目前我国农村经济虽有很大的发展，但结果仍不令人满意，在发展中主要存在以下问题：

1.短时期内农业效益低下问题难以改变。农业与工业等相比是一个天然的弱势产业，但同时也是必不可少的基础产业。我国人多地少的状况也决定了农业本身是一个低效益的产业。我国农村人口过多，农村人均耕地过少，中国农民人均耕作一两亩地，一般农产品不进入市场，而是供农民自己消费，这是一种最低效益的产业。随着工业化水平的提高，我国农业在国民经济中的份额呈现不断下降的趋势。特别是改革开放以来，这一趋势更加明显，从1978年的28.1％下降到2002年的14.5％。总体来说，中国农业是为社会提供物质生活的基础产品和原料的公益性部门，占用劳动力多而生产率低，需用固定资产多而利用率低，生产周期长而资金周转较慢，产品价格低而盈利少，积累率低而自力发展能力差，而且在相当长的时期内难以改变这种状况。

2.农业结构和农业从业人员结构发生重大变化。改革开放以来，特别是进入20世纪90年代之后，我国农村劳动力就业结构有了很大的改变：一是从事农业生产的绝对人员数量开始减少，由于农业机械化的发展，农村剩余劳动力逐渐增多，从土地上解放出来的劳动力开始向就业机会比较多的城市转移；另一个是农民的兼业化，高度分散的小规模的农民家庭经营条件下的农业风险比较大，从事一定的兼业能有效的分担这种风险，但是这种兼业不能改变小农经济的地位，它仍旧不是一种社会化的大生产。

另外，我国农业结构也发生了很大的调整，开始突破那种以粮食生产为中心的单一生产模式，开始逐步形成了多元生产结构格局。但是农业生产结构性矛盾仍然突出。在农业生产发展的同时，供求关系发生了很大变化，出现了阶段性的农产品供大于求。在农产品总量出现阶段性过剩的同时，农业生产结构与市场需求结构不相适应，现行农业生产结构不能很好地满足新阶段城乡居民对农产品多样化、优质化、专用化的消费需求。农村产业结构调整的另一个特点是曾经快速地向二、三产业转移。特别是20世纪的80～90年代，农民在非农领域创造力迸发出来，非农产业特别是乡镇企业迅速发展。人们曾经以为“离土不离乡，进厂不进城”是中国农村发展的规律和方向，是未来中国农村劳动力转移的主要出路。但是，在最近的10多年间，这些乡镇企业纷纷转制或者倒闭，原来意义上的集体所有、集体经营的企业已经寥若晨星，离乡进城成为农村劳动力转移的主导形式。

3.缺乏相应的资金和技术。随着我国金融体制的改革，国有商业银行相继从农村撤离，使得农村和农业的发展缺乏必要的资金支持。另外一个是科技在我国农业生产中的贡献率不高。从农业科技本身看，总体水平仍然不高，存在“四多、四少”，即常规技术多，重大关键技术和高新技术少；产量技术多，品质技术少；生产技术多，加工技术少；知识形态技术多，转化为现实生产力的技术少。农业科技的理论储备明显不足，基础研究薄弱，应用研究与现实生产脱节严重，研究开发水平很低。这种农业技术水平状况明显不能满足新阶段农业发展的要求。我国农产品的科技含量低，技术进步对农业增长的贡献率还不及发达国家的一半。与农业科技水平薄弱相关的一个就是农业科技人员偏少，农业科技系统长期存在管理体制不顺、运转机制不活、人员队伍不稳、经费保障不足等问题。

4.农业基础设施薄弱，难以支撑现代农业的发展。我国现有的农业水利工程设施大多是20世纪五六十年代修建的，其中大部分已经年久失修，功能老化，配套设施不全，农业保障功能大大下降。全国水库中约有1／3带病运行，60％的排灌工程设施需要维修，许多河道淤积，防洪排涝能力减弱。据调查，20世纪90年代由于水利设施老化，全国农田灌溉面积每年减少33万多公顷。同期我国农业的受灾面积、成灾面积和成灾率都呈明显增大态势。农业基础设施不仅在存量上与新阶段农业的发展不相适应，在增量上也不能满足新阶段农业发展的要求。进入20世纪90年代后，中国农业基本建设的速度明显放慢，农业基建的固定资产交付使用率下降。这些不利情况将会对新阶段中国农业的持续、稳定、健康发展构成巨大威胁。

5.产业化经营组织体系不完善，难以适应市场经济发展。农业产业化经营的关键是建立健全农业社会化服务组织，是这些组织成为农业产业化经营的龙头。目前，在农业产业化经营中存在不少问题。有的地区不顾区域社会经济条件差“一刀切”瞎指挥的倾向，盲目追求某种“模式”、“标准”。表面上轰轰烈烈，但实际活动少，效果差。一些垄断性的国营或集体公司，压低收购价，抬高销售价，损害了农民利益。大量的支农补农资金投入到这些国营和集体企业中，却由于部门利益的膨胀，一手行政干预，一手收费，与农民争利。近几年国家给农民的种粮补贴，相当多部分被农资涨价抵消了，农民并未得到实惠。利益分配机制和风险保障机制不健全，导致公司与农户之间不能真正形成紧密的利益共同体。如果市场价格超过了公司与农户所签合同收购价，农户一般将产品在市场上自由出售，违背与公司的合约，对公司利益造成损害；如果农产品供过于求，市场价格大幅度下降，农产品市场成为买方市场，这时公司从自身利益出发，对合同农户十分挑剔，不愿以较高的合同价或保护价收购农产品，损害农民利益。长期以来，农业产后部门发育严重不足，在这种情况下，部分农户往往是以接收公司的条件为前提而加入合作组织的，使公司具有更大的支配地位。

6.农民组织社区经济合作非常艰难。农村产业化经营组织体系不完善，难以适应市场经济发展，农民组织起来进行经济合作极为困难。虽然人们在迄今仍存在的少数以集体经济为主的农村社区里，能看到强大的非农经济蓬勃向上的精神，以及比较丰富的文化生活，但是，毫无疑问的是在更广大的农村社区，人们独立自由，不肯合作，习惯以出工不出力、“搭便车”来抵制合作组织。中国农民家庭的经济独立和人身自由有2000多年历史，自足、独立、自私、散漫、无组织无纪律的生活方式构成了“乡村中国”的“基因”，与工业时代严密的组织化生产格格不入。

7.农村、农业人力资源开发滞后。我国农村教育的现状难以满足农业、农村和农民的实际需要，更不能适应我国农业和农村经济长远发展和国家现代化建设的需要。我国农村人口数量大，但文化水平比较低。另外，农村的职业教育和成人教育仍很薄弱。即使有些地方对农民进行不同程度地开展一些职业教育和培训，但在人才培训模式、教育内容和教学方法都与实际存在着一些脱节。