重印本于1904年出版，东京翔鸾社印刷，铅字排印，署“共和二千七百四十五年夏四月出版”，封面邹容题签，内有章氏相片，次年秋八月再版，“七年秋七月”又行再版。

章太炎在《訄书》付梓后即行修改，上揭手校本，手稿残册就是修改证明。据《太炎先生自定年谱》“光绪二十八年壬寅”记：“余始著《訄书》，意多不称，自日本归，里居多暇，复为删革传于世。”次年，即因“苏报案”入狱，《訄书》重印本“扉页”章太炎照片后，说是章氏“被逮，而《訄书》改订本则已于前数月脱稿，阅一年，其友为之出板”。那么，他修改《訄书》始于“付梓”后，到1902年“删革”就绪。

重印本的篇目和手校本大体相同，计收前录《客帝匡缪》《分镇匡缪》两篇，另《原学》到《解辫发》六十三篇，共六十五篇，对原刊本颇有增删。

“删革”后的《訄书》，除前录“匡缪”外，大体可分四类：

一是《原学》第一到《学隐》第十三，论述先秦诸子到近代的学术史，力图“观省社会因其政俗”，对中国古代学术思想发展变化的历史做出说明。

二是《订实知》第十四到《冥契》第三十，用生存竞争学术解释自然界和人类的发展。

三是《通法》第三十一到《消极》第五十五，在政治、经济、军事、文化、教育等方面，为“后主立制”，提出建设方案。

四是《尊史》第五十六到《解辫发》第六十三，探讨编著史书，以明“社会政治盛衰藩变之所原”。