上海图书馆藏《訄书》原刊本上有章太炎改本，其中：

第一，《儒法》第四“仲舒之决事比，援附格令”，“格令”改为“经谶”。

第二，《客帝》第二十九上有眉注，“辛丑后二百四十年，章炳麟曰：余自戊己违难，与尊清者游，而作《客帝》，弃本崇教，其流使人相食。终寐而颎，箸之以自劾录，当弃市”。

第三，《官统》第三十“以其六典，上诸孔氏”，“孔氏”改为“大旅”。

第四，《分镇》第三十一，“咸丰之季，潢池日扰，重以外寇，天下之势，阽阽如絫九丸”，“潢池日扰”，改为“汉帝已立”，“天下之势”改为“孤清之命”，还有其他改动和眉注。

这些改动，关涉到对今文经学的批判和对“汉帝”“孤清”的看法。他的修改，应在1900年义和团运动以后，明确一些，可说在这年七月上海“国会”召开，章太炎“割辫”以后。

上海图书馆另有：

第一，章太炎手写修改目录一份，列《原学》第一到《解辫发》第五十七，另《明群》《东鉴》《原教》等未编入，实为六十四篇。

第二，《訄书》手稿残册，即上项目录所增部分篇文，今存《尊史》、《原教》上、《官统》中、《礼俗》、《通法》、《述图》、《王学》、《颜学》、《消极》、《方言》等十一篇，末附《定赋》，即后来重印本《定版籍》部分内容。