队如何通过呢？”孙中山没有回答，二人满腹狐疑地退了出去。
到了晚上，海圻、海琛、肇和三大舰果然升火起锚，驶离黄埔。孙中山得到消息后，立刻下达手令，命其余各舰经海心冈驶往新造村附近。各舰长得令，都派人来禀报：“海心冈水浅，怎么通过呢？”孙中山道：“不必担心，我自有办法可以通过，否则我怎么肯下这令？”各舰长只得遵令前进。到了海心冈，果然安然而过，并不觉得水浅。孙中山向他们解释道：“我当时虽不信三舰会叛变，但早已想好退路。军事胜负，原本就很难说，我深恐被叛军封锁，所以暗地里常常派人去测量海心冈的深浅，据报总在十五尺以上，所以我毫不在意。当时不告诉你们，是担心万一泄露，被逆军知道，在海心冈一带增设炮兵截击，那么我们通过时，又要多费周折了。”众舰长都十分叹服。
孙中山到达长洲后，传令长洲要塞司令马伯麟戒备，以防叛军袭击。马伯麟进言，请孙中山驶入省河，乘叛军没有准备，突然袭击，便可大获全胜。孙中山叹道：“我不是不知此举可以获胜，但恐累及人民，于心何安。我们现在所应注意的，是叛军探知我们离开黄埔，必然派队来袭击，不可不防。”正说着，外面忽然炮声大作，探报鱼珠炮台的叛军钟景棠所部渡河来袭。孙中山立即出外眺望，并令各要塞司令派兵应战，各舰开炮助战。钟景棠军因没有掩护，死伤很多，纷纷溃退。孙中山正在高兴时，忽然见自己的队伍中飘出几面白旗来，不觉一惊，用望远镜仔细审视，只见那几面白旗在海军陆战队的队伍中飞扬。原来是队长孙祥夫带领部下倒戈，向马伯麟攻击。钟景棠军乘势反攻，马伯麟抵挡不住，士兵大半溃散。孙中山顿足道：“又伤我这么多爱国士兵，真是可痛！”
马伯麟登永丰舰向孙中山谢罪，孙中山安慰他道：“马同志忠勇可嘉，如果人人都像马同志这样，那么叛军早已讨平了。今日战败，祸首是孙祥夫，马同志又有什么罪呢？”马伯麟逊谢。孙中山又道：“现在长洲要塞已失，我想令各舰攻占车歪炮台，为我海军根据地，不知马同志觉得如何？”马伯麟道：“车歪炮台地势非常险恶，炮队密布，要想攻克，肯定很难，想通过，也绝不容易；不如把舰队驶到西江去活动，还比较妥当。”孙中山笑道：“马君只知其一，不知其二。我们如前往西江，必须经过牛山、鱼珠各炮台，又有三大舰驻在沙路港口，监视我们各舰的行动，就算我们能够冲过牛山、鱼珠，三大舰势必阻止我们通过，到那时我们反而进退两难了。所以这时除袭取车歪炮台，驶入省河之外，没有别的妥当方法了。”大家这才恍然大悟。
当下，孙中山率领永丰、楚豫、豫章、广玉、宝璧各舰由海心冈开到三山江口。当时天已微微亮了，各舰率先向车歪炮台粤军的阵地发起攻击，粤军发炮还击。当时，舰队炮少，而粤军布置周密，大炮又多，所以孙中山率领的各舰长非常惶恐。孙中山奋然道：“民国存亡，在此一举；今日之事，有进无退。”说完，令座舰先进，再令各舰继续前行，奋勇冲击。不料，舰队刚到炮台附近，粤军预先布置在那里的两营野炮队便铺天盖地地向舰队发射炮弹。舰队猛攻了好久，因陆上部队太少，只攻克东廊一岸。各舰通过时都受微伤，孙中山的座舰却受重创，连中六弹。各舰不得不直开到白鹅潭，以图再举。此时永翔、同安各舰赶来附义讨逆。
当时，白鹅潭附近的商人担心在此开战，影响商机，派税务司夏竹和西方人惠尔来见孙中山。夏竹先问道：“总统来此，是否为避难？”孙中山正色道：“我是中华民国的总统，此地是中华民国的领土，我当然可以自由往来，怎么能说是避难？你说的什么话，我真不明白！”夏竹支吾道：“并非本人多问，因此地是通商港，接近沙面，假如发生战事，牵动外国战舰，发生交涉，可如何是好？所以总统不如暂时离开广州，使商业免受影响。”孙中山愤然道：“这话是你应该说的吗？我生平只知公理和正义，不畏强权，不服暴力，决不怕无理的干涉。”夏竹默然。惠尔在旁看了，不觉肃然起敬道：“总统真是中国人中的爱国奇男子，谁说中国没有人才呢？我今日才见到总统的大无畏精神啊！”夏竹听了这话更觉惭愧，忙和惠尔一同致敬而退。二人离开后，又有海军总长汤廷光来信，请求准予调解。孙中山当下写了一封回信，表示同意。
第二天，孙中山正在慰劳海军将士，忽然接到汤廷光送来的议和条件，完全以敌体相视，并以次日十二点为限。孙中山毅然令秘书起草，回绝调停。信内有这样的话：“叶举等叛逆之徒如无悔过痛改的诚意，那我们就如来函所称，以明日十二时为限，兵戎相见！”各士兵得知来函的内容，十分激愤，争着要见孙中山，情愿誓死讨贼。孙中山慰谕道：“昨天，各舰通过车歪炮台时，忠勇奋发，殊堪嘉尚。中国海军如果都能够像昨天那样勇往直前，奋勇杀敌，则前途大有希望。现在，处于万分危迫之中，你们却还能如此勇敢向义，同志们，叛逆之徒必将被我们讨平，不过是时间问题，大家不要急于一战。”各兵士这才愤然退出。
此时，水上警察厅所辖的广亨、广贞两舰前来支援。不料开到车歪炮台附近，却被粤军炮火截住，两舰激战了几个钟头，因舰力薄弱，无法通过，只得和东廊附近陆上的各部队一齐退到江门。孙中山得到消息，正和幕僚谈论赞叹，忽然汪精卫来见，孙中山问他有什么事。汪精卫道：“刚才得到一个确实的消息，说叛军在韶关大败，我滇军已占领芙蓉山、帽子峰等要害，推进速度极快，简直是所向无敌……”汪精卫刚想说下去，忽然张侠夫匆匆进来说道：“奇怪了，刚来附义的永翔舰又要离开这里了，也不先来禀告一声，不知是何道理？”汪精卫道：“我刚进来时，听说是温树德司令它召去的，不知道是否属实？”张侠夫道：“我们该截住它，别让它离开。”孙中山摇头道：“它既称有温总司令的命令，就由它去吧，不必阻挡。”又对汪精卫道：“你继续说韶关的消息。”汪精卫道：“我军的飞机队，听说也已经飞过韶关，在马霸、河头等地方抛掷炸弹，命中的很多。现在，省城叛党都有遁逃的现象，韶关大概指日便可被我军收复了。”