1898年9月，以康有为为首的资产阶级改良派的变法运动失败了，康有为由北京逃沪转港，曾电告日本驻华公使矢野文雄：“上废国危，奉密诏求救，敬请贵国若见容，望电复，并赐保护。”[1]10月19日，康有为在宫崎滔天的陪同下出发赴日。25日下午入神户，同行者有梁铁君、康同照、何易一、叶湖南、李唐、梁伟，连同康有为共七人[2]，平山周、宗方小太郎来迎。旋入东京，住牛込区市个贺加町三番地[3]。
康有为流亡日本时，除展开政治活动外，曾游热海，登箱根，留有诗篇多首。
1899年4月3日（二月二十三日），康有为自横滨乘和泉丸渡太平洋，赴加拿大，临行赋赠弟子：“凤靡鸾吪历几时，茫茫大地欲何之！华严国土吾能现，独睨神州有所思。”[4]
10月，自加拿大还香港，23日，经过日本时，“始终监视”，“上陆拒绝”[5]，被留难。
1911年5月8日（宣统三年辛亥四月初三日），康有为自新加坡到香港。6月6日（五月初十日），赴日本，初去箱根，后居神户[6]。他到达神户后，先住梁启超所居双涛园。双涛园原为神户华侨麦少彭别墅，地近海滨，松影婆娑，“双涛”即指“海涛”“松涛”而言。康有为有《辛亥夏，来日本须磨，居任甫双涛园，筑小楼十弓临海，名曰天风海涛楼，室成，与任甫、觉顿乐之，兼寄若海索和》，诗云：
海外逋亡十四年，又来须磨结三椽。纸窗板屋生虚白，夕霭朝晖览万千。松罅旧亭立前后，丘中曲径得回旋。小楼坐大吾知足，吞吐东溟占碧天。[7]
梁启超也有《南海先生倦游欧美，同居须磨埔之双涛园，述旧抒怀，敬呈一百韵》[8]。
康有为抵神户后，当地中华商务总会于18日在中华会馆开欢迎会，参加者有六百人，其中大阪有二百余人。康有为演说之主旨为：
离国十四年，到各国访问立宪政体情况，经详细视察，清朝过去现在之国情，立宪施政之方法，与土耳其其他各国之立宪政体初期情况不同。而日本完成最为迅速。清国为列国环视，困难重重，宜以进步之日本、平治之德国为模范，扬长弃短，则别国将二十年而后成，而清朝则十年可成。惟现今清朝教育方法不完全，应国民一致努力，实为燃眉之急云。[9]
这年10月，武昌起义，随即各省响应。康有为以为“革党必无成”，慨叹“国事亦多变，神州竟未还”，恋栈旧制，眷念清室。在双涛园写了《救亡论》《共和政体论》，提出“虚君共和”的主张，认为“立宪犹可无君主，而共和不妨有君主”[10]，与当时革命形势不相适应。
1912年3月，康有为自双涛园迁须磨长濑园别庄，6月，撰《中华救国论》，妄说“共和政体不能行于中国”，兴孔教会。次年归国。
章太炎也在戊戌政变后三次流亡日本。
第一次是1899年，“政变”发生，“传言将下钩党令”，章太炎“避地”台湾。1899年6月（五月）渡日本，“五月初三日（6月10日），发基隆，初七日（14日），步上神户”[11]，曾引起日本注视。据日方档案称：
14日，章太炎“乘横滨丸入港，本邦人馆森鸿（台湾总督官舍住）、藤重信（东京麻生区新网町二丁目五十四番地住）等共来神户海岸通三丁目广业公所（在神广东人之组织之俱乐部团体）小憩。午后1时52分列车出发，馆森鸿等途中陪同，至京都下车模样。章为浙江省人，在清国改革派中有名人物。闻与梁启超有夙好，交情颇密”[12]。
17日（初十日），“发大津趋名古屋”。本日，爱知县知事冲守固给外务大臣报告：“清国亡命者章炳麟于6时58分，乘汽车来谷新柳町旅舍谷屋投舍，昨晨7时54分列车赴京。”[13]18日，至东京“京芝区芝口三丁目旅舍纪伊辰方处投宿。翌日（19日），梁启超来访”[14]。21日，“至小石川区表町百九番地梁启超住地居住”[15]。
8月16日（七月二十一日），章太炎由横滨乘轮归国，这在日本外务省档案中也有记录，8月18日神奈川县知事浅岗德则上外务大臣报告云：
清国亡命者章炳麟于本月15日由东来此，住居留地百三十九番《清议报》馆。昨（16日）在本市住吉町六丁目海漕业华侨处小憩。同日正午12时乘轮解缆（神丸号），向上海出发。滞在中如有异状，当续报告。[16]
8月17日，日本警视总监六浦孟武上外务大臣也有报告[17]。
第二次是1902年。2月8日（正月初一），章太炎在浙江“得金陵来电”，嘱“急赴沪”避祸，“于是东渡”。22日（十五日）乘轮，28日（二十一日）至横滨，暂寓《新民丛报》社[18]，旋住牛込区天神町六十五番中国学生寓中[19]，拟举行“支那亡国二百四十二年纪念会”。后迁居牛込区原町七十一番静思馆[20]。7月（六月），返国。次年，因“苏报案”被捕。
第三次是1906年6月29日（五月初八日），章太炎出狱，孙中山派人至沪迎章赴日。章氏抵日后，即主《民报》笔政。7月15日（五月二十四日），东京留学生开会欢迎，“是日至者二千人，时方雨，款门者众，不得遽入，咸植立雨中，无惰容”[21]。12月2日（十月十七日），《民报》举行一周年纪念会，发表演说，并撰祝词：“相我子孙，宣扬国光，昭彻民听，俾我四百兆昆弟，同心勠力，以底虏酋爱新觉罗氏之命。扫除腥膻，建立民国，家给人寿，四裔来享。呜呼！发扬蹈厉之音作而民兴起，我先皇亦永有攸归。”[22]他在《民报》发表的文章，大都针锋相对，文辞锐利，“真是所向披靡，令人神旺”。
1908年10月，日本政府下令封禁《民报》，章太炎亲至警庭，慷慨陈词。
与此同时，章太炎在日本讲学，撰写学术专著。1909年后，政治论文相对减少。直至1911年武昌起义，各省响应，11月4日，上海光复后，章太炎始回国返沪，21日（十月初一日）在《民立报》刊登《回国启事》。