1900年，义和团运动掀起，八国联军入侵，慈禧一伙的卖国原形暴露无遗，章太炎受到震动，从维新梦中醒了过来。7月，在上海召开的“国会”上，他激烈反对“一面排满，一面勤王”的模糊口号，而“宣言脱社，割辫与绝”。接着，他树起反清的旗帜，开始向改良派展开斗争。1901年，在东京《国民报》发表《正仇满论》，尖锐批判梁启超：“梁子所悲痛者，革命耳；所悲痛于革命，而思以宪法易之者，为其圣明之主耳。”

1902年2月，章太炎再次被追捕，流亡日本。起初感到梁启超“专以昌明文化自任，中山则急欲发难”，“中山欲以革命之名招之，必不可致”，从而因其“交嫌”，欲为“调和”[6]。接着，偕秦力山往谒孙中山，“自是始定交”[7]，“视听始变”[8]。在孙中山的启发下，他们共同商讨“开国的典章制度”和中国的土地赋税以至建都问题，《訄书》重印本的《相宅》和《定版籍》中，就记录了他俩当时讨论的情况。章太炎还在孙中山的赞助下，准备在东京举行“支那亡国二百四十二年纪念会”，反对清朝的反动统治。

章太炎在政治上由改良转入革命，思想上也用古文反对今文。

第一，对康有为等宣扬的今文“三统”“三世”说开始批判。过去，章太炎同情变法，也曾一度间采今文，这时却严加抨击了。他指出，“三统迭起，不能如循环；三世渐进，不能如推毂”，并正告“今文五经之家”，“信言不美，美言不信”[9]。对康有为等“世儒”，“喜言三世以明进化”，诋为“察《公羊》所说，则据乱、升平、太平于一代而已矣。礼俗革变，机器迁讹，诚弗能于一代尽之”[10]。批判了康有为等人的历史循环论和庸俗进化论，对其基本理论加以“箴贬”。

第二，以孔子为“史家宗主”，宣扬古文经学的治学方法，想从前人思想材料中汲取营养。古文经学家是以孔子为史学家的，章太炎也说孔子“古良史也”，“孔子死，名实足以伉者，汉之刘歆”[11]，推崇孔子，推崇汉代古文经学的开创者刘歆。他“平日有修《中国通史》之志”，1902年，曾与友人多次谈及“修史”，说：“所贵乎通史者，固有二方面：一方以发明社会政治进化衰微之原理为主，则于典志见之；一方以鼓舞民气，启导方来为主，则亦必于纪传见之。”[12]认为历史不是单纯的“褒贬人物，胪叙事状”，而应“发明社会政治进化衰微之原理”；历史不是颂古非今，引导人们向后看，而应“鼓舞民气，启导方来”，引导人们向前看。在他的《中国通史略例》中，既有《革命记》《光复记》，也有《洪秀全考纪》，承认剧烈的变革。准备“熔冶哲理，以祛逐末之陋；钩汲眢深，以振墨守之惑”[13]。

应该说，章太炎这时浏览东西方“学理”，还翻译了日本岸本能武太所撰《社会学》；但他的“修史”，又是继承了古文经学家的一些治学方法。他说“觉定宇、东原真我师表”，“试作通史，然后知戴氏之学，弥仑万有”[14]，对乾嘉汉学吴、皖两派的主要代表惠栋、戴震倍加称誉，特别是戴震。他说：“上古草昧，中古帝王之行事，存于传记者已寡，惟文字语言间留其痕迹，此与地中海僵石为无形之二种大史。”[15]戴震精于文字音韵，对文字语言间留其痕迹的“无形大史”，每能“寻审语根”，章太炎闻其余绪，学益缜密，遂觉“真我师表”。想从前人对经书的阐释中找寻思想材料，为其“排满”宣传服务。

因此，章太炎的重古文，修通史，不是为“修史”而“修史”，而是为了“开浚民智”，激发士气。而这时的康有为“腾书主君主立宪”，力护清帝，由“革政”转为“悲痛革命”，章太炎作书驳之，力言康说之不可信，并称其立宪主张，与《公羊》原旨亦不相契。谓：“长素固言大同公理非今日即可全行，然则今日固为民族主义之时代，而可溷淆满、汉以同薰莸于一器哉？时方据乱而言太平，何自悖其三世之说也？”《公羊》言“复九世之仇”，康有为却忠于清室，“甘与同壤，受其豢养，供其驱使。宁使汉族无自立之日，而必为满洲谋其帝王万世祈天永命之计”。“种种缪戾，由其高官厚禄之性素已养成，由是引犬羊为同种，奉豭尾为鸿宝，向之崇拜《公羊》，诵法《繁露》，以为一字一句皆神圣不可侵犯者，今则并其所谓复九世之仇而亦议之”。即以其人之道，还治其人之身。

革命宣传的昂扬，震骇了清朝政府，勾结帝国主义力图阻遏。1903年6月，章氏就逮。他在狱中，又就古文经学家所擅长的文字训诂之学，对康有为等宣称的“维新”名义，痛加驳斥。他援引古籍，谓“维新”之名，始见于《大雅》，再见于伪《古文尚书》。伪《古文尚书》称：“歼厥渠魁，胁从罔治，旧染污俗，咸与维新。”“亦可见未有不先流血，而能遽见维新者”。“衣之始裁为之初，木之始伐谓之新。故衣一成后不可复得初名，木—枯后不可复得新名”。清朝的“新”，只在康熙、雍正年间，“今之政府腐败蠹蚀，其材已不可复用，而欲责其再新，是何异责垂死之翁以呱啼哺乳也”[16]。只有采取革命一途。

那么，义和团运动以后，章太炎逐步由改良走向革命，以古文反对今文，对康、梁崇法《公羊》而言立宪展开斗争了。