由于乾隆皇帝在其当政的末期，施行了各种倒行逆策，使得广大人民的不满情绪普遍增长，而吏治的进一步腐败又使本已极为深刻的阶级矛盾更加尖锐。因而，就在乾隆皇帝的专制统治强化到了顶点之时，各地人民的反抗斗争也此伏彼起，相当活跃。

王伦领导的山东清水教起义是乾隆统治后期发生的第一次大规模的农民起义。清水教是白莲教的一支，因其教义中有“饮水一瓯，可四十九日不食”,俗称清水教。清初以来，该教一直在山东一带秘密流传、发展。乾隆时期，由于阶级矛盾进一步激化，在王伦担任该教首领期间，该教传播更为广泛。

王伦是山东阳谷县党家庄人士，早年“尝为县役”,通文墨，“有拳勇”,精医术。乾隆十六年(1751),他秘密加入了清水教。后来，他以行医为名，往来于山东各县，在广大贫苦群众中进行传教活动。由于他医术精湛、医德高尚，为人治病“不受值”,因而广大贫苦人民“均感其惠，愿为义儿、义女以报德”,甚至不少“县役营兵”也“纷纷归教”,十多年的时间里，“奸党遍诸各邑”。

乾隆三十八年（1773）、乾隆三十九年（1774），山东连年遭灾，而地方官又“妄行额外加派”，人民反抗政府情绪日益增长。王伦利用广大人民的不满情绪，从乾隆三十九年春天开始，开始了起义的策划、准备活动。他先是将各地教徒数千人聚集到东昌、兖州一带地方，尔后，分别任命清水教骨干人员范伟、孟灿、王经隆、乌三娘、杨累等人为国师、元帅、将军、总兵等官职，对各支教徒“教习枪棒”,进行军事训练。

正在各种准备活动积极进行之时，是年八月中旬，寿张县县令沈齐义经侦查得知此情况。消息泄露后为了先发制人，王伦当机立断，决定将起义日期提前。八月二十七日深夜，在城内清水教徒的策应下，王伦率领起义部队一举攻克了寿张县城，“劫库放囚，焚烧军器”,杀死县令沈齐义和游击赶福；正在这时，堂邑县张四姑庄的清水教徒也在王伦义子王经隆的领导下发动起义并南下寿张，与王伦所率起义队伍相会合。山东巡抚徐绩、布政使国泰得知起义爆发消息后，极为恐慌，急忙进驻东昌，并调集中军参将海明、兖州镇总兵唯一，从东昌、东阿一带两路出师，进攻寿张。为了摆脱清军包围，九月初二日，王伦率领起义部队北上，连下阳谷、堂邑二县，尔后又乘胜北上渡河，一举攻克了运河旁边的重要城镇临清旧城。由于多年以来山东地区的阶级矛盾一直异常尖锐，而义军所到之处，除了对贪官污吏进行严惩之外，对广大人民群众却一无所扰。攻克临清之后，又采纳范伟的建议，“收人心，不杀掠，一切食物均易之以价”。因而，不但义军沿途所过之处受到广大人民的热烈欢迎，而且在攻克临清之后，也得到了广大人民群众的拥护。“无知细民，咸谓贼无所害；而稍有知识者，亦图苟安，不思远避。”

眼见义军挥师北上，连克重镇，山东巡抚徐绩等又改变了镇压计划，急调德州、高唐、兖州、东昌等地驻军四面合围，企图将义军一举歼灭。面对政府军队的四面围剿，王伦等起义领袖无私无畏，率领义军英勇作战。九月中旬，大败徐绩、唯一和德州城守尉格图肯等人所率清军于临清郊外的柳林，同时又组织义军向临清新城发动了进攻。在进攻中，他们除轮番使用挖掘地道，火烧清军城门、炮楼等方式之外，还利用从清军中缴获的大炮进行轰击，“飞弹入城，声如饿鸱，人人慌恐”。在义军的猛烈进攻下，新城守将叶信和守城清军慌作一团。为了对付义军的进攻，他们竟然在城头之上“裸妇女、血鸡犬魇之”。在王伦起义的沉重打击下，清朝政府在山东的统治面临着极为严重的危机。

临清地处直、鲁、豫三省交界之地，绾毂南北漕运，临清的攻克给了清朝政府以极为沉重的打击。一时之间，南北漕运堵塞，清朝政府的漕运空船无法返回南方。因此，得知临清失陷的消息，远在热河行在的乾隆皇帝异常焦急。他先是急令大学士舒赫德佩和钦差大臣印信迅速南下，调集天津、沧州、德州等地驻防满兵进剿义军；同时，又令额驸拉旺多尔济、左都御史阿思哈从北京挑选健锐、火器二营一千名精锐军士迅速南下。为了防止义军北上直隶、西攻河南、南下两江，乾隆皇帝还分别下令三省督抚周元理、何熠、高晋等人，各自严密防守与山东毗连的地区，并派兵出境作战。

在乾隆皇帝加紧对义军进行大举镇压的时候，临清新城却因登州、青州等地的满兵前来赴援而久攻不克。面对这种形势，王伦不是改弦更张，寻找清军薄弱环节发动进攻，而是长期屯兵坚城之下，军事上渐趋被动。同时，王伦在生活上也日趋腐化。据当时的传教士晁俊秀所记，王伦在攻克临清之后，“除连续的狂欢和宴会以外，没有其他重要活动。两个剧团不停地演戏。王伦从剧院中外出，仅仅是为了在人们面前炫耀自己。他以很不适宜的威仪通过街道，在这仅有的小片领土上摆着皇帝的架子。”这样，在九月下旬舒赫德率领清军到达临清附近时，起义军面临的形势急剧恶化。面对武器精良、数量众多的清朝正规军队，起义军虽然进行了顽强的抵抗，但终因寡不敌众，临清失陷。不少起义领导人被捕，主要领袖王伦自焚身亡，至此起义最后以失败告终。

王伦起义失败后，乾隆皇帝旨令清军对广大起义人员及其家属进行了疯狂的报复。据史载，清军攻入临清之时，杀人已经很多，“官兵往彼剿捕，歼戮甚多”,“旧城街巷，贼尸填塞道路”。然而乾隆皇帝却仍不解心头这恨，除下令当地军队刨两个大坑，将被杀害的起义者“投掷其中”,“使人见而知儆”之外，即使是对和起义军一起居住过的临清人民也概不放过。他指示：“旧城居民，有甘心从贼、抗拒官兵者，自当同贼骈诛；其为贼供役之人，即未拒敌，亦当分遣新疆烟瘴，以示惩戒。”同时，他还命令当地官员将主要起义领袖王伦的历代祖坟以及其师张既成和张既成之师袁公溥的坟茔一概发掘捣毁，焚尸扬灰。其他起义领导人范伟、王经隆以下十几个人也被押解至京，经过严刑审讯之后凌迟处死。继临清城破时两千多名起义者惨遭杀害之后，所有起义人员的家属、亲戚也都受到株连，或者惨遭杀害，或者发遣边远，所有家产也全部被没收。这样，在广大起义者的血泊之中，乾隆皇帝又恢复了他的统治秩序。

王伦起义虽被镇压下去，但是，相当长的一段时间里，乾隆皇帝一直余悸未消，地方稍有风吹草动，便以为是人民革命风暴重新来临而精神极度紧张。是年十月，在镇压王伦起义的清军陆续撤离山东之际，一个名叫周曰璜的莘县监生首告其子周振东与朝城、阳谷、冠县等处人士“结党谋反，约定十月二十八日起事”。得到这一奏告后，乾隆皇帝急令正在撤离的部队仍速“驰驿赴山东”。后经对查拿人犯的审讯方才弄清，原来周曰璜是一个赌徒，因为要把家中仅存的一点儿米谷粜卖归还赌债，遭到母亲和儿子的一致反对，方才诬告其子谋反，以致竟使乾隆皇帝为此而受了一场虚惊!

王伦起义虽被镇压下去，但是，在王伦起义的影响下，乾隆四十年(1775),全国各地人民的反抗斗争却进一步趋于活跃。首先是各地人民的抗租、抗粮、反科派斗争一直时有发生，且有一浪高过一浪之势。与此同时，各种秘密宗教活动也开始活跃起来，反清的政治色彩也愈益明显，有的则转为武装起义。

在乾隆四十年(1775)全国各地人民的反抗斗争中，声势最大的是苏四十三、田五领导的撒拉尔族和回族人民起义。

苏四十三领导的甘肃循化厅撒拉尔族人民起义发生在乾隆四十六年(1781)。撒拉尔族人民和回族人民一样信奉伊斯兰教。长期以来，该族宗教领袖教长、阿訇等凭借特殊的宗教地位世袭其职，并大量勒索人民财富，形成了反动的门宦制度和天课制度。

乾隆二十六年(1761)时，甘肃安定的(今西县)回民马明心从中亚地区回国，另创新教。和旧教相比，新教不但在宗教仪式上有所不同，“念经时则摇头，念毕则耍拳舞手”,而且在政治上也废止了沿袭已久的门宦制度，经济上又“仅取忏钱五十六文”。这和旧教“须用羊只、布匹，所费较多”之举大不相同。对于入教者，还“皆有周济”。因此，“穷民愿归新教者较众”,不长时间，仅撒拉尔族聚居的循化厅一带，改宗新教者已占当地居民的百分之八十左右。新教的迅速传播使得旧教教长、阿訇们的政治地位和经济权益大受影响，因而，他们对新教极其仇视，并多次挑起新、旧两教之间的械斗。而当地清朝政府官员也和旧两教头目沆瀣一气，将马明心驱逐出循化。这样，撒拉尔族新、旧两教之间的冲突发展成为一次大规模的反清武装起义。

乾隆四十六年正月，撒拉尔族新教教徒一千多人在新教教首苏四十三等人的率领下，攻入清水工河东老教区，杀死当地旧教头目，起义正式发动。这时，清朝官员一方面将马明心及其儿子、女婿逮捕，囚于兰州狱中；另一方面由兰州知府杨士玑、河州协副将新柱等率兵前往镇压。结果起义群众将杨士玑、新柱捕获并处死。三月二十一日，起义军又乘胜攻占河州(今甘肃省临夏市),杀死官吏，开狱放囚，河西为之大震。

为了防止起义军渡河北上攻取兰州，陕甘总督勒尔谨一方面率兵扼守狄道州(今甘肃省临洮县);另一方面向乾隆皇帝告急，并檄调各镇兵马前来救援。然而，苏四十三却出其不意，暗渡洮河，通过山僻小道，浩浩****地杀向兰州城下。这时，困守在兰州的甘肃布政使王廷赞几乎被起义军的浩大声势吓破了胆，急忙乖乖地将马明心的儿子、女婿送出城外，以向起义军求和。

乾隆皇帝得知起义爆发的消息，为此极为震惊，除急令西安提督马彪带领绿营军队二千，西安将军伍弥泰、宁夏将军莽古赉各率满洲军队一千人就近驰援外，还命令尚书和珅、额驸拉旺多尔济、领侍卫内大臣海兰察等人率领京师健锐、火器二营精锐各二千人前往助剿。同时又令军机大臣阿桂从河南黄河工次赶赴甘肃，统一指挥镇压起义事宜。三月二十五日以后，临近兰州的各镇兵马陆续抵达兰州。四月中旬，和珅所率的京师精锐也到达兰州城下，并向起义军发动了进攻。这时，起义军解除对兰州的包围，退守在兰州西南三十里的华林山。

在进攻起义军的战斗中，清朝官兵尽管数量众多，但是因为“无总办之人，声势既不联络，纪律又不严整”,作战时“兵不顾将，将不顾兵，一遇贼匪，惶遽退回”,因而整体局势并未有所好转，反而在四月十九日的战斗中，被起义军歼灭了固原总兵图钦保以下近千人。

四月二十一日，阿桂赶赴前线，首先命令各路官兵移营就敌，设卡安营，对华林山一带进行封锁围困，断其给养；同时又增调四川土兵、阿拉善王蒙古军队一千七百人驰赴兰州前线。这样，五月上旬以后，起义军的形势变得极为不利起来。尽管如此，在是年五月、闰五月两个月中，起义军在严密防守华林山根据地的同时，还不时出击，先后几次给予清军以重创。因而，闰五月以后，阿桂被迫改变战术，“严密围困，使其无路觅食，不战自乱”。起义军处境更加困难。六月十五日，乘起义军饥疲交加之际，阿桂督率军队攻上华林山，苏四十三以下多数起义人员阵亡，其残部约有二百余人退保山上的华林寺，继续抵抗还击。尔后，又在六月二十三、二十六等日连续多次打退敌军的猛烈进攻。对于起义军的这种顽强战斗精神，连乾隆皇帝本人也极为吃惊，他说：“此时余党无多，且要犯、首犯已皆歼毙，所遗不过败残贼众，何以尚然如此死守?实不可解!”直到七月初，在清军的全力进攻下，华林寺才最后失陷。所有义军“俱尽力抗拒，不肯束手就缚”,最后全部壮烈牺牲。至此，清政府历时半年、调兵两万、损兵折将一千四百多人之后，才将这次起义烈火彻底镇压下来。

乾隆皇帝对于苏四十三领导的撒拉尔族人民起义极为痛恨。早在是年五月，他即谕令阿桂“新教逆回如此肆扰，实为罪大恶极，不可不严绝根株。应于剿贼事平之后，趁兵威严整之时，痛加惩治，以儆凶顽，不可姑息了事”。因此，起义被镇压后，清军对当地人民进行了疯狂的报复和血腥的屠杀，不仅直接参加起义的新教教徒及其家属几乎被斩尽杀绝，家产被洗劫一空，而且，即使是同情起义的一些新教徒也难逃噩运。同时，还严禁新教，所有新教礼拜寺全部予以拆毁。为了防止新教传入内地，还专颁谕旨，禁止撒拉尔族人民和内地回民互相通婚。除此之外，乾隆皇帝还下令在华林山一带建立营垒，设兵驻防，扩建兰州城池，添募甘肃省军队等，从而使清朝政府在当地的统治又得到了恢复和加强。

田五领导的甘肃通渭新教回民起义发生在乾隆四十九年(1784)。田五是甘肃伏羌县的一个新教阿訇，乾隆四十六年苏四十三起义被清廷血腥镇压以后，为了替马明心等遇难教友报仇，在田五的组织发动下，当地新教教徒在通渭县的石峰堡秘密修筑堡寨，预储粮食、布匹，并打造军器、帐篷、旗帜等物，准备再次发动反清武装起义。与此同时，他还往来各地，进行起义的宣传发动工作。不长时间，新教势力又有了新的发展壮大，伏羌县的鹿卢山、静宁州的底店山、潘陇山等地也都成了新教的重要据点。

在各项准备工作大致就绪之后，乾隆四十九年正月，田五亲自到靖远，与当地新教教首哈得成、哈彦等人商定起义日期，决定在是年五月五日各地教徒共同发动起义。然而，因为消息被泄露，是年四月十五日，田五在盐茶厅的小山一带提前举起义旗，攻克当地的西安土堡。尔后，又率领起义队伍西向攻打靖远县城。

得知起义发动消息之后，陕甘总督李侍尧、甘肃提督刚塔迅速调集各镇兵马前往进剿。在四月二十三日、二十四日两天的战斗中，起义领导人田五、田介洪、吴二、韩二等人先后阵亡，起义队伍遭受了重大的损失。几天之后，起义军队在转移途中又陷入了清军的重重包围之中。这时，乾隆皇帝又谕令李侍尧、刚塔二人将义军就地歼灭。这时，处于重围之中的起义人员在马胡子、李胡子等人的带领下，克服千难万险，翻越大山，渡过黄河，乘清军不备，南下攻克通渭县城，并在五月十二日在石峰堡一带一举歼灭西安副都统明善以下官兵一千二百人。与此同时，各地新教教徒也按期举事。一时之间，南至伏羌、秦州，北至靖远、盐茶厅，东至隆德、静宁，西至安定，方圆一千多里的广阔区域中，起义烽火到处燃烧。

乾隆皇帝为之大怒，谕令将李侍尧、刚塔二人革职拿问，同时，指令阿桂、福康安、海兰察等人再次带领京师健锐、火器二营精锐二千人前往镇压。六月上旬，阿桂、福康安等人率领京营到达甘肃，逐次消灭隆德、静宁以及其他各地小股起义部队。这时，为了坚持斗争，各路起义军退守石峰堡。

石峰堡“踞万山中，四面峭险，沟堑纵横”。福康安率军抵达后，首先攻占石峰堡以东的起义军四处营盘，尔后又从上游断绝石峰堡内的水源，从而使石峰堡内的起义军处于极其困难的境地。七月初，在清军的大举进攻下，石峰堡失陷，起义再次遭到了失败。这时，和镇压撒拉尔族起义时一样，乾隆皇帝又谕示清军进行了惨无人道的大屠杀，前后约有万名起义者被处死，义军家属老弱四千多人全部被发遣各地为奴。所有土地一概没收，贱价售给当地和陕西省无地的汉人。此后不久，因为尸骨遍地，无人掩埋，尸气上蒸，瘟疫流行，又有大批无辜百姓病死，致使赤地千里，一片荒凉，严重地破坏了当地经济的发展。