日本侵略中国是蓄谋已久的，特别是自日本明治维新以来，便把中国作为它侵略的目标。光绪元年(1875),日本占据了千岛群岛。第二年又吞并了小笠原群岛。光绪五年(1879),又将琉球群岛纳入日本版图，更名为冲绳县。日本军国主义势力在光绪十八年(1893)提前完成了十年扩军计划，随时准备抓住机会大举侵略中国。光绪二十年(1894)春夏之交，中日之间的战争已如箭在弦上了。
原先，慈禧和光绪对日本都是主战派。后来，慈禧和奕诉越来越倾向于议和。这样，以慈禧为首的后党同以光绪皇帝为首的帝党，面对一触即发的中日战争，采取了截然相反的态度。后党从维护自己的私利出发，对待日本侵略者采取妥协投降的路线；帝党则为了维护国家的利益，采取了主战的态度。随着战局的恶化，后党与帝党的斗争越来越激烈了。
光绪二十年六月，中国和日本以朝鲜问题为导火索，爆发了一场历时八个月的战争。因为那年是甲午年，所以又称作甲午战争。当年春天，朝鲜爆发了大规模农民起义，高举反对日本及本国权贵的旗帜。朝鲜政府军节节溃败，朝鲜政府请求清政府派兵援助。清朝派李鸿章处理朝鲜问题。李鸿章依据光绪十一年(1885)同日本订立的有关朝鲜的条约，在出兵前通知了日本。日本认为发动对中国的战争时机已到，于是回复李鸿章： “贵政府何不代护戡乱……我政府必无他意。”清政府真的相信了日本政府“必无他意”的许诺，于是决定派直隶提督叶志超和太原总兵聂士成率领一千五百名兵丁去朝鲜。当清兵进驻牙山(汉城以南)后，日本突然以保护侨民和使馆的名义派兵进入朝鲜，并很快占领了朝鲜京城——汉城。一个月之后，日军又突然在海上和陆上同时向清兵发起进攻。清兵毫无准备，一触即溃，聂士成、叶志超北逃到平壤。
当在朝鲜的清兵遭到日军的袭击以后，清朝举国上下群情激愤，强烈要求向日本宣战。以光绪皇帝为首的帝党更是言辞激烈，侍郎志锐上万言书力主向日本宣战，同时还严厉斥责后党主张言和的错误，并弹劾李鸿章因循误国。就连以老成持重见称的翁同稣，也甘冒慈禧的不悦，在御前会议上支持光绪皇帝力主对日宣战。后党慑于人民及多数官吏的爱国呼声，不敢再坚持言和了。帝党在宣战问题上暂时占了上风。七月初一，清朝向日本宣战，同时，日本也向清朝宣战。
帝党力主迎战日本，不仅停留在口头上，他们在物质上也进行了一番准备。光绪皇帝在亲信的辅佐下认清了形势，尤其对英国、法国、美国、俄国等国支持日本侵略中国这一点有着比较清醒的认识，因而对李鸿章等后党分子把希望寄托在通过列强出面调停的主张持否定态度。光绪皇帝为了集中国力对付日本，他有生以来第一次直接违背慈禧的旨意，提出“停颐和园工程以充军费”。原来，慈禧为了庆祝六十岁生日，又下令大修颐和园。光绪皇帝的这道诏令，大扫了她的面子，败了她的兴致，她闻讯后气得浑身打战，脸色铁青，她正要像火山爆发一样发脾气，同光绪皇帝算账，但她转念一想，感到举国上下反日呼声震天撼地，而国库空虚又是尽人皆知的事实，如果此刻她取消光绪皇帝“停颐和园工程以充军费”的诏令，肯定会引起朝野上下的不满。她思虑再三，权衡利害，终于忍下了这口气。老谋深算的慈禧，不仅没下令取消光绪皇帝的诏令，反而发布旨意，称道光绪皇帝的做法，表示在对日宣战，兴兵动众之时， “不能过为矫情，特允皇帝之请”,完全同意停止颐和园工程，以此项费用充军费，对自己六十大寿的庆典，一切从简。在表面上，慈禧说得很动听，也确实迷惑了一些朝臣，在暗地里，慈禧却放出风来，说， “谁叫我一时不痛快，我就叫他一辈子不痛快”。从而稳住了后党的阵脚。
尽管后党在中日战争问题上第一个回合失败了，但他们并未介意，仍一如既往地坚持妥协投降路线，只不过在形势不利于己的时候，为混淆视听做出一些姿态罢了。因此，尽管光绪皇帝接二连三地发上谕指令李鸿章不要一味指望列强调停，要妥善调兵，妥筹办法，甚至严厉斥责他“不欲多派兵”的错误。但是，有慈禧作后台的李鸿章，手握用兵、外交大权，对光绪皇帝的上谕采取了阳奉阴违的态度，除了多方搪塞之外，对妥协投降的方略，丝毫也未改变。当时另一个后党骨干、军机大臣孙毓汶也利用职权， “凡是皇上之所是，则腹非之；皇上之所急，则故缓之”,极力阻挠，甚至公然擅自删改皇帝的上谕，扣压电报，封锁消息。光绪皇帝对此也毫无办法，只能叹息： “朝命不行矣!”
在这种无奈的情势下，中日战争的结局是可想而知了。
清政府向日本宣战不到半个月，日本军队一万多人分路进攻平壤。以叶志超、聂士成为首的清兵，早已被日军吓破了胆，再加上奉行李鸿章的投降命令，所以，平壤一战，除了个别将士如左宝贵英勇抗击而外，大多数将领率兵溃逃。叶志超在开仗不久，便树起白旗，命令各路人马弃城北撤。日军轻易地攻下了平壤，缴获了四十门炮、一万支枪及无数粮草。北撤的清兵，一口气逃过了鸭绿江，日军接踵而至，在九月下旬，日军就进入中国境内。清军守江部队四万人，不战而逃，日军轻易地占领了安东(今丹东)、九连城、凤凰城(今风城)等地。
在陆地上，清军望风而逃，节节败退；在海战中，清军惨遭灭顶之灾。在宣战四十八天以后，清朝的北洋舰队在黄海海面被日本海军袭击。八月十八日海战炮声一响，北洋舰队就陷入挨打局面。北洋海军统帅丁汝昌站在旗舰定远号的飞桥上指挥。定远号放出第一炮，没打中敌舰，却把自己舰上年久失修的飞桥震断。丁汝昌同被震断的飞桥一同摔在甲板上，当即摔成重伤。虽然由定远号管带刘步蟾代替丁汝昌指挥，但北洋海军在李鸿章的指示下，原本不想抗击日军，所以，在战斗激烈时，参战的十三艘兵舰，有二艘临阵脱逃，其中一艘逃跑的兵舰还将自家的一艘船撞沉。海战只进行了一个下午，北洋舰队就有三艘兵舰被击沉，其余七艘兵舰均受创，旗舰定远号也被击伤。在这场海哉中，虽然致远号管带邓世昌，经远号管带林永升英勇献身，但终未能挽救败局。
黄海之战，日本海军也同时受到了损失，旗舰松岛号受重创，不能航行；一艘兵船被击沉，几艘兵舰被击中，本来北洋海军还可同日本海军再战。可是，李鸿章为了保存个人实力，却命令舰队全部躲进威海卫港内，脱离战斗。
日本海军为了全歼北洋海军，暂不向威海卫发动攻击，而是先袭击旅顺口。因为李鸿章命令北洋海军避而不战，所以日本海军轻松地在花园口登陆，经皮子窝直扑金州。清朝的守军望风披靡不战而逃，日军占领金州两天后，仅用四天时间就占领了旅顺口。
两个月之后，日军又在威海卫东边的成山角顺利登陆，抄了威海卫的后路。躲在威海卫港内的北洋舰队有兵舰十五艘，鱼雷艇十三只，但对日军登陆未加一丝阻击。日军很快便占领了威海卫港口南北两岸的炮台。同时，日本海军又封锁了东西港口。至此，北洋舰队被四面包围，成为瓮中之鳖。丁汝昌无望而自杀，北洋海军于光绪二十一年正月十八日(1895年2月12日)向日本投降。
侵入东北的日军，先后攻占了海城、盖平(今盖县)。光绪二十一年二月初四日(1895年2月28日)在北洋海军投降不久，日军又占领了牛店、营口。防守辽东的清兵节节败退，损失惨重。清兵统帅吴大徵退至锦州石山。清政府乱成一团，认为山海关也即将失守了。
北洋海军的覆灭，辽东陆军的溃败，使以光绪皇帝为首的帝党同日本交战获胜的希望变成了泡影；使以慈禧为首的后党对日本妥协投降求和的主张最后占了上风。
甲午战争以清朝失败而告终。光绪二十一年三月二十三日(1895年4月17日),在日本马关，清朝的全权代表李鸿章签署了《马关条约》,把辽东半岛、台湾及附属各岛屿割让给日本，向日本赔款二万万两白银，增开湖北沙市、四川重庆、江苏苏州、浙江杭州为通商口岸。条约还规定日本人可在通商口岸从事各项工艺制造，并可将机器装运进口，日本在中国制造的物品享受进口货物优待权利。《马关条约》丧权辱国，加深了中国半殖民地化、被瓜分的危机。李鸿章也深知《马关条约》的严重危害性，他签字回国后，躲在天津伪称有病，不敢公开露面。激起全国人民的公愤。
帝党在《马关条约》签订后，纷纷攻击李鸿章，骂他是“老糊涂”,是“内奸”,但是，对李鸿章来说，除了遭到人们痛骂外其个人毫无损伤，因为他背后有慈禧。在甲午战争以后，帝党和后党之间的矛盾更加公开，也更加激化了。