新华宫正沉浸在一片哀痛中时，突然有人入内探望，自悔来迟，此人便是国务卿段祺瑞。段已拟好遗命，想呈给老袁亲自审阅，不料老袁已长逝，段不禁顿足道：“迟了，迟了。”当下将遗令递给徐世昌，请他酌夺。徐忙接过来，见遗令中说：
……顾念国事至重，寄托必须得人，依《临时约法》第二十九条大总统因故去职，或不能视事时，副总统代行其职权，本大总统遵照约法宣告，以副总统黎元洪代行中华民国大总统职权。副总统恭厚仁明，必能弘济时艰，奠定大局，以补本大总统之阙失，而慰全国人民之望。所有京外文武官吏以及军警士民，尤当共念国步艰难，维持秩序，力保治安，专以国家为重。昔人有言：“惟生者能自强，则死者为不死。”本大总统犹此志也。此令。
徐世昌看完后说道：“就这样颁发出去吧。但现在是元首绝续的时候，必须速速戒严，维持大局。还要紧急通知副总统即日就任，免生他变。”段祺瑞答道：“这是最紧要的事情，我这就去办。”说完，就出宫去了。徐劝大家不要再哭，准备棺殓。于是由袁克定做主，立即召袁乃宽入内，命他办理治丧事宜，袁乃宽唯唯从命。至于夫人以下，都是哭泣尽哀，闵姨更是连哭带诉，愿随老袁同去。大家以为她是一时悲戚，没怎么注意。等送殓完毕，徐世昌才回寓休息。袁乃宽到处购买棺木，就是买不到上等材料，费了好大劲儿才得了一具阴沉木棺材，出高价购回。这时，前河南将军张镇芳却进献了一具好棺材，说是百余年陈品，经克定再三审视，果然与袁乃宽所购的材料优劣不同。但只死了一人，却备了两口棺木，克定心中很不舒服，忽然有人入报道：“大姨太太殉节了！”克定等人极为惊讶，克文则昏晕过去，叫醒克文后，大家一起进入闵姨房中。只见闵姨僵卧**，玉容不改，气息无存。枕旁放一信函，由克定取出，上面写道：
……忆陛下在日，嫔妃满前，侍女列后，虽一饮一食，一步一履，悉赖人料量而承应之。今兹鼎湖龙去，碧落黄泉，谁与为伴？形单影只，索然寡欢，安得不淒然泪下者乎？……夫在天愿为比翼鸟，在地愿为连理枝。蝉当日读白香山长恨之歌，未尝不叹明皇与玉环，其爱情何如是之深且挚。蝉何人斯，既极愚陋，且又失宠，敢冀非分想哉？不过欲追随陛下于地下者，聊尽侍奉之职务已耳……克定泪如泉涌，就连于夫人及众姬妾也不胜哀痛，比哭老袁时还要悽惨，克文竟哭晕了好几次。徐世昌正好到来，获悉噩耗，料知闵姨太定有特别苦衷，所以一死明志，不禁称叹道：“好一个贤妇！好一位节妇！”随即与克定、克文相见，又劝慰了他们好久。克定凄然道：“我正担心有两具灵柩会是不祥之兆，果然又出此变。”徐答道：“袁门中有此义妇，令人钦敬！不仅令尊泉下有人侍奉，而且将来《列女传》中也应占入一席，岂不是千古光荣吗？但身后殓葬也需格外完备，好在棺木另有购就，上品选制，足慰烈魂。据老朽想来，怕是令尊有灵，阴为调遣啊！”克定道：“敬尊伯父命令。”于是，将袁乃宽在市场上购买的棺木，作为闵姨的灵柩，并用妃嫔礼殓葬，停丧新华宫内偏殿中。大典筹备处改作袁氏治丧所，挂灵守孝，诵经超度，另有一番排场。
袁氏治丧已经有好几天，大小男妇都伴在灵前，不缺一人。突然一个披麻戴孝的官员奔到灵前，抚棺痛哭。大家都很惊讶，仔细一看，原来是奉天将军段芝贵。段自奉老袁的命令，由奉调鲁，正打算积极进兵，为君父效力，却偏偏得了凶耗，惊得形神沮丧，急忙赶回北京。到了新华宫，段立即向治丧所索取麻冕葛衣，到灵前悲号一番，比袁氏诸子还要哀戚好几倍。后来听说大丧典礼已由政府特派曹汝霖、王揖唐、周自齐敬谨承办，他才没有异言。曹汝霖、王揖唐、周自齐三人本来就是帝制派中首领，现在充任大丧典礼承办员，自然令大丧典礼极尽隆重，并订立丧礼条目十三条，奠祭事项八条，定于六月二十八日举行殡礼。
此通告颁布后，京内外政界要人，除馈赠厚赙外，又恭送挽联，几天内竟达上千件。挽联上措词的意思，不是夸大功绩，就是颂祷将来。只有筹安会的首领杨度措词非常微妙，首联说：“共和误民国，民国误共和，百世而后，再平是狱。”对联说：“君宪负明公，明公负君宪，九泉之下，三复斯言。”
承办丧礼的官员日夜筹备，纸车、纸马、纸船、纸亭以及一切仪仗都已备好，专等届期启灵。至于袁氏家眷更是忙碌得不得了，所有宝贵物品都要装箱，还要编列号次，一件件登载簿记，就是一丝一缕，也没有遗失。一群女官则由袁克定做主，全部遣散回去。女官也在收拾行李，等送柩出宫后准备回去。女官长安静生因蒙皇帝特宠及各妃嫔厚爱，依依不舍，整日以泪洗面。
转眼间已是六月二十八日，这天早晨，新华宫外人山人海，拥挤不堪。七点整，随从、舆卫都已到齐，一队又一队，一排又一排，全部执着器仗，鱼贯而行。所有凤旌凤翣、仙幡宝幢、锦幛花圈、彩幄香橱都异样鲜亮，格外精巧，跟赛会差不多。所经之地，断绝交通，前后左右全部由军队荷枪拥护。皇子、皇孙引柩前来，一片麻衣。后面跟着一辆极大的灵舆，用花车装载，接着是闵姨棺木，两旁护从的人多如牛毛。各外交团、清室代表以及国务卿以下文武各官都坐着摩托车，在后恭送。走在最后的是袁家女眷与女官婢媪等数百人，有坐汽车的，有坐马车的，有坐骡车的，多半是淡妆素抹。最注目的是那个御干儿段芝贵，一直随着灵柩，痛哭流涕，而且满身缟素，与别的送殡人员迥然不同。旁观者间接得知他的故事，都说是义重情深，不愧为孝子。到了车站，站长已备好专车，将所有锦幛花圈全部悬挂在车上，然后妥奉灵棺安置在车内。一帮送殡人员这才鞠躬告退，只有各机关特派的承祭官及与袁氏感情较深的亲友陆续登车。女官、侍从将主人的行李物品搬进车，安排妥当后才下车返回。霎时间，轮机转动，风掣电驰一般，向彰德去了。至此，袁家事全部收场。
副总统黎元洪于六月七日就任，因处于前总统新丧期内，所有礼仪多半从略。各省将军、巡按使致电北京表示祝贺，独立各省都督也一律电贺。
陕西都督陈树藩于黎就任当日取消独立，并请政府优礼袁氏，敬死恤生。第二天，四川都督陈宦取消独立。广东都督龙济光也于十三日电达中央，称已于六月九日取消独立。
政府连接各省电报，非常欣慰，特授陈树藩为汉武将军，督理陕西军务兼署巡按使，并赞赏龙济光，说：“该上将具有世界眼光，急谋统一，忠诚爱国，深堪嘉奖。该省善后事宜统由该上将悉心筹划，妥为办理。”
由于帝制派仍盘踞国都，南方各省仍处反对地位，全国一时未能统一。张勋、倪嗣冲等人始终服从袁氏，准备即日联合私党，自请出兵十万开赴前敌，后因政局变化，才暂时按兵不动。张勋张辫帅深谋远虑，暗想黎元洪、段祺瑞当国，定有一番变革，自己最好预先防患，未雨绸缪。于是把南京会议的各省代表截住，邀请他们暂时留住徐州，再开会议。可惜，四川、湖北、湖南、山东、福建等处代表走别的路回省，无从拦阻；只有直隶、奉天、吉林、黑龙江、河南、山西几省以及京兆、热河、察哈尔等代表被拦住；另外徐州镇守使张文生、徐海道尹李庆璋、安徽军署参谋长万绳栻三人也一起到会。六月九日，众人在徐州召开会议，张勋担任主席，朗声宣言道：“现在，政局更新，黎元洪继任，中央政见或留或革，不可预知。但世事纠纷尚无定局，我辈都身兼重职，不能坐视，还望同心协力，共保治安。南北不能不统一，中央不能不拥护，就是前清皇室及袁大总统身后一切，均宜请新政府实心优待，不得怠慢。我是这样认为的，诸君又是什么意见呢？”各代表齐声赞成。张勋又道：“既然诸君赞同，那我辈不可不开列大纲，与众共守。”各代表答道：“请指教。”张勋立即命秘书员草录十大纲，交给到会的各代表审阅。十大纲为：
一、尊重优待前清皇室各条件。
二、保全袁总统的家属生命、财产及身后一切荣誉。
三、要求政府，依据正当手续，迅速组织国会，施行完全宪政。
四、催促独立各省，取消独立，倘若固执成见，仍以武力解决。
五、绝对抵制迭次倡乱的暴烈分子参与政权。
六、严整兵备，保卫各本省区地方治安。
七、抱持正当宗旨，维持国家秩序，设有用兵之处，军旅饷项，通力合筹。
八、嗣后中央若有弊政，并危害人民，务当合电力争，以尽忠告。
九、固结团体，遇事筹商，对于国家前途，务取同一态度。
十、等国事稍定，联名电请中央减政，罢除苛细杂捐，以缓民困。
各代表本来就没有主见，乐得随声附和，全体表示赞成。张勋高兴地说道：“诸君热心为国，鄙人深感佩服。此次回省，请转达贵将军、贵都统互守此约，切勿背弃盟约！”各代表又连连答应。散会后，张勋盛宴饯行，欢然送别。此次会议，时人称为“七省同盟”，即直、皖、晋、豫及关东三省。张勋因巩固地位的目的达到，乐不可支，立即通电各省详述会议情形及录示十大纲，要求各省同意。从此，军阀风潮波及全国，北京的大总统好似傀儡一般，不像从前袁总统得势时，一呼百应，远近风从。
黎元洪为人敦厚，反对帝制，就职时，中外欢庆。唯独帝制派蠢蠢欲动，想推倒黎来巩固自己的地位。一时间，人心浮动，流言四起，在京官吏纷纷移居天津，幸亏段祺瑞竭力镇定，才没出现大的骚乱。四川、陕西、广东取消独立，中央势力加厚一层。此时，西南军务院抚军长唐继尧通电政府，开出四大条件：
一、恢复民国元年公布的旧约法。
二、召集民国二年解散的旧国会。
三、惩办帝制祸首十三人。
四、召集军事会议，筹商善后问题。
副抚军长岑春煊又通电中央及各省，说：“抚军长所说的四个条件，是南方独立各省的一致主张，如果政府一律照办，本院将即日撤销。”接着，河南将军赵倜、南京将军冯国璋也先后致电北京，力请恢复旧约法，召集旧国会，政府置之不理。于是，旧议员谷钟秀、孙洪伊等人在上海刊登广告，自行召集会员，除前时附逆的省议员外，其他所有省议员限期六月三十日以前，齐集上海，准备定期开会。才十多天，就有三百多名议员汇集上海。这消息传到北京，国务卿段祺瑞不便沉默，于是致电南方各省及全国各重要机关，说政府对恢复元年约法并无成见，只是需要仔细考虑恢复的办法，不能操之过急。又致电上海国会议员说：“约法问题，议论纷纭，政府不便擅自断定。诸爱国俊杰，法理精邃，必能折中一是，希望详加讨论，示以周详！”
这两电发表后，南方各省极端反对，唐绍仪、梁启超回复辩论，说：
三年约法，绝对不能视为法律；此次宣言恢复元年约法，绝对不能视为变更。如今大总统继任，国务院成立，均根据元年约法。一法不能两容，三年约法若为法，则元年约法为非法。然而三年约法，不仅国人均不认可它为法，即就是今天大总统及国务院之地位皆必先不认可它为法，而得以存在。
段祺瑞仍然不同意，只打算修正三年约法，或加入一些条款；或仿效约法会议办法；或参照南京参议院成例，由各省长官选派委员三人；或点出该省国会议员三人，组织修正约法委员会。正筹议时，忽然上海海军宣告独立，推举李鼎新为总司令，宣布加入护国军，要等恢复元年约法，国会开会及内阁成立后，才取消独立。
当时，海军一直分为三队，即第一舰队、第二舰队及练习舰队。第一舰队与练习舰队同时停泊上海海边，所以同时独立。第二舰队仍停泊长江各埠，可能还不知道其他两舰情况。但第一舰队实力最为雄厚，军舰最多，一经独立，立即引起了全国的关注。