前总统黎元洪从日使馆营舍出来后，居住东厂胡同，屋外一直驻扎着卫队。后来，因队兵王德禄突然发疯，持刀行凶，黎元洪受惊，又移居法国医院。等冯国璋、段祺瑞组定政府，局势稍微稳定，黎元洪才带着眷属出京，到天津居住，不再参与国事。
就在此时，四川再度发生暴乱。四川省代理督军周道刚留驻重庆，正要调集士兵赶往成都，就传来四川省长戴戡被川军击毙的消息，周当即派人前去探查。原来，刘存厚部下全是川军，不愿外兵入境，因此先是与罗佩金所带的滇军发生冲突；后来戴戡所部的黔军也为刘部所恨，力加排斥。黔军势孤，川军力厚，双方争战多日，黔军终于支撑不住退出成都，刘存厚入城据住。戴戡随即联络前督军罗佩金及云南督军唐继尧，会师进攻，又夺回成都，将刘存厚赶了出去。刘存厚不肯善罢甘休，收拾败兵再攻戴戡。就在这场战斗中，戴省长不幸被流弹伤中要害，当场死亡。周道刚探悉详情后，据实呈报中央。冯总统下令，追赠戴戡陆军上将头衔，按照阵亡旧例赐恤，命财政部拨银一万元治丧。后来，周道刚又与滇军相争，政府颁布命令，所有在川军无论客主，全部归周道刚管辖，并且任命周道刚为四川督军，刘存厚会办四川军务，四川总算暂时安定下来。
新近解散的国会议员中，隶属国民党籍的都不赞成段总理，而段复任后，又不肯将议员一律召回，反提起从前组织约法的参议员，所以那帮被解散的议员陆续前往广东，在广东自行集会，称为非常会议。他们特借广州城外的省议会场讨论时事，否认中央政府，另组了一个军政府，并选举孙中山出任大元帅。孙中山闲居无事，正好趁这次选举再次登台。就职以后，孙中山发了一通告，指斥段祺瑞、倪嗣冲、梁启超、汤化龙等人违法结党，背叛民国，并决定兴师北讨。段祺瑞得知后，担心别省闻声响应。左思右想，觉得除用武力解决外，别无他法。但要用武力，必须先筹备军饷，而国库早就一空如洗，各省赋税又不能源源进来，即使有些款项缴了上来，平常都不够用，哪里还能接济军需呢？段总理与徐树铮商量，小徐主张借款，以解燃眉之急。到了此时，段祺瑞也顾不得国家负担了，当下邀财政总长梁启超密商借债事宜。梁深知借债行军，利少弊多，无奈段总理决意用武，自己又依附段氏肘下，不好违背。于是，将这副借债的担子交给财政次长李思浩，叫他出去张罗。李思浩向来善于筹款，接到密令后，立即与英、法、俄、日四国银行团商借一千万元，名目上称善后借款。银行团含糊答应，但英、法、俄三国与德、奥连年交兵，消耗军费无数，怎么可能有闲钱拿出来给别人用呢？唯独日本远居亚洲，虽列入协约国，反对德、奥，但始终不曾发多少兵船，用多少兵费，所以四国银行团中只有日本承认借款。日本正金银行理事小田切万寿，代表日本银行团承借一千万元，与财政部订定契约，利息七厘，以一年为限，折扣百分之七，用中国盐税余款作担保。
段祺瑞得了借款，忙着筹办军事，镇压南方，还未部署好，湘南突然冒出一支独立军，与督军傅良佐抗衡，惹得长江中线也动摇起来。傅良佐去湖南以前，湖南督军本由省长谭延闿兼任。谭是国民党人，段祺瑞担心他联络云南、广东，所以特任命傅良佐为督军，让傅前去监制。傅良佐到了湖南，谭延闿立即将督军印信交给他。没想到，傅良佐刚一上任就将署理零陵镇守使刘建藩撤职。刘建藩无缘无故被撤，心有不甘，于是与湖南第一师第二旅旅长林修梅及零陵各区司令商定独立。当下通电中央及各省，宣告自主，与现在政府脱离关系。同时，联络滇、粤及海军总司令程璧光，反抗傅良佐。傅良佐立即通电中央，详陈刘建藩罪状，特派第二、三旅旅长李右文率兵进攻零陵。段知道战争一开始，就很难中止，而之前借到的日款只有一千万元，顶多支持数月，要想达到平南目的，只有多借款项才能成事。于是，段又暗嘱交通银行，让他们出面借款，再向日本的银行商借两千万元。经过一番讨价还价，日银行点头同意，段前后共借得三千万元。
接下来，段总理决定大干一场，请冯总统连下二令：一令是通缉广东军政府大元帅孙中山和非常国会的议长吴景濂，一令是通缉陆军中将蓝天蔚。通缉蓝天蔚时，说他受孙中山伪令，勾结刘景双、顾鸿宾、马海龙、金鼎臣等人分途四扰，贻害西北，应立即撤掉原官，省督军、省长一抓获他，严惩不贷。同时，段总理又召集各省参议员到京组织临时参议院，并令内务部筹备国会选举。
那些接二连三的命令，全由段祺瑞一人主张，代任总统冯国璋只不过依言传令，签名盖印罢了。当时冯总统正沉浸在极度的悲痛中，因总统夫人周氏即周道如女士，于九月十日晚上在总统府中逝世。偏偏那位好大喜功的段总理不顾总统的感受，常常去总统府絮聒，今天借款，明天调兵，说得天花乱坠，俨然有踏平南方的劲头。冯总统本就无心主战，不过碍着情面，段说一件，他就依一件，段说两件，他便依两件。表面上似乎融洽，其实冯忌段，段也忌冯，彼此各怀心思，暗地不合。
当时，河北、山东、山西发生水灾，地方政府向中央索款赈济，冯总统将赈灾一事委托段总理筹办。段祺瑞锐意平南，军饷尚嫌不够，哪还愿意拿钱出来赈灾？被逼得没有办法，只好嘱托财政部腾出数万元拨济灾区。各灾区多则拨一万，少则拨一千。可灾地甚广，灾民甚众，单靠着这么一点赈款能济什么事？段总理也管不了这么多，略微示惠便算了案，只是一心一意地对付南方。哪知军情万变，湖南督军傅良佐派遣的李右文一军，本来是要去征服零陵，不料，李右文到了衡山反而投入零陵军，与刘建藩串通一气，向傅倒戈。傅良佐气得眼冒金星，立即改派北军第八师、第二十师及湘军第二师会师前进，再攻零陵。段总理接到军报，暗中运款接济，命傅良佐立即平定湘南。随后考虑到谭延闿有可能从中作梗，段又秘嘱傅良佐暗示谭延闿，让谭退位。谭延闿明知冯、段猜疑自己，就是不肯提出辞职，只向政府请假。段准给假期，另派心腹周肇祥暂代湖南省长。傅良佐有了京款接济，忙运往前军犒师，果然军心振奋，踊跃直前。北军旅长王汝勤、朱泽黄与零陵军队交锋，连得胜仗，拔衡山、下宝庆，直逼零陵。安徽督军倪嗣冲密承段氏意旨出军援湘，占领了攸县。
湘、皖发来的捷报令段祺瑞欣慰异常，他打算向日本订购军械，以军械济军，乘胜平南。当时，中外谣传说：“中国军械将由日本供应，所有各省兵工厂、煤铁矿也归日本管理。”于是，江苏督军李纯、江西督军陈光远致电政府，请政府声明真伪，免得引起不必要的猜疑。就连鄂、皖等省也去电向中央质问，要求政府明白宣示。段总理复电说：“谣传纯属子虚乌有，不可妄信。眼下因与德、奥宣战，政府打算派兵赴协约国助战，自制军械不敷应用，不得不从外洋购买。现在，只有西洋美国、东洋日本尚有余械出售，我国与美国几次商量均无成议，急事不能缓办，才就近向日本购置军械一批。需要声明的是，需款若干，购械若干，款未交清以前，量加利息，所订合同，仅限一次为止，纯是自由购办，毫无意外牵涉。中国历来所购外国军械，具有成案可稽，本届照从前规定办理，主权并未损伤。”李、陈两督军接到复电，见段理由充足，也不好再加诘问，只看段所购军械是否提供给赴欧兵士，再作计较。
刘建藩占领零陵后，与北军相持多日，寡不敌众，多败少胜，不得不向两粤请求支援。段总理担心两粤支援刘，暗中派人动员广东的官僚反抗省政府，作为牵制。当时，惠州清乡总办张天骥被省政府罢免，心怀怨恨，于是对省政府宣告独立。接着刘志陆联合陆军攻打张天骥，张天骥势单力薄，只好逃走。正巧这时潮州镇守使莫擎宇与省政府脱离关系，张天骥忙投奔潮州。莫擎宇电达中央，自述现状。段总理乐得请令，剥夺广东督军陈炳焜职衔，特任省长李耀汉兼署督军，命莫擎宇会办军务。
民国纪元以来，各省虽号称军民分治，实际上全是军阀专权。黎政府成立后，虽改换名称将治军称督军，治民称省长，但事实上省长势力不敌督军，督军挟兵自重，在一省范围内差不多是万能主义。段总理将陈炳焜职位剥夺，让李耀汉兼职，就是一条反间计。但陈炳焜怎么肯依令？仍占着督军的位置。李耀汉势弱，依然按照之前的模式办事。陈炳焜与广西联兵援湘，与刘建藩并力作战，所向无敌，夺回宝庆、衡山，又攻下衡阳、湘潭，急得傅良佐日夜不安，向段总理请求支援。段总理接到湖南急电，大吃一惊，但远水难救近火，只好任命王汝贤为湘南总司令，范国璋为副司令，出师平湘。任命发出后，段满心期待王、范感激思奋，扫平湘南自主军队，不料二人逗留不进，反通电中外及自主诸省，商请双方停战。
零陵自主军队及两粤各军，仍旧扬旗击鼓，进逼长沙。湖南督军傅良佐麾下亲兵寥寥无几，专靠王汝贤、范国璋两师出去御敌。偏偏他二人宣告停战，引兵退归，并有倒戈的迹象。傅督军急得没了主意，只好与代理省长周肇祥想出一条逃命的上策。二人连夜潜登兵舰出省，奔往岳州。长沙失去主帅，省城各团体自组湖南军民两政办公处，暂时维持局势。这时，正好王汝贤领兵回省，于是公推王汝贤为首，维持秩序。
傅良佐等人退到岳州，不得不据实通电中央。段祺瑞惭愤交并，急忙到总统府报知冯国璋，痛责王汝贤、范国璋两人叛命的罪状，冯总统却默然不答。段这才窥透其中的隐情，料知王、范两人的行为定是由老冯暗中授意的，顿时脸色一变道：“总统主和，祺瑞主战，两不相谋，才有此变。祺瑞情愿免职，请总统另任他人。”冯总统淡淡答道：“傅良佐身居要职，竟然弃省潜逃，不能说他无罪。”段祺瑞道：“王、范两师无故倒戈，良佐势成孤立，只能出走。”冯总统又道：“我何尝绝对主和？如果能戡定南方，我也自愿赴敌，请总理不要误会！”段祺瑞起座道：“祺瑞已不敢再干了。或战或和，请总统自主。”说完扬长而去。随后，段递入辞职的呈文。冯总统不同意，派人挽留，又向各省发去一通电，但措辞闪烁，似乎主和，又似乎主战，看起来在斥责王、范两人，却又没有提出姓名。其实，完全是为了顾全段总理的面子，才发此电文。
湘军第二师不久前改编为陆军第十七师，驻扎常德。师长陈复初听说王汝贤入主长沙代行督军职务，很不服气，竟在常德宣布独立，要来攻夺长沙。同时，两粤援湘各军不肯听王汝贤的命令，到处生事，长沙危急万分。十月十七日夜间，城中忽然火起，烟雾漫天，秩序大乱。王汝贤只好弃城出走，潜逃至岳州。当时，傅良佐、周肇祥二人已被召回北京，免官候惩。由于北京与湖南相隔太远，王汝贤又是仓皇出逃，无暇拍电给北京，所以京中还不知道情况，还令他和范国璋担任长沙治安职务。段祺瑞自有意辞职后，虽非极端决裂，但对湖南问题已不闻不问。因此冯总统自由下令，简单提及王、范二人罪状，并豁免了事，却将傅、周二人免职。段祺瑞心里更是不高兴，更坚定了辞职的决心，不愿与冯共事。
正打算递交第二份辞呈时，段接到直、鄂、苏、赣四省通电，恳请撤兵停战，电文署名直隶督军曹锟、湖北督军王占元、江苏督军李纯、江西督军陈光远。停战，停战，这种声浪与段总理的心思绝对是背道而驰。然而长江三督军串通一气，又以直隶督军曹锟为首，一起反对段总理。当下，段总理递入第二份辞呈，不但辞去总理，还把陆军总长的兼职也一并辞去。冯总统假意挽留一番，只准他辞去兼职，不准他辞去总理。段身为国务总理又兼陆军总长，向来有权有势，现在军权没了，还要这国务总理头衔做什么？自然一概不受，出都下野去了。冯总统乐得段辞职，另任王士珍为陆军总长，国务总理一职命外交总长汪大燮暂代。汪大燮是段内阁中人物，本有连带辞职的故例，怎么好代任总理？因此，决意辞职。冯总统于是与王士珍商量，邀他组阁。王士珍是直隶正定人，资格最老，情性向来平和，没有什么党派之分，不过时人因他籍属直隶，公推为直派领袖，之前袁、黎两总统时，也邀请他为过渡总理。冯认为王与自己籍贯相同，没有派系之分，正好拉来帮助自己，抵制皖系，调和南方。