建储是归政的前提，乾隆皇帝为了挑选理想的储君，处理好皇储之间的关系，实现最高权力的顺利过渡，在长达六十年的漫长岁月中，他进行了反复的选择，经历了曲折的历程。
鉴于康熙末年以来激烈的皇储之争和诸皇子争夺储位乃至最高权力的斗争严重地影响了清朝统治的巩固和皇权的加强，雍正皇帝即位以后，立即对建储制度进行了重要的改革，由原来的明立皇太子改为秘密建储。
秘密建储制度的确立对于雍正、乾隆两朝政治的发展固然起了重要的积极作用，但是，由于受传统建储观念的影响和乾隆皇帝年轻、缺乏政治经验，乾隆皇帝即位之初，他对秘密建储制度的认识却较其父雍正皇帝大有倒退。
作为秘密建储制度制定后的第一位受益者乾隆，在“备位藩封”十几年的时间里，他曾经深受其苦。即位之后，地位虽然发生变化，但是当时的处境却历历如昨，难以忘怀。因而，相当长的一个时期之中，对于秘密建储的做法，乾隆皇帝极为反感；兼之以乾隆皇帝即位之时，年仅二十五岁，虽然已有三子，但却都处在童年，十来多的时间内，并不存在皇储之争的客观环境和条件。
因此，乾隆元年(1736)七月初二，虽然恪遵“三年无改于父之道”的古训，当着诸王大臣之面，将亲书所立储君之名缄密封固，并将其照例藏于乾清官最高处的“正大光明”匾额之后，但是在一些言行中，却不时流露出他对秘密建储制度有着极深的成见。首先是仅仅将其作为储君尚未成年时的一种临时措施。他不无含蓄地说：“若夫以建储为嫌忌而不肯举行者，此庸主卑陋之见，朕所深鄙者也。”表现了他对雍正皇帝秘密建储制度的不满。其次，对于储君人选的标准，乾隆皇帝也泥于以往立嫡立长的旧说，对于清初以来诸君和他自己“皆未有以元后正嫡绍承大统”的历史，他深感遗憾。为此，他暗下决心：“必欲以嫡子承统，行先人所未行之事，邀先人所不能获之福。”因而，于乾隆元年七月首次秘密建储时，乾隆即将嫡妃富察氏所生的皇二子永琏内定为储君；乾隆三年十月，永琏病殁之后，他又想将富察氏皇后所生的皇七子永琮内定为储君，仅因不久之后永琮也接着早逝，乾隆皇帝的这一愿望才没有得以实现。但由此可以看出，传统建储观念对他的影响是何等之深。再次，秘密建储，“密”是前提，是基本条件。对此，乾隆皇帝也做得远不如父。
乾隆十二年年底，乾隆皇帝心目中的储君人选永琮早逝之后，为了挑补新的继嗣人选，他曾先后降旨军机大臣讷亲、傅恒等：“大阿哥断不可立。”“至三阿哥，朕先以为尚有可望，亦曾降旨于讷亲等。”正是因为保密不好，导致了孝贤皇后富察氏去逝后，乾隆皇帝和皇长子永璜、皇三子永璋父子之间的隔膜和矛盾。所有这些情况表明，乾隆皇帝在即位之后十几年的时期内，对于秘密建储制度的意义及认识尚为肤浅。
乾隆皇帝经过这一事件的教训，他对秘密建储制度的看法开始发生了转变。一是放弃了建储立嫡的决心。乾隆十三年(1748)六月，在解释以前立皇后所生之皇二子永琏为嗣以及欲立皇七子永琮为继嗣的动机时，他说：“从前皇太子、七阿哥，朕亦非以系皇后所生，另加优视，因较众阿哥实在聪明出众，亦尔众人所共见共闻者。”二是重申雍正皇帝关于秘密建储的有关规定，并严禁满、汉大臣对此进行干预。他警告道：“如有具奏当于阿哥之内选择一人立皇太子者，彼即离间父子、惑乱国家之人，朕必将伊立行正法，绝不宽贷。”如果说在这时他还只是针对具体问题就事论事的话，那么几年之后，他的认识便进一步提高，并开始对两千多年以来的传统的建储制度进行了初步的否定和批判。乾隆十八年时，他说：“古称建储为国本大计，朕酌古准今，深知于理势有所难行。”“建储一事，亦如封建、井田，固不可行于近世也。”
鉴于诸皇子陆续成年，为了防止前朝争储、夺嫡的斗争再度重演，乾隆皇帝还分别采取了一系列的重要措施。其主要者，一是加强对诸皇子的教育。据在此时入值军机处的著名文人赵翼记载，每日五更，皇子们便按照规定进入书房读书、作诗文，“每日皆有程课”。诗文毕，“则又有满洲师傅教国书、习国语及骑射等事，薄暮始休”。对于诗文不佳、学业不好、骑射不优或不经奏闻擅自行动的皇子，则予以斥责和惩罚。对于“平日怠惰，不能尽心课读”的师傅，或罚俸，或革职。二是对皇子们的地位和权势严加限制，不给其竞争储位的政治资本。
乾隆三十八年时，乾隆皇帝已经六十三岁。按照常人年龄来说，已经进入了一生中的晚年时期。因此，对他而言，建储一事不容许再推迟。这时，经过反复的考虑，是年冬天，乾隆皇帝选择了皇十五子永琰为内定储君，再次秘密建储。这时，由于乾隆皇帝主持国家政务已近四十年，各种政治经验已经相当丰富，因而，这次建储，乾隆皇帝做得十分秘密。建储之前，并未就建储时机和储君人选与任何人商量，书写建储密旨并将其藏于乾清官“正大光明”匾额之后的活动，也一反其父雍正皇帝的做法和自己首次建储时的旧方式，根本没有召集诸王、文武大臣公开宣示，只是在一切办妥之后，方才将此事“谕知军机大臣”;同时，为防不测，还另书同样密旨一道，藏于小匣内，随身携带，以备异日勘对之用。
由于全部过程都做得极为秘密，不但当时所有档案文献中未曾留下乾隆皇帝再次建储的确切日期，而且，在乾隆皇帝建储之后很长一段时间里，除个别军机大臣之外，满朝文武几乎都不知道乾隆皇帝已经建有储君。以致乾隆四十三年(1778)秋乾隆皇帝三次东巡盛京时，一个锦县生员金从善还以要求建储为由专门上疏乾隆皇帝。后来，人们虽然从乾隆皇帝批驳金从善的谕旨中得知乾隆皇帝数年前已经建储，并对谁是储君也进行了猜测，但是由于乾隆皇帝保密工作做得好，将近二十年的时间里，人们猜来猜去，始终不得其详。
直到乾隆六十年(1795)新正，乾隆皇帝于家宴时对子孙普加赏赉，“而独不及于永琰”,并且还意味深长地说：“尔则何用银为?”这时，人们才从乾隆皇帝的这些言行中最后准确地判断出皇十五子嘉亲王永琰才是乾隆皇帝的内定储君。然而这时距离乾隆皇帝公开下诏宣布皇太子名字只有半年左右的时间，即使人们普遍知道此事，已对政局不会发生什么不良影响了。由此可见，乾隆皇帝再次秘密建储，在“密”字上面费尽了心机。