问题是，1908年《民报》封禁前后，章、孙关系起了变化，为了《民报》的经费和续刊问题，引起一场纠纷。

当时孙中山发动武装起义，筹措军饷，需款孔殷，而《民报》经费确也困难。萍乡之役以后，“《民报》已不能输入内地，销数减半，印刷、房饭之费，不足自资”。章太炎所谓“入社则饔飨已绝，人迹不存，……持此残局，朝活文章，暮营悬费，复须酬对外宾，支柱警察，心力告瘁，寝食都忘”[14]，似属实情。黄侃说：章太炎这时“寓庐至数月不举火，日以百钱市麦饼自度，衣被三年不浣，困阨如此，而德操弥厉”[15]，也非虚语。吴玉章回忆：“《民报》正遭遇极大的困难。由于经费不继，章太炎等人几有断炊之虞。他派陶成章到南洋去募捐，也无结果，因南洋华侨与兴中会关系较深，而与光复会素少联系。因此章太炎骂孙中山先生不支持他办《民报》。其实孙中山先生这时到处搞武装起义都遭失败，也很困难。章的埋怨徒然暴露了同盟会内部派系之间的裂痕。看到这种情形，我觉得孙中山先生既无过错，而章太炎也可以原谅。”[16]这样的评价是公允的。

后来《民报》封禁，汪精卫续办，章太炎斥之为“伪《民报》”，作《伪民报检举状》，责备孙中山，公开发表，影响很坏，当然不好。但他这时还在主编《民报》，坚持出版，继续文字宣传，鼓吹反清斗争。不久，重组光复会，闹派别纠纷，也是不惬人望，然在实际行动中，还是反清的。不久，他们对这一段纠纷公案，也认为“不必攻击”。光复会另一领导人陶成章稍后提出：“孙文以后不必攻击，弟意亦然，而弟之意，即意见不同，宗旨不合者，辩正可也，不辩正亦可也，再不可如前者之《中兴报》，日从事于谩骂，不成日报体裁。即个人私德有缺陷者，亦不可多加攻击。盖羞恶之心，人皆有之，多所取怨，于所办之目的宗旨上，毫无所裨益。”[17]把光复会和孙中山同盟会的争论，只看作“意见不同，宗旨不合”，视为内部问题。后来，同盟会在筹划广州黄花岗之役时，光复会即曾“合力筹款”[18]。武昌起义后，章太炎致书孙中山，表示“同盟之好，未之敢忘”[19]。又追述光复会历史：“二党宗旨，初无大异，特民权、民生之说殊耳。最后同盟会行及岭表，外暨南洋；光复会亦继续前迹，以南部为根基，推东京为主干。仆以下材，同人谓是故旧，举为会长，遥作依归，素不习南州风俗，惟知自守礼教而已。”[20]他和孙中山之间，还只能说是内部派别纠纷。我们不能张目于个人的攻击，把章、孙矛盾扩大化，不能把同盟会内部的冲突看作章太炎已经“背叛同盟”，也不能把资产阶级革命派政治上不成熟的表现，说成章太炎那时已经不革命甚至反对革命了。