冯总统白费了一番心思，空劳了一回跋涉，没情没趣地折回北京，回到总统府中闷闷坐着。有几个心腹进来探问消息，冯总统只是不停地叹息。后来，陆军部呈入军报，多半是湖南的消息。二月初，湖北督军王占元急电，报称：“湘、粤、桂三省南军攻陷岳州，驻岳总司令王金镜退保临湘，南军占据岳州后，连扰郧阳、通城、蒲圻等处，声势非常浩大，请立即增派援兵。”冯看了此电，不禁怒发冲冠道：“真是了不得，看来只好决裂了。”于是，委派曹锟、张怀芝、张敬尧为各军总司令，由鄂赴湘，特派曹锟为两湖宣抚使，张敬尧为前敌总司令，所有防鄂各军统归曹节制、调遣。虎变将军曹锟首先率兵出发，于二月七日由津启程，张敬尧于十二日从徐州出发，浩浩****地率军前往湖北。随后，总统府下令剥夺湖北襄、郧镇守使兼陆军第九师师长黎天才、湖北陆军第一师师长石星川、广西督军陆军中将谭浩明所有官职、勋位、勋章，命各路派出军队严密追缉。
不久，总统府连发两令：“对于前湖南督军傅良佐一案，立即组织军事法庭会审，严行审办。周肇祥职司守土，遇变轻逃，交文官高等惩戒委员会依法惩戒。”“王汝贤、范国璋均剥夺军官、勋位、勋章，交曹锟严行察看，留营效力赎罪。”
傅良佐与周肇祥是段派中人，所以要严办；王汝贤与范国璋原是自己人，而且是奉命倒戈，当然不能重惩。冯总统又怕段派有议论，不得不剥夺两人官阶，仍留营效力，将功赎罪。后来，傅良佐始终不到案，并与冯氏反唇相讥，说自己罪轻罚重，不服冯氏裁判。另外，江西督军陈光远密承冯氏旨意主和，因而，赣、湘连续发生暴乱，陈却拥兵坐视，不去援湘。总统府中虽下令促援，陈光远料定并非冯总统本意，所以始终不动。此次，因段派弹劾，冯总统不得已下令，剥夺陈光远上将衔及陆军中将职位，只留督军一职。
投袂请缨的张怀芝已受任第二军总司令，本应率军出发，不让人先，然而他却徘徊观望，甘心落在曹锟、张敬尧二军的后面。等到湘省检阅使的任命颁布，张怀芝才欣然受任，带兵出发，先命第一师师长施从滨取道九江，径直前往湖北。随后，张怀芝乘津浦铁路火车南下经过南京，会晤江苏督军李纯，商量好战策后，前往南昌，援应曹、张二军。
段派虽然已达到主战的目的，但还想拥护段祺瑞复位，使段战胜南方，得雪前耻，不给老冯留下口实。当时，段氏第一功臣要算徐树铮，他奔走南北，动员倪嗣冲、张怀芝，让下台的段祺瑞复兴，主战政策得以复活，因此徐绝对是段幕中首出人物。徐树铮见段祺瑞只出任参战督办，尚未复任国务总理要职，心中顿觉愤愤不平，再加上现在宣战全是由冯氏出头，将来若能收复湘省，再平两粤，岂不是所有威名全归老冯吗？反显得段氏没有能力。想来想去，徐树铮决定怂恿张作霖元帅，演一出好戏，威吓冯国璋，叫他不得不起用段氏，这样才能规复段氏的威名，贯彻平南政策。好在张作霖对徐树铮已经非常信任，言听计从，当下颁布动员令，调遣军队，东入山海关，声称为援湘而派兵南下。事实上，前队到了秦皇岛便逗留不行，整日逍遥海上，伺察往来各舰，谁也不知他在探何秘密。
过了几天，正好从日本运来的大批军械经过秦皇岛，奉军从旁打探，驾船人说是中国政府向日本购办的。奉军哗然道：“我军正缺军械，今天凑巧有枪弹运来，何妨借我一用？”说着一齐登舰，七手八脚地把军械搬到岸上。船夫怎敢阻挠？只好眼睁睁地看着他们劫取。大约过了一两个小时，全船的枪弹被搬运一空，奉军也不称谢，竟将军械搬上火车，运往奉天去了。这一天是民国七年二月二十五日。二十六日，张作霖电告中央说：“奉省所派南下各军已开往滦州。只因枪械缺乏，时机紧迫，不得不变通办理，现已将中央所购军械运至奉天，除将军械开单呈请备案外，谨先致电请罪。”冯总统看后非常愤怒，想向张作霖问罪，又怕他不服，只好暂时坐观其变。哪知这位张元帅真是敢作敢为，将军械截取后竟分给部下各军，并陆续遣入山海关，分驻京奉铁路沿线。就连秦皇岛、滦州、丰台、独流、廊坊等处也都密密麻麻驻扎着奉军。同时，在军粮城设总司令部，张作霖自任总司令，因担心京奉隔省，消息传达得慢，张特派徐树铮为副司令，代行总司令职权。军粮城旧存军粮共三千石，本属陆军部掌管，徐树铮也不电请中央就擅自拨充军食，大有士饱马腾、踊跃待命的情景。
这样一来，冯总统忧烦万分，不得不派人去询问。徐树铮理直气壮，说是为了援湘平南。当问到奉军屯兵各要塞，不立即南下的原因，小徐竟张目厉声道：“我只知有段总理，段总理令我南下，我立即南下。”小徐这话明明是要段祺瑞复职，特地用武装胁迫冯国璋。冯得知后，不由得满腹踌躇，要是再任段祺瑞为总理未免自失面子，要是不任段祺瑞为总理，背后伏着的小徐一定会仗着张元帅的威风前来胁迫。冯满怀抑郁，不堪言状。国务委员大都是些无权无势的人，国务总理王士珍屡次称病，请假回去修养了，平常事务由内务总长钱能训代理。但是钱能训为了不得罪任何一方，总是用自愿辞职的话来敷衍。无奈，冯总统只好命秘书发一道通电咨询各省，解决种种问题。而段派却同声鼓噪，坚持请段祺瑞再为总理。到了此时，冯总统也只好忍辱负重，重用段氏了。
当时，曹锟、张敬尧两军先后到达湖北，张怀芝也拨军相助，差不多有数万雄师。王汝贤、范国璋由曹锟密授意旨，此时觉得勇气勃勃，与从前退缩情形大不相同。此外，还有第三师旅长吴佩孚，由曹锟推荐为师长做前敌总司令。吴为报知遇之恩，身先士卒。在这种情势下，不管湘、粤、桂三省联军如何勇敢，也只能退避三舍，不敢争锋。湘、鄂各处激战了好几次，结果南军全部战败。此时，海军第二舰队司令杜锡珪也来助战，水陆夹攻，节节进逼，月塘嘴、白葛岭、天岳关等八处全部打了胜仗。随后由曹、张两大帅下总攻击令，攻取岳州。岳州是湖南要隘，南方联军占领此地，就相当于管领全湘的门户，怎肯得而复失，骤然退去？于是彼攻此守，你来我拒，相持了两三天，枪林弹雨，血肉纷飞，城内外的百姓早已逃避一空，只剩两军角逐，互相残杀。结果是北胜南败，南军无法支撑，纷纷出城逃往长沙。
岳州攻下，主战派得势，无不兴高采烈，得意扬扬。徐树铮仍在军粮城催逼政府，迅速起用段祺瑞为总理，调度军事，否则将引兵入京。国务总理王士珍早已打算呈请辞职，此时又为形势所迫，更加坚定辞职的意念。于是，冯总统准他辞去，重新任用段祺瑞为国务总理。
段祺瑞当时正组织参战事务处，任命靳云鹏为参谋处处长，张志潭为机要处处长，罗开榜为军备处处长；聘定各部总长为参赞，各部次长为参议，并于三月一日宣告参战事务处正式成立。三月二十五日，国务总理的任命颁布，段祺瑞也不推让，当即受任。这是他第三次入阁了。
徐树铮得知段祺瑞重任总理，便将滦州、丰台、独流、廊坊等处驻扎的奉军陆续调派，由津浦铁路南下运往湘、鄂一带，协助曹锟、张敬尧各军进攻南军。曹、张等得此援军，军势更加强大，从岳州出发，分道进兵，接连攻下平江、湘阴各城。湘、粤、桂三省联军逐路分堵，不敌北军，只好步步退让。北军乘胜进逼，到了同山口与南军鏖战一次，南军再次战败，逃往长沙。曹锟、张敬尧见前军得利，便命后队一齐前进，齐攻长沙。南军连吃败仗，一个个胆战心惊，已是未战先慌，等到强敌压境，哪里还能迎战？全部弃枪抛械向南窜去，整个一座长沙城，竟空空洞洞，毫无人影。北军放胆入城，击着胜鼓，鸣起行军乐，喜气洋洋。当时，冯政府已任命张敬尧为湖南督军，等到张敬尧占据长沙，不等犒兵安民，就立即会同宣抚使曹锟向中央告捷。
国务总理兼参战督办段祺瑞连接捷电，喜形于色，以为湘省已经唾手可得，此后就好实行平南政策，达到最终目的了。只是现在仍有几件事让人烦恼，一是前敌将士既有朝气，必有暮气；二是国库空虚，无法久撑；三是受冯国璋牵制。徐树铮竭力撺掇，很快把段总理的三虑一一打消。随后，段祺瑞带着交通次长叶恭绰、财政次长吴鼎昌出都南行，前往湖北去了。