吴佩孚听说是老帅的意见，自然没有话说，便让吴景濂、王家襄到天津自行召集。这时，李烈钧、许崇智、梁鸿楷、黄大伟奉了广东革命政府的命令，誓师北伐，江西省内已有很多地方被他们攻克。吴佩孚虽然料定他们必有内争，却也不敢大意，根据陈光远告急的电报，请政府任命蔡成勋为援赣总司令，率领本部军队南下。不过此时的吴佩孚已经不怎么把这类事情放在心上，他所注意的是政治方面。恰好孙传芳因五月十五的电报无人注意，又发了一个电报给孙中山和徐世昌，原电大约道：
……广东孙大总统，原于护法，法统已复，功成身退，有何留连？北京徐大总统，新会选出，旧会召集，新会无凭，连带问题，总统一职同时失效。望两先生体天之德，视民如伤，敝屣尊荣，及时引退，中国幸甚！
徐世昌接了这电报，没怎么注意，不想第二天又接到江苏督军齐燮元的电报，与孙传芳的意思相同。
收到意思相同的两份电报，徐世昌总统知道此事已不能马虎过去，便和周自齐商量办法。周自齐道：“事已至此，总统要不声不响地过去，是万万办不到的。不如借着孙传芳的电报发一个通电，探探各督军的意见，各督军当然不能贸然决定办法，往返电商，交换意见，必然还需要许多日子，我们大可乘此周旋。现在说得冠冕些怕什么？”徐世昌见他说得有理，便发了一个通电，称“一有合宜办法，立即束身而退，决不留恋”。
就在徐世昌发通电的第二天，即六月一日，旧国会的宣言也到了，宣言说道：
……徐世昌之任大总统，既选自非法，大总统选举会显属篡窃行为，应即宣告无效。自今日起，应由国会完全行使职权，再由合法大总统依法组织政府，护法大业就此告成。其西南各省，因护法而成立的一切特别组织，自应于此终结。至于徐世昌窃位数年，祸国殃民，障碍统一，不忠共和，黩货营私，种种罪恶，举国痛心……当吴景濂、王家襄二人，率领一百多位议员发表宣言的时候，冯玉祥和刘镇华也发来电报请徐世昌辞职，弄得徐世昌六神无主，坐立不安。就在徐总统欲住不能，欲去不舍的时候，忽然保定方面派张国淦来京，说有要事见总统。徐世昌十分忧疑，赶忙会见。寒暄几句后，张国淦说道：“近日孙传芳、冯国璋各督军的电报和国会的宣言，徐先生都见到了吗？”徐世昌讷讷地说道：“见到了，都见到了。”张国淦道：“既然都已见到，不知道先生的意见如何？”徐世昌勉强笑了笑道：“我早就想辞职，苦于没有机会，今日能够卸下重担，是最好的了。就是当初我也并不想负这个责任，只是曹锟、吴佩孚两帅和张作霖极力劝驾，所以勉强上台。这并非个人私言，张先生洞烛事理，想必知道。”张国淦道：“以往之事，不必再提，徐先生既愿辞职，不知何日让出公府？”徐世昌一怔，笑道：“我也很想早些出京，只恨尚有几件事情未了，等布置好了再走，可好？”张国淦道：“曹、吴两帅吩咐，愈快愈好。徐先生若迟疑不决，多延时日，恐有不利。”徐世昌道：“不会太久，一两天内必会离京。”张国淦道：“既然如此，我明天再来讨取回信。”说完，退了出去。
徐世昌忧愤交集，无计可施，想现今掌兵权的只有京城卫戍司令王怀庆，彼此还有些交谊，便急忙派人把王怀庆请到总统府里，把张国淦说的话告诉了他，请他代为想办法。王怀庆想了半天才说道：“这件事，直方要人都已接洽一致，实在已到无可挽回的地步。我看总统还是让步为好，免得再生事端。”徐世昌见王怀庆竟这样说，更觉忧愤，想了一会儿，又忽然道：“当初并不是我自己愿意当什么总统，原是他们怂恿我出来的，现在又这样逼我，我偏不走，看他们怎样奈何我！”王怀庆想到当初自己也在劝驾之列，没有作声，过了一会儿，方才冷笑道：“我看徐老还是见机行事吧！他们原不和你讲什么前情，你要不走，合法总统已经复位，他们必会用武力来对付你，你怎么抵挡得住？到那时仍免不了一走，还坏了感情，失了面子，何苦呢？倒不如趁早让位，冠冕得多。”徐世昌仰首无语，良久才叹了一口气道：“我走后，他们难保不与我为难，与其走而仍不讨好，倒不如现在硬挺着。”王怀庆道：“总统如自愿下野，所有生命财产由我负全责保护。”徐世昌默然不语。王怀庆再三相劝，徐世昌才答应。当日便发了一道辞职的通电，并命国务院代行总统的职务。这通电发出后，徐世昌便由王怀庆保护，悄悄出京去了。随后国务总理周自齐给黎元洪发了一道电文，请他即日复大总统职。
谁知徐世昌虽然走了，黎元洪却没有同意复职。黎元洪已隐居天津好几年，奉、直交恶，直方要人和旧国会议员纷纷与他接洽，他门下的政客也分头向各方活动。自从恢复法统的呼声响起，素来冷落的黎宅门前顿时车马云集，十分热闹，每日催黎氏复职的电报有几十起，吴佩孚的电报最多。各方代表和国会议员的汽车、马车，日夜往来不绝。黎氏担心重蹈覆辙，不肯轻易同意。就在这万众欢迎黎元洪复职的时候，忽然来了一份出人意料的反对电报。
反对电报是六月三日卢永祥从浙江拍发的。其后如上海护军使何丰林以及主张联省自治的褚辅成、孙洪伊等人也纷纷来电表示反对。黎元洪因此愈加消极。随后，黎元洪的门下与卢永祥等人争论不休，但就时势情理各方面说起来，黎元洪实有不能不复位之势。当时，黎元洪推辞的态度非常坚定，无奈直方各要人已成欲罢不能之势，如国务院代表高恩洪、京兆尹刘梦庚、商界代表张维镛、安迪生，曹锟的代表熊炳琦、吴佩孚的代表李单率以及各省代表共四十余人，都纷纷前往黎宅请黎复职。
黎元洪被逼得没有办法，只得说道：“我也是中华民国国民一分子，各方迫于救国热忱要我出来复职，我又岂能置之不理？但现在国事的症结在于各省督军拥兵自卫，如能废督裁兵，我自当牺牲个人的前途。”曹锟、吴佩孚得报后，首先表示愿意立即废督裁兵，并请黎早日赴京就职。其余如河南冯玉祥、陕西刘镇华、湖北萧耀南和孙传芳等人也纷纷复电赞成，力请黎氏即日进京。再加上黎派政治家们更是纷纷催促，以为机不可失。于是，黎元洪在六月十日连发两电，表示同意复职。到了第二天，黎元洪由各省代表奉迎入都，摄行大总统职权。当下，黎总统明令撤销民国六年六月十二日解散国会的命令，内阁各部总长均免去本兼各职。特任颜惠庆为国务总理兼外交总长，谭延闿署内务总长，董康署财政总长，吴佩孚署陆军总长，李鼎新署海军总长，王宠惠署司法总长，黄炎培署教育总长，张国淦署农商总长，高恩洪署交通总长。
此令一下，全国欢呼，各省人民顿时有了和平的希望，以为从此可以过上统一太平的日子了。黎氏虽贵为总统，但却很平民化。单论总统府中的卫队，以前总有那么两三营陆军驻扎在内外；黎氏复职后，一律裁撤，只用了一百多个警察。
黎氏复职以后，不但直派各督军一致拥戴，就连之前持反对意见的卢永祥、何丰林等人也都通电承认。这时。直、奉战争还未完全结束，东三省省议会联合会竟特致电黎氏，主张奉、直停战，并呈上四条办法：一、直军退驻留守营，奉军即开始撤退出关，于七日内撤尽，以保双方安全；二、请中央派一与双方都有友谊的大员，及双方公证人，共同监视双方撤退，以期妥协；三、督军、巡阅使废止，全国一致，东三省不能独异；四、撤兵后京奉路即恢复原状。黎氏接到电报后，一面转交吴佩孚、曹锟；一面电复东三省，征求切实意见。东三省联合会的电报原由张作霖授意而发的，得了黎氏复电，自然还去和张作霖商议。
这时，张作霖已改称东三省保安总司令，他从滦州退出后，因战争失败而影响到东三省市面，不但人心恐慌，银粮更是吃紧，纸币的折扣逐渐低落。于是，张学良主张与直派议和，请英国传教士德古脱氏动员外交团出来调停。德古脱因张学良是教徒，同意帮忙，却没想到外交团因怕承担干涉中国内政的嫌疑，大都不肯出来调停。张学良没有办法，只得仍请德古脱以私人名义，介绍自己和直军直接谈判。此时，直军司令部已移至秦皇岛，但吴佩孚还在保定，陆军总长一职也未就任，司令部的事情完全由彭寿莘处理，所以德古脱氏先介绍张学良到秦皇岛和彭寿莘会晤。两人谈了一回，意思非常接近。当下，彭寿莘特致电陈明吴佩孚，双方商定于六月十一日会商具体办法。张学良回去和张作霖说明，张作霖当时没有表态。
到了六月十一日那天，奉、直两军又发生一次冲突，奉方得了一个小胜利，张宗昌等人便撺掇张作霖乘胜反攻。张作霖认为是条妙计，无论别人如何阻止，他都不肯听，并立刻加派大队人马大举进攻。直军怎么肯服输，自然是猛烈反攻。双方激战了一天一夜，奉军大败而退，直军**。正在直军扬扬得意之时，却踩到了奉军埋设的地雷，前锋军士当场被炸死了几百人，于是赶紧退回阵线。奉军又乘势反攻，不料这时直军的援军来到，两方就此激战起来。相持了三天三夜，双方死伤均达数千人。吴佩孚此时已命张福来回防岳州，听到这个消息，急忙和王承斌同到阵线上来视察。察看了一会儿，吴佩孚便和王承斌定计道：“如此作战，损失太大，却没有把握完全得胜，不如派军队过九门口，绕到长城北面，攻敌军背部，敌军首尾受敌，我们定可获大胜。”王承斌当天便带领本部军队，悄悄地绕到奉军背后。
奉军正和直军死战，想不到枪炮纷纷从背后飞来，奉军还以为是自己军队倒戈，军心立刻涣散，纷纷溃退。副总司令孙烈臣亲自督队，见此情形，知道遏止不住，只得败退。想不到王承斌的军队沿途截击，不但士兵死伤极多，而且连孙烈臣也身中流弹，不能作战。张作霖经此大战，知道已到了非讲和不可的时候，只得叫张学良央求德古脱说服外交团调解。张学良不肯，说：“当初我劝父亲暂时忍耐，息战讲和，也好养精蓄锐，等有隙可寻时，再图以逸待劳，必然可以报此大仇。可是父亲偏要听别人的话，乘势反攻，才有今日的败局。德古脱原和直系约定十一日商订具体办法，我们已是失信，再去求他，他怎么肯答应？”张作霖变色道：“你是我儿子，怎敢揭我短处？没了你，难道我就不能讲和吗？”张学良碰了一个钉子，只得硬着头皮去和德古脱商议。德古脱果然不肯答应，说：“你们已经失信一次，害得我无脸再去见人。”张学良回去报告张作霖，张作霖没有办法，这才授意东三省省议会联合会向北京政府求和。黎元洪回电，要求他们提出切实办法。于是，张作霖回电，愿派张学良、孙烈臣为代表，入关讲和。吴佩孚则派前线的王承斌和彭寿莘为代表。双方磋商了好几天，才订定和约，划出中立地方，双方各不驻兵，并请王占元、宋小濂监视撤兵。到了六月二十八日，双方军队都撤退完毕，直军调回洛阳，秦皇岛的司令部也于七月四日撤销。随后，京奉路完全通车，一场大战就此了结。
吴佩孚自黎元洪入京就职后，以为大功告成，从此南北和平。随即，电请孙中山、伍廷芳、李烈钧北上，共议国事。