段祺瑞南行赴鄂，借着犒师的名义到了武昌，与第一路总司令两湖宣抚使曹锟、湖北督军王占元会商军务，又召集河南督军赵倜及奉、苏、赣、鲁、皖、湘、陕、晋各省代表到汉口，列席聚议，大致说：“长沙已攻下，正好乘胜平南，统一全国，但大家必须合力才能成功，所以我特地南来，当面商决，还望诸君一致图功，切勿功亏一篑。”大家虽各执己见，有主战的，有不主战的，但表面上都唯唯从命，只有曹锟捻须微笑道：“要平定南方，也不是什么难事，但用兵必先筹饷，只要兵饷有了着落，将士才能效命戎行，不虑艰阻了。”段祺瑞答道：“这原是必要的条件。我回京便去设法筹备，源源接济。总之，外面督兵责在诸公，里面筹饷责在祺瑞，如果能征服南方过太平日子，岂不是一劳永逸吗？”曹锟不便再说什么，淡淡地答了一个“是”字。
会议完毕后又住了几天，段总理才与豫督军赵倜从汉口出发，乘着兵轮沿江东下。到了九江，与江西督军陈光远又谈了许多军机要事。段再由九江到南京，与江苏督军李纯、安徽督军倪嗣冲、上海护军使卢永祥，叙谈了半日。倪与段心意相投，卢也是段派中的一分子，当然对段的话唯命是从。李纯是冯氏心腹，此时也只能敷衍了事。达到目的后，段祺瑞才打道回京。
段祺瑞南下，无非是想固结军阀，指挥大计，一心一意与南军决一胜负，大有不平南军，誓不罢休的意思。回到北京后，段的头等大事就是筹备军饷，无奈点金无术，只好向邻邦借贷。东邻日本心有异图，对中国一直很慷慨。徐树铮为段氏出谋划策，只要南北统一，一点点借款自然可取偿于百姓，不用深忧。凑巧，交通部长曹汝霖是亲日派首领，与小徐是生死之交。曹见段氏筹备军饷急需巨款，于是自愿做贷款东邻的中间人。当下，曹汝霖找到日商中华汇业银行，贷款两千万元，合约上不便说明充饷，只说是扩充西北电信及修理旧有电台与添设无线电等。议定利息八厘，偿还期五个月，用旧设电信收入作为担保，并许诺将来关系电信事业或需借款，该银行有优先权。双方彼此签约，段总理得了两千万大洋，正好酌量挪移，暂充军费。
只是电信收入已作为丹、法两国的借款担保，现在一物两押，岂不是失信于人？驻京丹麦公使及法兰西公使得知后，立即提出抗议，并照会质问中国政府。中国政府只好分别答复，说：“电信收入金除抵偿丹、法两国外，还很富裕。更何况现在是短期借款，五个月即当还清，与两国原约不相抵触。”两公使接到复文，见中国政府说得有道理，但打算等五个月后看中日是否践约，再作计较。段氏得了两千万元借款，但不能全数移作军费，只好随时酌拨，接济各军。偏偏各路军电纷纷索饷，第一路军总司令曹锟催索的尤为紧迫，比讨债的还要厉害，今天拨去若干，嫌不够；明天又拨去若干，仍称不够。段总理无可奈何，只好又让曹总长出面向日本政府借款两千万元。日本政府问及用途，曹汝霖答复，说要修筑顺济铁路。顺济铁路是由直隶顺德府到山东济南府的路线，早已勘定，因为无钱筑造，所以成为悬案。只是日本政府的贷款条约格外苛刻，不像日商汇业银行是贸易性质，只收普通利息。商议了好几天，双方订约，年息七厘，本月付款一部分，其余分四期交付，以顺济铁路为抵押。段总理明知契约过于苛刻，受损巨大，但除此之外也没有其他办法，只好听任曹汝霖的安排。
筹饷人员办得十分吃力，前敌军官却不肯全力以赴。自从长沙攻克后，曹锟、张敬尧等人都按兵不动，与南方变成不和不战的局面。段总理致书催促，曹锟却总以缺军饷为借口，说要马上带兵北归，前来索饷。段总理刚想诘责，不料冯总统反下一特命，加任曹锟为四川、广东、湖南、江西四省经略使，坐镇保定，惹得段总理义愤填膺，跑去质问冯总统。冯却振振有词道：“川、粤、湘、赣四省叛党未清，因而特任曹锟为经略。古人说‘重赏之下，必有勇夫’，我的意思就是要他感激思奋，扫清南方！”段总理无词可驳，愤然退出。从此，冯、段两人的恶感越积越深了。
曹锟以前打算收复湘省后再申和议，此次南下攻湘，表面上是给段氏帮忙，实际上仍为冯氏效命。既然已攻下湖南省会长沙，后事便可交给张敬尧处置，自己乐得北返，过安闲日子。冯国璋很高兴曹能践约，因此提拔他为四省经略使，此次任命看起来是为了平南，实际上是叫曹坐镇保定，保卫京城一带。段总理奔走指挥，还以为元首受制于他，三军听命于他，所以卖力借款，使得饷源不绝，以实现平南的愿望。谁知又落入了冯国璋的计策中，叫他怎么不怒？但段向来性格坚忍，始终不肯变易决心，他暗想两广巡阅使龙济光现在琼州，可命龙从后面制约广东；福建督军李厚基与广东毗连，可制约其右。南军以广东省为中心，北军若将广东东部占住，云南、广西等省也无能为力，所以段在登台之前就已致电龙、李，嘱令出兵；此次段重复电促，并同意拨巨饷，只要求龙、李立即攻打广东，又命浙江督军杨善德发兵助闽，合力攻粤。
龙济光本来就与南军有嫌，袁氏失败，龙被驱逐，寓居琼州。段祺瑞执政后，授龙为矿务督办。但龙向来缺乏矿学知识，如何办矿？更何况僻处琼崖，更难任事。直到南北交战，龙在南海独树一帜，依附段氏，断绝南军交通，因此段撤去两广巡阅使陆荣廷的职衔，转任龙济光。只是龙济光部下都是些老弱残兵，根本不耐战，龙济光虽立志助段，却力不从心，因段氏一再催促，无奈带领旧部渡过琼州海峡，进攻阳江。阳江驻守的粤军见龙军突然攻入，不禁慌张失措，觉得自己势单力薄，无法抵挡，很快弃去阳江，各自逃生了。龙济光进入阳江城后，命司令李嘉白分略高、雷二州境内。粤军四处分防，但由于事发突然，一时不能控御龙军，龙军得以东冲西突，侵扰边境。随后粤军司令李烈钧引众堵截。李烈钧麾下的将领个个骁勇善战，非龙军所能与敌。龙军司令李嘉白连战连败，逃得不知去向。龙济光亲自前去迎战，在雷州境内与李烈钧鏖战两次，李军仍占明显的优势。龙济光抵死不退，竟被包围起来。
龙军孤立无援，无从脱险。龙济光苦守数日，眼巴巴地盼望闽、浙联军攻入粤境，牵制李烈钧。偏偏闽督军李厚基是个庸碌无能的人物，部下只知剽掠，不守纪律。李厚基虽然拥护段祺瑞，满口主战，但平时没什么机谋，调度又不合法，还要逞强主战，因此反招南军仇视。闽军还未进入粤，粤军却已先行入闽，福建右边的泉、汀、漳三州多处遭到攻击。李厚基赶紧发兵抵御，败多胜少，不得已致书浙江，大声呼救。幸亏浙江派兵赴援，才将粤军驱出，保全境土。李厚基仍想进攻，粤军也不肯善罢甘休，双方各添将士再行角逐，在汀、潮交界处激战多日。潮州本是广东属地，汀州原是福建属地，粤军守潮攻汀，与闽、浙联军相持，闽、浙联军猛烈攻潮，粤军仍然坚守，并且占领了汀州的好几个县。到了此时，闽、浙两军几乎不能自保，哪还能越境西行去救龙济光呢？老龙无从脱险，只好硬着头皮率领余众冒险突围，总算天不绝命，找出一条生路向南逃去。到了雷州，龙济光检点随兵，只剩了千余人，当下命这千余名残军留驻雷州，等候支援，自己则带着亲兵向广州湾去了。
广州湾在雷州南面，濒临南海，前清光绪二十四年间被法国人据为租借地，地方政治全归法国人主持。龙一行人如欲过境，必须先向法领事申请，得到允许才可通过。当下龙备了文书，咨商法领事。法领事还算有情，同意他借道，只是要求按照国际公法通例，外人入境不能携带武装，必须先缴出军械。龙济光进退两难，只得俯首依令，嘱咐部下悉数缴械，由法领事查明后才得以通过。龙军虽得生路奔还琼州，但想卷土重来，再去攻粤已没有可能了。龙济光无计可施，决定亲自入京，向段总理面议军情，请他拨兵给械。于是，老龙王龙济光将所有残军交给弟弟龙裕光管领，守着琼崖，自己乘海道轮船前往北京去了。
龙济光一走，雷州留守的孤军整日待援，援军却杳无音讯。粤军极力围攻，这数千人怎么支撑得住？很快全部投降。接着，粤军逾海进攻琼州。龙裕光刚刚筹措守备，鼓众效力，哪知琼州警卫军第三十七营营长杨锦堂忽然叛变，竟对龙裕光宣告独立，与粤军联络。杨锦堂当即将粤军引入境，先占据琼东乐会县城，接着占领万宁、陵水各县，并分攻文昌、定安，直逼琼山。龙裕光虽尽力抵御，无奈粤军势大，实在无法招架，而且琼州只是个孤岛，守兵又少，五日失一县，十日失两县，不知还能坚持多久。龙济光北去又毫无音讯，援兵连个人影都没有，看来老龙的巢穴要就此覆没了。
龙济光赴京求援，难道段总理忍心坐视不理，任他巢穴覆没，欲归无路吗？可段总理只有一人，既要做国务总理，又要做参战督办，对内对外日不暇给，龙济光入京求援，段不是不想给他支援，但琼崖在最南面，距北京有万里之遥，鞭长莫及，一时如何到达？并且，曹锟回京以后，前敌将士都已观望不前。湘省控制着长江中坚，比琼州紧要的多，长沙虽然收复，但湘南一带仍有南军踪迹，却无人肯去扫除，更何况一个小小的琼崖？尽管龙济光一再催逼，段总理也只能逐日敷衍，等到拖的时间太长，难以为情了，段才任命山东督军张怀芝为援粤总司令，立即出发。长沙攻下后，曹锟返京，张怀芝引兵退还山东。接到援粤总司令的任命，张怀芝令部下将士运集兵械起程，但此时已是阳历六月下旬了。