章太炎和馆森鸿“以文字订交”，他们的“相善”，主要由于在治学方面有共同点。馆森鸿从冈鹿门、重野成斋治汉学，涉猎中国儒家经籍，推崇清代复兴的古文经学，对顾炎武尤其服膺，“自谓当初启其迷蒙者，实亭林也。”[13]馆森鸿在《答铃木清音书》中也说：“仆少好经术文章，颇自刻苦，而无所得，神志荒惑。一日读《顾亭林集》，慨然自起，虽奔走忧患，心耿耿未下，亭林其发我者欤？”[14]他以为顾炎武“器识最高”，“负经纶之才，求礼教于遗经，发愤著书，为后世虑者深矣”[15]。对顾炎武推崇备至。

馆森鸿对清代古文经学“皖派”的开创者戴震也很钦仰，对友人讥笑他读《戴东原遗书》加以驳斥，对一些人认为戴震之长只在历算、舆地、考据之学也以为不能“止于是”。认为“东原虽主考据，其以道自任，直与孟子不异”，戴震的著作“精心孤诣，实事求是，盖千五百年无与比伦”[16]。不能“指其一二”，“妄加讥评”。馆森鸿对王念孙、王引之父子的“训诂精确”，也以为“千古无两”[17]。

章太炎少时就佩服顾炎武的为人，并将自己改名为绛，号太炎，以示对顾炎武开创的清代古文经学服膺勿替。他对戴震也很推重。章太炎二十三岁起到杭州诂经精舍受业，诂经精舍的主持人正是从顾炎武、戴震、王念孙、王引之等一脉相承下来的清代著名朴学大师。因此，当他看到馆森鸿的文稿中《与人书》论及戴震，即加长跋，曰：

推重东原，与鄙意最合。明季社会之佻达，西河、竹垞之武断，望溪、海峰之迂阔，迭胜迭负，难为雌雄。自东原出，而三种气息，皆渐次肃清，即专以考证言，实事求是。亦一变至道矣。况其发明性善，实与路索自由之说，东西并峙耶？东原云：“宋儒以理杀人，死矣，无可救矣。”骤观几为吐舌，及细思之，所谓饿死事小，失节事大，及《离骚》不甚怨君等说，皆出自宋儒。大氐揭橥三纲，使卑贱不得一豪自便者，实始于此。周、孔、孟、荀未有斯义也。以此为理，致人人失其自由，而禹域人心腐败，遂至此极，所谓瘴气性者非耶？东原主张性善，不免偏于尊孟，而欲彗扫瘴气，则非此因不为功。噫！使东原之说早行，吾国亦当人人知自由矣。旻天不淑，斯编尚覆酱瓿，其亦如眢井之心史哉！[18]

可见章太炎和馆森鸿“一见相善”“以文字订交”，是由于彼此在治学方面有共同点，对复兴古文经学的顾炎武既示钦仰，对戴震的“实事求是”“发明性善”，也感到“精心孤诣”，而表推重。