进入乾隆后期之后，乾隆不仅政治上的极度专断、生活上的骄奢**逸，在军事上，他也偏好穷兵黩武。其主要表现是再次出兵征讨大、小金川。

前文说过，在第一次金川战役中，由于气候恶劣、地势险要和指挥不当，进剿的清军曾经陷于几乎不能自拔的境地。弹丸之地，屯兵七八万，历时两年，耗帑两千万，连诛两大臣，八旗、绿营将士死亡不可胜数，但却未能实现犁庭扫穴的目的，最后还是靠了政治招降，才使这场战争不了了之。因此，相当长的一个时期内，对于金川事务，乾隆皇帝的态度一直很是谨慎。

乾隆十七年(1752),四川总督策楞、提督岳钟琪曾乘当地土司内讧的有利时机，在当地人民的支持下，出兵杂谷，将其下属一百零六寨改土归流，四万多人因此而“换制衣帽”。同时，他们还计划对邻近土司也采取类似行动。然而，由于初次金川之役的教训和缺乏政治远见，乾隆皇帝对此不但没有予以支持，反而指责与事官员“轻举妄动”,“又生衅端”,并谕令将已经归流的杂谷地区再设土司。正因为如此，使得当地土司制度得以继续存在，而后成了政治局势不安定的一个重要因素。

乾隆二十年(1755),各个土司之间的争斗重新开始，其中最为严重的仍是大金川土司对相邻土司的侵扰活动。在初次金川战役中，大金川并未受到毁灭性的打击，因而战争结束不久，该土司即恢复元气，“自恃地广、人众、力强，与各土司措兵，讫无宁岁。故各土司皆畏之如虎，而以势分力散，又莫能如之何”。

为了制止该土司对邻近土司的侵扰而又不使清朝政府军队直接介入，乾隆皇帝采取的基本政策是“以番攻番”。乾隆二十三年(1758)四月，乾隆皇帝谕令川督开泰传知小金川、绰斯甲布、沃日诸土司，集合土兵攻打大金川。对此，大金川土司最初颇表畏惧心理。乾隆二十六年(1761),在其原来土司头目莎罗奔死后，继袭土司郎卡曾经表示屈服，退还侵占各土司土地，战争暂时中止。但为时不到一年，屈服之意全无，又向丹坝土司发动了进攻。于是，四川督抚再次组织绰斯甲布、革布什咱、巴旺、小金川、丹坝、沃日、松岗、梭磨、卓克基等九土司联合攻打大金川。由于缺乏统一指挥，兼之以参战各土司有的是土司庸愚，兵力微弱；有的与大金川本是姻党，于是，存有观望之意，首鼠两端，因而攻战四年，其战果却极不理想。乾隆皇帝不得不改变策略，于是，谕令四川总督阿尔泰“直入其境，恺切晓谕，以彰威德”,进行政治招降。

根据乾隆皇帝的这些旨意，乾隆三十一年秋，阿尔泰与大金川达成停战协议：清朝政府谕令九土司撤兵，并答应颁给袭位土司郎卡新印，释放其被拘的喇嘛，准其遣使赴藏熬茶，以及允许其和小金川、绰斯甲布联姻等；大金川则退还所侵各土司领地，释放所掳各土司人口。这一协议的达成虽使当地获得了暂时的安定，但却使清朝政府精心构建起来的各土司反对大金川的共同联盟最后瓦解。这样，在此后不久大、小金川联合攻打邻近各土司时，乾隆皇帝不得不亲自出马，进行了一场较之第一次金川之役时间更长、规模更大的再征金川的战争。

大、小金川联姻后，气焰愈加嚣张。乾隆三十五年(1770)春，小金川土司僧格桑以“沃克什土司用法诅咒，致其父子同时染病”为借口，首先进攻沃克什；此后不久，又分别进攻明正、瓦寺两土司。与此同时，大金川土司索诺木(郎卡之子)也杀害了革布什咱土司色楞敦多布，并向清朝政府提出了“乞将革布什咱地方百姓赏给当差”的无理要求。为此，川督阿尔泰虽然出动土练镇压，但是大、小金川仍然进攻不止。乾隆皇帝得知这些情况，认为：“我大清帝国正当全盛之时，中外一家，岂容徼内土司独梗化外!”“抚驭番蛮，怀畏自应并用。若于梗化之人，不大加惩创，则懦弱几无以自存，而犷悍者必效尤滋甚，渐至徼内土酋跳梁化外，何以绥靖边圉?"于是在是年七月，乾隆皇帝决定对大、小金川再次用兵。

为了实施集中优势兵力，各个击破的战略措施，乾隆命先取小金川。指令川督阿尔泰、提督董天弼等从成都抽调满洲兵一千，绿营、土练五千，分西、南两路，乘敌不备，攻袭小金川，“务擒僧格桑，另立土司，抚定其地”。但是，阿尔泰本是一名迂腐无能之辈，不娴军旅，办事迟缓，至当年九月，尚“安坐打箭炉，并未发一兵，未移一步”。而西路董天弼虽与小金川小有接触，但却因麻痹大意，反而遭到了一些挫折。为此，是年十一月，乾隆皇帝革去阿尔泰的大学士、总督职务，而以温福为大学士，户部侍郎桂林为四川总督，并调拨远在云南的八旗、绿营军队开赴四川，从此开始了长达五年之久的第二次金川之役。

温福至川后，为了组织军事进攻，先后奏请增兵增饷。为期一劳永逸，乾隆皇帝允其所请，陆续调拨各省军队，开赴金川前线。至乾隆三十七年(1772)夏，在四川作战的各省军队已不下六七万；同时，户部和的协拨之饷银也达一千万。凭借雄厚的兵力、财力，从乾隆三十六年冬开始，清军兵分三路夹击小金川。在清军的进攻下，各土司失地先后收复，小金川本土的一些重要城寨，如郭松、甲木、资哩、噶尔金、僧郭宗也先后被攻克。

然而，就在此时，清军内部的一些弱点也开始暴露，并对整个战局发生了负面的影响。一是指挥机构内部不团结。就西路而言，作为全军主帅和西路总指挥，大学士温福性情急躁，刚愎自用，因而引起了参赞大臣伍岱以下许多将领的反对。乾隆皇帝对此竟然不察实情，反而将伍岱革职拿问，严重影响了西路将领的作战情绪。以致从乾隆三十七年春天开始，将近半年的时间里，西路战局基本上没有什么大的起色。就南线而言，桂林、阿尔泰诸人之间也是矛盾重重。

二是因为指挥不当，清军在南线进攻中遭到了重大失败。乾隆三十七年三月，为了进攻小金川，南线指挥桂林出兵收复大金川控制下的革布什咱全境。这一军事行动，已使清军和大金川处于公开敌对状态，而桂林却毫无戒备地由革布什咱进攻小金川，因而在其军队行至甲尔木山梁时，遭到了大金川贼众的突然狙击，清军三千余人全部战死。

为了扭转战争局势，乾隆皇帝将桂林革职拿问，改派阿桂主持南路进攻事宜，并增调陕甘、云南、两湖军队进川作战。阿桂到了南路后，悉力整顿，军威重振。同年八月，再克甲尔木山梁。尔后，又连下路顶宗、喀木色尔等重要城寨。十一月初，在扫清河西敌军据点后，挥师渡河。十二月初，攻克距离小金川巢穴美诺不过半日路程的僧郭宗。与此同时，温福所率之西路军也扫清沿途据点，并攻克了距离美诺只有十余里的明郭宗。十二月初六，两军联合攻克美诺。尔后，又乘势直下，攻占其最后的据点底木达和布朗郭宗。小金川土司泽旺被擒，僧格桑溃围而出，逃往大金川，往依索诺木。至此，攻打小金川的战役取得了胜利。

小金川战役结束后，根据乾隆皇帝的旨意，清军除留少量戍守小金川部队之外，集中兵力从乾隆三十七年十二月底开始，兵分三路，全面进攻大金川。早在清军征讨小金川的战役中，大金川土司索诺木即以护姊为由，派遣军队帮助小金川戍守，因而，“小金川各处经官兵杀获者，金川贼众居多”。甲尔木山梁一战，大金川还直接向清军开火，致使清军蒙受重大损失。对于大金川，乾隆皇帝早已恨之入骨，但在当时只是为了执行集中兵力各个击破的战略，乾隆皇帝才暂置大金川于不问，专攻小金川。因而，小金川战役刚刚结束，乾隆皇帝立即指令挥师大金川，同时又再次增兵增饷。从这开始，清军又进行了长达三年之久的征讨大金川的战争。

大金川战役开始后，由于山路崎岖，碉卡林立，仰攻为难，兼之以长期作战，清军内部的问题也充分暴露，使得进攻的清军又陷入了二十多年前初征金川时的困境，并继甲尔木山梁失利之后再次遭到了巨大的打击。首先是三军主帅温福在生活上搞特殊化，在进攻大金川的战役中，他置广大将士生活于不顾，“日与董提督天弼辈置酒高宴”,严重地脱离了广大将士。其次，就指挥作战而言，温福也极为主观。“性褊而愎，参赞以下之言，概置不听”,严重影响了指挥机构内部的团结和广大将士的作战积极性。再次，在军事进攻中，针对大金川碉卡林立的情况，温福不是采取选派精锐部队深入的军事策略，而是又步张广泗、讷亲之后尘，专以攻取碉卡为事，“不察地势之险易，不知士卒之甘苦，常令攻碉，多伤民众”;“隔数日派兵攻碉，明知碉坚路险，难以施攻，犹不肯撤退，致使兵丁轻冒枪石，无故损伤”。与此同时，他还仿效金川，也大筑其碉，“不爱恤兵力，常令伐木运石，筑栅拿卡，不得休息”。修筑碉卡之后，又“拨派万余兵，分守千余卡，以极盛兵力，散处零星，均归无用，实为失策”。对于后方基地和粮草、弹药的守护，温福也不重视。因此，在将近半年的时间里，清军一直未能攻取敌人“紧要碉卡”,反而因索诺木奇袭清军后方，险些全军覆灭。

乾隆三十八年(1773)六月初，为了解除围困，在坚守碉卡的同时，大金川土司索诺木率领部分精锐之军转入外线作战。他们以小金川的降兵为内应，首先攻袭清军后方基地布郎郭宗、底木达等地，大败当地戍守清军。尔后，率军回师，直捣位于大金川之下的温福军队驻守的木果木大营。温福猝不及防，不仅大营被攻破，而且温福以下许多将领被杀，所属军队有三千余人或死于敌军锋镝，或自相践踏毙命，其余一万多人全部溃逃。除僧郭宗以南的个别地区外，小金川全境失守。朝廷耗帑三千万、调军七万余、奋战两年多的全部战果仅此一役全部丧失殆尽，清军遭受了金川战役开始以来的最大的一次失败。

木果木之役失利后，为了扭转战局，乾隆皇帝任命阿桂为定西将军，丰升额、明亮为副将军，招集溃散兵卒，重整旗鼓；另一方面，又再次下令调拨京城健锐、火器二营和黑龙江、吉林八旗兵丁、伊犁厄鲁特兵和各省绿营兵丁共两万余人开赴前线。经此安排，金川前线清军总数又超过七万。从是年十月下旬开始，在阿桂的率领下，重新向小金川发动了进攻。由于这次指挥得当，五天即收复小金川全境。尔后，清军又兵分南、西、北三路，再次挥师大金川。

在进攻大金川战役中，有鉴于该地自初次金川之役后，各种军事设施一直没有拆除并且不断兴建，严密程度十倍于小金川，阿桂采取了分兵合围、步步为营、稳扎稳打的作战方针。从乾隆三十八年(1773)年底到三十九年(1774)年中，先后攻克敌人碉卡多座，并日渐逼近大金川主要巢穴勒乌围。经过长期战争消耗，大金川也颇感力量不支。乾隆三十九年八月，“索诺木鸩杀僧格桑，献其尸及妻妾、头目至军，乞赦己罪”,当即被阿桂等严词拒绝，战争继续进行。

乾隆四十年(1775)年初，大金川的形势进一步恶化，“火药无多，粮食亦乏，并选妇人穿男衣，假充兵数”。乘此机会，清军加紧进攻。四五月间，先后攻克距离勒乌围不过数里之遥的噶尔丹寺和逊克宗两城。八月，攻克勒乌围，索诺木率领余众退保噶喇依(刮耳崖)。是年年底，在扫清噶喇依附近各处碉卡后，三路清军联合包围噶喇依，“筑长围数十里，断水道以困之，大炮昼夜霆击，所至洞墙壁数重”。在清军的强大攻势下，索诺木已是穷途末日，众叛亲离。其母阿仓、其姑阿青以及异母兄莎罗奔冈达克先后出营乞降。

乾隆四十一年(1776)二月初，“索诺木跪捧印信，带同兄弟并伊妻及其众头人、喇嘛、大小头目二千余人”出寨乞降。八天之后，捷报传至东陵行在。为了庆祝战争的胜利，乾隆皇帝先后拜谒东、西两陵，东巡泰山，告成岱宗，尔后又于返京之际，为凯旋将士举行了盛大的庆功大典。返京后，又献俘太庙，宴赏出征将士，图画功臣于紫光阁。至此，这场历时五年、调兵十余万、死亡将士近万人、耗帑七千万的战争才告结束。

乾隆皇帝进行的再征金川之役虽然对于巩固国家统一、维护四川少数民族地区的政治安定有着一定的积极意义。然而，由于乾隆皇帝的错误决策和战争所耗帑银巨大，也对此后政治形势的发展产生了极为不利的影响。大、小金川两地，“地不逾五百里，人不满三万众”,在四川已是一隅之地，对全国来讲则更是不值一提。如果决意用兵，只须令四川督抚选用得力将领伺机攻取，即可获得成功。在这方面，乾隆十七年，四川提督岳钟琪攻取杂谷即是一个成功的先例。而乾隆皇帝却不照此计行事，开始坚持以番攻番，严禁朝廷军队介入；一旦介入，又为速胜起见，从北京和各地调集大批军队。因对地理环境不熟悉，情况也全然不了解，自然使战争旷日持久，所费不赀，本属癣疥之疾，却变成了国家政治生活中的一件大事。

其次是军费开销无节制。这场战争进行之日，正是清朝政府的统治达到全盛之时。国库常年存银一直保持在七八千万两之间。国家的富庶使得乾隆皇帝头脑发热。战争发动之初，他即狂妄地宣称：“此时部库所积，多至八千余万，朕每以存积太多为嫌。天地生财，止有此数，今较乾隆初年，已多至一半有余。朕实不欲其多聚，若拨外省公事动用，稍减盈积之数，亦属调剂之一端。”尔后，在战争进行中，他又多次宣称：“现在征剿金川，以期一劳永逸，即多费数十万或百余万金，皆所不惜。”“每念天地生财，只有此数，不在上，即在下，与其聚诸无用之地，曷若使民间多得流通!……今节次拨帑济用，已一千四百万两，而太府之储，未尝少减。……将来攻剿金川，或略延时日，再费二千万两亦可葳事，库贮尚在五千万以上。”乾隆皇帝的这一态度无疑是鼓励臣下狂花滥费。在他的直接影响下，金川战役军费开支超过了此前进行的各次战争开支的总和，竟达七千万两之多，这对乾隆后期的国家财政状况产生了的影响是可想而知的。

还应该指出的是，乾隆皇帝允许军费开销随意的目的虽是为了速胜，然而由于各级将领的任情挥霍，使得上下级之间生活悬殊，广大将士的作战情绪也大受影响，因而，巨额的军费开支反倒对战争进程产生了极为不利的影响。再次，这场战争虽然发生在四川一隅，但是由于战争中征调的军队南至云贵，北至吉林、黑龙江，东至两湖，西至陕甘，兼之以军需供应、夫役征调，也使上述各地人民的赋役负担空前加重，直接导致了阶级矛盾的激化，并在一定程度上动摇了乾隆皇帝的专制统治。