章太炎和孙中山矛盾的形成和发展，每每是在革命的重要阶段或关键时刻。

章太炎在同盟会中闹分裂、攻击孙中山，是在全国革命运动日渐高涨，武装斗争不断展开的时候。它发端于1907年，是由于《民报》的经费和续刊问题引起的。当孙中山被日本政府驱逐出境时，从一万五千元馈金中提出两千元留作《民报》经费，余款悉充军费。当时《民报》经费确有困难，萍乡之役以后，“《民报》已不能输入内地，销数减半，印刷、房饭之费，不足自资”；但孙中山发动武装起义，经费更是困难，章太炎却对此不能谅解，加以诘难。这时，同盟会组织多次武装起义失败，有些不坚定分子因此表现消极。孙中山离开日本后，“真是群龙无首，一盘散沙”[35]。1908年10月，《民报》被封禁，孙中山正在南洋各地加强同盟会的组织领导和筹办军饷，章太炎“屡以函致南洋，欲孙文有所接济”，孙中山往返新加坡、暹罗间，策划起义，也实无力顾及。陶成章到南洋筹款，受到同盟会的阻止，采取光复会的名义进行活动，形成分裂。在革命策略上，陶成章不满于孙中山侧重华南武装斗争，主张“中央革命”，即在江浙或华北地区起义，章太炎则强调文字宣传，续办《民报》。然而，续办《民报》的却是汪精卫，章太炎益为不满，作《伪民报检举状》，责骂孙中山“背本忘约，见危不振”，甚至说是什么“怀挟巨资”“干没可知”，“今精卫复伪作《民报》……思欲腾布南洋、美洲，借名捐募”，公开发表在《日华新报》上，并为新加坡保皇报《南洋总汇报》所转载，影响极坏。孙中山所说：“陶之志犹在巨款不得，乃行反噬；而章之欲则不过在数千不得，乃以罪人。陶乃以同盟会为中国，而章则以《民报》社为中国，以《民报》之编辑为彼一人万世一系之帝统，故供应不周，则为莫大之罪。《民报》复刊，不以彼为编辑，则为伪《民报》。”[36]基本情况就是这样。1910年初，光复会在东京成立总部，推章、陶为正副会长，在南洋和同盟会争夺势力，“骎骎有取同盟会而代之之势”[37]，闹派别纠纷。

章太炎和孙中山的矛盾加深，是在武昌起义胜利不久，是他认为孙中山“任用非人，便佞在位”[38]而加攻击所引起。1912年1月14日，陶成章被刺，凶手是陈其美的爪牙蒋介石，陈其美窃取了上海都督的职位，和黄兴时有联系。陶成章死后，孙中山电嘱陈其美“严速究缉，务令凶徒就获，明正其罪”[39]；黄兴也电陈其美“设法保护章太炎”[40]，又引起了章的猜疑。接着，广东汕头民军司令光复会会员许雪秋、陈芸生“与同盟会员之领导者不合，势成水火”，章太炎写信给孙中山，追诩光复会之功绩，请孙中山对同盟会“谨饬”。孙中山从团结出发，专电粤督陈炯明和同盟会予以“调处”，章仍不能释然。在建都、筹款等问题上，章太炎大放厥词，和黄兴屡起争执。9月，孙中山在北京召集国务员、参议员及各界各团体于迎宾馆开茶话会，章太炎在会上说：“中山北来，实为调和政党起见，此实中华民国莫大之要图。鄙人与中山相知最久，从前时对于中山行事不无责备，因其故形宽和，事多放任，因之往往或有弄权之弊，然此不得归咎于首领。”“解职以来，失职者或谋暴乱，结党者惟务夤缘，而中山超然事外，从未赞成一语，至可佩服”。“彼地方党之排斥中山，不啻以卵投石”[41]。在《却与黄陈同宴书》中又说：“中山行迹，不无瑕疵，然而金陵秕政，皆黄兴迫胁为之，非出自中山腹中。解职以还，大体不误”[42]。章太炎是讲“革命之道德”的，对孙中山“解职以还”，自难非议；但认为要“屏去幸人，悉心耆秀”[43]。当然，像汪精卫那样专门为袁世凯捧场，陈其美那样“阘茸小人”“偷儿成群”，是应该指斥的；但他对黄兴也认为是“任用非人”“朋比为奸”，则实欠公允。

章太炎的大肆攻击孙中山，是在五四运动发生，人民群众革命运动高涨以后。这是因为孙中山的主张统一、北伐，和他的“联省自治”计划相悖；特别是孙中山三大政策的宣布，更使他彷徨瞻顾，惴惴不安。这时，章太炎一反常态，本来是支持约法的，如今以“约法、国会、总统”为“三蠹”了[44]；本来是反对军阀割据的，如今是主张“地方权重”了。说什么“今者所患不在不统一，而在不均平，势不相衡则人思争命，促成分裂，其势必然”[45]，实际上是帮军阀说话。1922年8月，原同盟会员孙岳“受北方将帅之嘱托”，到上海先谒孙中山，再谒章太炎，章面斥其为蒋干，还说什么“中山部党”“今者与曹锟连”[46]，引起舆论哗然。章太炎还自吹自擂地说：“中山之败，由于事前不听仆言，所谓‘切勿负气忿事，致遭反动’者，在仆视为药石之言，而中山听之藐藐，以召失败。”[47]章太炎最关心西南“自治”，特别是湖南，1923年7月，孙中山命令驱逐湖南赵恒惕，章太炎大为不满，认为“彼对湖南举动，与曹锟亦岂有异”[48]，“欲安西南，非去中山不可”[49]。“联省委员会，本非难成，惟因中山作梗，以致挫折”[50]。担心孙中山“专制西南，自为元首”[51]。意见日益相左，步趋日益向右了。