海军第一舰队与练习舰队同时独立的警报传达中央，国务卿段祺瑞不免惊慌，立即电致南京将军冯国璋和淞沪护军使杨善德，让他们设法调停，挽回局面。哪知冯、杨二人已接到李鼎新的密函，保持中立，互不相犯。冯本来就要求恢复旧约法，当然站在海军这边；杨虽为段氏爪牙，但在上海势单力薄，前后被逼的情况下，只好置身局外，作壁上观。段盼望回音，却久久不见答复，偏偏这时候，二百九十九名国会议员联名通电国务卿道：“……《临时约法》本就存在，原无所谓恢复；今日以命令来废止三年约法，使从前违宪之行为归于无效，更无所谓以命令来变更法律。”
段祺瑞接到此电，开始有些动摇，于是与黎元洪总统商议，主张恢复旧约法。黎本来就反对袁制，只因段氏登台挟有权力，所有规划，不得不归段取决，所以坐观其变，没有独断独行。现在段既然有心规复，黎怎么可能不同意呢？于是，新政府六月二十九日下令，恢复民国元年的《临时约法》，召集国会，于本年八月一日起继续开会，特任段祺瑞为国务总理。
这几项命令一颁布，全国上下欢声雷动，争颂黎元洪、段祺瑞二人的功德，似乎民国共和从此再造，再也不像袁皇帝时代有名无实了。段祺瑞奉命组阁，担任国务总理，为了内阁面目一新，必须将旧有部员酌量撤换。段想，老成硕望莫如徐世昌，现在正是新旧交替，选择艰难的重要时刻，正应找他商量。于是立即前往徐世昌的公寓。徐世昌因袁世凯的丧事累得筋疲力尽，在家中静养，忽然听说段祺瑞到来，知道他肯定有要事相商，不便相拒，于是起身出室，迎段入厅。彼此闲谈数语，段便问及组阁的事，徐答道：“芝泉！你经办的事也多了，此次组阁，谅你有特别把握，何必问我。”段说道：“论起资望，当今世上莫如徐公。公若肯出来组阁，祺瑞当面达总统，荐贤自代。”徐笑道：“我为去任职袁氏惹人讥骂，难道还不够揶揄吗？今日若再出去任职，不是冯妇[14]，就是冯道了。”段又道：“世上的议论能有几句公正？如果要面面讨好，只会一事无成。”徐道：“芝泉，你的好意我心领了，但我已下定决心，誓不再做民国官吏。”段祺瑞听到此话，知道不便再劝，于是提出一班人马，与徐世昌密商起来。段说一姓名，徐答一“好”字，或说“也好”。当段说出“许世英”三字，徐点头道：“他是我的旧僚，与你也是莫逆之交。相信这人绝对靠得住，或者让他执掌内务，或者让他执掌交通，肯定能胜任。”段又说了几个人，徐也不加评论，只说一个“好”字，便算通过。段问及行政要略，徐捋着胡须，好久才说道：“目前的重要策略，第一件是固结北洋团体，第二件是保守中央威信，第三件是消释与国民党之间长久的嫌隙，三事并举，国家或许能安定。”段拱手道：“多谢徐老指教，一定从命。”说完，告辞而去。第二天，黎总统下令，任命唐绍仪为外交总长，许世英为内务总长，陈锦涛为财政总长，程壁光为海军总长，张耀曾为司法总长，孙洪伊为教育总长，张国淦为农商总长，汪大燮为交通总长，国务总理段祺瑞兼任陆军总长。自此，段内阁成立。
九部中除陆军一席归段氏占有外，其余各部总长，分作三派，即民党、官僚以及中立三派，当时称为混合内阁。由于唐绍仪、孙洪伊、张耀曾仍在南方，无法立即就职，于是外交由陈锦涛兼署，司法由张国淦兼署，教育由次长吴闿生权代。后来，因汪大燮不愿入内阁，决意辞职，又改任许世英为交通总长，孙洪伊为内务总长，范源濂为教育总长。阁员既已凑齐，专等国会开会咨请追认，内外都无异言。在外政上，改各省军民长官名称，武官称督军，文官称省长，所有署内组织及一切职权暂行旧制。
接着宣布废止文官官秩令、颁爵条例、惩办国贼条例、附乱自首特赦令以及纠弹法；又将政治犯全部释放，并特赦前川督尹昌衡；撤销所有统率办事处、军政执法处。当时，四川、广东、湖南、山东各省还没有完全恢复平静，又经过一番安置才得以安定。
首先是陈宦宣布四川独立，袁世凯命重庆镇守使周骏督理四川军务，另用王陵基镇守重庆。周接到命令后，一直按兵不动，现在袁逝世，周反而出兵西上，进逼成都，自称四川将军，之后又改称蜀军总司令，委任王陵基为先锋。王率前队抵达龙泉，成都全城戒严。周骏一面逼陈宦出省，一面截陈宦归路。陈宦不禁恼怒，决定与他决战。绅商急忙致电政府，请求阻止周、陈冲突，免得祸害生灵。政府调任蔡锷督署四川，令陈宦督署湖南，周骏回原任。陈、周还是相持不下，蔡锷从叙州起程时，先电致二人，劝他们不要再冲突下去。
陈宦看到电文后，当日就收拾行李，前往湖南省。周骏仍不死心，竟乘虚入据成都，自称都督，并撤去四川护国军招讨右司令兼兵工厂总办杨维的职务。杨本是陈宦部下，听到这个消息，当即举兵抗争，与周军战于城外，最后不敌周军。蔡锷旧病复发不便督师，考虑到周骏猖獗，于是派罗佩金、刘存厚两军分道进攻。刘军先到城下，周骏自知不敌，忙带着王陵基退出成都。过了几天，罗佩金和蔡锷陆续带兵赶来。听说蔡锷到来，成都父老全部出城欢迎。
另一起就是广东变乱，也无非为了争夺权利。之前龙济光宣告独立，本来就不是出自真心，后来虽然取消独立，仍然仇视云南、广西各军。滇军司令李烈钧刚由肇庆出北江，驻扎韶关，粤军便闭关锁渡，屡次挑衅滇军。龙济光袒护自己的军队，不仅调兵添防，还在观音山左右埋设地雷。对此，李司令怎么肯容忍？当下派兵力攻源潭，一场鏖斗，粤军战败。李又联络桂军司令莫荣新从西路攻克三水，在观音山会师，准备与龙王龙济光决战。龙济光非常惊惶，忙电告政府，竟说李烈钧反抗中央，出兵谋粤。那时，政府正准备嘉许龙王，当然袒护龙济光，但又不便得罪李烈钧，于是特授李烈钧勋二位、上将衔，令他立即进京。一面命龙济光暂署广东督军，等陆荣廷到任，才能交卸。另外还有特别调剂，陈宦未赴湖南任职以前，陆荣廷就近先前往湖南，暂署督军。汤芗铭被湖南人驱逐，政府命他立即卸任，前往广东接受查办。政府这种东调西换的作法，滇、桂各军如何肯服？于是，仍进攻观音山，相持不下。广东百姓日夜不安，到处呼请，都希望调离龙济光，使广东太平。唐绍仪、梁启超、温宗尧、王宠惠等人隶属粤籍，有志保乡，随即联名电致政府，请求立即罢免龙济光的职务。
政府接到此电，很是踌躇。就在这时，湖南军民又拒绝陈宦，自行推举刘人熙为督军，请政府下令委任。大总统黎元洪与国务总理段祺瑞左右为难，只好开内阁会议解决。各阁员有的主张武力，有的主张调停，有的主张先湘后粤，有的主张先粤后湘。最后，段总理认为广东形势更为急迫，不如先让陆荣廷火速赶往广东上任，解决粤事；湖南督军一缺，暂时按军民所请，由刘人熙署理。黎总统同意，随即下令，命陆荣廷即日赴粤，特任刘人熙为湖南督军兼湖南省长。
原来，湖南将军汤芗铭宣告独立时，曾由其兄汤化龙与国民党议定五大条件：一、国民党承认汤芗铭为都督；二、汤先拨军队三营或五营，交国民党接收；三、设国民政府管理民政全权，民政长由国民党公推；四、组织北伐军总司令，由国民党推任；五、军事厅长，由国民党推任。此约由汤化龙署押，转告汤芗铭接洽。当时，汤芗铭并无二言。袁世凯刚去世，汤芗铭马上违约，取消独立，引起国民党的公愤。于是，在军民奋起驱逐下，汤窜往岳州。湖南护国军第一军总司令曾继梧代理都督，代为维持地方秩序。随后政府派陈宦督署湘，军民不服，政府便命陆荣廷暂时代理都督。陆此时虽到了衡州，终因事涉嫌疑，不肯赴任，又从衡州返回桂林。湖南军民于是推举刘人熙为湖南省长兼督军，并请政府任命。政府勉强答应。后来改任谭延闿为督军，倒也相安无事。陆荣廷返回桂林后，得知帝制派仍盘踞京都，煽惑政府，袒龙抑李，便觉得一时不便赴粤，当下托词告病，往后拖延。
岑春煊、唐继尧等人因政府未惩办祸首，不时地抗议，政府不得已，只好下令，将杨度、孙毓筠、顾鼇、梁士诒、夏寿田、朱启钤、周自齐、薛大可八人拿交法庭，严行惩办。帝制派中的要人差不多有几十个，当时远近闻名的是六君子和十三太保。西南各省都要求斩了杨度、段芝贵等十三人，以谢天下。然而政府命令中只有八人受惩办，像袁乃宽、段芝贵等人均不在列，显见政府用心，不过敷衍了事罢了。而且逮捕令下达时，罪犯均已出京，一个人影都没见着，转眼间便成了悬案，接着又不了了之，大家都已无罪。西南各省诸首领见好就收，不愿坚持到底，决议撤销军务院。当下由抚军长唐继尧、副长岑春煊、政务委员长梁启超及抚军刘显世、陆荣廷等人联名，布告全国，撤销军务院。
自此，南北统一，北京政府总算有代表全国的资格了。只是广东方面，龙济光、李烈钧之争尚未停息，各督军多承政府意旨，归咎李烈钧，袒护龙济光。张勋、倪嗣冲专电通告，斥责李烈钧违令横行。政府致电广西，催陆荣廷立即赴任。陆荣廷也不便再拖，于是约省长朱庆澜一起赴粤上任，并电告政府，即日启行。于是，黎总统下令，派萨镇冰为福建巡阅使，命他选调兵舰赴粤海，查办一切，并驻扎当地保护侨商。其实，政府这一招是为了镇慑龙、李，显示中央威力，令他们知难而退。哪知龙济光仍不肯罢休，整日守在观音山，与李烈钧血战。陆荣廷到了肇庆，得到消息，忙称病逗留，派朱庆澜先行。朱也颇有戒心，等到与萨镇冰会面后，才一起携手入城。龙济光不便抗拒，只好出城迎接，并将民政部分划归朱庆澜接管。但龙却不死心，向朱索要巨款，理由是解散军队必须先拨恩饷，这样才好办理。朱无奈只好筹了一笔款子交给了他，这才收到督军印信。不久，龙济光带了若干亲兵前往琼崖，李烈钧得知龙已离开，也退了兵。广东乱事就此了结。
这时，停留在上海的各议员已齐集北京，重开国会。八月一日，举行国会第二次常会开会礼，参议院议员共到一百三十八人，众议院议员共到三百一十八人。参议院仍由王家襄、王正廷担任正副议长，众议院仍由汤化龙、陈国祥担任正副议长，大会临时公推王家襄为主席。黎总统、国务总理兼陆军总长段祺瑞，以及各部总长同时莅会。黎总统依照民国二年公布的大总统选举法第四条，在国会上郑重宣誓就职。
再造共和八月十四日，参议院按照旧约法，开议各案。黎总统向两院提交了由段祺瑞担任国务总理的咨文。两院议员接到咨文后，按照惯例投票表决。此时，众议院议员已达四百一十四人，投票结果以四百零七票高票通过，之后交参议院议决，也得到大多数赞成，于是总理一席仍由段祺瑞接任。所有阁员，除农商总长因张国淦调任黑龙江省长，改由谷钟秀继任外，其余均照先前的名单，咨请两院追认，两院也多数通过。孙洪伊、张耀曾先后莅京供职，只有唐绍仪一再推辞，始终不肯来京，外交事宜暂归财政总长陈锦涛兼理。直到十一月中旬，因唐终未就任，政府不得已特任伍廷芳为外交总长。外省长官中，只有直隶添了曹锟为督军，而朱家宝专职任省长。
民国再造，中外欢腾。转瞬间到了双十节，援照民国初年的旧例，应举行国庆典礼。黎总统是军阀出身，注重武事，在双十节的前几天特谕令参谋、陆军两部在南苑举行阅兵式，其余所有事宜归各部筹议。各部援照民国元年公布国庆日大典，除大阅兵外，像放假休息、悬旗结彩、追祭、赏功、大赦、恤贫、宴会等项全部照办。自黎总统就任以来，这次总算可以普天同庆，好好热闹一番了。
此时，行政机关与立法机关相辅而行，不但国会开议把重要议案磋商了好几次，就是各直省长官也奉政府命令，于十月一日召集省议会议员，开议各省事宜，内外毕举，规模备具。只是副总统一席仍未选定，这便成为两议院的热门话题。渐渐地，议员呼声越来越高，必须尽快补选副总统。当时，全国上下都在推测，符合副总统资格的人，不过寥寥数人。论起老资格来，要算是段祺瑞、冯国璋；论起新资格，要算是岑春煊、唐继尧。但岑、唐虽有再造民国的功劳，终究不敌段、冯二人的势力，因此一般舆论都认为副座人选非段即冯。十月二十四日，两院联合开会，决定十月三十日选举副总统。投票当天，两院共到七百二十四人。投票结果，冯国璋得五百二十票，居多数，当选为副总统，由选举会咨照黎总统。黎总统致电冯国璋，并令他仍兼江苏督军。冯国璋当即就职，毫不推辞。
冯国璋、段祺瑞均为北洋派的领袖。李鸿章总督直隶时，创立北洋武备学堂，储备人才，冯、段都是北洋武备学生，段还曾游学德国。当年，袁世凯小站练兵，多用北洋武备的学生为军官，段与冯均在军中任职。两人本是同学，当然志趣相投，自是袁的左提右挈，依次积功，相继被提拔为统领。冯生长河间，属直派；段生长合肥，属皖派，因都从北洋毕业，于是混称为北洋派。北方人士，称段为“虎”，而称冯为“狗”，无非是因为冯在学识上不如段。民国成立后，段常在内，冯常在外，感情还算融洽。到袁氏去世，黎氏继任，定策首功当推段氏，段也以此自诩，目空一切，并因自己职居总理，对副总统一席也不怎么在意。而冯氏却联络长江各省自植势力，并与国民党保持良好的关系，因此民国第二任副总统被他占据，段似乎退居人后了。
正当全国沉浸在国庆节的喜悦中时，噩耗接连传来。先是十月三十一日，陆军上将黄兴在上海逝世，享年四十三岁。再是十一月八日，再造民国的蔡锷将军由于积劳过度，引发喉痛和失眠的旧疾，在日本福冈医院医治无效病逝，年仅三十七岁。小凤仙在京师得此噩耗不久也殉情离去了。
段祺瑞主持国家大权，拥护黎元洪，从表面上看来，二人相处融洽，没有嫌隙，谁知内部却罩着黑幕，惹起暗潮，令府院两方无端生出许多不愉快来。内务总长孙洪伊籍隶天津，是北洋军官，他本是同盟会健将，与孙中山、黄兴等人志同道合，平时议论很是慷慨激昂，对于共和更是极力主张。民国初造，两院刚成立的时候，孙因亲友推选，成为众议院议员，之后组织进步党反对帝制。袁氏欲望正强时，他连电驳斥，并写了一篇《泣告北方同乡父老书》，说得淋漓尽致；而且奔走南北，游说黎元洪、冯国璋，劝他们早作决定，千万不要承认帝制。黎、冯二人颇为信从。到共和再造，黎氏继任总统，孙洪伊成为阁员。此后，孙整日在总统府参与庶政，每当黎总统见客，他必侍坐黎的旁边。黎宽厚待人，即使有什么逆耳的话，也能容忍过去，偏偏孙越俎抗谈，雌黄黑白，旁若无人，因此大小官员都有些怕他。有时国务院开会时，孙直言径行，与段总理时有龃龉，段很是介意。
国务院秘书长是段祺瑞的高徒徐树铮，外号“小扇子”。徐毕业于日本士官学校，年少气盛，自称为文武全才，段看他能成大器，收作高徒。洪宪以前，徐已投到段门下，预议军事，但没有多少表现的机会。袁氏称帝，徐力劝段洁身自去，段于是辞职。云南、贵州起义时，徐成为段的军师，为段出谋划策，并密嘱曹锟、张敬尧等将帅迁延观变。曹、张依照徐所说的话，自是多方拖延。还有陕西独立也由徐唆使，徐与陕西将军陆建章向来有嫌隙，于是乘此假公济私，将陆排挤出去。袁病死后，黎、段登台，徐一跃成为国务院秘书长。这时，徐的才华得以展示，视天下事如反掌，今天陈一议，明天献一策，全部都能切中段的心思。段将他视为左臂右膀，连内外政策，也多听取他的意见。国务院中常称徐为总理第二，然而偏偏遇到个孙洪伊。孙是个眼高于顶的人物，他听说徐树铮势倾全院，心中愤愤不平。每次国务院的公文送到总统府盖印，孙便吹毛求疵，只要有一点点瑕疵，他就立即驳还，或间加改窜颁行出去。自命不凡的徐秘书怎肯低眉顺目，受那孙总长的批评呢？因此，双方积怨越来越深。
一天，国务院开会，孙洪伊正说得高兴，突然有一人站起来打断他道：“孙总长，你不要目中无人！须知智士千虑，必有一失；愚夫千虑，也有一得。难道没有你，就不能举行会议了吗？”孙望过去，正是徐树铮秘书长，便冷笑道：“阁下的大才，我很佩服，但此处是阁员会议，等阁下入阁后，再来参议也不迟。”徐树铮被他一嘲，顿时火冒三丈：“树铮不才，不过能成为国务院秘书也总算是国家官吏，并非绝对没有言论权。更何况国体共和，无论何等人均能上书言事。孙总长平日自命维新，为何反而效仿专制时代，禁止别人参议呢？”孙洪伊哼了一声道：“阁下既有宏论，不如先向总理陈明，由总理提出讨论，如真能利国利民，我等绝对赞成。这样，既不会埋没阁下的才华，也不属于越职，岂不是一举两得？”徐树铮愤愤道：“孙总长！你叫我等不可越俎，你为何自行越俎呢？”孙洪伊不解，徐树铮道：“你勾结报馆，泄漏院中秘密，难道不是越俎吗？”孙洪伊勃然大怒道：“你有什么证据？”徐树铮微微笑了笑道：“证据不证据，你不必问我，你自己想想是不是有这回事？”孙洪伊怒上加怒，对段总理道：“总理怎么能用此狂人？若再纵容下去，恐怕总理也要让人失望了。”段总理本来就信任徐树铮，听了此话，顿时变了脸色。各阁员看到这种情形，连忙出来排解。孙、徐二人还是互相攻击，喧嚷不休。这时，段总理终于忍受不住，沉着脸道：“这里是会议场，并不是喧闹场，孙总长也未免自失体统了。”说完拂袖而去。阁员劝住孙洪伊，这场争论才算罢休。
第二天，段总理负气到总统府谒见黎总统，谈及孙洪伊、徐树铮冲突的事情，黎总统淡淡答道：“孙总长性子太急，徐秘书也有点欺人。”段总理见话不投机，更是怅闷，便信口答道：“孙总长是府中要人，树铮不过一院内委员，总统如果觉得树铮欺人，不但树铮可以免职，就是祺瑞也不妨辞职。”黎总统听到此话，忙道：“国家多事，全仗总理主持，总理怎么能为他二人争执弃我而去呢？”段道：“祺瑞本来无心再出仕，不过为形势所逼，暂当此任。现在南北统一，大局稍平，阁员中不乏人才，总统可择贤代理，何必定需祺瑞？祺瑞也可以暂时卸下重任了。”黎总统道：“我也不愿做总统，无非为国家起见，总理不必多心。”段又勉强答了几句话，才退了出去。
黎总统经此波折，心里非常不安，立即召国务委员前来商议。交通总长许世英认为此事必须有人调解，并且只有徐世昌才能担当此任。黎总统也很赞同。当时，徐世昌已返回辉县，黎总统当即写了一封诚诚恳恳的信，派人送了过去，敦促徐老来京。凑巧，此时段也去函请徐世昌来京。这位三朝元老徐世昌，顾着双方友谊，不忍坐视，于是从辉县起程，乘京汉铁路，直达北京。车到正阳门，就见府院中人已在车站两旁等候欢迎。
徐世昌入京以后，先拜见黎总统，再会见段总理。黎暗示要和解，段却不甘退让，经徐苦口调停，段才提出，先将孙洪伊免职，才能令徐树铮辞差。徐世昌再入总统府，与黎商量。黎似乎有些为难，徐喟然道：“不照这么办，恐怕祸起萧墙，势必波及全国，总统不如通权达变，暂歇风潮。”黎总统毕竟敦厚，也就同意了。十一月二十日，下令罢免孙洪伊的职务。第二天，徐树铮也辞了职。国务院秘书长改任张国淦。徐树铮名义上虽然辞职，实际上仍在段氏幕中。
当初，参众两院因草订民国宪法连日开会，大家意见不统一，难免又生党见。其中分两大派，一派称为宪法研究会，一派称为益友社。有几个喜新厌旧的人物想加入主权、教育、省制、陆海军等问题，但审议了好几次，终因党见不同，未曾议决。
十二月八日两院再次开议。直隶议员籍忠寅主张守旧，湖北议员刘成禺主张维新，彼此相持不下，竟在会议场中打起架来。刘成禺一方人多势众，籍忠寅一方人少势弱。起初是抛墨盒、掷笔杆等文绉绉的举动；后来骂得起劲，闹得更凶，竟扭成一团，拳打脚踢，好像有不共戴天之仇。结果是籍忠寅、刘崇佑、陈光焘、张金鉴等人受伤，头破血流，愤愤地出了会议场，写了一篇大文章，竟向总检察厅提起公诉，而且请政府咨行议会，查明曲直，依法惩办。
一事未了，又生一事。京城里面有个自称孙熙泽的人，发起了宪法促成会，宣布意见书，并通电各省说：“两院议员会议多日，并无成效，徒闻滋闹。”参议员听到这个消息，认为他毁损名誉，扰乱国宪，要求政府立即禁止。司法总长答称，已令总检察厅彻查，议员们对此答复很是不满。因为当时已是阳历十二月二十五日，又是云南起义纪念日，之前经两院议定，总统公布，照例放假休息，悬旗宴贺。大家既要庆祝，又要贺年，闲暇中间带着几分忙碌，自然把公事暂时搁置了。
转眼间已是民国六年，各省督军、省长及各特别区域都统，于阴历五年腊月，由副总统兼江苏督军冯国璋领衔，联名电告政府，希望政府“军政、财政、外交诸大端，皆宜早定计划”，早日将宪法订立下来。然而，国会中的议员此时正对抗得厉害，怎么肯和议呢？段祺瑞总理妄自尊大，不免偏心，党同伐异，黎元洪总统遇事却优厚宽容。民国六年一月一日，浙江督军兼省长吕公望被免去职位，政府特任杨善德为浙江督军，齐耀珊为浙江省长。这道命令虽由黎总统颁发，暗中却由段氏主张。杨善德属于段系，段氏极力推荐，因此担任松沪镇守使，后来又被提拔为松江护军使。当时正值浙江新任警察厅长傅其永赴厅上任，没想到警察多半反对，引起风潮，甚至延及军队。督军吕公望无术镇驭，情愿辞职，于是段氏推荐杨善德为浙江督军，打破了“浙人治浙”的旧习。松沪护军使，由护军副使卢永祥升任。卢也是段氏麾下的健将。浙人正在考虑是否要反抗杨，杨已带着北军第四师昂然南来，如入无人之境，一番大风潮，霎时平定。