吕布与刘备的奇特的共生关系没能维持多久。袁术的人马撤离以后，刘备在小沛急谋恢复和发展势力，军队扩充到万余人。

吕布虽然不愿袁术将刘备消灭了，但也不愿刘备强大起来，所以对其迅速合兵万余人非常不安。吕布与刘备共处的前提是吕布的力量占优势，刘备的力量壮大起来，吕布感到了刘备的威胁，于是以自己所买军马为刘备军队劫掠为借口，再次亲自率兵进攻刘备。刘备力弱，不敢恋战，“败走”,投奔曹操。这是一年之内刘备第二次被吕布打败。

这次又有人建议曹操借机除去刘备，曹操的头脑很清醒，恐擅杀英雄失去人心，何况此时刘备还不足以对自己构成威胁，他要利用刘备。从此，刘备便成了曹操棋盘上的一颗棋子。

《三国志·先主传》载，刘备归操，“曹公厚遇之，以为豫州牧”。这是刘备从曹操控制的“朝廷”那里取得的正式的封疆大吏头衔，也是“朝廷”对吕布先时表荐刘备为豫州牧(刺史)的承认。

刘备归顺曹操之日，也是曹操谋兵东南、征伐袁术和即将用兵吕布之时。

曹操的心腹之患有两人，一是北方袁绍；二是东方吕布。这段时期，曹操的一切活动及其策略安排都是以最终消灭这两股势力为最终目标，南征张绣是为了消除后顾之忧，东伐袁术是为了削弱诸敌掎角之势。

究竟先打袁绍，还是先伐吕布，曹操一直在盘算这个问题。经过深思熟虑和群僚谋议，逐渐统一了认识，认识到“不先取吕布，河北亦未易图也”,“不先取布，若绍为寇，布为之援，此深害也”。

正当曹操谋取吕布的时候，刘备归依到曹操麾下。曹操很高兴，毫无疑问，这对于曹操来说是件好事。他不能坐视吕布的力量膨胀，刘备的力量虽然不大，但曾数年转战徐淮，略知吕布、袁术的军事势力和地理形势，自然会对打击、牵制吕布、袁术有用。所以，曹操鼓励刘备尽快返回小沛，收集散兵，再图吕布，并且拨给刘备兵士、军粮，给予了切实的支持。

刘备接受曹操和援助之后，不久便以朝廷的正式命官豫州牧、镇东将军的名义率部返回小沛。

一个成熟的消灭吕布的计划已在曹操的脑海中形成，经过推敲之后，立即开始付诸实施。为了便于了解刘备在曹操剿灭吕布的军事行动中的作用，不妨略述一下当时的徐淮形势。

吕布与袁术本来在扬州、徐州之间各自相安无事。由于袁术急于称帝和吞并徐州地盘，他们之间的矛盾开始激化。曹操抓紧时机，离间了袁术与吕布之间的关系，使矛盾更加激化。建安二年，曹操以朝廷的名义，封吕布为左将军，并亲自写了一封慰问信，吕布受封，并接到这样一封充满“善意”的信，当然很高兴，殊不知，自己已中了曹操的圈套。据载，起初袁术怕吕布为害，欲和吕布联姻为子求婚，“夏五月，袁术遣使者韩胤以称帝事告吕布，因求迎妇。布遣女随之”。沛相陈珪怕袁、吕联手，于是劝吕布“曹公奉迎天子，辅赞国政，将军宜与协同策谋，共存大计。今与袁术结姻，必受不义之名，将有累卵之危矣”。吕布与袁术本有摩擦，嫁女亦非本愿，听信了陈珪的话，立即把已在途中的女儿追了回来，并将袁术使者韩胤押送到许昌。曹操将韩胤杀了。正如曹操所料，袁术恼羞成怒，于是派遣大将张勋、桥蕤与杨奉、韩暹联兵，以步骑数万，兵分七路攻击吕布。吕布身边这时仅有兵三千，马四百匹，寡不敌众，甚是恐惧。吕布用陈珪计，策反韩暹、杨奉，策反成功，暹、奉背叛袁术，阵前倒戈，配合布军作战，袁术大将张勋、桥蕤等落荒而走。随后，吕布与韩暹、杨奉合军向袁术的老巢寿春进发，一直追到钟离(今安徽凤阳东山)。袁术自将步骑五千退守淮水南边，吕布的军队隔水对袁大加嘲笑而还。

吕布此次进攻，重创了袁术，发展了自己的势力，但同时也为曹操各个击破提供了有利条件。

时机终于来临了，建安二年九月，曹操率军东征袁术。外强中干的袁术听说曹操亲自率军东来，自知不敌，匆匆弃军而走，又加天旱岁荒，士民冻馁，自此一蹶不振。

曹操激化袁术、吕布间的矛盾的谋略收到了一石三鸟之效，打击了袁术，孤立了吕布，同时也把刘备拉在自己一边。

事实上，曹操自始至终都支持刘备抵抗袁术和吕布。先是表荐刘备为镇东将军，对抗袁术，接下来又厚遇刘备，以为豫州牧，让其收拢兵力攻打吕布。

刘备回到小沛以后，运气不佳，又吃了败仗，吕布遣其中郎将高顺与北地太守张辽攻刘备，曹操遣夏侯郿往救，结果也为顺等所败。高顺等破小沛，再次俘虏了刘备的妻子，刘备再次单身走归曹操。

这是刘备第三次被吕布打败。

建安三年(198)九月，曹操亲征吕布。曹军前进途中，刘备于梁国界中(今安徽砀山境)与曹操相遇，于是跟随曹操东征吕布。十月，曹操屠彭城(今徐州),继而引沂水、泗水灌下邳。吕布虽然骁猛过人，但无谋而性多疑，属下诸将各怀异心，形不成战斗力，所以每战多败。曹操水困下邳，围城三月，吕布部属上下人心惶惶。十二月癸酉，吕布的部将侯成与宋宪、魏续等密谋起事一起把吕布主将陈宫、高顺捉起来，率众投降曹操。吕布众叛亲离，自知败局已定，于是率人登上邳城南门(白门楼),先令左右割下他的脑袋送给曹操，左右不忍，于是自己出降。

吕布投降后，是刘备把他送上了断头台。史载，曹操令人把吕布绑起来，“缚太急”(意谓捆绑时用力快、狠而紧),布请求“小缓之”,操曰“缚虎不得不急也”。吕布请求免去一死，表示愿为其用，对操说：“明公所患不过于布，今已服矣，天下不足忧。明公将步，令布将骑，则天下不足定也。”当时刘备恰好站在一边，吕布以乞求的眼光请求刘备说：“玄德，卿为座上客，我为降虏，绳缚我急，独不可一言邪?”曹操本来听了吕布的话有些犹豫，不想杀死吕布，便让人为吕布“宽缚”,刘备急忙上前阻止，说：“不可。明公不见吕布事丁建阳、董太师乎?”吕布曾经先后为丁原(字建阳)、董卓的部将，丁、董二人都是被吕布亲手杀死的。曹操立刻醒悟了，刘备提了这个醒，一下就绝了吕布的最后希望。吕布怒视刘备说：“大耳儿，最叵信!”一句话，道出了刘备的本质，体现了政治的残酷。曹操下令，将吕布斩首白门，并将陈宫、高顺同时处死，然后将其人头送许。

这件事，世人常谓刘备为人的谲诈程度不亚于曹操，的确是这样。但从刘备的角度看，吕布的确是害他不浅，乘机除掉后患，也是合情合理的。如从更高更远的方面想想，也有以下可能：刘备是怕曹操收容吕布以后，力量更加强大，终将于己不利。假若此点能够成立，说明这时刘备已能谋及将来，不失是一位深谋远虑的政治家。