同治皇帝因病经多方医治无效，于同治十三年(1874)十二月初五日死去，而距同治皇帝之死不足一百天，同治皇帝的皇后阿鲁特氏也突然死去。同治皇帝死时只有十九岁，而阿鲁特皇后也不过二十一岁。皇帝与皇后之死，轰动了朝野。关于死因众说纷纭，一是有人说死于天花；二是死于梅毒；三是死于疥疮，时至今日，仍没有定论。至于是否与西太后有关，也无人知晓。

慈禧本来不同意阿鲁特氏当皇后，只是由于东太后和同治皇帝的坚持，慈禧才让了步。同治皇帝婚后与阿鲁特氏的感情特别好。阿鲁特氏性格温柔，举止大方，知书达礼，更难得的是对诗歌有一定造诣，有时，同治皇帝故意念一句唐诗，叫皇后接着念，每次都没考住，阿鲁特氏不假思索地就续念下去，背诵如流。因此，同治皇帝更加喜欢皇后了。对此，慈禧非但不高兴，反而更嫉恨阿鲁特皇后。她曾把同治皇帝叫到跟前，板着面孔教训道：“你身为一国之君，不思祖宗的基业，成天一味地在后宫厮混，成何体统?再者说，慧妃论模样儿、论人品，哪一点差?你怎么能冷落她呢?皇后年纪轻轻的，不懂礼法，往后你不要动不动地就到皇后宫里去，那样是会妨碍处理朝政的!”同治皇帝听了慈禧这番不通情理且自相矛盾的教训，敢怒而不敢言，口里只得连连称是。慈禧还派太监暗中监视同治皇帝是否不听她的话，仍与皇后亲近。这时，同治皇帝虽然不敢再到皇后的宫中去了，但是，对慧妃却越发不予理睬了。他以为太后训斥自己，是由于慧妃嫉妒皇后，搬弄是非的结果。他宁可长年在乾清宫独宿，也不到慧妃的宫中住宿。

同治皇帝由于受不了寂寞，经常夜里化装出宫游**。因为名妓聚集的八大胡同是朝臣们经常出没的地方，担心被朝臣们认出，所以同治皇帝在心腹太监的带领下，只能到城南的下等妓院去。久而久之，染上了性病也不足为奇。同治皇帝得了性病，碍于皇帝的威严，不能如实说出病情，而御医们谁敢说真话呢!所以只能当天花来下药。非但不能及时治疗，反而竟吃错药。这样一来，同治皇帝的结局也就可想而知了。他于同治十三年十月三十日卧病在床，到十二月初五日夜里便咽气了，前后不过三十七天。这期间，慈禧虽然数次亲临病榻，亲自过问医药情况，甚至不惜重金，采多种举措。但是，对同治皇帝的病毫无作用，她眼睁睁地看着自己的独生儿子浑身流脓淌血气绝身亡。

如果同治皇帝死于梅毒的说法成立，那么，慈禧无疑就是害死自己儿子的祸首。

近年来，有一些学者和医学家根据保存下来的清代档案材料——《万岁爷进药用药底簿》中所记录的同治十三年(1874)十月三十日下午至十二月初五日夜这段时间里，御医李德立、庄守和给同治皇帝诊脉的脉案，所开的药方断定同治皇帝患的是天花，死因是由于天花引起“痘后痈毒”,痈毒引起“走马牙瘠”,最后“毒热内陷而死”。这个结论是可信的。但是，它却没有证明同治皇帝没患过梅毒。何况当年曾经给同治皇帝治过病的张午桥医生亲口对人说过，在众多的医生中，只有他给同治皇帝开的药方是治梅毒的方子，可惜当时没按他的方子吃药，因为许多医生都认为同治皇帝患的是天花。及至同治皇帝死后。当然，梅毒的症状也掩饰不住了，慈禧在翻阅所有的药方时才发现只有张午桥诊断得对症，药方正确，可是同治皇帝已死，已追悔莫及了。慈禧念子心切，对张午桥屡加提拔，最后官至太医院院判(皇家医院院长)。

如果说同治皇帝患天花的同时也患了梅毒，最后死于非命，慈禧对同治皇帝之死也难辞其咎。然而阿鲁特皇后之死，则完完全全可以证实慈禧的残忍冷酷了。

阿鲁特氏自从入宫当皇后，没过上几天舒心的日子。由于外祖父的关系，慈禧对她本来就不放心，再加上慧妃争宠，慈禧更对她不满了。每逢阿鲁特给西太后请安时，慈禧从来不给她好脸色看，甚至还经常找借口训斥她。当同治皇帝病情加重时，本来阿鲁特心急如焚，可是，慈禧反而声色俱厉地责骂她平素不关心皇上，不小心侍候皇上，致使皇上患病。更令阿鲁特痛不欲生的是同治皇帝一死，尸骨未寒，慈禧就对她破口大骂，竟然说皇上之死是她的过失造成的。阿鲁特伤心到了极点：皇上在世时，慈禧活活地将恩爱夫妻拆开。皇上一死，慈禧就把恶名扣到自己头上。自己青春年少，又没有一男半女，来日方长，这叫人如何活下去!阿鲁特越想越伤心，越伤心越焦虑，终日以泪洗面。实在没活路了，阿鲁特把心一横，吞金自杀了。可是，天不遂人愿，阿鲁特自杀被宫女们及时发现，又把她抢救过来了。

阿鲁特自杀虽然也震动了慈禧，但是，慈禧马上便镇静如常了。慈禧恨不得阿鲁特死得越早越好，慈禧担心阿鲁特妨碍自己专权。

同治皇帝病危之时，慈禧就开始琢磨由谁继承皇位的问题了。因为同治皇帝没有儿子，按常规，只能从宗室中挑选个人，过继给同治皇帝当嗣子继承皇位。但如果这样，同治皇帝要是有了继子，阿鲁特就成了太后，慈禧便成了太皇太后。过继的儿子若是年龄大，能够处理朝政，慈禧就无从插手了；若是年龄小，需要太后垂帘听政，那也是阿鲁特的事，作为太皇太后只能退居深宫颐养天年了。无论出现哪种情况，看来自己都不可能再垂帘听政了。如何摆脱困境，重新达到专权的目的?慈禧煞费苦心终于想出了一个“好主意”。

同治皇帝咽气后，慈禧不发丧，胸有成竹地在养心殿西暖阁，召开有各亲王、郡王、贝勒以及军机大臣、内务府大臣参加的御前会议。她想在众臣们尚不知同治已死的消息之前，赶紧把运筹已久的“立嗣大计”落实下来，以便她牢牢掌管朝廷大权。