17世纪在很多方面不同于16世纪，一切都安定下来了。宗教问题仍然很重要，但是其他一些问题变得更加重要。不过在17世纪上半叶，欧洲再次爆发了一场非常重要的宗教战争。这场战争开始于1618年，终于1648年，后来被人们称为“三十年战争”。
当时神圣罗马帝国的皇帝是施蒂利亚的斐迪南，他曾经是耶稣会的学生，和西班牙国王腓力二世一样，也是一个虔诚的天主教徒。他迫切地希望尽可能多的德意志人能够恢复天主教信仰。
属于新教的波希米亚王国通常会推选即将成为神圣罗马帝国皇帝的王公来当国王，而斐迪南就是通过这种方式成为波希米亚国王的。但是当波希米亚人看到斐迪南打算严厉对待新教徒时，便不愿意让斐迪南当国王，因此选择了巴拉丁伯爵腓特烈作为波希米亚国王。
腓特烈是一个选帝侯，也是德意志的巴拉丁邦国的统治者。腓特烈娶了英格兰国王詹姆斯一世的女儿。1603年伊丽莎白女王死后，詹姆斯一世就成了英格兰国王。
詹姆斯一世是苏格兰玛丽女王的儿子，但他从小就是一个新教徒，所以同为新教徒的腓特烈自然认为詹姆斯一世会帮助他。但詹姆斯一世总是要花很长时间来做一个决定。从某些方面来说，他是一个聪明的人，并以自己的学识为荣，但是他从来没有真正理解过别人。他在如何对待外交问题上总是需要思考太久才能拿定主意，以至于人们看不起他，还经常嘲笑他。有人说他是“基督教世界里最聪明的傻瓜”。
他是斯图亚特王朝成员中唯一一个容貌不好看的人。他那奇怪的四肢看起来总是松散张开的，还有那张瘦弱的脸庞，都很好地说明了他的性格。
腓特烈还没有等到詹姆斯一世下定决心来帮助他，就被赶出了波希米亚王国，甚至还失去了自己的巴拉丁，后来詹姆斯一世派人来帮助他时，已经于事无补。
詹姆斯一世满脑子都是各个国家之间不应该在宗教问题上互相争斗的想法，他通过让自己的儿子迎娶一位西班牙公主来显示自己的宽容。他认为，西班牙会因此来帮助他对抗信奉天主教的神圣罗马帝国皇帝。但是这一切都是痴心妄想。西班牙国王永远不会把女儿嫁给一个信奉新教的王子，尽管他没有立即拒绝詹姆斯一世。
与此同时，斐迪南和腓特烈之间的斗争演变成了神圣罗马帝国皇帝和整个帝国新教君主之间的斗争。这是宗教斗争史上最后一场大战，也是有史以来最可怕的一场宗教战争。这场战争长达30年之久，德意志人民遭受了沉重的苦难，等到战争结束的时候，德意志人差不多有一半死亡。
一位叫华伦斯坦的军人是皇帝斐迪南身边的主要将领。他对宗教问题并不是十分关心，但是他想让皇帝真正拥有整个德意志的统治权，这使信奉新教的那些君主感到害怕，因为在此之前，他们在自己的邦国里和国王没什么两样。华伦斯坦的士兵都很爱戴他，并为他感到骄傲。
华伦斯坦赢得了许多胜利，新教徒几乎绝望了，这时候，瑞典新教徒国王古斯塔夫·阿道夫率领军队进入德意志帮助新教徒。瑞典国王担心，如果皇帝对德意志北方地区甚至波罗的海地区都拥有实权的话，就会威胁到瑞典。
古斯塔夫是一位虔诚的新教徒。当他到达德意志时，新教徒蜂拥来到他的身边。古斯塔夫在德意志战无不胜。他最初的对手并不是华伦斯坦，而是另一位叫蒂利的将军。
最终，在具有决定性的战役吕岑会战中，古斯塔夫直接遭遇了华伦斯坦。在这场战役中，瑞典人获得了真正的胜利，但就在战斗快结束时，一阵突如其来的浓雾笼罩在整个战场上，而被称为“北方雄狮”的古斯塔夫就在一片黑暗里死于乱军之中。
在离开瑞典前，古斯塔夫曾和家人道别，当时他怀抱着三岁的小女儿克丽斯蒂娜。古斯塔夫死后，克丽斯蒂娜成为瑞典女王，但是她长大后坚持天主教信仰，并因此放弃了王位。克丽斯蒂娜大部分时间居住在意大利，她是那个时代最聪明的女人之一。
吕岑会战结束一年后，华伦斯坦就被谋杀了。他一直很想按照自己的方式做事，甚至连斐迪南都担心他会变得尾大不掉，因为这位将军可以让士兵唯命是从，这是非常危险的事情。于是，皇帝宣布华伦斯坦是一个叛国者，不久，一些人为了讨好皇帝就谋杀了华伦斯坦。曾经为皇帝立下了汗马功劳的华伦斯坦就这样含冤死去。
华伦斯坦死后，战争持续了很多年。法国人在红衣主教黎塞留的领导下帮助了新教徒，尽管当时的法国是一个天主教国家。黎塞留这样做，是为了使德意志的国力停留在虚弱的水平上。在17世纪，只有少数几个政治家会像古斯塔夫那样真正为宗教而战。其他人只是以宗教问题为借口去实现他们想做的事情。
1648年，战争各方签署了《威斯特伐利亚和约》，但是实际情况并没有发生太大的改变。德意志北方的邦国仍然信仰新教，而南方的邦国则信仰天主教。这时候，巴拉丁选帝侯腓特烈已经死了，他的儿子夺回了巴拉丁一半的领土，但是波希米亚王国仍然掌握在皇帝斐迪南手中。
此后，皇帝在整个帝国中所拥有的权力比以往任何时候都要小，只有奥地利、匈牙利和波西米亚这几个王国真正处于皇帝的统治之下，而这些国家是奥地利哈布斯堡王朝的领土。
德意志北部和西部的小邦国一直保持着独立状态，直到200年之后，其中一个国家变得越来越强大，并且征服了其他的邦国。这个国家就是普鲁士。