王小波、李顺起义被镇压下去以后，统治者对蜀地的政策也做了些调整，例如减少或减轻了一些税赋徭役，封建生产关系也多少得到了一些调整，但阶级矛盾仍然很尖锐，人心未宁，等待时机，准备斗争。加上川蜀的地方军政官员也并未从王小波、李顺起义中吸取教训，依然享乐腐化、剥削军民，终于激起王钧兵变，起义爆发时距王小波、李顺起义失败不过五年。

宋真宗咸平三年正月元旦（1000年2月8日），驻守在益州（成都府改，今成都）的神卫军指挥王钧，趁官员们庆贺元旦，率众发动兵变，士兵们奋起杀死兵马钤辖符昭寿，大获全胜。起义军于是占领了益州，王钧被部众推举为王，称帝建元，国号蜀，建元化顺，任命小校（低级军官）张锴为宰相，成为与宋朝对立的政权。王钧攻占益州后，益州知州牛冕等逃往汉州（今广汉），起义军乘胜追击宋军，没过几日，汉州随即也被王钧攻陷，牛冕命大，又逃往东川（锌州，今三台）。后来王钧率兵攻打绵州、剑门，企图占据四川北部门户，但均未成功，只得退回益州。这时四川各地人民被充分发动，纷纷响应。彭州农民准备杀兵马都监响应王钧的起义，但是由于计划不周，事情泄露，首领被杀害。但是已经燃烧起来的革命烈火难以扑灭，起义军逐渐发展到数万人。

蜀州知州杨怀忠乘王钧攻打剑门的时候，率重兵进攻益州，一度攻入城内，但杨怀忠所调集的壮丁中有许多是原王小波、李顺起义军战士，在关键时候，临阵兵戈倒向，加入起义军的行列，杨怀忠战败，只得退到江原（今崇庆东）龟缩。王钧北上未果返回益州后，积蓄力量。第二年二月，王钧率领起义军向南发展，但又遭到杨怀忠的阻击。两军大战数日。不久，杨怀忠集结嘉州、眉州等七州宋军再攻成都，宋军再次攻入城内。而起义军也进攻蜀州，断绝了宋军的援路。这次双方都有所获，但谁也不能灭了对手，杨怀忠只得再次退回鸡鸣原（今双流东），王钧也闭门守城，没有追击。

鉴于以往的教训，宋朝廷对四川地区起义相当重视。起义后派出雷有终为川陕招安使，率领宋军禁军，结集川陕各州的兵马，大举镇压起义。二月十九日，雷军奔赴至成都城外。鉴于敌强我弱，王钧采取迂回战术，开城假作逃跑，实际上埋伏在城内。雷有终率军进城掠民财，队伍相当混乱。起义军趁机杀出，打了宋军一个措手不及，宋军一时大乱，城门被起义军封死，宋军不能出，大都被歼灭。雷有终仓皇逃窜，败回汉州。到了三月份，雷有终不甘心失败，又卷土重来。率大军赶到成都附近，与起义军对峙。王钧从升仙桥分路迎敌，但是没有取胜，损失千余人，只得退守成都。宋军害怕再次中计，也不敢追击。

五月份，宋真宗下诏，对“益州乱军”进行招降。起义军没有屈从，继续坚持与宋军对峙。直到九月间，宋军仍然没有攻下益州。这时宋军中有人出主意，乘起义军不备，夜间挖隧道潜入城内。这一计策果然见效，宋军攻下了久围的益州。王钧没有了立足之地，只好率起义军两万人突围，远走他乡。雷有终进入益州城后，实行大肆屠杀的政策。凡是城内存留的健壮的男子，只要参加过起义军，或者是帮助起义军守城，就把他们投到火中烧死。恐怖政策延续了一个多月，前后烧死数百人。

王钧率领起义军逃走后，到了富顺，全力攻下了这座城池，希望作为与宋军对峙的另一个据点。但是宋军没有给起义军喘息的机会，雷有终派杨怀忠紧紧追袭。由于力量比对悬殊，宋军很快攻入城内，王钧虽大势已去，但是坚决不屈，自杀身亡。起义军六千多人被俘。就这样起义被镇压下去了。

王钧领导的农民起义尽管持续时间不很长，但是对羸弱的宋王朝是一个沉重的打击。此后宋朝又有多次农民起义爆发，正如欧阳修所说：“一年多于一年，一伙强于一伙。”尽管没有推翻宋朝统治，却使统治者认识到需要调整统治措施，改善农民的生存状况。从这一点来说，王钧的起义是有一定的历史意义的。