山东问题没有解决，国民当然不服，依然有排日举动。山东齐鲁大学学生常常在通商要港，调查日货出入，不许华商贩售。一天，见有车夫运粮，输往海口，学生怀疑他私济日本人，便上前盘问。偏偏被日本人看见，叫来日警将学生逮捕。学、商各界得知此事后，立即聚集数千人到省长公署，请省长向日本领事交涉此事。省长派人劝慰，同意立即转告日领事，要求释放学生。大家等到晚上，仍不见学生被释放，又向省长署要求，直到第二天学生放回来后，大家才散去。之后又有数千乡民，因日本人在胶济铁路桥洞旁抽收人畜经过税，前往省长公署，请与日本人理论。省长婉言劝导，让大家少安毋躁，并说等政府解决青岛问题后，就不会再发生这种事情。乡民无可奈何，只好散去。但排斥日货，始终坚持如一。不只山东，其他各省也一样。于是，驻京日使强迫我国政府，严令禁止排斥日货，政府不得不通电各省，说：“陆征祥专使拒绝签字，正是统筹全局，亟谋补救。而各省排斥日货。徒然意气用事，反损友邦感情，务望责成军警，实力制止。”各省长官虽照式晓示，但国民不买日货属于交易自由，并非犯法，所以禁令毫无意义，政府也不过敷衍而已。既而又发生上海租界内悬挂日皇肖像，当众指骂等事情。四川重庆境内，日本领事宴请中国官绅，轿夫、马弁群集领事署门，用泥土涂抹门前的**徽章。日使提出，请中国政府设法消弭，并查办犯人，严行惩罚。政府只好通电各省，申谕人民，不要再冒犯友邦国徽及君主肖像。此外还有各种交涉，不胜枚举。
巴黎和会上，陆征祥专使等拒绝在对德条约上签字。在对奥条约上，由于中国是协约国，再加上与奥地利并没有什么关系，陆专使等立即签字。奥约与德约大致相同，无非是割让土地，裁损军队，放弃欧洲以外的一切权利，承认匈牙利、捷克斯洛伐克、南斯拉夫等新建诸国，并赔偿各国战争损失等。中国专使签字后，立即电达中央，当时已是九月中旬。于是，徐总统下令，宣告中华民国对于德、奥战争状态，完全解除。
中国向德、奥宣战本由段祺瑞首先主张，所以段祺瑞辞去国务总理，名为下野，实是仍任参战督办。德、奥约定易战为和，参战处应该撤销。但段派不愿就此闲散，当然预先筹划，以便改设机关。徐树铮出任边防，就是保持权力的先声，好在俄、蒙交涉屡次发生，中国不能不积极筹备。小徐已做了前驱，中央还特任一督办大员，作为小徐的援应。而督办大员的资格，当然非老段莫属。于是，督办参战事务处改设督办边防事务处，段祺瑞督办边防事务。那些倚奉段氏的人物也得以联蝉办事，权力依旧。
俄国内乱无暇外顾，西伯利亚一带新旧各党互相抵触，乱匪也乘势而起，到处滋扰生事。我国除蒙古外，吉林、黑龙江、新疆各界均与俄境毗连，时时戒备。吉、黑两省督军省长屡次致电中央，请派海军舰队前往松花江驻防。海军部提出议案咨交国务会议，国务委员全体赞成，并拿出前清咸丰八年《瑷珲条约》作为证据。《瑷珲条约》为中、俄两国所协定，内载：据此约文，乌苏里河往彼至海，如同连接，我国船只在黑龙江、松花江流域中，虽经过俄属江流，也是依据条约行事。更何况条约载明，只准中、俄两国行船，不准别国船只行走，是中国船只就可行。现在，俄乱刚刚平定，无暇顾及边境治安，中国正好筹办黑龙江防务。党匪一旦到来，中、俄商民就会一起遭殃，如果中国江防成立，不但华民免祸，就连俄民也受益匪浅。俄政府应该欢迎，不至于抗议。国务委员执此理由，决定由海军部委派王崇文为吉黑江防筹办处处长，并命海军总司令调利绥、利捷、利通、利川、江亨、靖安六舰，由沪北往松、黑二江驻防。各舰驶到海参崴，俄国人提出抗议，不允许中国舰队行驶，经海军代表林建章与外交委员刘镜人一再理论，才得以前进。将要抵达松花江口时，又被俄官阻拦，不让进入，舰队只好暂泊达达岛。达达岛地广人稀，没有地方购取煤粮，俄国人又截断各舰的运输，中国舰队几乎被困住。林建章等人一面与俄国人交涉，一面自由驶入庙街，打算寻找一避港御寒。不料西伯利亚俄军竟不分青红皂白，炮轰中国舰队。舰队慌忙退避，已有三名士兵受伤，当即拍电到京，一再告急。政府早已照会俄使，依照《瑷珲条约》与他辩论。俄使无可辩驳，只说：“本使只能随本国政潮从权办理，中国若据条约，也可自行在上游行驶，大家各行其是。”政府得了此话稍稍放心，不料又突然接到告急电文，忙向俄使严重责问。同时，政府电驻海参崴高等委员，与俄新政府直接交涉。其实俄新政府徒有虚名，未能统驭全国，就是驻京俄使传电通告，也没有确实表示。中国驶往松花江的舰队只能暂避兵锋，退驻下流，静等解决。
驻库伦办事大员都护使陈毅报称，外蒙古王公情愿取消自治，归附中华。政府自然去电奖励，并命外交部、蒙藏院等机关会同商酌办理。陈毅又派属员王仁诩到京，面陈一切情形。原来，外蒙古自受俄国人唆使后，名为自治，实为俄国人保护国，俄国人屡给借款，盘剥外蒙古，外蒙古不堪凌逼，自知为俄国所欺，但又不敢悔约，真是哑巴吃黄连。俄国革命后，乱党又屡次入境骚扰。外蒙古自治官府于是向中国请求援助，外蒙亲王巴特玛多尔济领衔呈请取消自治，历年所借款项归俄、蒙双方交涉，由中国中央逐年归还若干，其他如各王公等年俸也请中央承认。陈毅认为损失较少，所得比较多，因而替他殷勤呈报。西北筹边使徐树铮正想立功，碰巧得了这个消息，急忙电呈中央，说是：“外蒙归化，怀德畏威，应速加慰抚。”徐总统连接呈文，立即颁发明令，承认外蒙古的归复。
随后，外交部照会驻京俄使，通报外蒙古取消自治，凡之前订立的中、俄、蒙条约及俄、蒙商约以及中、俄声明文件，一概停止效力，仍按照旧制各情形通告驻京各国公使。各国公使与外蒙古没什么关系，当然没有异言。俄使虽然不愿赞成，但因本国内乱，实在无暇顾及外蒙古，自己侨寓中国，赤手空拳，靠着三寸舌根能有什么用处？所以暂时容忍，打算等新政府稳固后再与中国交涉。
徐树铮出任边防，纯粹是为了邀功。外蒙取消自治，小徐受中央任命做了册封专使，便与副使恩华、李垣等驰赴库伦。驻库伦办事员陈毅料知小徐来此不怀好意，但又不得不出郊相迎。外蒙王公既然已归附中央，自然也得出来欢迎专使。小徐昂然前来，扬扬得意，等与陈毅相遇才下马晤谈。寒暄几句后，小徐立即上马入库伦城，当下将册书授予外蒙最高首领呼图克图。呼图克图依礼接受，摆宴接风。散宴后，小徐来到陈毅公馆，对陈说道：“你可知道我徐某的名声？你在库伦多年，没什么建树，今我奉命到此，为你立下功劳，并非越俎代谋。你也不要担心我有他意，暂请你勿与外界互通信息，等我办理告竣，自当南归，否则与你不利，你得当心。”陈毅听了愤不可遏，但默想小徐凶横，不便与他争论，不如虚与周旋，敷衍过去，等他回去复命，便可无事，因此含糊答应，听令小徐办理。小徐乐得扬威，在库伦安居起来。之后边防事情均归小徐主张，陈毅毫无权力，不过虚有职位罢了。
当时，财政总长兼代国务总理龚心湛因为财政吃紧，不敷分拨，屡受各方指责，所以卸职出都。徐世昌总统无从挽留，只好准令免职，改任他人。一般说来，总理缺席，都由外交或内务总长代任，但外交总长陆征祥赴欧未回，内务总长田文烈因病请假，挨次轮流，应归陆军总长靳云鹏代理。靳为段祺瑞门生，资望尚浅，全靠老段一手提拔，得以官至陆军总长，授勋二位。老徐本来就暗忌段氏，怎么肯让靳云鹏接手总理呢？但老徐另有打算，他认为靳是一介武夫，头脑简单，容易约束，而且靳为新进后辈，更容易驾驭，若加以优待，或许还能引为己用。其中还有两件利益：一是使安福国会没有不满；二是使曹锟、张作霖互相联应。原来靳为段派嫡系，本来与安福派一个鼻孔出气，但近来靳家儿女与曹、张两军阀联姻。曹、张两派本非段系，如果靳得到老徐的重用，曹、张自然乐意拥护靳和老徐，靳也可乘势发展自己，免受段派牵掣。老徐心想为了靳，为了自己，任命靳为总理真是一举两得的计策。当即将靳提出，咨交国会。总统府秘书长吴笈孙草定咨文后，呈给老徐。徐总统阅后，又亲自在靳云鹏三字下，加写“才大心细，能负责任”两评语。吴笈孙缮正后，盖过了印，送交参众两院。院中投票表决，大多数同意。于是，徐总统任命靳云鹏兼代国务总理，财政总长由次长李思浩代理。既而川、粤、湘、赣四省经略使曹锟和东三省巡阅使张作霖有电文到京，力保靳氏，说：“国家政治须由内阁负责，龚代阁已经告退，听说已奉中央明令，命靳总长兼代。靳总长心地光明，操行稳健，令他代龚，众望所归。即请令靳总长正式组阁，相信他能在这内忧外患的时候，付托得人。”徐总统接到此电，命靳云鹏正式就任国务总理一职。
靳云鹏刚受命登台，就有广东军政府的电文到京，要求取消八年公债，说：“《八年公债条例》听说已经公布，额定两千万，取田赋为担保品，可以将所领债券随时抵押卖买。但某报称有券额八十万元，已抵于某国商人，每百元只抵三十元。这是直接为内债，间接是外债，辗转抵押，只会加速危亡。更何况公债发行，抵押田赋，为世界所未有。全国人士已一律反对，请立即取消明令，并盼速复。”靳云鹏接电后，立即复电军政府：“八年公债是为了维持财政现状，所称押与某国一节，并无此事，还请不要轻信谣言。”这电拍发出去，靳马上通报老徐，并谈及财政奇窘，已无法支撑。徐总统皱眉道：“这都是军阀家的祸祟，试想近年军饷日增一日，政府收入有限，哪有那么多钱分供这些将领？今日借外债，明日借内债，一大半为了武夫。如果武夫有爱国心，固防息争，倒也不必说了。可恨的是，他们吃了国家的粮饷，暗谋自己的权力。南征北战，闹得一塌糊涂，如此过去，怎么了得？”靳云鹏答道：“看来非裁兵节饷不可。”徐总统道：“我也常常这样想，但必须由军阀首倡，才不至让政府为难，若单靠政府提议，恐怕这些军阀家又来与政府争辩了。”靳云鹏应了一个“是”字。徐总统接着道：“前几天，曹锟、张作霖两使电呈到来，并称君才能大任。我看此事非君莫成，请君电告曹、张，麻烦他们做个发起人，这样容易收效呀！”勤云鹏又应声称是，退出后立即电致曹、张。曹、张果然代为帮忙，分电各省督军、省长，为了响应节饷，愿裁减两成军额。各省督军、省长听说是两大帅发起，当然赞成，更是推曹、张为领袖，联名进呈，标题就是“裁兵节饷”四个大字。徐总统喜如所望，立即下令，实施呈文中拟定的《裁减军额二成及整顿赋税各办法》。
各省督军、省长联名呈请，果真是为国节财，通晓大计吗？从前袁世凯时代，只有一帮国民党与袁世凯做死对头。袁死后，北洋军阀分为两派，一是皖系，一是直系。皖系就是段派，与国民党不合，常常抱着武力主义，想铲除国民党，所以南北纷争，连年不断。直系本来以冯国璋为首，冯下野后，资格最老的要算曹锟。曹锟常与冯联合一气，之后经徐世昌从中调解，才偶尔助段，但曹始终为直系中人，不过表面周旋，终究不愿与段结好。据住关东三省的张作霖大帅，独抱一大蒙满主义，属奉派，既不联直，又不联皖，前次受小徐**，想谋取副总统一席，所以助段逼冯。然而冯去徐来，副总统仍然没份，累得张大帅空望一场，心里怪及小徐，自然也猜忌老段。三派鼎立，尔诈我虞，哪里肯同心协力，经营国事呢？各省督军、省长有直派的，有皖派的，有奉派的，一起入呈无非表面上卖个虚名，粉饰大局，其实暗中倾轧。如果真让他们裁兵，他们定不会从令。军阀家的威力大小全靠着手下士兵的多寡，若逐渐裁减，威力从哪里来呢？所以这一纸呈文，也就是随口说说罢了。