《訄书》的最初刊本是木刻本，列目五十，自《尊荀》第一始，《独圣》下第五十终。书后另有《訄书补佚》，收《辨氏》《学隐》两篇。

《訄书》的辑订结集，据章太炎称，在“辛丑后二百三十八年十二月”，是他在戊戌政变后避居台湾时修订的。原刊本手稿，《制言》第二十五期有照片。

章太炎在台湾曾将《訄书》交给馆森鸿看，《儒术真论序》谓章将文稿五十篇见示，即指《訄书》。又馆森鸿《送章枚叔序》更称，读其《訄书》认为，“议论驱迈，骨采雄丽，其说时务，最精最警，而往往证我维新事例以讥切时政”，对之十分推服。

但《訄书》的付梓，则为光绪二十五年（1899年）冬，是在苏州刊印的。

原刊本卷首有梁启超题签。查章太炎在台湾编订《訄书》后，于光绪二十五年五月初三日（1899年6月10日）“发基隆”，初七日（6月14日）“步上神户”。至日本后，先后寄寓横滨清议报馆和东京梁启超寓所，题签当为章太炎在日本时请梁启超所书。

原书本似以“甲午秋”写的《独居记》（《明独》）为最早，其中《儒墨》《儒道》《儒法》《儒侠》《儒兵》曾在《实学报》发表。《民数》在《译书公会报》发表，《平等难》、《读管子书后》（《喻侈靡》）、《东方盛衰》在《经世报》发表，《蒙古盛衰》在《昌言报》发表，《客帝》在《清议报》发表。另外，《经世报》上的《变法箴言》修改为《播种》。