孙中山先生在广西准备北伐，屡次电嘱陈炯明筹饷。谁知陈炯明此时已暗受吴佩孚贿赂，不但不肯遵命，反而克扣饷械，散布流言，唯恐北伐军不败。孙中山虽念他以前的劳绩，不忍重惩，但为革命前途起见，又不得不将他停职。四月二十一日，护法政府下令罢免陈炯明广东省长及军总司令等各职衔，广东省长一职委伍廷芳继任。陈炯明接到命令后，便带领本部军队连夜赶到惠州驻扎，自己则去了香港。第二天，孙中山先生和许崇智、胡汉民等回到广州，和伍廷芳等人说起这件事，彼此叹惜不已。陈炯明虽然走了，但没有影响到广州治安，再加上孙中山回来布置了一番，越觉得四平八妥。
有人说陈炯明军队并未解散，恐怕会与北方军阀勾结，必须要从根本上铲除。孙中山先生向来仁厚，听了这话，便道：“陈炯明虽然根性恶劣，但决不会做反噬之事。此说是以君子之心，度小人之腹。何况炯明的部下有不少明理的人，怎么会有异动呢？”而后，孙中山和伍廷芳、廖仲恺等人商议：“内部事情虽多，北伐却万不可中止，我想立即令李协和率师攻赣，你们觉得怎么样？”廖仲恺和伍廷芳都很赞成。孙中山很高兴，当即下令命李协和攻赣；又派许崇智、梁鸿楷两军同时攻打赣南。许、梁接到命令后，厉兵秣马，纷纷出动。赣南的守备极弱，怎么能挡得住北伐军的精锐呢？一见北伐军的旗号，便相率溃退。于是，许、梁二人轻易得了龙南、虔南两县，略为布置后，继续推进。
此时，陈炯明部队已陆续由桂返粤，到广州以后，向护法政府提出要求，一是要求恢复陈炯明的广东省长和军总司令两职，催促他归国，二是罢免胡汉民。孙中山先生见了这两项要求，想起陈炯明以前的功绩，觉得非常可惜，便令陈炯明办理两广军务，所有两广地方军队均由他节制、调遣。谁知陈炯明受了吴佩孚的贿赂，竟忘了革命的天职，非但不肯就职，反而暗地嘱使部将叶举等人通电请孙中山总统下野；甚至派兵围攻总统府，占领行政各机关，并派兵进驻韶关，遏阻北伐军的归路。
在孙中山总统心里，最重要、最关心的就是革命救国，其余的事情都不怎么在意。北伐军出师没多久，黄大伟便占领了崇义，许崇智占领了信丰、南康、赣州，李烈钧占领大庾，半个江西已纳入护法政府管辖之下。孙中山非常高兴，任命谢远涵为江西省长，徐元诰为政务厅长。而北方政府为了讨好护法政府，竟同意谢远涵继任江西省长。这消息刚好和吴佩孚邀请孙中山先生北上的电报一起到来，孙中山见了吴佩孚的电报，付之一笑，并不回答，只催促北伐军火速前进。
六月十五日晚上十点钟，孙中山正在批阅军牍，忽然接到一个军官的电话，说今夜粤军将有变动，请总统赶紧离府。孙中山不信，依旧批阅军牍。又过了两个小时，忽然见秘书林直勉急急忙忙跑进来，向他行了一个礼，道：“报告总统，今晚的状况很不好，请总统赶快离开公府，暂时避一避！”孙中山从容地说道：“请你先说明白，怎样一个不好的消息？”林直勉道：“据确实的报告，粤军准备今夜围攻总统府，请总统赶快暂避。”孙中山微笑道：“陈炯明再险恶，也绝不会做出这种灭伦反常的事情，何况他的部下又都是我久共患难的同志，即使陈炯明确有此心，他的部下也未必肯助桀为虐。你听到的莫非是谣言吧？”正说着，参军林树巍惊慌失色地进来了。孙中山正要询问，林树巍已开口说道：“请总统赶紧离开总统府，粤军要来围攻总统府了！”孙中山道：“你们不必惊疑，这必是不逞之徒在那里造谣，诸君万一信以为实，反使粤军生疑，倒真激成兵变了。”林直勉道：“粤军向来蛮不讲理，总统绝不能以常情度之。如果真有不利于总统的事，总统怎样办呢？”孙中山慨然道：“广州的警卫军，我已全部调赴韶关，由此可见，我并没有丝毫疑忌他们的意思，他们若对我不利，何必出此下策？如果他们敢明目张胆，谋叛作乱，以兵力加于我身，那便是大逆不道，乱臣贼子，人人得而诛之。何况我身当其冲，岂可临时退缩，屈服于暴力之下，贻笑中外，污辱民国，轻弃我人民付托的重任呢？我今日只想为国除暴，讨平叛乱，以正国典。至于生死成败，不是我所计较的。”林直勉、林树巍见孙先生决心如此，不敢强劝，只得叹息着出去了。
孙中山因时间已晚，退入卧室就寝。谁知刚睡着，各处的电话接连不断地来报告兵变，请孙中山速速离开总统府。孙中山神态镇定，一点也不慌乱。到了凌晨两点钟，粤军有军官偷偷跑出来报告：“粤军各营已经用完餐，约定两点出发，并备好二十万现金，为谋害总统的赏金，还约定事成之后，准各营兵士放假三日。”孙中山听了这话，还不肯相信，正要解说，忽然听到一声很尖厉的号声，接着到处都掌起号来。不到一刻，号声由模糊而渐渐清楚，孙中山这才相信粤军确实叛乱了，当即传令卫队准备防御。这时已是三点多钟，林直勉、林树巍又来苦劝孙中山暂离总统府。孙中山厉声道：“陈炯明果真敢谋逆作乱，那么戡乱平逆是我的责任，岂可胆小畏避，放弃职守？万一力不从心，也只有一死殉国，以谢国民，怎能说出暂避的话来？”林直勉等人再三相劝，孙中山执意不从。林树巍见他如此坚决，知道不是言语能动摇的，便顾不了什么，上前挽住孙中山的胳膊，想用强力让他出去。一时间，大家都围了上来，七手八脚地把这位镇定不屈的孙先生四面扶住，用力挽出了总统府。孙中山先生挣脱不了，只得和他们一起走。
这时，路上已布满了粤军的步哨，见了孙中山一行人，盘诘得更为仔细。幸好林直勉口才很好，才得以通过。刚到财政厅门前，粤军的大队也到了，盘诘得更为厉害，一行人无法通过，孙中山先生只得单身夹杂在粤军中间，跟粤军一起行进。孙先生向来非常镇定，遇到大事的时候更是从容不迫，粤军还以为是自己队伍中人，并不疑心。一直到了永汉马路出口，孙先生才算真正脱险，然后直奔长堤海珠的海军总司令部。海军总司令温树德听说孙中山到来，又惊又喜，惊的是粤军真的起事，喜的是总统虎口脱险。温树德赶紧将孙中山迎到里面，说道：“此地也不安全，万一叛军大队攻击，必又发生危险，总统不如到楚豫舰上，召集各舰长商议一个讨贼计划吧！”孙中山便和温树德一同到了楚豫舰上，召集各舰长商议平逆计策。各舰长个个义愤填膺，誓死拥护。
第三天，有人从总统府逃出，向孙中山陈诉粤军的残暴。孙中山先问五十多个卫队队员的情形，那人道：“卫队在观音山秀楼附近对抗了三四个钟头，叛军冲锋十多次都被卫队用机关枪击退。死伤的数目在三四百以上。后来因为子弹缺乏，才被迫缴械。守卫总统府的警卫团和叛军抵抗了十多个钟头，后来子弹告绝，全被缴械。缴械以后，叛军竟用机关枪扫射，他们全都遇害了。”孙中山叹息不已，那人又道：“叛军起初用速射炮扫射总统府，后来担心总统还在秀楼，便用煤油烧断通往总统府的桥，以防总统出逃。沿路伏着的叛军更多，专等总统的汽车出来，突然截击。后来始终没见总统出府，他们还仔细搜检了一番呢！”
这时，忽然有士兵进来报告，说外交总长伍廷芳和卫戍司令魏邦平来见。孙中山立刻传见，两人进来见了孙中山，便讨论起平叛的事情。孙中山命魏邦平将所部集中大沙头，策应海军进攻陆上的叛军，恢复广州防地，魏邦平遵命。孙中山又向伍廷芳道：“今天我必须带领舰队讨平叛军，否则中外人士必定要笑我没有平乱之方；而且不知我行踪所在，更易使革命志士涣散。假如畏惧暴力，蛰伏黄埔，不尽讨贼职守，徒为个人避难苟安之计，将怎样晓示天下呢？”伍廷芳听了非常赞服，立刻出舰登陆，通告各国驻粤领事，严守中立。
孙中山当即统率永丰、永翔、楚豫等七艘军舰出动，由黄埔经过车歪炮台，驶至白鹅潭，命各舰对准大沙头、白云山、沙河、观音山、五层楼等处的粤军发炮。粤军因没有障阻，根本抵抗不住，死伤约六七百人，大部分士兵溃逃。舰队沿长堤向东前进，不料魏邦平所部陆军竟没能如期响应。粤军乘势复合，发炮抵抗。孙中山知道乱事不能立即平定，只得暂时率舰回到黄埔，商议第二次进剿方法。陈炯明见海军拥护孙中山，知道不收买海军，就不能消灭孙中山的活动能力，便动员海军中立。海军正愤激异常，怎么肯被收买？于是，陈炯明实行大放假的约定。粤军在广州城内烧杀抢掠，无恶不作，甚至白昼**，肆无忌惮。有个女子被**至五六次之多，腹胀如鼓而死。孙中山在舰上听到这些消息，愈加伤感，因陆军力量薄弱，他当即写信给前敌李协和、许崇智、朱培德、黄大伟、梁鸿楷，令他们迅速回粤平乱。随后，孙中山先生从楚豫舰移到永丰舰办公。
此时，各处起义的军队颇多，黄埔一带有徐树荣、李天德、李安邦等人，所部约一千多人，军威稍振。孙中山正想攻取鱼珠、牛山各炮台，为扫灭叛军做准备。忽然有人进来报告说：“伍廷芳总长逝世了。”孙中山不觉吃了一惊，流着泪向左右说道：“本月十四日，廖仲恺因赴陈炯明惠州之约，不想被扣石龙，生死未卜，已使我十分伤感；现在伍总长忽弃民众托付的重任，先我而逝，岂不可伤？”海军将士听了也十分悲愤，誓死讨贼，并全体填写誓约，加入中华革命党，表示服从总统，坚贞不渝。
这时，粤军动员海军初见成效，各舰中的某些官长已有些不安分的举动，因此也有士兵来问孙中山：“我们的长官和叛军订立条约，是不是已得到总统的许可？”孙中山不好明言，又不愿追问，只微微点头而已。于是，海圻各舰兵士都疑心温树德司令有不利孙中山之举，想拒绝司令回舰。孙中山得知后，再三调解，才没有实行。其实这时的海陆军有显明从逆的，有态度暧昧的，也有主张中立的，不过都只在酝酿之中，还未完全成为事实。所以孙中山以诚示人，大义感人，以期众人感动，不为贼用。陈炯明一直在暗中操纵叛军，并未公然露面，却已被舆论唾骂得非常厉害。陈炯明没有办法，只得派钟惶可带着他的亲笔信，到永丰舰上晋谒总统，恳求和解。
孙中山看了信，还没下什么结论，忽然魏邦平来见，孙中山便把这封信交给他看。魏邦平把信看了一遍道：“看他这封信也还说得恳切，或者有些诚意，不知总统可准调解？”孙中山正色道：“当初宋亡的时候，陆秀夫恐帝受辱，甚至投水而死。今日之事，不可让先烈白白牺牲。我虽才疏，也不敢不以文天祥自勉。宋代之亡，尚有文、陆；明代之亡，也有史可法；如果民国亡的时候，没有文天祥、陆秀夫这样的人，怎样对得住为民国而死的无数同志？将来又怎样做国民的模范？既自污民国十一年来庄严灿烂的历史，又自负三十年来效死民国的初心，还成什么话？”魏邦平见孙中山说得义正辞严，不觉色变。