倪嗣冲带兵到达南京，想仗着兵力胁迫各省代表，仍承认袁世凯为大总统。五月十九日开第二次会议，倪昂然莅会，代表安徽宣言道：“总统的问题，关系全局安危，如果骤然易位，财政、军政两方面必会生乱，所以愚见仍推戴袁总统，请他留任。”话刚说完，山东代表丁世峄起身说道：“倪将军的高见，鄙人很不赞成，袁总统热心帝制，种种行为已失众信。如今，袁总统自知错误，已有去意，难道中国除了袁总统，就没人维持得了大局吗？”倪嗣冲脸色一变道：“袁总统下台，应请何人继任？”丁世峄还没来得及回答，与丁一起来的孙家林从旁答道：“自然应属副总统，这还用问吗？”倪怒目视丁、孙两人道：“你二人是靳将军派来的吗？靳将军拥护中央，竭诚报国，为何派你二人到来？你二人莫非私下勾结南军，来此捣乱不成？”丁、孙二人正要答辩，湖南代表陈裔时已起立道：“古人有言，君子爱人以德。倪将军不要太固执，敬请三思！”湖北代表冯筼、江西代表何恩溥等也应声道：“敝代表也有此意。”倪嗣冲见反对的人多，顿时怒不可遏，拍案吼道：“袁总统离位一日，中国便混乱一日！我只知挽留袁总统，若有异议，就用武力解决！”丁世峄、孙家林等人冷笑道：“既然要用武力解决，还用开此会议吗？”冯国璋主席目睹这种情形，担心惹出一场争闹，于是出来调停，道：“诸君不必徒争意气，须知能战然后能和。眼下南方五省已极端反抗中央，即使项城退位，南方也必会有种种要求，而继任的总统恐怕也难以全部答应，将来仍不免相争。国璋始终主和，但即使想和平解决，也应先准备武力，免得让南方轻觑，各代表认为怎么样？”这一席话，才得到燕、奉、吉、豫、热、夏诸代表的同声赞成。冯又提出兵力、财力两个问题，燕、奉、吉、豫等代表有的愿意出若干士兵，有的愿意供应若干军饷，其余代表多托词推诿，山东、江西、两湖各代表则沉默不言。冯国璋只好宣告散会，第二天再议。
第二天，齐集会场，各代表多主和不主战，冯国璋、倪嗣冲也不便力辩。提及总统问题，大家想交给国会表决，冯游移两可，倪不以为然。五月二十一日，再开第四次会议，仍无结果。徐州代表李庆璋倡言，既然为和平解决起见，不如让南军也派遣代表到此议决，一劳永逸。此提议得到多数赞成，于是由李主稿，电达独立各省，静候回音。散会后，李竟随倪嗣冲走了。
就在南京会议期间，上海革命党首领陈其美遇刺上海。以前肇和舰的变动以及镇江、江阴的独立，都由他一人策划，因而不但袁政府视他为仇敌，就是南京上将军冯国璋也时刻防备他，命侦探随时密查。刺杀陈其美的两个刺客，一个叫许谷兰，一个叫宿振芳。被抓以后，许供称受南京军官指使，宿供称受北京政府指使，究竟是南是北，无从讯实，但杀人偿命，最后把许、宿二人枪毙了事。
袁世凯听说陈其美已死，自然欣慰。不料，陕西来一急电，由陕西将军陆建章和镇守使陈树藩联衔，电文上说：
秦人反对帝制非常强烈，数月以来，讨袁讨逆各军风起云涌。树藩因欲缩短中原战祸，减少陕西破坏区域，业于九日以陕西护国军名义宣言独立，并请求建章改称都督，与中央脱离关系。建章念及总统廿载相知之雅，断不敢赞同，念及陕西八百万生命所关，又不忍反对。现拟各行其是，由树藩以都督兼民政长名义担负全省治安，建章即当返回都门束身待罪，以明心迹。
老袁将电稿扔在案上，恨恨道：“树藩谋逆，建章逃生，都是一群负恩忘义的小人！还要用此等电文敷衍搪塞，真是太让人生气了！”此后忧愤交迫，一向硬朗的老袁竟生起病来。
陕西独立，袁世凯不得不发兵争讨，无奈中央已无兵可遣，无饷可筹。中、交两银行因被财神爷梁士诒任意提用，现款殆尽。五月十二日，政府颁布停止兑现两银行钞票的阁令。顿时，商民怨声载道，不但银币没有着落，就连铜币也没有地方换，百姓都将此归咎于国务卿段祺瑞。其实，这是梁财神的计策。两行纸币滥发，梁怕百姓一起来兑现，一时无从应付，所以先发制人，密拟停止兑现的命令，强迫段盖印。段祺瑞明知不妥，但上受袁制，下被梁迫，阁员又多半梁党，只好盖印颁行。当时，社会上称此阁令为段内阁的经济政策。
自此令颁布，袁政府的信用更是扫地，所有调遣，官军多不奉命。老袁没办法，不得不从外面着想，命倪嗣冲转调倪毓棻军，从湖南移军陕西，倪嗣冲复电遵行。既而山东将军靳云鹏屡次致警电，一电说国民党吴大洲入据周村，自称护国军山东都督；一电说革命党居正入据潍县，自称东北军总司令。最后又来一电，劝老袁即日退位，免致地方糜烂。老袁火冒三丈，命靳火速来京，面陈鲁事，将军职位由张怀芝暂行代理。
此时，全国警电纷纷到达京师，不是痛骂，就是劝退。害得老袁又气又愁，竟得了尿毒症，每次小便都非常痛苦，请名医开药，毫无效果。徐世昌入府探望，得知老袁的病源后，推荐前御医陈莲舫为他诊治。老袁立即召陈入京诊视，陈认为：“脏腑伏毒已有多年，一旦暴发，来势凶猛。现在，救急良方只有每次小便后，让人吮咂，舐去毒液。吮咂前，先用清水和麻油漱口，除去口中热毒，才可吮含，慢慢舐去毒液。这样或许可以稍奏微效。”老袁点头无语。等陈医退出，便召众妾入室，命她们按照陈医的方法施行。众妾都有难色，你看我，我看你，不发一言。老袁不禁恼怒起来，道：“你们太没良心了！难道坐视我死吗？”众妾仍然无语。老袁看了众妾一番，又开口道：“还是汪姨、香儿、翠媛三人吧。”三妾听到此话都怏怏不乐，可又不好推辞，只得勉强答应。于是，每当老袁小便，三妾便轮流吮咂。舌舐稍重，老袁痛彻肺腑，呻吟不已。有时痛到极处，乱踢三妾。三妾无从呼冤，只能背地里痛骂陈医来泄愤。过了半个月，老袁的尿毒症果然好了一些。五月二十三日，轮到翠媛值差，从早到晚，她不辞辛苦地吮咂。傍晚，老袁与她共进晚餐。
二人正在把酒闲谈时，安静生女官长送入一份电报，呈给老袁。老袁一看，顿时暴跳如雷，提起手中酒杯向女官长掷了过去。安女士忙把头一偏，只听杯子“啪”一声，摔得粉碎。翠媛莫名其妙，急忙起座走到老袁身旁，去看电文。谁知老袁又随手拿起一只碗，向翠媛掷了过去。翠媛赶紧躲闪，但已来不及，左额角被碗擦过，顿时皮破血流。安女士急忙溜出去，传来数名婢仆，为翠媛上药，并用翠媛腰间的白方巾代为包裹。老袁一看，更是火冒三丈，向婢仆吼道：“我还没死，你们便用白布给她缠头，莫非要咒我死吗？”说着便起身找了一个门闩，把婢仆们打得鼻青眼肿，最后把门闩扔在地上扬长而去。平时，老袁对待下人还算宽仁，此次如此反常，好像疯了一样，下人们不由得猜疑起来，于是出室探查。只见老袁高坐内厅，面带愠色。过了一小时，忽然来了一个妇人，约有三四十岁，大家从外遥望，原来是于夫人的义女，四川将军陈宦的正室。陈宦向来与正妻不和，就职入川时，他只令几个姬妾随行，把正妻撇在京中。陈妻为人老实，深得于夫人宠爱，因此经常入宫，互拉家常，有时还会小住数日。这次老袁传召，她自然奉命前来。一入内厅，陈妻见义父怒目相视，不禁跪下磕头。老袁愤愤道：“你可知陈宦近日都干了些什么？”陈妻答称不知。老袁厉声道：“他已与西南各省的乱党一起谋逆了。”陈妻惊讶失措，支吾道：“他……他受恩深重，应该不会做出这样的事，想是传闻有误。”老袁不等她说完，便从袖中取出一纸掷向地上，呵叱道：“你还要为你丈夫辩护吗？他有电文在此！”陈妻拾起电文，两手微颤，只见上面写着：
……宦为川民请命，项城虚与委蛇，是项城先自绝于川，宦不能不代表川人与项城告绝。自今日始，四川省与袁氏个人断绝关系。袁氏在任一日，其以政府名义处分川事者，川省皆视为无效。至于地方秩序，宦有守土之责，谨当为国家尽力维持。新任大总统选出，即奉土地以听命，并即解兵柄以归田，此则区区私志，于私于公，以求无负者也。……陈妻读完，无词可答，禁不住流下泪来。老袁又道：“我改元洪宪时，他未尝独立；如今我已取消帝制，他却独立起来，我不晓得他是什么用意？难道我的总统位置，他不肯承认吗？别人反对，我还可以饶恕，但你丈夫的功名富贵统是我给的，今天他竟然宣布独立，太忘恩负义了！我恨不得亲手毙了他，以泄心头之恨！现在，他居住四川，我不能拘他到京，只有将你扣为人质。你若想活命，就立即发电到四川，让他即日到来，束身归罪。你丈夫一日不来，你一日不得自由。”说着，叫入女官：“把她拉出去，幽禁起来，不得放走！”女官领命，将陈妻带入一间僻室，让她居住。陈妻无奈，只好央求女官，通报于夫人。于夫人得知后，立即吩咐婢奴道：“你快去传话给陈夫人，只说我很挂念她，本应前去说情，但因我与老头儿不和，实在是心有余而力不足，不如转求洪姨太吧！”侍婢奉命去告知陈妻，陈妻又转托女官，向洪姨求情。洪姨一听此事，便对女官说道：“你放她回去吧！”女官道：“这……这事恐怕不便……”洪姨道：“有我担当，怕什么！”女官才应声而出，将陈妻放了回去。
第二天，洪姨将此事告知老袁。老袁怒道：“你敢违抗我的命令吗？”洪姨含笑道：“妾听说罪不及妻儿，古已有明训。即使陛下晋位为帝，也应效法从前的帝王，更何况仍为民国元首呢？”老袁又怒道：“我已有令，不准再称我为陛下或万岁爷，为何你又犯禁？”洪姨仍笑道：“古称皇帝为元首，今也称总统为元首，元首可以并称，陛下又为什么不可并呼？”老袁听了，也觉得有道理，这才稍稍开颜道：“你可真是善辩呀！”洪姨又道：“陈夫人与陈宦不合，人所共知，陈宦独立，夫人怎么知道？陛下以为拿住了她，就可以牵制陈宦吗？妾认为，陈宦得知妻子受罪，反而会感激陛下。陛下为何为宦杀妇，让宦暗笑呢？”老袁不觉点头，口中仍然大骂陈宦。洪姨又劝慰了一会儿，老袁才到办公室，召集段祺瑞等人商议四川事宜。最后决定罢去陈宦的职务，令周骏督理四川军务，曹锟督办四川防务，张敬尧帮办四川防务。