康有为、章太炎在日本流亡期间，和孙中山都有关涉。
“政变”发生，康有为流亡日本。这时，资产阶级革命派孙中山、陈少白也在日本，“以彼此均属逋客，应有同病相怜之感，拟亲往慰问，借敦友谊”，曾托日人宫崎寅藏、平山周等向康有为示意。康有为表示自己奉有光绪皇帝的“密诏”，不便同革命党人往来，拒绝会晤。孙中山又通过日本人的关系，组织一次孙、陈、康、梁的会谈，商讨合作方法。康有为不到会，派梁启超为代表，没有谈出什么结果。孙中山复派陈少白往访，梁启超导陈见康，少白反复辩论至三小时，请康有为“改弦易辙，共同实行革命大业”。康答回：“今上圣明，必有复辟之一日，余受恩深重，无论如何不能忘记，惟有鞠躬尽瘁，力谋起兵勤王，脱其禁锢瀛台之厄，其他非余所知。”[23]拒绝合作。
据宫崎滔天回忆：
次日（十月二十六日），孙逸仙先生来访，要我介绍与康先生会晤。康托词拒绝。孙先生之所以要见康，并非在主义方针上有如何相同之处，而只是对他当前的处境深表同情，意在会面一慰他亡命异乡之意，这实在是古道热肠，一片真诚。而康先生之避而不见也自有其理由，盖从清帝看来，孙先生为大逆不道的叛徒，悬赏而欲得其首级。孙先生之视清帝，亦不啻是不共戴天之仇，伺机想一蹴而推翻他。而康有为先生虽然中道挫折，亡命异国，但依然梦想挽回大局，恢复皇上的统治，自己作一个幕后的人，以立空前的大功。因此，无论从以往的情义上，从怕受人怀疑这个利害的观点上，不愿会见孙先生是无可厚非的。[24]
又说：
同时康先生心中尚怀有另一个梦想，可能也是他不愿接近孙先生的一个原因，那就是他的自负心。他心中暗自有所期待，以为以自己的地位一定会说服（外务）大臣同情自己，允许派兵牵制守旧派，以便挽回自己的势力的。这种自负心是由信赖心产生的，这是过于相信自己。[25]
宫崎滔天的分析，是有相当见地的。康有为将“密诏”传布，且经改篡，表示他奉有“衣带诏”，是“奉诏”的，是能代表光绪旨意的；他在“密诏”上又加了“设法相救”“出外国求救”，为他的“勤王”复辟活动做舆论准备，表示“奉诏求救”[26]。因此，他拒绝了孙中山等革命派的争取，坚持保皇。
至于章太炎，他在日本也数度和孙中山相晤，并在孙中山的启发下，由“革政”转向革命。
早在1897年春，章太炎在上海担任《时务报》编辑时，“因阅西报，知伦敦使馆有逮捕孙逸仙事，因问梁启超：‘孙逸仙如何人？’梁云：‘此人蓄志倾覆满洲政府。’”章听后“心甚壮之”[27]。1899年6月，他由台湾“渡日本”，经过梁启超介绍，“始识孙中山于横滨旅次，相与谈论排满方略，极为相得”[28]。7月17日（六月初十日）《致汪康年书》中谈到初晤后的感受：“兴公（指孙中山）亦在横滨，自署中山樵，尝一见之，聆其议论，谓不瓜分不足以恢复，斯言即浴血之意，可谓卓识。惜其人闪烁不恒，非有实际，盖不能为张角、王仙芝者也。”[29]既誉“卓识”，又未深信，但心目中已对孙中山留下了印象。
1902年2月，章太炎第二次流亡日本。这时，革命形势逐益发展，革命、改良界限渐明，他起初看到梁启超“专以昌明文化自任，中山则急欲发难”，“中山欲以革命之名招之，必不可致”。看到“康门有徐君勉，最与中山水火。孙党有秦力山，本任公弟子，而宗旨惟在革命”，一度因其“交嫌”，欲为“调和”[30]。接着偕秦力山往谒孙中山，自称，“时中山之名已盛，其寓处在横滨，余辈常自东京至横滨，中山亦常由横滨至东京，互相往来，革命之机渐熟”[31]，“逸仙导余入中和堂，奏军乐，延义从百余人会饮，酬酢极欢，自是始定交”[32]。在孙中山的启发下，他们共同商讨开国的典章制度和中国的土地赋税以至建都问题，《訄书》重印本《相宅》和《定版籍》中，就记录了他俩当时的讨论情况。章太炎还在孙中山的赞助下，准备在东京举行“支那亡国二百四十二年纪念会”，反对清朝的反动统治。当在东京为日本警察阻止，改在横滨补行纪念式时，章太炎宣读纪念辞，孙中山担任主席，“倡言各敬章先生一杯，凡七十余杯殆尽”。这年章、孙“定交”，关系很大，直到十年以后，龃龉渐深，章太炎缅怀往事，不胜缱绻，“同盟之好，未之敢忘。昔在对阳（日本对阳馆），相知最夙，秦力山所以诏我者，其敢弃捐”[33]。
1906年章太炎第三次来到日本，是孙中山特派同盟会代表至沪迎章赴日的，东京留学生开会欢迎，章氏演说：“壬寅春天，来到日本，见着中山，那时留学诸公，在中山那边往来，可称志同道合的，不过一二个人，其余偶然来往的，总是觉得中山奇怪，要来看看古董，并没有热心救汉的心思。……不料监禁三年以后，再到此地，留学生中助我张目的人，较从前增加百倍，才晓得人心进化，是实有的。以前排满复汉的心肠，也是人人都有，不过潜在胸中，到今日才得发见。”[34]他在日本加入同盟会，主编同盟会机关报《民报》。12月2日，《民报》举行一周年纪念会，孙中山演说后，章太炎继之。他在《民报》上发表了不少政论，多为宣扬同盟会的革命纲领，这成为他一生中“最大最久的业绩”。
19世纪末20世纪初，风云变幻，社会动**，戊戌变法失败，八国联军入侵，自立军起义被镇压，一些知识分子逐渐抛弃了对清政府的幻想，走上革命的道路。孙中山是当时资产阶级革命派的代表，他对流亡在日本的康有为曾经争取，对章太炎也曾交往；然而，康有为拒绝会晤，章太炎则与之“定交”，结果前者渐趋沉沦，后者投身革命。在日本流亡时期康有为和章太炎的一段经历，是他们一生政治生涯的重要转折点，而他们的“转折”，都和孙中山为代表的革命派有关联。