张勋复辟太过仓促，所有手续没有一个完备，就连草诏中的各项事情也都是凭空捏造的。其实，张勋并未与冯国璋、陆荣廷接洽，草诏全由文武两圣人背地里完成。
当时，京城里面，按照张勋的命令，凡办公局和大小商场全部悬挂龙旗，仿佛仍是大清王朝。只有总统府没有悬挂龙旗，张勋还算顾全黎总统的面子，没有动用武力，但派清室旧臣梁鼎芬前往总统府做说客。梁鼎芬见了黎总统，将复辟情形略述一番，并把一等公的封章从包里拿出来。黎总统皱眉道：“我召张勋入都，难道是叫他来复辟吗？”梁鼎芬道：“天意如此，人心如此，张大帅也不过应天顺人才有这番举动。况且公曾受过清职，食过清禄，辛亥政变，非公本意，天下共知。前次威胁公登台，今番又逼公下场，公也可以说是受尽折磨了。今日何不就此卸下重任，安享天禄，既不负清室，也不负民国，岂不是一举两得吗？”黎总统道：“我并非恋权不去，不过总统的职位出于国民委托，不敢不勉任所难。若复辟一事由张勋一人主张，恐怕中外未必承认，我怎么敢私自允诺呢？”梁鼎芬出言威胁道：“先朝旧物，理当归还；公若不肯赞成，定会后悔！”黎总统沉默不语。梁鼎芬知道多说也无用，悻悻走了。黎总统急忙命秘书，将张勋复辟的情形以及自己的立场拟成电稿，特派亲吏潜出北京城，赶到上海发布。
黎总统派人南下后，又与府中心腹商量救急的方法，大家齐声道：“现在，京中权势全在张勋一人手中，总统如果不答应他的要求，他必用激烈手段对付总统。总统不如急图自救，暂避凶威，等外援到来再作打算。”黎总统问道：“叫我到何处去？”大家道：“事已危急万分，只好求助外国人了。”黎总统迟疑半晌道：“我若一走，便不是总统了，这事如何处置？”大家听了，还以为黎总统留恋职位，当下出言劝慰道：“这有什么好考虑的？外援一到，总统自然复位了。”黎总统慨然道：“我已决定辞职，不愿再担当此重任，只是一时无从交卸，将来维持危局，靠何人主张？罢！罢！我记得约法中，总统有意外时，副总统代行职权，看来只好交给冯副总统了。”大家道：“冯副总统远在江南，如何交去？”黎总统也觉得有些为难。为这交卸问题，黎总统寝不安席，几乎一夜没有合眼。第二天，天刚蒙蒙亮，黎总统便起床了。还好没有什么急警，只是有人传报，清宫内有任官的圣旨，冯国璋、陆荣廷被封为参与政务大臣，此外还任命了许多尚书、侍郎、左右丞及都统、提督、府尹、厅丞。黎总统无心细听，仍发愁交卸的手续无人承担。
到了中午，风声更紧了。午后，定武军竟然持械前来，声势汹汹地强令总统府卫队全部撤出，并立即交出印信，不得迟延。陆军中将唐仲寅为总统府卫队统领，无法抗拒，只好报告黎总统，请他立即解决。黎总统一直疑心李经羲与张勋同谋，而不愿跟李商议，但此时也顾不了太多，命秘书刘钟秀前去邀请李经羲。刘钟秀正要出去，碰巧外面递入李经羲的辞职信，并报称李已赴天津。黎总统长叹道：“我也顾不得许多了，看来只有麻烦老段了。”当下，命刘钟秀草拟两令，一是准李经羲辞职，仍任段祺瑞为国务总理；一是请冯国璋代理大总统职权，所有大总统印信，暂交国务总理段祺瑞摄护，设法转呈。两命令盖过印，印信便被封固起来，送往天津，交给段祺瑞。黎总统随身装了些银币，带着唐仲寅、刘钟秀二人和一名仆从潜出总统府，前往东交民巷的一家法国医院，打算暂时躲避。
黎元洪等人到达法国医院时，天已经黑了。院门虽然开着，里面却只有几个仆从住守，问及院长，答称外出未归。黎元洪一行人只好怏怏退出，折入日本使馆界内。幸亏唐仲寅记起一人，说是与日本公使武随员斋藤少将经常往来，不妨向他求援。当下派人前往斋藤少将官舍，递入名帖。斋藤少将立即出来迎接。斋藤少将本来就认识黎元洪，又与唐仲寅交好，当然坦怀相待。仲寅将避难情形约略告知，并请他转达日本公使，恳请保护。斋藤少将一口答应，叫黎等人先坐着休息，当即亲自前往日使馆报告。过了一会儿，少将回来说道：“敝公使已如所请。还请你们屈居营房数日，我定将予以保护，你们尽可无忧。”黎、唐二人当即称谢。斋藤少将随即令卫兵腾出一间营房，供二人休息。第二天，日本公使通告驻京各国公使以及清室道：
黎大总统带侍卫武官陆军中将唐仲寅、秘书刘钟秀及仆从一名，于七月二日午后九时半，不预先通知，突然到日本使馆域内之使领武随员斋藤少将官舍，恳请保护身命。日本公使馆认为此为不得已之事情，并顾及国际通义，决定给予相当之保护，即以使馆域内之营房，暂充黎总统居所，特此告知。
民国垂危，总统黎元洪在租界避难，副总统冯国璋远在江南，鞭长莫及。只有天津的段祺瑞，听说京中政变，惹动雄心，打算立即出兵讨伐张勋。正巧前司法总长梁启超也在天津，两人商量，祺瑞表明自己的态度，启超一力怂恿，力主兴兵。当时，陈光远在天津驻扎，手下有数千名士兵，于是段、梁一起到陈光远军营，商议讨张，陈光远表示赞同。又值李经羲到津，致书祺瑞，请他挽回大局；而且黎元洪派遣的亲吏也送印信到津，交给祺瑞。祺瑞读完来信，更是觉得名正言顺，当即嘱托梁启超草拟数道通电，陆续拍发。梁本来就是当代文豪，先前已出头反对复辟，洋洋洒洒地撰成数千字，通电全国，不过手无寸铁，电文没有起到多大作用。此次，段祺瑞出兵兴师，梁更是理直气壮，乐得借那笔尖儿横扫千人军。梁启超先是致电冯国璋、陆荣廷等人问明真假，随后另写了一篇专门讨逆的电文，通电各省。
电报拍出去后，冯国璋的讨逆电，陆荣廷的正名电文，陆续到达天津梁启超的手里。岑春煊也来凑热闹，加入讨逆行列，并致电清太保世续及陈宝琛、梁鼎芬等人，奉劝清室不要中了他人的奸计。此外，浙江、江西、湖南、湖北等省一致反对复辟，声讨张勋。段祺瑞见众心愤激，更是信心十足，于是自称共和军总司令，亲临马厂，慷慨誓师，将梁启超草拟的第二道讨逆檄文电告天下。
就在共和军总司令段祺瑞日夜部署，准备出师时，副总统冯国璋拍电到天津，要与段祺瑞联合讨逆。于是，二人联名发一通电，历数张勋八大罪状。
冯、段相联，声威益振。浙江督军杨善德、直隶督军曹锟、第十六混成旅司令冯玉祥均电告出师，公举段祺瑞为讨逆军总司令。于是，段祺瑞将共和军改为讨逆军，并在天津造币总厂设立总司令部，委派段芝贵为东路司令，曹锟为西路司令，分道进攻。同时就任国务总理一职，设立国务院办公处。副总统冯国璋从段祺瑞处拿到黎元洪派人送来的印信，特发布告：“黎大总统不能执行职务，国璋依大总统选举法第五条第二项谨行代理，即于七月六日就职。”外交总长伍廷芳也携带印信到上海，暂时在上海交涉公署办公，除了电告副总统及各省公署外，还命驻上海特派交涉员朱兆莘致电驻洋各埠领事，声明北京伪外务部的电文全部无效。
除北京城外，没有一个地方服从张勋的命令。张勋已经孤立，还要乱颁圣旨，命各督抚每省推举三人来京筹议国会，又授任徐世昌为太傅，张人骏、周馥为协办大学士，岑春煊、赵尔巽等十三人为弼德院顾问大臣。一帮陈年角色全被搜罗出来，帮助清室。清太保世续忧多喜少，屡次让太监到东安门外买报纸，以便掌握舆情向背。刚巧徐世昌电告世续，说是变生不测，前途难料，宜自守镇静态度，千万不可妄动。于是，宣统帝复辟那几天，世续等人噤若寒蝉，不出一声，只听张辫帅规划一切。
张勋正在忧闷，突然接到军报，曹锟、段芝贵两军分东西两路杀入。西路的曹锟军占据卢沟桥，东路的段芝贵军占据黄村，当下惹怒了张辫帅，立即下令全军出击。无奈张军只有五千名，顾东不能及西，顾西不能及东，此外又无兵可派，只好全部派去冲锋。张军自知不敌，只好硬着头皮前去一试。行至廊坊，正好碰到段芝贵的兵马杀来，两下交锋，段军的枪弹非常厉害，张军勉强抵挡，死伤极多。正在这时，西路又来急报，称曹锟及陈光远统兵杀到。张军前后受敌，还如何支撑得下去？霎时间，纷纷溃退，段芝贵等人占领了丰台。第二天，由冯国璋代总统发令，撤掉长江巡阅使安徽督军张勋的官职；特命安徽省长倪嗣冲兼署安徽督军，所有张勋未带走的部兵统归倪嗣冲节制；并命各省军队静驻原防，不得自乱秩序。同时，段祺瑞催促东西两司令迅速入京，扫除余逆。张勋闷坐京城，连接各路警报，又惊又愤，几根黄须和一条曲辫子几乎也要竖起来了。最后，形势所逼，张勋不得以假托清帝谕旨，命徐世昌火速进京，以太傅大学士的名义辅政，自己则辞去内阁议政大臣及直隶总督兼北洋大臣的职位。此时，张勋暗自回忆起从前徐州会议的情形，那些到会军阀多半赞成，就连那数一数二的重要人物也没有异议，现在却群起而攻之，自己成为众矢之的。越往深处想，张勋越是愤恨，不得不自鸣不平，通电全国，历述复辟的前后情形，大有恨人反复，不平则鸣的意思。
张勋虽然败兵，但雄心不死，又收集兵马，屯聚天坛，并在天安门、景山、东西华门及南河沿等处设炮位，严行扼守，要与讨逆军背城一战，一决雌雄。驻京各国公使团目睹京城危急，担心殃及池鱼，于是相率照会清室，劝令张勋解除武装，取消复辟。清宫上下，全无政柄，只得将各使公牒交给张勋。张辫帅怎么肯答应？定要决一死战。京城简直要成为大战场了。